計算化學網文highlights
北京科音自然科學研究中心（http://www.keinsci.com）設立的“北京科音”微信公眾號每個月月末匯總推送一次當月發布在計算化學公社論壇（http://bbs.keinsci.com）、思想家公社blog（http://www.shanxitv.org）等地方的較有價值的計算化學文章和帖子。為了便于非訂閱用戶查看，在本頁面也同步發布。內容既有Sobereva寫的，也有別人寫的。
以下為2023年5月的內容
? 解決CP2K中SCF不收斂的方法
http://www.shanxitv.org/665
? 一篇最全面介紹各種弱相互作用可視化分析方法的文章已發表！
http://www.shanxitv.org/667
? PlotEne.py：優雅地繪制能量折線圖
http://bbs.keinsci.com/thread-37329-1-1.html
? GROMACS2023 Windows原生系統下編譯超詳細解析
http://bbs.keinsci.com/thread-37179-1-1.html
? 使用aocc+aocl從頭編譯使用openmpi的vasp6
http://bbs.keinsci.com/thread-37137-1-1.html
? 分享：安裝plumed+cp2k+gromacs時遇到的一些坑
http://bbs.keinsci.com/thread-37138-1-1.html
? ABACUS-3.2的安裝方法
http://bbs.keinsci.com/thread-37412-1-1.html
? Centos stream 9 安裝Gromacs 2023.1（GPU加速版）教程
http://bbs.keinsci.com/thread-37417-1-1.html
? Fedora/Debian Linux 安裝 GIMIC 2.0 時踩過的坑以及解決辦法
http://bbs.keinsci.com/thread-37403-1-1.html
以下為2023年4月的內容
? 使用了Multiwfn發表的第11001~12000篇文章打包下載
http://www.shanxitv.org/663
? 不尋常的環[18]碳前驅體C18Br6的電子結構和芳香性
http://www.shanxitv.org/664
? 基于Multiwfn的分子機器學習助手：MultiwfnMLhelper
http://bbs.keinsci.com/thread-36431-1-1.html
? TRAPPE_small力場包（GROMACS）
http://bbs.keinsci.com/thread-36352-1-1.html
? Centos一鍵安裝slurm
http://bbs.keinsci.com/thread-36256-1-1.html
? GROMACS中傘型采樣算法應用詳解
http://bbs.keinsci.com/thread-36490-1-1.html
? WSL2下Kokkos版加速的Lammps的cmake編譯
http://bbs.keinsci.com/thread-36559-1-1.html
? shell編程-awk語法小結
http://bbs.keinsci.com/thread-36574-1-1.html
? VASP在EPYC 7543和Platinum 8358上的測試對比和編譯優化
http://bbs.keinsci.com/thread-36834-1-1.html
以下為2023年3月的內容
? 通過量子化學計算和Multiwfn程序預測化學物質的顏色
http://www.shanxitv.org/662
? 使用Multiwfn計算分子的球形度（sphericity）
http://www.shanxitv.org/661
? 計算化學購機配置推薦（做了大幅更新）
http://www.shanxitv.org/444
? Linux下利用cron實現對Multiwfn的自動定時更新
http://bbs.keinsci.com/thread-36083-1-1.html
? 2023年3月MD benchmark測試首篇——4090悄悄變快了
http://bbs.keinsci.com/thread-35960-1-1.html
? 2023年3月MD benchmark測試中篇——W790平臺首發測試（量化亂入）
http://bbs.keinsci.com/thread-35986-1-1.html
? 2023年3月MD benchmark測試最終章——關于“跑經典MD的計算機到底選什么配置”的終極討論
http://bbs.keinsci.com/thread-35988-1-1.html
? travis + vmd 繪制空間分布函數(Spatial Distribution Function, SDF)流程攻略
http://bbs.keinsci.com/thread-35889-1-1.html
? cp2k_AIMD_GFN1-xTB并行效率簡單測試（up to 48 cores）
http://bbs.keinsci.com/thread-35518-1-1.html
? M2 Pro 運行量化軟件并行效率測試
http://bbs.keinsci.com/thread-35584-1-1.html
? 一維薛定諤方程的Numerov方法的python實現
http://bbs.keinsci.com/thread-35604-1-1.html
? 讀贗勢文件給cp2k molden file添加Nval section
http://bbs.keinsci.com/thread-35694-1-1.html
? 如何在gmx中使用列表勢
http://bbs.keinsci.com/thread-35740-1-1.html
? 給cp2k輸出的pdb軌跡加殘基名的awk腳本
http://bbs.keinsci.com/thread-35859-1-1.html
以下為2023年2月的內容
? sobNEB：產生CP2K的NEB的插點的方便的工具
http://www.shanxitv.org/660
? 巨幅減小Gaussian的TDDFT計算產生的fch文件的尺寸的方法
http://www.shanxitv.org/659
? 簡單的動力學計算器
http://bbs.keinsci.com/thread-35159-1-1.html
? 調整ligpargen生成的itp文件中原子順序的腳本
http://bbs.keinsci.com/thread-34926-1-1.html
? 小小白入門Linux及安裝量化程序經歷分享
http://bbs.keinsci.com/thread-35040-1-1.html
? Slurm在centos7單機上的安裝經驗
http://bbs.keinsci.com/thread-35109-1-1.html
? 小程序：批量讀取OUTCAR中能量數據
http://bbs.keinsci.com/thread-35132-1-1.html
? 巧妙利用make命令批量并行運行任務的小腳本
http://bbs.keinsci.com/thread-35398-1-1.html
以下為2023年1月的內容
? 使用Multiwfn展現過剩電子（excess electron）并計算它的回轉半徑
http://www.shanxitv.org/658
? 使CP2K計算的振動模式可以被GaussView觀看的程序：MfakeG
http://www.shanxitv.org/656
? epyc 9554 初測 gaussian 16
http://bbs.keinsci.com/thread-34590-1-1.html
? vasp5.4.4+vaspsol+VTST+environment-modules安裝記錄
http://bbs.keinsci.com/thread-34606-1-1.html
? windows下原生gromacs 2022.4 gpu 版
http://bbs.keinsci.com/thread-34634-1-1.html
? 與Multiwfn聯用生成批量freq計算輸入文件的python腳本
http://bbs.keinsci.com/thread-34657-1-1.html
? cp2k-2023.1的docker-singularity安裝方法
http://bbs.keinsci.com/thread-34676-1-1.html
? Supercell.py：從原胞.cif建模超胞.pdb
http://bbs.keinsci.com/thread-34687-1-1.html
? MMPBSA.py.MPI執行過程中出現could not import mpi4py package解決辦法
http://bbs.keinsci.com/thread-34699-1-1.html
? 將GPU從1060升級到3070后gromacs計算速度的提升對比和分享
http://bbs.keinsci.com/thread-34698-1-1.html
? gaff力場gmx itp文件轉到moltemplate lt文件的小腳本
http://bbs.keinsci.com/thread-34730-1-1.html
? sobeig：計算矩陣本征值和本征矢的便捷小程序
http://www.shanxitv.org/657
以下為2022年12月的內容
? 談談記錄化學體系結構的mol2文件
http://www.shanxitv.org/655
? 使用了Multiwfn發表的第10001~11000篇文章打包下載
http://www.shanxitv.org/654
? Linux下利用PyTorch對回歸與分類任務進行深度學習的腳本
http://bbs.keinsci.com/thread-34291-1-1.html
? Hartree-Fock for He Atom
http://bbs.keinsci.com/thread-34132-1-1.html
? KTTK：用于給Gaussian組裝片段組合波函數的Python程序
http://bbs.keinsci.com/thread-34158-1-1.html
? ORCA Input Library_20221216
http://bbs.keinsci.com/thread-34298-1-1.html
? 推薦一套適用于VASP的GPU配置
http://bbs.keinsci.com/thread-34411-1-1.html
? 讓 openMolcas 輸出真正的 Hessian 矩陣
http://bbs.keinsci.com/thread-34456-1-1.html
? ORCA5.0.3利用G16解析Hessian進行ESD計算
http://bbs.keinsci.com/thread-34471-1-1.html
以下為2022年11月的內容
? 一篇存在大量計算問題的Angew期刊上的文章的comment
http://bbs.keinsci.com/thread-33803-1-1.html
? Ubuntu 20.04 安裝 Orca 5.03
http://bbs.keinsci.com/thread-33380-1-1.html
? 2022雙十一MD工作站配置推薦
http://bbs.keinsci.com/thread-33373-1-1.html
? 給老爺機離線安裝CP2K-2022.2的筆記
http://bbs.keinsci.com/thread-33603-1-1.html
? 搭建在線量子化學平臺 CalcUS
http://bbs.keinsci.com/thread-33486-1-1.html
? 關于G16中G4方法bug的一個解決辦法
http://bbs.keinsci.com/thread-33631-1-1.html
? 在WSL下的Ubuntu 22.04中安裝VASP 6.3.2與CP2K v2022.2
http://bbs.keinsci.com/thread-33640-1-1.html
? 基于singularity的可以移植的gromacs-cp2k聯用版本
http://bbs.keinsci.com/thread-33642-1-1.html
? 使用瀏覽器玩轉并行計算集群 | HPC via Web
http://bbs.keinsci.com/thread-33708-1-1.html
? Gaussian-MOKIT-Molpro 聯用方案 gmm.py
http://bbs.keinsci.com/thread-33837-1-1.html
? Windows下的gromacs2021.6的GPU版本與gromacs2022的CPU版本
http://bbs.keinsci.com/thread-33986-1-1.html
以下為2022年10月的內容
? 淘寶上購買的雙路EPYC 7R32 96核服務器的使用感受和雜談
http://www.shanxitv.org/653
? 介紹兩個優雅地調用Multiwfn的方法（Linux）
http://bbs.keinsci.com/thread-33161-1-1.html
? 性能翻倍？RTX4090科學計算之經典MD模擬全面測試
http://bbs.keinsci.com/thread-33296-1-1.html
? 簡單神經網絡教程
http://bbs.keinsci.com/thread-32606-1-1.html
? 神經網絡和結構優化的一點經驗
http://bbs.keinsci.com/thread-33107-1-1.html
? Ubuntu20.04 安裝單機slurm教程
http://bbs.keinsci.com/thread-32750-1-1.html
? 氫原子軌道/雜化軌道Viewer，本科教學專用
http://bbs.keinsci.com/thread-32813-1-1.html
? Ubuntu20.04 安裝 GAMESS
http://bbs.keinsci.com/thread-32901-1-1.html
? 在wsl子系統ubuntu18下安裝vasp
http://bbs.keinsci.com/thread-32888-1-1.html
? 自動生成用于計算方法測評的GJF文件的Python腳本
http://bbs.keinsci.com/thread-33289-1-1.html
