• 使用Multiwfn便利地查看所有激發態中的主要軌道躍遷貢獻

    使用Multiwfn便利地查看所有激發態中的主要軌道躍遷貢獻

    文/Sobereva@北京科音

    First release: 2020-Jan-28  Last update: 2022-Mar-1


    之前筆者寫過一篇文章《電子激發任務中軌道躍遷貢獻的計算》(http://www.shanxitv.org/230),介紹了如何對TDDFT及類似方法計算的激發態計算軌道躍遷的貢獻。在很多電子激發的研究文章中都會給出各個激發態中各種主要MO躍遷情況。雖然計算貢獻很簡單,但當考察的態比較多的時候,一個一個去考察、記錄貢獻值還是比較費事的,初學者還容易弄錯。

    Multiwfn的電子激發分析(主功能18)里的子功能15專門用于快速輸出所有激發態中的主要的軌道躍遷貢獻,使得從MO角度考察各個激發態的特征非常簡單容易。此功能支持Gaussian、ORCA、GAMESS-US、Firefly的CIS/TDHF/TDA-DFT/TDDFT/ZINDO的輸出文件。也支持CP2K的TDDFT輸出文件,此文有專門的例子:《使用CP2K結合Multiwfn對周期性體系模擬UV-Vis光譜和考察電子激發態》(http://www.shanxitv.org/634)。Multiwfn可以在其主頁http://www.shanxitv.org/multiwfn免費下載。不熟悉Multiwfn者推薦閱讀《Multiwfn FAQ》(http://www.shanxitv.org/452)。

    下面是個簡單的例子。啟動Multiwfn后輸入以下內容
    examples\excit\D-pi-A.out  //Gaussian做標準TDDFT任務的輸出文件(其中的IOp(9/40=4)關鍵詞對于當前功能是多余的)
    18  //電子激發分析
    15  //輸出各個激發態中主要的軌道躍遷貢獻
    然后馬上看到以下信息
     HOMO index:    56
     LUMO index:    57

     Only MO transitions with absolute contribution >=  5.0 % are shown below. It co
    rresponds to 10 times of "compthres" parameter in settings.ini

     #   1   3.9069 eV    317.35 nm   f=  0.01880   Spin multiplicity= 1:
       H-4 -> L 81.9%, H-4 -> L+2 12.1%
     #   2   4.0624 eV    305.20 nm   f=  0.63550   Spin multiplicity= 1:
       H -> L 86.0%, H-3 -> L 5.3%
     #   3   4.4166 eV    280.72 nm   f=  0.00010   Spin multiplicity= 1:
       H-6 -> L 85.3%, H-6 -> L+2 11.9%
     #   4   4.7912 eV    258.77 nm   f=  0.01350   Spin multiplicity= 1:
       H-2 -> L 54.5%, H -> L+1 27.6%, H-3 -> L+1 6.4%
     #   5   4.8872 eV    253.69 nm   f=  0.00790   Spin multiplicity= 1:
       H -> L+3 57.3%, H-2 -> L 17.0%, H-1 -> L+2 8.8%, H-1 -> L 8.0%

    由輸出可見,比如對于第3激發態,主要特征是HOMO-6 -> LUMO貢獻85.3%,其次是HOMO-6 -> LUMO+2貢獻11.9%,輸出的格式非常明確直觀。Multi代表自旋多重度,激發態序號和激發能也都一起給出了。

    之后如果你輸入y,上面的信息將會被導出到當前目錄下的一個文本文件里,便于后處理。

    默認情況下,如提示所示,只有MO躍遷貢獻大于5%的才會被輸出。如果你想提升或者降低閾值,可以修改settings.ini里的compthres,當前功能輸出閾值是compthres值的10倍。

    此功能輸出的信息可以放到你寫的文章的補充材料去,目前有不少文章都這么做。

    下面是基于Gaussian對一個開殼層體系做TDDFT的輸出文件,用此功能輸出的信息
    #   1   2.2737 eV    545.30 nm   f=  0.00120   Spin multiplicity= ?:
      Hb-1 -> Lb 96.6%
    #   2   2.8507 eV    434.93 nm   f=  0.00530   Spin multiplicity= ?:
      Hb -> Lb 90.7%, Ha -> La 8.4%
    #   3   3.4525 eV    359.11 nm   f=  0.02330   Spin multiplicity= ?:
      Hb-2 -> Lb 69.7%, Ha -> La+1 27.6%
    #   4   4.1909 eV    295.84 nm   f=  0.