以下為2022年9月的內容
? 在VMD中使用GaussView的元素著色的方法
http://www.shanxitv.org/652
? 批量輸出ESP分析信息的腳本
http://bbs.keinsci.com/thread-31996-1-1.html
? 使用python一鍵繪制 (DCCM) Dynamical Cross-Correlation Matrix
http://bbs.keinsci.com/thread-31853-1-1.html
? AMD77532+Fedora34 編譯Castep_19.11
http://bbs.keinsci.com/thread-31860-1-1.html
? 較好雙路服務器的硬件采購與組裝細節分享
http://bbs.keinsci.com/thread-31876-1-1.html
? 分享 NetworkView插件結合Cytoscape畫蛋白質內部相互作用的二維網絡圖
http://bbs.keinsci.com/thread-31880-1-1.html
? molcas (含NEVPT2）intel編譯器安裝踏坑記
http://bbs.keinsci.com/thread-31999-1-1.html
? 吐槽一下學校神坑的供應商+普通雙路服務器組裝分享
http://bbs.keinsci.com/thread-31824-1-1.html
以下為2022年8月的內容
? 詳談使用CP2K產生給Multiwfn用的molden格式的波函數文件
http://www.shanxitv.org/651
? 使用QEtoolkit便利地創建QE的各種輸入文件
http://bbs.keinsci.com/thread-31439-1-1.html
? 基于python生成蛋白質-配體簇模型剛性掃描的gaussian輸入文件
http://bbs.keinsci.com/thread-31476-1-1.html
? cp2k離線api文檔制作(結合Dash或Zeal使用)
http://bbs.keinsci.com/thread-31511-1-1.html
? 一步一步擼ParaGauss
http://bbs.keinsci.com/thread-31526-1-1.html
? 分享在未安裝gaussian情況下打開gview不彈出'gaussian is not install'窗口
http://bbs.keinsci.com/thread-31534-1-1.html
? CPfakeG
http://bbs.keinsci.com/thread-31536-1-1.html
? GFN-XTB、四種3c方法的諧振頻率和ZPE校正因子
http://bbs.keinsci.com/thread-31546-1-1.html
? 軟件推薦：線程平衡軟件Process Lasso
http://bbs.keinsci.com/thread-31593-1-1.html
? 上古fortran代碼中，用data給數組賦值的坑
http://bbs.keinsci.com/thread-31721-1-1.html
以下為2022年7月的內容
? 使用Multiwfn計算特定方向的UV-Vis吸收光譜
http://www.shanxitv.org/648
? 使用了Multiwfn發表的第9001~10000篇文章打包下載
http://www.shanxitv.org/649
? 使用Multiwfn對靜電勢和范德華勢做拓撲分析精確得到極小點位置和數值
http://www.shanxitv.org/645
? 適合理論、計算化學投稿的期刊及其2021年影響因子（2022年公布）
http://www.shanxitv.org/646
? 關于def2-TZVPPD基組搭配不同的輔助基組的簡單測評
http://bbs.keinsci.com/thread-31252-1-1.html
? 服務器寄放數據中心簡介與注意事項
http://bbs.keinsci.com/thread-30747-1-1.html
? 在Windows下使用gau_orca接口的簡單方法
http://bbs.keinsci.com/thread-30728-1-1.html
? Linux下利用SHAP對機器學習模型進行合理解釋
http://bbs.keinsci.com/thread-30780-1-1.html
? VMD繪制前線軌道圖與Gaussian繪制前線軌道圖哪個更好看？
http://bbs.keinsci.com/thread-30796-1-1.html
? Jahn-Teller效應讀書筆記
http://bbs.keinsci.com/thread-30839-1-1.html
? 一個用DLPNO-CCSD(T)優化18碳環的結構的思路
http://bbs.keinsci.com/thread-30942-1-1.html
? CP2K-singularity鏡像分享
http://bbs.keinsci.com/thread-30907-1-1.html
? 基于背景電荷計算晶體環境下分子的快捷腳本
http://bbs.keinsci.com/thread-30992-1-1.html
? 自己的小型服務器遠程登錄與文件傳輸
http://bbs.keinsci.com/thread-31056-1-1.html
以下為2022年6月的內容
? 使用Multiwfn計算分子和晶體中孔洞的直徑
http://www.shanxitv.org/643
? 分享最近給某超算平臺GPU節點做的Benchmark
http://bbs.keinsci.com/thread-30061-1-1.html
? Sobtop批量生成使用RESP電荷的GAFF/AMBER拓撲文件
http://bbs.keinsci.com/thread-30149-1-1.html
? 基于命令行的蛋白結構建模和蛋白設計程序(Unidesign)
http://bbs.keinsci.com/thread-30152-1-1.html
? 生成任意序列的封端短肽pdb的腳本CappedPeptideBuilder.py
http://bbs.keinsci.com/thread-30278-1-1.html
? 使用NEWUOA局部極小化算法對基組的指數進行優化
http://bbs.keinsci.com/thread-30273-1-1.html
? Linux下Scikit-learn機器學習實例腳本
http://bbs.keinsci.com/thread-30547-1-1.html
? ubuntu22.04安裝openpbs的小心得
http://bbs.keinsci.com/thread-30694-1-1.html
以下為2022年5月的內容
? 談談怎么計算“原子的靜電勢”
http://www.shanxitv.org/641
? ORCA并行效率小測試
http://bbs.keinsci.com/thread-29384-1-1.html
? 基于 docker 為 wsl 安裝 centos7
http://bbs.keinsci.com/thread-29302-1-1.html
? 梯度的基組外推以及在結構優化中的實現
http://bbs.keinsci.com/thread-29330-1-1.html
? Multiwfn 3.8(dev) on macOS
http://bbs.keinsci.com/thread-29399-1-1.html
? 在MacOS上使用心心念念的Multiwfn最新版
http://bbs.keinsci.com/thread-29550-1-1.html
? 分享Stuttgart贗勢官網上的所有SDD贗勢和配套基組
http://bbs.keinsci.com/thread-29476-1-1.html
? 簡易安裝standalone版XMVB
http://bbs.keinsci.com/thread-29567-1-1.html
? 使用MolAICal和PF-ADMET進行藥物ADMET的預測
http://bbs.keinsci.com/thread-29619-1-1.html
? 基于官方docker的CP2K v10.0安裝演示
http://bbs.keinsci.com/thread-29719-1-1.html
? 談談RDF
http://bbs.keinsci.com/thread-29715-1-1.html
? 自寫python腳本實現熱力學校正量的計算
http://bbs.keinsci.com/thread-29847-1-1.html
? 利用ABCluster和Multiwfn自動生成有機分子拓撲文件用于全局優化
http://bbs.keinsci.com/thread-29458-1-1.html
? 經驗交流：GPU加速的量化程序QUICK
http://bbs.keinsci.com/thread-29851-1-1.html
以下為2022年4月的內容
? 深入揭示18碳環的重要衍生物C18-(CO)n的電子結構和光學特性
http://www.shanxitv.org/640
? 基于原子電荷極快速繪制超大體系的分子表面靜電勢圖
http://www.shanxitv.org/639
? 基于Gaussian FCHT計算分解重組能和計算Huang-Rhys因子的Python小腳本
http://bbs.keinsci.com/thread-28708-1-1.html
? QE的一個小輔助工具包QEtoolkit
http://bbs.keinsci.com/thread-28755-1-1.html
? CP2K結構優化監控小腳本
http://bbs.keinsci.com/thread-28800-1-1.html
? Conda環境下編譯CP2K
http://bbs.keinsci.com/thread-29123-1-1.html
? 使用CMD批處理對IRI/RDG/AIM的輸出文件進行批量計算
http://bbs.keinsci.com/thread-29104-1-1.html
? ORCA的FIC-MRCC使用體驗
http://bbs.keinsci.com/thread-29165-1-1.html
? 雙雜化泛函IOp小助手
http://bbs.keinsci.com/thread-29232-1-1.html
? Docker方案, CP2K 全自動安裝
http://bbs.keinsci.com/thread-29233-1-1.html
? cp2k全家桶 一鍵安裝 不挑系統
http://bbs.keinsci.com/thread-29216-1-1.html
? 0基礎slurm安裝
http://bbs.keinsci.com/thread-29223-1-1.html
? 使用mrcc進行CC2/ADC(2)/雙雜化TD-DFT級別的激發態計算
http://bbs.keinsci.com/thread-29156-1-1.html
? 總價不到4700的廉價32核64線程128G內存半新服務器，比組里的還快
http://bbs.keinsci.com/thread-29284-1-1.html
以下為2022年3月的內容
? 使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直觀地展現化學體系中的相互作用
http://www.shanxitv.org/621
? 使用CP2K結合Multiwfn繪制密度差圖、平面平均密度差曲線和電荷位移曲線
http://www.shanxitv.org/638
? ORCA結合Multiwfn計算RESP、RESP2和1.2*CM5原子電荷的懶人腳本
http://www.shanxitv.org/637
? 在VMD中繪制CP2K計算產生的振動矢量的方法
http://bbs.keinsci.com/thread-28305-1-1.html
? 快速將RESP電荷從.chg文件遷移至.mol2文件
http://bbs.keinsci.com/thread-28083-1-1.html
? CP2K幾何優化的監控/診斷小腳本-cp2kmonitor
http://bbs.keinsci.com/thread-28109-1-1.html
? 結合gentor利用schrodinger python api進行快速二維二面角掃描
http://bbs.keinsci.com/thread-28120-1-1.html
? 8375c裝機記錄
http://bbs.keinsci.com/thread-28125-1-1.html
? Blender + Python:用少量有效數據繪制勢能面示意圖的方法
http://bbs.keinsci.com/thread-28162-1-1.html
? 如何在 M1 chip 的 macOS 上優雅的使用 Gaussian 09 與 GaussView 6
http://bbs.keinsci.com/thread-28196-1-1.html
? 恒電勢JDFTx在Centos7虛擬機上的安裝經驗
http://bbs.keinsci.com/thread-28480-1-1.html
? 使用adcc和pyscf計算ADC級別的單三線態能級(for MR-TADF)
http://bbs.keinsci.com/thread-28370-1-1.html
? g16在8375C和7T83的表現小測評
http://bbs.keinsci.com/thread-28607-1-1.html
? 計算化學鍵強度的利器 LModeA-nano 正式版發布
http://bbs.keinsci.com/thread-28658-1-1.html
以下為2022年2月的內容
? 使用CP2K結合Multiwfn對周期性體系模擬UV-Vis光譜和分析電子激發態
http://www.shanxitv.org/634
? 使用了Multiwfn發表的第8001~9000篇文章打包下載
http://www.shanxitv.org/636
? 使用Sobtop超級方便地創建二茂鐵的GROMACS的拓撲文件
http://www.shanxitv.org/635
? 加速SCF收斂可以嘗試的一些手段
http://bbs.keinsci.com/thread-27630-1-1.html
? CentOS7系統編譯CP2K 9.1分享（GCC+Intel MKL+Intel MPI）
http://bbs.keinsci.com/thread-27675-1-1.html
? QE中批量固定原子的小腳本QEfix.sh
http://bbs.keinsci.com/thread-27688-1-1.html
? 利用VMD進行軌跡分析的TCL腳本
http://bbs.keinsci.com/thread-27667-1-1.html
? 費米軟度的計算方法
http://bbs.keinsci.com/thread-27795-1-1.html
? xeon 8375C ES雙路使用感受
http://bbs.keinsci.com/thread-27842-1-1.html
以下為2022年1月的內容
? 談談分子動力學模擬蛋白-配體復合物過程中配體發生脫離的原因
http://www.shanxitv.org/632
? 理論設計由18碳環與鋰原子構成的電場可控的光學開關
http://www.shanxitv.org/630
? 分享多幀bmp轉gif動畫和bmp轉png的Python腳本
http://bbs.keinsci.com/thread-27212-1-1.html
? Gaussian TDDFT激發態絕熱/熱透態能量追蹤腳本
http://bbs.keinsci.com/thread-27273-1-1.html
? 基于XYZ坐標的簡易在線分子結構查看工具
http://bbs.keinsci.com/thread-27301-1-1.html
? orca-oniom-accelerator：加速QM/XTB計算的腳本
http://bbs.keinsci.com/thread-27352-1-1.html
? 計算RESP原子電荷的超級懶人腳本（基于schrodinger的Jaguar模塊和Multiwfn程序）
http://bbs.keinsci.com/thread-27361-1-1.html
? KST48：更強大的MECP程序
http://bbs.keinsci.com/thread-27360-1-1.html
? WSL2下gpu版lammps編譯詳細版
http://bbs.keinsci.com/thread-27603-1-1.html
? 一個擬合雙原子分子光譜常數的小工具
http://bbs.keinsci.com/thread-27619-1-1.html
以下為2021年12月的內容
? 使用Multiwfn繪制電荷轉移光譜(CTS)直觀分析電子光譜內在特征
http://www.shanxitv.org/628
? 談談怎么判斷分子動力學模擬是否達到了平衡
http://www.shanxitv.org/627
? 談談質子轉移、氫原子轉移、氫負離子轉移的關系
http://www.shanxitv.org/626
? 計算化學購機配置推薦（進行了大幅更新）
http://www.shanxitv.org/444
? 調用Multiwfn交互式resp電荷產生小工具：fitRESP.sh
http://bbs.keinsci.com/thread-26701-1-1.html
? 一鍵計算Boltzmann分布的腳本Boltzmann.sh
http://bbs.keinsci.com/thread-26760-1-1.html
? QE GPU版本使用
http://bbs.keinsci.com/thread-26775-1-1.html
? CP2K-8.2 的全intel編譯器編譯
http://bbs.keinsci.com/thread-26891-1-1.html
? 通過VcXsrv+xfce4實現在Windows窗口下操作Ubuntu-WSL2中的VMD
http://bbs.keinsci.com/thread-26976-1-1.html
? 量子化學軟件BAGEL的安裝
http://bbs.keinsci.com/thread-27002-1-1.html
? Gaussian、BAGEL聯用做CASPT2幾何優化的腳本
http://bbs.keinsci.com/thread-27086-1-1.html
? 南叔裝機小記：11400+3060的窮人MD配置，兩臺
http://bbs.keinsci.com/thread-27030-1-1.html
? 分享一個移除舊版Intel OneAPI的腳本
http://bbs.keinsci.com/thread-27100-1-1.html
? WSL2試圖使用wslg打開軟件時顯示錯誤 Can't open display: :0的解決方法，以VMD為例
http://bbs.keinsci.com/thread-27112-1-1.html
以下為2021年11月的內容
? 重要的新的圖形化研究弱相互作用方法IGMH的介紹文章已經在ChemRxiv上發布！
http://bbs.keinsci.com/thread-26613-1-1.html
? 在VMD程序里對不同元素的原子用不同顏色顯示的方法
http://www.shanxitv.org/624
? 令Gaussian 16中SCF未收斂到默認收斂限也能繼續做后續計算的方法
http://www.shanxitv.org/625
? Basis Set Exchange輔助工具Abse
http://bbs.keinsci.com/thread-26263-1-1.html
? 使用MolAICal和Pafnucy模型對藥物親和力進行預測
http://bbs.keinsci.com/thread-26132-1-1.html
? 2021雙十一MD工作站配置推薦
http://bbs.keinsci.com/thread-26283-1-1.html
? 12900KF 跑G16 Test0397測試
http://bbs.keinsci.com/thread-26463-1-1.html
? 基于amber的MCPB.py構建含金屬離子蛋白的力場參數
http://bbs.keinsci.com/thread-26531-1-1.html
? 監控CP2K dimer方法優化TS能量變化的一個小腳本
http://bbs.keinsci.com/thread-26555-1-1.html
? Quantum Espresso課件、練習文件
http://bbs.keinsci.com/thread-26495-1-1.html
? 【作業貼】南叔裝機小記：雙路2686v4配老版本g09測試
http://bbs.keinsci.com/thread-26642-1-1.html
以下為2021年10月的內容
? 談談第一超極化率(beta)的符號的物理意義
http://www.shanxitv.org/622
? revTPSS泛函結合pcSseg-1基組是計算NMR很好的選擇
http://www.shanxitv.org/623
? 在網上求助計算化學問題的時候必須把問題描述得詳細、具體、準確、清楚
http://www.shanxitv.org/620
? Rosetta中的常見問題匯總（持續更新）
http://bbs.keinsci.com/thread-25708-1-1.html
? 在本地運行RoseTTAFold和AlphaFold2
http://bbs.keinsci.com/thread-25710-1-1.html
? 使用VMware在Centos工作站安裝cp2k嘗試，避免更換工作站系統
http://bbs.keinsci.com/thread-25609-1-1.html
? GROMACS-GPU版在wsl2中Ubuntu18.04中的安裝方法
http://bbs.keinsci.com/thread-25516-1-1.html
? 使用MolAICal 進行分子對接
http://bbs.keinsci.com/thread-25776-1-1.html
? 使用MolAICal和OnionNet模型進行藥物親和力的預測
http://bbs.keinsci.com/thread-25833-1-1.html
? docker-singularity方法安裝可隨意移植的cp2k
http://bbs.keinsci.com/thread-25773-1-1.html
? 關于CP2k-8.2使用OT方法時SCF卡住的解決方法
http://bbs.keinsci.com/thread-25553-1-1.html
以下為2021年9月的內容
? 使用了Multiwfn發表的第7001~8000篇文章打包下載
http://www.shanxitv.org/619
? 使用Multiwfn定量化和圖形化考察分子的平面性（planarity）
http://www.shanxitv.org/618
? Multiwfn使用的高效的靜電勢算法的介紹文章已于PCCP期刊發表！
http://www.shanxitv.org/614
? 18碳環（cyclo[18]carbon）與石墨烯的相互作用：基于簇模型的研究一例
http://www.shanxitv.org/615
? 使用Multiwfn計算晶體結構中自由區域的體積、圖形化展現自由區域
http://www.shanxitv.org/617
? 電子空間范圍<r^2>和電子徑向分布函數的含義以及在Multiwfn中的計算
http://www.shanxitv.org/616
? 簡單的shell腳本監控當前文件夾下高斯輸出文件的狀態
http://bbs.keinsci.com/thread-25169-1-1.html
? 計算分子間電荷轉移積分的懶人腳本transint.sh
http://bbs.keinsci.com/thread-25239-1-1.html
? CP2k中BSSE的使用
http://bbs.keinsci.com/thread-25250-1-1.html
? AMD_5950x上編譯vasp5.4.4在不同環境下的效率對比
http://bbs.keinsci.com/thread-25445-1-1.html
文獻推薦：
? 橫測各種泛函算開殼層過渡金屬反應能的一篇文章
http://bbs.keinsci.com/thread-25433-1-1.html
? 一篇迄今幾乎所有水模型精度的橫測文章（JCIM,2021）
http://bbs.keinsci.com/thread-25479-1-1.html
以下為2021年8月的內容
? 使用Multiwfn通過ETS-NOCV方法深入分析片段間的軌道相互作用
http://www.shanxitv.org/609
? 全面揭示各種尺寸的碳單環體系的獨特的光學性質
http://www.shanxitv.org/608
? 詳談Multiwfn的命令行方式運行和批量運行的方法
http://www.shanxitv.org/612
? 使用Multiwfn計算odd electron density考察激發態單電子分布
http://www.shanxitv.org/583
? Multiwfn中非常實用的幾何操作和坐標變換功能介紹
http://www.shanxitv.org/610
? 顯著改進SMD溶劑模型描述Br和I元素精度的溶劑模型SMD18的介紹
http://www.shanxitv.org/613
? QE 6.8安裝記錄
http://bbs.keinsci.com/thread-24486-1-1.html
? 編譯帶dftd4的vasp.6.2.1
http://bbs.keinsci.com/thread-24545-1-1.html
? ASE中使用DFTD4
http://bbs.keinsci.com/thread-24658-1-1.html
? 雙原子分子光譜常數擬合程序vibrot（純凈版）
http://bbs.keinsci.com/thread-24661-1-1.html
以下為2021年7月的內容
? 通過電子定域化函數(ELF)、價層電子密度分析討論親核進攻的方向
http://www.shanxitv.org/606
? 適合理論、計算化學投稿的期刊及其2020年影響因子（2021年公布）
http://www.shanxitv.org/603
? 談談ORCA 5.0的新特性和改變
http://www.shanxitv.org/604
? 談談與計算化學有關的作圖的圖像清晰問題
http://www.shanxitv.org/607
? 使用gentor和xyz2QC做二面角掃描的超懶腳本
http://bbs.keinsci.com/thread-23931-1-1.html
? 讓ORCA 4的輸入文件能在ORCA 5中使用的批量轉換腳本
http://bbs.keinsci.com/thread-23932-1-1.html
? 一下子把所有out文件中的紫外光譜信息都畫出來的腳本
http://bbs.keinsci.com/thread-23940-1-1.html
? 構建及優化[小大]分子力場參數腳本ztop.py
http://bbs.keinsci.com/thread-22171-1-1.html
? 用ztop構建大分子/聚合物的拓撲文件
http://bbs.keinsci.com/thread-24122-1-1.html
? 使用ztop擬合二面角參數
http://bbs.keinsci.com/thread-24290-1-1.html
以下為2021年6月的內容
? 使用IRI方法圖形化考察化學體系中的化學鍵和弱相互作用
http://www.shanxitv.org/598
? Multiwfn可以計算的分子描述符一覽
http://www.shanxitv.org/601
? 巨幅降低Multiwfn結合VMD繪制分子表面靜電勢圖耗時的一個關鍵技巧
http://www.shanxitv.org/602
? 使用Multiwfn計算分子中的原子極化率
http://www.shanxitv.org/600
? 2021年計算化學公社論壇“你最常用的計算化學程序和DFT泛函”投票結果統計
http://www.shanxitv.org/599
? 使用CP2K進行過渡態計算經驗[dimer篇]
http://bbs.keinsci.com/thread-23516-1-1.html
? Gaussian可識別的GAFF和GAFF2力場文件
http://bbs.keinsci.com/thread-23574-1-1.html
? 一個低成本實現動態IP映射到固定域名(DDNS)的穩定python腳本
http://bbs.keinsci.com/thread-23592-1-1.html
? 量子統計力學與動力學4：基于軌線的量子動力學1-半經典初值表示
http://bbs.keinsci.com/thread-23618-1-1.html
? 一個與編譯器機制有關的bug：NaN，fast-math
http://bbs.keinsci.com/thread-23645-1-1.html
以下為2021年5月的內容
? 對Gaussian計算的IRC軌跡上每個點用PSI4做SAPT分析的輔助工具
http://www.shanxitv.org/595
? 利用Gaussian或ORCA程序把分子結構拉直的幾種方法
http://www.shanxitv.org/594
? 要善用簇模型，不要盲目用ONIOM算蛋白質-小分子相互作用問題
http://www.shanxitv.org/597
? Gaussian二維掃描輸出文件的后處理腳本
http://bbs.keinsci.com/thread-22884-1-1.html
? 使用UniMoVib+PyVibMS顯示其他量化程序振動分析結果
http://bbs.keinsci.com/thread-22975-1-1.html
? Growing String Method (GSM) - pyGSM 安裝、簡介與範例
http://bbs.keinsci.com/thread-22989-1-1.html
? 基于gnu編譯器和cmake編譯原生Windows版xtb
http://bbs.keinsci.com/thread-23002-1-1.html
? 簡單聊聊如何用C語言給VMD的Tcl shell編寫函數
http://bbs.keinsci.com/thread-23019-1-1.html
? 在CentOS 8下安裝QtGrace的方法
http://bbs.keinsci.com/thread-23036-1-1.html
? Lammps在intel編譯器下編譯安裝
http://bbs.keinsci.com/thread-23051-1-1.html
? 給Multiwfn添加了一個輸出所有內坐標的功能
http://bbs.keinsci.com/thread-23029-1-1.html
? CPMD的編譯安裝
http://bbs.keinsci.com/thread-23074-1-1.html
? 量子統計力學與動力學3：量子力學的相空間表象
http://bbs.keinsci.com/thread-23110-1-1.html
? 原生Windows平臺vmd1.9.3 x64版本
http://bbs.keinsci.com/thread-23119-1-1.html
? 在centos 7.6下編譯amber18 & AmberTools18 openmpi 1.8.8并行版全紀錄
http://bbs.keinsci.com/thread-23143-1-1.html
? 使用UniMoVib進行GSVA廣義子系統振動分析
http://bbs.keinsci.com/thread-23222-1-1.html
? 使用ElaStic和Quantum Espresso計算彈性常數與模量
http://bbs.keinsci.com/thread-23319-1-1.html
? 調用Multiwfn計算分子間電荷轉移積分的程序[測試版]
http://bbs.keinsci.com/thread-23418-1-1.html
以下為2021年4月的內容
? 使用了Multiwfn發表的第6001~7000篇文章打包下載
http://www.shanxitv.org/592
? 比SMD算溶解自由能更好的溶劑模型uESE的使用
http://www.shanxitv.org/593
? vasp結構優化力和能量收斂可視化腳本
http://bbs.keinsci.com/thread-22334-1-1.html
? Gaussian對G4輸出的bug的一種解決辦法
http://bbs.keinsci.com/thread-22425-1-1.html
? pbsacct: 統計PBS排隊系統中各用戶使用情況
http://bbs.keinsci.com/thread-22590-1-1.html
? SBKJC的贗勢及標配基組定義（源于GAMESS）
http://bbs.keinsci.com/thread-22649-1-1.html
? 批量得到多環的NICS
http://bbs.keinsci.com/thread-22624-1-1.html
? 使用自旋極化單重態波函數作為NEB的初猜
http://bbs.keinsci.com/thread-22704-1-1.html
? 記錄一個集群的搭建過程
http://bbs.keinsci.com/thread-22808-1-1.html
? 使用PyVibMS可視化分子和固體中的振動模式
http://bbs.keinsci.com/thread-22835-1-1.html
以下為2021年3月的內容
? 使用Multiwfn做aNCI分析圖形化考察動態過程中的蛋白-配體間的相互作用
http://www.shanxitv.org/591
? 計算分子動力學軌跡中兩個環平面間的距離和夾角
http://www.shanxitv.org/590
? 我對一篇存在大量錯誤的J.Mol.Model.期刊上的18碳環研究文章的comment
http://www.shanxitv.org/584
? 談談范德華勢以及在Multiwfn中的計算、分析和繪制（第7節新加入了對周期性多孔體系MOF的范德華勢的繪制例子）
http://www.shanxitv.org/551
? 使用Shermo程序計算各種熱力學數據的基本操作演示（視頻）
https://www.bilibili.com/video/BV1EN411X7b3/
? Gromacs與cp2k聯動使用plumed做QM/MM增強采樣
http://bbs.keinsci.com/thread-21783-1-1.html
? 量子統計力學與動力學2：虛時間路徑積分分子動力學
http://bbs.keinsci.com/thread-21859-1-1.html
? windows下materials studio批處理計算
http://bbs.keinsci.com/thread-21884-1-1.html
? Fortran書中關于復數的坑
http://bbs.keinsci.com/thread-21882-1-1.html
? 離線版REMD溫度生成工具
http://bbs.keinsci.com/thread-21948-1-1.html
? 關于計算材料學的就業問題
http://bbs.keinsci.com/thread-22041-1-1.html
? 一個自動輸出HOMO-LUMO分子軌道以及附近軌道的腳本
http://bbs.keinsci.com/thread-22067-1-1.html
? CentOS下GPU加速版QE的編譯安裝
http://bbs.keinsci.com/thread-22198-1-1.html
? linux安裝lammps(intel_mpi)配合deepmd
http://bbs.keinsci.com/thread-22195-1-1.html
?《統計力學：理論化學用書》勘誤表
http://bbs.keinsci.com/thread-22228-1-1.html
下為2021年2月的內容
? 使用Multiwfn繪制分子和固體表面的距離投影圖
http://www.shanxitv.org/589
? 使用Multiwfn結合CP2K通過NCI和IGM方法圖形化考察固體和表面的弱相互作用
http://www.shanxitv.org/588
? 使用Multiwfn非常便利地創建CP2K程序的輸入文件
http://www.shanxitv.org/587
? CP2K第一性原理程序在CentOS中的簡易安裝方法
http://www.shanxitv.org/586
? 分享關于xTB效率和內存占用的小測試
http://bbs.keinsci.com/thread-21517-1-1.html
? 量子統計力學與動力學1：路徑積分簡介
http://bbs.keinsci.com/thread-21533-1-1.html
? 使用QE計算ELF和DORI
http://bbs.keinsci.com/thread-21546-1-1.html
? 某機構講Gaussian的直播，不能直視
http://bbs.keinsci.com/thread-21551-1-1.html
下為2021年1月的內容
? 計算適用于OPLS-AA力場做模擬的1.2*CM5原子電荷的懶人腳本
http://www.shanxitv.org/585
? 用Multiwfn計算過渡金屬的d-band center（d帶中心）
http://www.shanxitv.org/582
? 使用Gaussian做鑭系金屬配合物的量子化學計算
http://www.shanxitv.org/581
? 高斯臨時文件清理腳本
http://bbs.keinsci.com/thread-21176-1-1.html
? ORCA幾何優化的監控/診斷小腳本-orcamonitor
http://bbs.keinsci.com/thread-21335-1-1.html
? 監督高斯結構優化進度的腳本
http://bbs.keinsci.com/thread-21118-1-1.html
? Ubuntu系統及MD軟件安裝流程
http://bbs.keinsci.com/thread-21288-1-1.html
? ORCA中重收縮def2系列Gaussian格式的基組文件(H-Kr)
http://bbs.keinsci.com/thread-21352-1-1.html
? 固體和表面的非共價相互作用分析
http://bbs.keinsci.com/thread-21376-1-1.html
? slurm系統方便查看用戶作業名字、路徑、賬號的一個wrapper
http://bbs.keinsci.com/thread-21401-1-1.html
文獻推薦：
? 一篇通過X光衍射較準確地測定氫原子位置的文章
http://bbs.keinsci.com/thread-21157-1-1.html
下為2020年12月的內容
? 揭示各種新奇的碳環體系的振動特征
http://www.shanxitv.org/578
? 基于背景電荷計算分子在晶體環境中的吸收光譜
http://www.shanxitv.org/579
? 使用ORCA做從頭算動力學(AIMD)的簡單例子
http://www.shanxitv.org/576
? 簡談量子化學計算中DFT泛函的選擇（內容做了大幅修改和擴充）
http://www.shanxitv.org/272
? Task Timer for Gaussian16/ORCA jobs
http://bbs.keinsci.com/thread-20667-1-1.html
? 硬件知識小科普-聊聊skylake和他的小伙伴們
http://bbs.keinsci.com/thread-20886-1-1.html
? CentOS下安裝PBS+maui教程
http://bbs.keinsci.com/thread-20943-1-1.html
? 提取orca計算文件中SOC數據的python腳本
http://bbs.keinsci.com/thread-21005-1-1.html
? 寫了一個class I 力場的data文件轉itp文件的腳本
http://bbs.keinsci.com/thread-21007-1-1.html
? obgmx離線程序及其安裝使用簡介
http://bbs.keinsci.com/thread-21015-1-1.html
? Molpro可視化方案：mpout2gauout.sh腳本
http://bbs.keinsci.com/thread-21052-1-1.html
? 關于分子有假虛頻時的熱力學校正問題
http://bbs.keinsci.com/thread-20731-1-1.html
下為2020年11月的內容
? 談談不同量子化學程序計算結果的差異問題
http://www.shanxitv.org/573
? A Python script for Multiwfn updates
http://bbs.keinsci.com/thread-20115-1-1.html
? 自動生成Gaussian輸入文件的工具GJFenerator
http://bbs.keinsci.com/thread-20135-1-1.html
? （QE-Gaussian）文件類型轉換腳本：pwin2gjf、pwout2gjf、gjf2pwin
http://bbs.keinsci.com/thread-20166-1-1.html
? 發表開源程序的不錯期刊：Journal of Open Source Software (JOSS)
http://bbs.keinsci.com/thread-20156-1-1.html
? 那些工作站、服務器購買的事兒
http://bbs.keinsci.com/thread-20241-1-1.html
? SHM: Shermo Manager
http://bbs.keinsci.com/thread-20243-1-1.html
? xtb-python獨立版編譯指南及在ASE中調用實例
http://bbs.keinsci.com/thread-20435-1-1.html
? 可視化的最低能量路徑繪制程序MEPplot測試版本發布
http://bbs.keinsci.com/thread-20528-1-1.html
? JCIM發了一篇反對現在算法研究不公開代碼的風氣的文章
http://bbs.keinsci.com/thread-20290-1-1.html
? 一篇從能量角度衡量幾何優化誤差的文章
http://bbs.keinsci.com/thread-20418-1-1.html
下為2020年10月的內容
? 全面探究18碳環獨特的分子間相互作用與pi-pi堆積特征
http://www.shanxitv.org/572
? 使用Multiwfn繪制NMR譜
http://www.shanxitv.org/565
? 使用了Multiwfn發表的第5001~6000篇文章打包下載
http://www.shanxitv.org/574
? 將Confab或Frog2與Molclus聯用對有機體系做構象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-20063-1-1.html
? Multiwfn快樂更新小助手
http://bbs.keinsci.com/thread-20052-1-1.html
? mum: Multiwfn update manager
http://bbs.keinsci.com/thread-20070-1-1.html
? Updater for both Linux and Windows version of Multiwfn
http://bbs.keinsci.com/thread-20109-1-1.html
? 運算速度測試腳本xbench 1.0 以及一些g09/g16的測試
http://bbs.keinsci.com/thread-19215-1-1.html
? NUMA策略對Gaussian運算速度影響的小研究
http://bbs.keinsci.com/thread-19773-1-1.html
? 修改PySOC使其支持g16的方法（及腳本）
http://bbs.keinsci.com/thread-19813-1-1.html
? Rocks Cluster 7.0 Manzanita (CentOS 7.4)前端節點安裝——神坑及處理全紀錄
http://bbs.keinsci.com/thread-19823-1-1.html
? 編譯Gromacs-Colvars進行自由能計算
http://bbs.keinsci.com/thread-19967-1-1.html
? 分享從OUTCAR查看原子受力的小腳本
http://bbs.keinsci.com/thread-19985-1-1.html
? GROMACS產生的xpm快速繪制美觀的圖
http://bbs.keinsci.com/thread-20056-1-1.html
下為2020年9月的內容
? 一篇文章深入揭示外電場對18碳環的超強調控作用
http://www.shanxitv.org/570
? 談談Gaussian產生downhill路徑的功能
http://www.shanxitv.org/571
? 實驗測定分子結構的方法以及將實驗結構用于量子化學計算需要注意的問題
http://www.shanxitv.org/569
? 在VMD中顯示Gaussian計算的原子受力
http://www.shanxitv.org/568
? 在VMD中繪制Gaussian計算的分子振動矢量的方法
http://www.shanxitv.org/567
? 使用Multiwfn繪制NMR譜
http://www.shanxitv.org/565
? G16 在 AMD 3990X 和 Intel 8175M 上的表現對比小測試
http://bbs.keinsci.com/thread-19256-1-1.html
? Windows版本vmd1.9.4 cuda x64測試版
http://bbs.keinsci.com/thread-19148-1-1.html
? 批量提取柔性掃描的能量及結構
http://bbs.keinsci.com/thread-19493-1-1.html
? 外行人別輕易找量子化學代算
http://bbs.keinsci.com/thread-19519-1-1.html
? centos 7/8 升級kernel，以及升級之后重裝Nvidia驅動和cuda 11
http://bbs.keinsci.com/thread-19559-1-1.html
? 我用的集群以及經驗分享
http://bbs.keinsci.com/thread-19636-1-1.html
文獻推薦
? 證明B3LYP-D3(BJ)非常適合優化弱相互作用體系的一篇文章
http://bbs.keinsci.com/thread-19495-1-1.html
下為2020年8月的內容
? Multiwfn 3.7正式版隆重發布！
http://www.shanxitv.org/566
? 調用Multiwfn批量產生cube的腳本MCubeGen 1.0
http://bbs.keinsci.com/thread-18745-1-1.html
? 給sob老師的gau_orca添加額外的功能
http://bbs.keinsci.com/thread-18782-1-1.html
? 使用G16的external調用G16（無限套娃）
http://bbs.keinsci.com/thread-18901-1-1.html
? 使Gaussian在幾何優化時包含Grimme's gCP
http://bbs.keinsci.com/thread-18940-1-1.html
? 完整版的Szabo Modern Quantum Chemistry習題解答
http://bbs.keinsci.com/thread-18981-1-1.html
? Gaussian-ORCA-xTB聯用進行ONIOM計算
http://bbs.keinsci.com/thread-19003-1-1.html
? Gaussian做二聚體的剛性掃描輔助程序
http://bbs.keinsci.com/thread-18902-1-1.html
? 使用MolAICal的深度學習模型和經典算法程序進行GCGR的從頭藥物設計
http://bbs.keinsci.com/thread-18873-1-1.html
? 使用MolAICal計算納米管和蛋白質半徑的教程
http://bbs.keinsci.com/thread-18872-1-1.html
? 使用MolAICal計算分子合成可行性預測、類藥五原則和PAINS的教程
http://bbs.keinsci.com/thread-18904-1-1.html
? 使用PyInstaller打包深度學習模型“AIGenMols”的例子
http://bbs.keinsci.com/thread-18898-1-1.html
? 使用MolAICal進行藥物的QSAR計算
http://bbs.keinsci.com/thread-18896-1-1.html
? 使用MolAICal計算配體和受體結合能力的vinardo打分函數
http://bbs.keinsci.com/thread-18916-1-1.html
? 使用MolAICal進行配體相似性比較或搜索的操作教程
http://bbs.keinsci.com/thread-18917-1-1.html
? 計算小分子誘導蛋白構象變化的Potential of Mean Force（PMF）
http://bbs.keinsci.com/thread-18914-1-1.html
下為2020年7月的內容
? XCrySDen在CentOS上的傻瓜式安裝方法
http://www.shanxitv.org/564
? Quantum ESPRESSO在Linux中的安裝方法
http://www.shanxitv.org/562
? 適合理論、計算化學投稿的期刊及其2019年影響因子（2020年公布）
http://www.shanxitv.org/560
? Multiwfn的計算靜電勢的內部代碼速度得到了巨幅提升！
http://www.shanxitv.org/563
? PES——基于MATLAB的勢能面可視化程序
http://bbs.keinsci.com/thread-18290-1-1.html
? 使用vmd批量渲染cube文件的tcl腳本vcube 1.1
http://bbs.keinsci.com/thread-18150-1-1.html
? VMD加載xtb優化或動力學軌跡時讀入/保留pdb信息的方法
http://bbs.keinsci.com/thread-18519-1-1.html
? lammps建模方法，即生成data文件
http://bbs.keinsci.com/thread-18520-1-1.html
? 用Multiwfn分析跨橋/跨空間電荷轉移(TB/TSCT)的思路和腳本:tstb
http://bbs.keinsci.com/thread-18597-1-1.html
? 分享課程論文：量子計算機上的量子化學
http://bbs.keinsci.com/thread-18661-1-1.html
下為2020年6月的內容
? 使用Multiwfn計算分子片段的偶極矩和復合物中單體的偶極矩
http://www.shanxitv.org/558
? 談談量子化學研究中什么時候用B3LYP泛函優化幾何結構是適當的
http://www.shanxitv.org/557
? 談談量子化學研究中什么樣的benchmark才有意義
http://www.shanxitv.org/554
? 通過設置CPU內核綁定降低ORCA同時做多任務的耗時
http://www.shanxitv.org/553
? 使用MULE在勢能面/自由能面上尋找最低反應路徑
http://bbs.keinsci.com/thread-17796-1-1.html
? 離線版本的Gaussian IOps Reference
http://bbs.keinsci.com/thread-17394-1-1.html
? 請教一下Multiwfn對藥物分子設計有哪些幫助
http://bbs.keinsci.com/thread-18008-1-1.html
? xtb的windows版（Cygwin下編譯的）
http://bbs.keinsci.com/thread-18116-1-1.html
下為2020年5月的內容
? 使用Shermo結合量子化學程序方便地計算分子的各種熱力學數據
http://www.shanxitv.org/552
? 談談范德華勢以及在Multiwfn中的計算、分析和繪制
http://www.shanxitv.org/551
? 北京科音近日發表了范德華勢分析的專題論文
http://bbs.keinsci.com/thread-17274-1-1.html
? 在Gaussian中自定義范圍分離泛函的方法
http://www.shanxitv.org/550
? NWChem的編譯方法（新加入了7.0版的編譯方法介紹）
http://www.shanxitv.org/270
? 提取xyz文件中片段坐標的py腳本
http://bbs.keinsci.com/thread-17306-1-1.html
? 繪制范德華勢論文中動力學模擬過程中原子位置疊加圖的做法介紹
http://bbs.keinsci.com/thread-17446-1-1.html
? 廉價雙路服務器XEON E5-2678 v3購買及裝機經歷分享
http://bbs.keinsci.com/thread-17478-1-1.html
? QE計算自旋極化和DFT+U體系時scf收斂經驗
http://bbs.keinsci.com/thread-17526-1-1.html
? 統一解答關于2066/3647平臺正式版/es/qs cpu穩定性的疑問
http://bbs.keinsci.com/thread-17558-1-1.html
? 關于Quantum ESPRESSO 6.5的GPU加速
http://bbs.keinsci.com/thread-17661-1-1.html
文獻推薦：
? GFN-FF力場文章出來了
http://bbs.keinsci.com/thread-17302-1-1.html
? 北京科音在Carbon期刊上發表了兩篇量子化學研究18碳環體系的文章
http://bbs.keinsci.com/thread-17456-1-1.html
下為2020年4月的內容
? 使用Multiwfn模擬掃描隧道顯微鏡(STM)圖像
http://www.shanxitv.org/549
? 使用Multiwfn通過單位球面表示法圖形化考察（超）極化率張量
http://www.shanxitv.org/547
? 使用了Multiwfn發表的第4001~5000篇文章打包下載
http://www.shanxitv.org/546
? VMD初始化文件(vmd.rc)我的推薦設置
http://www.shanxitv.org/545
? GauMD2xyz：將Gaussian的從頭算動力學軌跡轉換為xyz軌跡的程序
http://www.shanxitv.org/126
? 用Gaussian 16做二分量贗勢自旋軌道DFT（SODFT）計算
http://bbs.keinsci.com/thread-17030-1-1.html
? 3647平臺高性價比型號近期價格參考
http://bbs.keinsci.com/thread-16861-1-1.html
? Windows和Android版的OpenMolcas
http://bbs.keinsci.com/thread-17085-1-1.html
? 在ASE中使用xtb的py腳本
http://bbs.keinsci.com/thread-17104-1-1.html
? 擬合基頻和ZPE校正因子、讀取不同校正因子熱力學數據的小程序
http://bbs.keinsci.com/thread-17219-1-1.html
? 提取gaussian輸出坐標制作新輸入文件的腳本
http://bbs.keinsci.com/thread-17232-1-1.html
下為2020年3月的內容
? 正確地認識分子的能隙(gap)、HOMO和LUMO
http://www.shanxitv.org/543
? 機器學習實例介紹
http://bbs.keinsci.com/thread-16600-1-1.html
? 使用量子化學程序基于簇模型計算金屬表面吸附問題
http://www.shanxitv.org/540
? 使用鍵級密度(BOD)和自然適應性軌道(NAdO)圖形化研究化學鍵
http://www.shanxitv.org/535
? 使用Multiwfn圖形化展示分子動力學模擬體系中的孔洞、自由區域
http://www.shanxitv.org/539
? 在ORCA中做counterpoise校正并計算分子間結合能的例子
http://www.shanxitv.org/542
? 使用Multiwfn計算各種與信息論相關的量（information-theoretic quantities）
http://www.shanxitv.org/537
? 基于Fortran使用Levenberg-Marquardt算法做非線性擬合
http://www.shanxitv.org/541
? 無需導數的局部極小化算法NEWUOA在FORTRAN中的使用簡例
http://www.shanxitv.org/536
? L-BFGS-B局部極小化算法在Fortran中的使用簡例
http://www.shanxitv.org/538
? 對ORCA用戶大幅節約Multiwfn做分子表面靜電勢分析耗時的方法
http://bbs.keinsci.com/thread-16499-1-1.html
? Zen2下linux和win中ORCA的速度和并行效率測試
http://bbs.keinsci.com/thread-16567-1-1.html
? 將Gaussian格式自定義基組轉化成ORCA格式的程序
http://bbs.keinsci.com/thread-16605-1-1.html
? LAMMPS_AMD/NVIDIA_GPU版本編譯初探
http://bbs.keinsci.com/thread-16612-1-1.html
? 提取Gaussian柔性掃描每一步結構的小程序
http://bbs.keinsci.com/thread-16684-1-1.html
文獻推薦：
? JCIM上一篇通過分子表面靜電勢預測胺類的pKb的文章
http://bbs.keinsci.com/thread-16482-1-1.html
下為2020年2月的內容
? 通過軌道權重福井函數和軌道權重雙描述符預測親核和親電反應位點
http://www.shanxitv.org/533
? 使用Molclus結合xtb做的動力學模擬對瑞德西韋(Remdesivir)做構象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html
? RESP2原子電荷的思想以及在Multiwfn中的計算
http://www.shanxitv.org/531
? 談談VMD可視化程序的成鍵方式判斷和設置問題
http://www.shanxitv.org/534
? 分塊自定義著色/隱藏 (填色) 等值面 (RDG/ELF) 區塊的工具
http://bbs.keinsci.com/thread-16243-1-1.html
? 批量轉換量子化學軟件I/O文件以及提取輸出信息的Shell腳本
http://bbs.keinsci.com/thread-16231-1-1.html
? 并行計算溶劑可及表面積(SASA)的VMD腳本sasa-dmp.tcl
http://bbs.keinsci.com/thread-16295-1-1.html
? 使用WSL(Windows subsystem for linux)在win10系統下用Linux版“搞死”做計算
http://bbs.keinsci.com/thread-16293-1-1.html
? Gaussian 16在虛擬機和WSL中的相對效率
http://bbs.keinsci.com/thread-16405-1-1.html
? Gaussian調用CFour、MRCC的接口
http://bbs.keinsci.com/thread-16375-1-1.html
? vasp.6.1.0 更新介紹/安裝/測試
http://bbs.keinsci.com/thread-16191-1-1.html
? 聊聊如何讓讓VMD的提示更人性化（氣人），順帶提幾句VMD的源碼編譯
http://bbs.keinsci.com/thread-16395-1-1.html
? 大幅重寫了下文，使用法更為靈活，并且加入了對原子數不同的兩個體系做疊合并計算RMSD的說明
在VMD中計算RMSD衡量兩個結構間的差異以及疊合兩個結構
http://www.shanxitv.org/290
下為2020年1月的內容：
? 使用Multiwfn便利地查看所有激發態中的主要軌道躍遷貢獻
http://www.shanxitv.org/529
? 一鍵把所有gjf文件轉成xyz文件、把所有Gaussian輸出文件轉成gjf文件的腳本
http://www.shanxitv.org/530
? 將當前目錄下所有gbw轉化為同名fch文件的bash腳本
http://bbs.keinsci.com/thread-16133-1-1.html
? 視頻演示：使用Multiwfn和VMD繪制原子盆（AIM盆）
https://www.bilibili.com/video/av85202089
? 視頻演示：使用Multiwfn和ChimeraX繪制自定義著色的電子定域化函數(ELF)等值面圖
https://www.bilibili.com/video/av85684420
? 批量轉化二維分子結構到量化輸入文件
http://bbs.keinsci.com/thread-16125-1-1.html
? 無需超級用戶授權, 以普通用戶源碼編譯安裝 gcc
http://bbs.keinsci.com/thread-16090-1-1.html
下為2019年12月的內容：
? 使用PSI4做對稱匹配微擾理論(SAPT)能量分解計算
http://www.shanxitv.org/526
? 通過軌道離域指數(ODI)衡量軌道的空間離域程度
http://www.shanxitv.org/525
? 一篇最全面、系統的研究新穎獨特的18碳環的理論文章
http://www.shanxitv.org/524
? 將Multiwfn計算的鍵級直接標注在分子結構圖上的方法
http://www.shanxitv.org/523
? 用PyMOL渲染HSV混色模式的RDG填色等值面圖
http://bbs.keinsci.com/thread-15756-1-1.html
下為2019年11月的內容：
? 分享molclus配套PBS作業提交腳本
http://bbs.keinsci.com/thread-15598-1-1.html
? 計算分子內氫鍵鍵能的幾種方法
http://www.shanxitv.org/522
? Multiwfn的SOS功能現已可以對動態超極化率beta(w1,w2)的頻率做二維掃描
http://bbs.keinsci.com/thread-15455-1-1.html
? 批量輸出分子的HOMO-LUMO信息到txt并匯總
http://bbs.keinsci.com/thread-15436-1-1.html
? XCrySDen-1.6.2安裝
http://bbs.keinsci.com/thread-15387-1-1.html
? 基于xtb的amberQM/MM模擬
http://bbs.keinsci.com/thread-15304-1-1.html
? 如何把cartesian下的gradient&hessian轉換成基于internal coordinates的？
http://bbs.keinsci.com/thread-15231-1-1.html
? CentOS升級導致的xmgrace故障及解決方法
http://bbs.keinsci.com/thread-15287-1-1.html
? 成鍵軌道/反鍵軌道/非鍵軌道的判斷問題求助
http://bbs.keinsci.com/thread-15320-1-1.html
? Cfour做結構優化的問題
http://bbs.keinsci.com/thread-15374-1-1.html
? VMware 15 + CentOS 7.7/8.0在主機和客戶機之間拷貝文件失敗的解決辦法
http://bbs.keinsci.com/thread-15409-1-1.html
? 將Gaussian的ONIOM產生的fch文件給Multiwfn做波函數分析要注意的問題
http://bbs.keinsci.com/thread-15419-1-1.html
? 市面上部分至強可擴展處理器規格/性能/價格參考
http://bbs.keinsci.com/thread-15427-1-1.html
? wB97XD算NICS報錯No C6 coefficient available for IA= 0的解決方法
http://bbs.keinsci.com/thread-15540-1-1.html
? 文獻推薦/討論
TCA上的一篇對比不同原子電荷預測反應位點、親電/親核性的文章
http://bbs.keinsci.com/thread-15512-1-1.html
下為2019年10月的內容：
? 使用Multiwfn計算AV1245指數研究大環的芳香性
http://www.shanxitv.org/519
? 談談如何衡量分子的極性
http://www.shanxitv.org/518
? 將Gaussian等程序收斂的波函數作為ORCA的初猜波函數的方法
http://www.shanxitv.org/517
? 視頻演示：使用Multiwfn方便快速地批量繪制軌道圖形
https://www.bilibili.com/video/av69765564/
? 視頻演示：使用Multiwfn做NCI分析展現分子內和分子間弱相互作用
https://www.bilibili.com/video/av71561024
? 求解距離，角度，二面角隨時間變化以及分布的VMD腳本
http://bbs.keinsci.com/thread-14821-1-1.html
? 計算模擬軌跡中蛋白質各殘基RMSF的VMD腳本
http://bbs.keinsci.com/thread-14827-1-1.html
? 關于扭曲彎曲共軛骨架的建模
http://bbs.keinsci.com/thread-12186-1-1.html
? Gaussian里用Stuttgart贗勢計算118號元素一例
http://bbs.keinsci.com/thread-14934-1-2.html
? AMBER、GROMOS、OPLS、CHARMM最新版本的GROMACS力場包
http://bbs.keinsci.com/thread-15094-1-1.html
? 文獻推薦/討論
一個新的基于GROMOS力場的磷脂力場G54A8_v1
http://bbs.keinsci.com/thread-14889-1-1.html
下為2019年9月的內容：
? 繪制透明背景的Multiwfn的Logo的過程演示
https://www.bilibili.com/video/av68434652/
? 談談18碳環的幾何結構和電子結構
http://www.shanxitv.org/515
? 使用Multiwfn和VMD繪制平均局部離子化能(ALIE)著色的分子表面圖（含視頻演示）
http://www.shanxitv.org/514
? 透徹認識氫鍵本質、簡單可靠地估計氫鍵強度：一篇2019年JCC上的重要研究文章介紹
http://www.shanxitv.org/513
? 使用Multiwfn對第一超極化率做雙能級和三能級模型分析
http://www.shanxitv.org/512
? 利用photoshop計算晶體表面孔洞面積
http://www.shanxitv.org/510
? 談談怎么正確認識論文投稿時對圖像分辨率的要求
http://www.shanxitv.org/511
? 最簡單的VASP5.4.1安裝步驟（Ubuntu系統）
http://bbs.keinsci.com/thread-14470-1-1.html
? 用Avogadro軟件生成CP2K輸入文件的具體步驟
http://bbs.keinsci.com/thread-14547-1-1.html
? GROMACS2020預覽版出了
http://bbs.keinsci.com/thread-14762-1-1.html
? 關于為什么Multiwfn算的出RESP電荷與Antechamber的有所差異
http://www.shanxitv.org/516
下為2019年8月的內容：
? 給def2以ma-方式加彌散函數的Gaussian格式的基組定義文件（含所有def2支持的元素）
http://www.shanxitv.org/509
? 讓體系(躍遷)偶極矩平行于某個笛卡爾軸的方法
http://www.shanxitv.org/507
? 談談如何通過勢壘判斷反應是否容易發生
http://www.shanxitv.org/506
? 談談我對計算化學代算的看法
http://www.shanxitv.org/505
? VMD里原子選擇語句的語法和例子
http://www.shanxitv.org/504
? 使用Multiwfn計算分子的動力學直徑
http://www.shanxitv.org/503
? 使用Multiwfn考察分子軌道、NBO等軌道對密度差、福井函數的貢獻
http://www.shanxitv.org/502
? 使用Multiwfn計算Bond length/order alternation (BLA/BOA)和考察鍵長/鍵級隨鍵序號的變化
http://www.shanxitv.org/501
? 使用了Multiwfn發表的第3001~4000篇文章打包下載
http://www.shanxitv.org/500
? 使用Multiwfn計算與超瑞利散射(HRS)實驗相關的量
http://www.shanxitv.org/499
? 談談隱式溶劑模型下溶解自由能和體系自由能的計算（新給此文增加了第四節，是具體計算例子）
http://www.shanxitv.org/327
? GROMACS并行效率測試及調試思路和腳本
http://bbs.keinsci.com/thread-13861-1-1.html
? 分解合并Molclus任務的小腳本splitMC
http://bbs.keinsci.com/thread-14361-1-1.html
? Gaussian有個坑爹的選項UnConAO
http://bbs.keinsci.com/thread-14099-1-1.html
? 求助，高中生能理解的計算化學應用實例
http://bbs.keinsci.com/thread-14105-1-1.html
? VMD+POV-RAY實現背景透明輸出
http://bbs.keinsci.com/thread-14115-1-1.html
? 在OSX10.14.5下編譯安裝G16
http://bbs.keinsci.com/thread-14154-1-1.html
? ORCA 4.2.0 Released！（14L有Sob的評論）
http://bbs.keinsci.com/thread-14174-1-1.html
? Foldit standalone: 強大的交互式蛋白設計窗口
http://bbs.keinsci.com/thread-14175-1-1.html
? ORCA QMMM 測試
http://bbs.keinsci.com/thread-14249-1-1.html
? 小型集群中給所有用戶安裝公用G09過程
http://bbs.keinsci.com/thread-14301-1-1.html
? 用python實現SMILES字符串的輸出
http://bbs.keinsci.com/thread-14339-1-1.html
? 一些ONIOM(QM:MM)算蛋白質-配體復合物的例子
http://bbs.keinsci.com/thread-14366-1-1.html
文獻推薦/討論
? Density functional theory error discovered
http://bbs.keinsci.com/thread-14122-1-1.html
? Reject Nature
http://bbs.keinsci.com/thread-14100-1-1.html
下為2019年7月的內容：
? 視頻演示：基于ORCA量子化學程序對分子做優化、振動分析、觀看紅外光譜、觀看軌道的簡單演示
https://www.bilibili.com/video/av59599938
? OfakeG：使GaussView能夠可視化ORCA輸出文件的工具
http://www.shanxitv.org/498
? Gaussian 16 C.01已發布
http://bbs.keinsci.com/thread-14038-1-1.html
? VMD快速地繪制多個大分子靜電勢的又一流程
http://bbs.keinsci.com/thread-13908-1-1.html
? Gaussian優化過渡態的監控/診斷小腳本-tsmonitor
http://bbs.keinsci.com/thread-14081-1-1.html
? 用Multiwfn和Surfer聯用，畫一張好看的Contour圖
http://bbs.keinsci.com/thread-13838-1-1.html
? 推薦一個網站，輸入波長就能找到紅外振動對應的基團
http://bbs.keinsci.com/thread-13726-1-1.html
文獻推薦
? GROMACS GPU加速性能測試文章(JCC,2019)
http://bbs.keinsci.com/thread-13910-1-1.html
? 確定包合物的內嵌片段電荷的模型
http://bbs.keinsci.com/thread-13705-1-1.html
下為2019年6月的內容：
? “Multiwfn與波函數分析簡介”幻燈片2019版
http://bbs.keinsci.com/thread-13731-1-1.html
? 詳談Multiwfn產生ORCA量子化學程序的輸入文件的功能（建議所有ORCA用戶一讀！）
http://www.shanxitv.org/490
? 考察分子磁感生電流的程序GIMIC 2.0的使用（含24分鐘演示視頻）
http://www.shanxitv.org/491
? 適合理論、計算化學投稿的期刊及其2018年影響因子（2019年6月公布）
http://www.shanxitv.org/492
? 繪制靜電勢全局極小點+等值面圖展現孤對電子位置的方法
http://www.shanxitv.org/493
? 談談該從Gaussian輸出文件中的什么地方讀電子能量
http://www.shanxitv.org/488
? 對AICD包進行修改以使之適用于Gaussian 16
http://bbs.keinsci.com/thread-13577-1-1.html
? Gaussian16里用PBE0關鍵詞計算的實際上是PBE0-DH雙雜化泛函
http://bbs.keinsci.com/thread-13660-1-1.html
下為2019年5月的內容：
? Multiwfn 3.6正式版隆重發布！
http://www.shanxitv.org/486
? 使用Multiwfn和VMD計算分子表面積和片段表面積
http://www.shanxitv.org/487
? 在VMD里將cube文件瞬間繪制成效果極佳的等值面圖的方法
http://www.shanxitv.org/483
? 使用Multiwfn超級方便地計算出概念密度泛函理論中定義的各種量
http://www.shanxitv.org/484
? Simulating UV-Vis and ECD spectra using ORCA and Multiwfn
http://www.shanxitv.org/485
? 使用Multiwfn繪制態密度(DOS)圖考察電子結構
http://www.shanxitv.org/482
? 巨大體系的范德華表面靜電勢圖的快速繪制方法
http://www.shanxitv.org/481
? Multiwfn已經可以產生ORCA中最常用計算級別的輸入文件
http://bbs.keinsci.com/thread-13109-1-1.html
? Multiwfn已支持計算任意軌道的pi成份
http://bbs.keinsci.com/thread-13110-1-1.html
? 快速繪制高清LOL-pi等值面圖
http://bbs.keinsci.com/thread-13306-1-1.html
? 快速修復PDB中的loop結構的方法
http://bbs.keinsci.com/thread-13176-1-1.html
? 自洽計算的K點選取 和 KPOINTS 文件生成方法
http://bbs.keinsci.com/thread-13066-1-1.html
? 解決VASP計算SCF/幾何優化/過渡態不收斂的方法總結
http://bbs.keinsci.com/thread-13065-1-1.html
? 第一性原理計算學習資料鏈接大全
http://bbs.keinsci.com/thread-13071-1-1.html
? VASP計算過渡態常見問題總結
http://bbs.keinsci.com/thread-13064-1-1.html
? VASP固定基矢優化結構方法
http://bbs.keinsci.com/thread-13114-1-1.html
? LookForMECP: 一個驗證極小勢能面交叉點（MECP）充分條件的工具
http://bbs.keinsci.com/thread-13388-1-1.html
文獻推薦：
? 討論軌道本質、電離過程觀測到的軌道的一篇文章
http://bbs.keinsci.com/thread-13243-1-1.html
? 一篇全面測試Autodock、Vina和其它對接程度精度的文章(JCIM,2018)
http://bbs.keinsci.com/thread-13283-1-1.html
下為2019年4月的內容：
? 詳談使用Gaussian做勢能面掃描（三萬字）
http://www.shanxitv.org/474
? 使用Multiwfn一鍵批量產生各類光譜圖（含演示視頻）
http://www.shanxitv.org/479
? 使用Multiwfn繪制光電子譜
http://www.shanxitv.org/478
? 計算RESP原子電荷的超級懶人腳本（一行命令就算出結果）
http://www.shanxitv.org/476
? 談談記錄化學體系結構的xyz文件
http://www.shanxitv.org/477
? CentOS7下安裝GROMACS（GPU+AVX512）的經歷分享
http://bbs.keinsci.com/thread-12687-1-1.html
? 不要盲目迷信發過高分文章的所謂“高手”
http://bbs.keinsci.com/thread-12725-1-1.html
? 堅持使用B3LYP算有機體系的人的下場
http://bbs.keinsci.com/thread-12773-1-1.html
? 分享兩個方便使用cfour和mrcc的腳本
http://bbs.keinsci.com/thread-12742-1-1.html
? Multiwfn現已支持直接載入Gaussian的.chk文件
http://bbs.keinsci.com/thread-12912-1-1.html
文獻推薦：
? 物理化學學報刊發的一篇劉忠范院士訪談
http://bbs.keinsci.com/thread-12746-1-1.html
下為2019年3月的內容：
? Multiwfn支持的分析化學鍵的方法一覽（對化學鍵的研究手段有全面匯總，量子化學研究者必讀！）
http://www.shanxitv.org/471
? 談談勢能面交叉對激發態優化的影響
http://www.shanxitv.org/468
? 考察SAPT能量分解的能量項隨分子二聚體間距變化的簡單方法
http://www.shanxitv.org/469
? 分子動力學初始結構構建程序Packmol的使用
http://www.shanxitv.org/473
? 將多幀xyz文件轉化成量子化學輸入文件的工具：xyz2QC
http://bbs.keinsci.com/thread-12468-1-1.html
? xtb中的GFN-xTB 1代在算原子團簇時依然有意義
http://bbs.keinsci.com/thread-12509-1-1.html
? 推薦通過Visualping自動接收Multiwfn的更新提醒
http://bbs.keinsci.com/thread-12556-1-1.html
? 用VMD的環境光遮蔽(AO)技術渲染電影級分子軌道和視頻
http://bbs.keinsci.com/thread-12382-1-1.html
? 新版化學元素周期表（中文、英文）可免費下載使用
http://bbs.keinsci.com/thread-12344-1-1.html
? 基于VASP的SSAdNDP編譯和簡單測試
http://bbs.keinsci.com/thread-12385-1-1.html
? 顯卡算力和跑動力學速度關系的小研究
http://bbs.keinsci.com/thread-12409-1-1.html
? 分子模擬榨干GPU性能的參數建議
http://bbs.keinsci.com/thread-12448-1-1.html
? 使用VMD搭建無定型SiO2多孔介質
http://bbs.keinsci.com/thread-12510-1-1.html
? 使用xTB產生結構初猜幫助解決Gaussian結構優化SCF不收斂
http://bbs.keinsci.com/thread-12578-1-1.html
下為2019年2月的內容：
? 使用Multiwfn計算CVB指數考察氫鍵強度
http://www.shanxitv.org/461
? 使用ORCA在TDDFT下計算旋軌耦合矩陣元和繪制旋軌耦合校正的UV-Vis光譜
http://www.shanxitv.org/462
? 量子化學程序Dalton的編譯方法和運行方式簡介
http://www.shanxitv.org/463
? DFT-D4色散校正的簡介與使用
http://www.shanxitv.org/464
? 簡談Gaussian里找過渡態的關鍵詞opt=TS和QST2、3
http://www.shanxitv.org/460
? 簡化用了IOp(9/40=x)的Gaussian的CIS/TDDFT任務的輸出文件的程序：simpIOp940
http://bbs.keinsci.com/thread-12188-1-1.html
? RHF方法編程筆記_完整代碼
http://bbs.keinsci.com/thread-12101-1-1.html
? Periodic NBO程序測試（基于Crystal）
http://bbs.keinsci.com/thread-12111-1-1.html
? 基于VASP的Periodic NBO編譯和簡單測試
http://bbs.keinsci.com/thread-12125-1-1.html
? MP2閉殼層一階導數公式
http://bbs.keinsci.com/thread-12197-1-1.html
? CIS閉殼層一階導數公式
http://bbs.keinsci.com/thread-12273-1-1.html
文獻推薦：
? Grimme的GFN2-xTB正式版文章出來了
http://bbs.keinsci.com/thread-12132-1-1.html
? 通過第一性原理計算設計能源材料界面
http://bbs.keinsci.com/thread-12250-1-1.html
下為2019年1月的內容：
? 在Linux系統下安裝Multiwfn 3.6的演示（CentOS 7.6）
https://www.bilibili.com/video/av41402462/
? Multiwfn 3.6 Windows版在VS2017+ifort 2019下的編譯過程演示
https://www.bilibili.com/video/av41401928/
? 在VMware 15中安裝CentOS 7.6的完整過程視頻演示
http://bbs.keinsci.com/thread-11806-1-1.html
? VASP最簡單的安裝方法（含全程視頻演示）
http://www.shanxitv.org/455
? GROMACS的安裝方法（含全程視頻演示）
http://www.shanxitv.org/457
? GROMACS的原生Windows版的編譯和安裝方法
http://www.shanxitv.org/458
? GROMACS 2019已發布
http://bbs.keinsci.com/thread-11815-1-1.html
? 用VMD的TCL腳本把Multiwfn的結果標記到原子上的方法
http://bbs.keinsci.com/thread-11837-1-1.html
? GROMACS 2018.4的mdp文檔pdf版
http://bbs.keinsci.com/thread-11857-1-1.html
? 發一個利用orca掃描得到的gbw文件和multiwfn批量計算輸出分子體積的腳本
http://bbs.keinsci.com/thread-12066-1-1.html
文獻推薦：
? 整合了幾個大型量子化學測試數據庫的數據庫：ACCDB
http://bbs.keinsci.com/thread-11809-1-1.html
? 量子化學—同時帶給我們定性的認識和定量的數據
http://bbs.keinsci.com/thread-12084-1-1.html
下為2018年12月的內容：
? Multiwfn FAQ
http://www.shanxitv.org/452
? 用VMD繪制藝術級軌道等值面圖的方法（含演示視頻）
http://www.shanxitv.org/449
? 使用CYLview繪制高質量分子結構圖和制作化學反應演示動畫（視頻演示）
http://www.shanxitv.org/453
? orca 4.1發布了（重點看5L的關于新功能的評論）
http://bbs.keinsci.com/thread-11625-1-1.html
? 量子化學程序ORCA的安裝方法
http://www.shanxitv.org/451
? 雙路platinum 8163+超微X11DAI-N主板配不同內存計算速度對比
http://bbs.keinsci.com/thread-11644-1-1.html
? Relationship between chemical shift and atomic charge
http://bbs.keinsci.com/thread-11708-1-1.html
? seek-path：免費生成高對稱點的軟件
http://bbs.keinsci.com/thread-11558-1-1.html
? MOLCAS XMS-CASPT2測試
http://bbs.keinsci.com/thread-11795-1-1.html
? 舊版xTB程序過期后繼續使用的方法
http://bbs.keinsci.com/thread-11796-1-1.html
下為2018年11月的內容：
? Multiwfn支持的電子激發分析方法一覽
http://www.shanxitv.org/437
? 使用Multiwfn繪制躍遷密度矩陣和電荷轉移矩陣考察電子激發特征（含視頻）
http://www.shanxitv.org/436
? 用于非限制性開殼層波函數的雙正交化方法的原理與應用
http://www.shanxitv.org/448
? 視頻：使用Multiwfn結合VMD繪制Hirshfeld surface圖分析分子晶體中的弱相互作用
https://www.bilibili.com/video/av35738671/
? 視頻：基于分子晶體cif文件摳出分子團簇結構
https://www.bilibili.com/video/av35864488/
? 利用Gaussian結合自寫程序計算分子間電荷轉移積分
http://bbs.keinsci.com/thread-11369-1-1.html
? [造輪子]寫了一個簡單的模塊管理系統
http://bbs.keinsci.com/thread-11379-1-1.html
? 使用origin+PS輕松繪制彩虹色線性填充光譜圖
http://bbs.keinsci.com/thread-11514-1-1.html
? 單機安裝vasp5.4.4，系統SUSE 12 SP3，編譯器Intel_Parallel_Studio_XE_2019_Linux
http://bbs.keinsci.com/thread-11532-1-1.html
下為2018年10月的內容：
? 使用Multiwfn+VMD快速繪制高質量分子軌道等值面圖（含視頻）
http://www.shanxitv.org/447
? 使用Multiwfn+VMD快速地繪制高質量AIM拓撲分析圖（含視頻）
http://www.shanxitv.org/445
? 計算化學購機配置推薦
http://www.shanxitv.org/444
? 使用Multiwfn+VMD快速地繪制靜電勢著色的分子范德華表面圖和分子間穿透圖（含視頻）
http://www.shanxitv.org/443
? 使用了Multiwfn發表的第2002~3000篇文章打包下載
http://bbs.keinsci.com/thread-11023-1-1.html
? Multiwfn程序名讀法的統一說明
http://bbs.keinsci.com/thread-11011-1-1.html
? Multiwfn繪制平面圖的功能已經支持對繪制內容平移和旋轉
http://bbs.keinsci.com/thread-11037-1-1.html
? 在UHF級別估算U-J參數的AIDFT+U
http://bbs.keinsci.com/thread-11240-1-1.html
文獻推薦
? GFN2-xTB的手稿發布了（http://bbs.keinsci.com/thread-11204-1-1.html）
? Nature Materials上一篇關于氧化態概念討論的論文（http://bbs.keinsci.com/thread-11027-1-1.html）
? Modeling of Organic Light Emitting Diodes: From Molecular to Device Properties（http://bbs.keinsci.com/thread-11113-1-1.html）
下為2018年9月的內容：
? 使用Multiwfn做基于分子力場的能量分解分析
http://www.shanxitv.org/442
? RESP擬合靜電勢電荷的原理以及在Multiwfn中的計算
http://www.shanxitv.org/441
? 基于OpenBabel批量產生特定基團以任意方式接到苯上的結構的方法
http://www.shanxitv.org/440
? Gaussian的安裝方法及運行時的相關問題
http://www.shanxitv.org/439
? NAMD自由能計算教程—1、用eABF和meta-eABF進行多維自由能計算
http://bbs.keinsci.com/thread-10805-1-1.html
? 最新版NAMD的編譯安裝
http://bbs.keinsci.com/thread-10815-1-1.html
? 在VMD中以PyMOL rainbow著色風格繪制蛋白質結構
http://bbs.keinsci.com/thread-10836-1-1.html
? 高斯與VASP有哪些區別和聯系？
http://bbs.keinsci.com/thread-10958-1-1.html
文獻推薦
? Donald Truhlar的revM06（http://bbs.keinsci.com/thread-10931-1-1.html）
? Theory and Calculation of the Phosphorescence Phenomenon（http://bbs.keinsci.com/thread-10884-1-1.html）
? A Bayesian Approach to Predict Solubility Parameters（http://bbs.keinsci.com/thread-10871-1-1.html）
? Stefan Grimme 今年發表的研究離子液體的文章（http://bbs.keinsci.com/thread-10828-1-1.html）
下為2018年8月的內容：
? 使用Multiwfn做空穴-電子分析全面考察電子激發特征
http://www.shanxitv.org/434
? 在Multiwfn中通過IFCT方法計算電子激發過程中任意片段間的電子轉移量
http://www.shanxitv.org/433
? 在Multiwfn中單獨考察pi電子結構特征
http://www.shanxitv.org/432
? 通過SMD溶劑模型描述離子液體溶劑環境的方法
http://www.shanxitv.org/431
? 批量處理生成填色圖的腳本
http://bbs.keinsci.com/thread-10582-1-1.html
? 半經典分子動力學程序PROGDYN使用教程
http://bbs.keinsci.com/thread-10656-1-1.html
? Multiwfn現已可以調用cubegen使靜電勢分析耗時有飛躍式的下降！
http://bbs.keinsci.com/thread-10682-1-1.html
? 使用Multiwfn結合VMD批量繪制軌道
http://bbs.keinsci.com/thread-10686-1-1.html
文獻推薦
? 中國科學家首次精確合成共軛莫比烏斯索烴
http://bbs.keinsci.com/thread-10615-1-1.html
? 一篇JPCL計算邊緣醚基使得石墨烯片段激子局域化的文章
http://bbs.keinsci.com/thread-10662-1-1.html
? 使用信息泛函理論計算電子相關能
http://bbs.keinsci.com/thread-10632-1-1.html
下為2018年7月的內容：
? 使用Multiwfn計算激發態之間的密度差 http://www.shanxitv.org/429
? PySCF測評 http://bbs.keinsci.com/thread-10566-1-1.html
? DIRAC17在centos7上的安裝（intel15 and openmpi2.02） http://bbs.keinsci.com/thread-10514-1-1.html
? G16電子版手冊 http://bbs.keinsci.com/thread-10496-1-1.html
? 使用VMD結合freeSASA計算分子的溶劑可及表面區域(SASA) http://bbs.keinsci.com/thread-10454-1-1.html
? RHF方法編程筆記-4(完) 一些簡單物理量的計算 http://bbs.keinsci.com/thread-10445-1-1.html
? RHF方法編程筆記-3 （SCF計算的實現） http://bbs.keinsci.com/thread-10427-1-1.html
? 安利ChemRxiv http://bbs.keinsci.com/thread-10495-1-1.html
下為2018年6月的內容：
適合理論、計算化學投稿的期刊及其2017年影響因子（2018年公布）
http://www.shanxitv.org/427
RHF方法編程筆記-2（勢能積分與雙電子積分的計算）
http://bbs.keinsci.com/thread-10368-1-1.html
RHF方法編程筆記-1（附帶參考代碼）
http://bbs.keinsci.com/thread-10317-1-1.html
高通計算篩選輔助軟件PyMSATm（結合MuSiC程序用于篩選吸附劑對吸附質的微觀現象）
http://bbs.keinsci.com/thread-10303-1-1.html
雙路2686v4+1080Ti計算節點的裝機和簡單評測
http://bbs.keinsci.com/thread-10256-1-1.html
使用Multiwfn計算分子的長寬高以及顯示分子的主軸
http://www.shanxitv.org/426
使用NewtonX和Gaussian16模擬熒光光譜
http://bbs.keinsci.com/thread-10183-1-1.html
使用Multiwfn+VMD以原子著色方式表現原子電荷、自旋布居、電荷轉移、簡縮福井函數
http://www.shanxitv.org/425
談談溫度、壓力、同位素設定對量子化學計算結果產生的影響
http://bbs.keinsci.com/thread-10159-1-1.html
Ubuntu 18.04 單機安裝torque
http://bbs.keinsci.com/thread-10134-1-1.html
下為2018年5月的內容：
將Gaussian與ORCA聯用搜索過渡態、產生IRC、做振動分析
http://www.shanxitv.org/422
將Gaussian與Grimme的xtb程序聯用搜索過渡態、產生IRC、做振動分析
http://www.shanxitv.org/421
2018年度計算化學公社杯最常用的量子化學程序和DFT泛函投票結果統計
http://www.shanxitv.org/420
量子化學研究中切換泛函應當注意的問題
http://bbs.keinsci.com/thread-9878-1-1.html
利用布居分析判斷基函數與原子軌道的對應關系
http://www.shanxitv.org/418
高性價比熱力學組合方法G4(MP2)-6X的計算方法
http://www.shanxitv.org/419
Intel Gold 6149 test
http://bbs.keinsci.com/thread-10058-1-1.html
一種新的繪制靜電勢分布圖的方法
http://bbs.keinsci.com/thread-10070-1-1.html
Theoretical research of multipolymers with hydrogen bonds
http://www.shanxitv.org/wfnbbs/viewtopic.php?id=53
C6H6 and B3N3H6 Aromatic Rings with doping alkali metal atom
http://www.shanxitv.org/wfnbbs/viewtopic.php?id=51
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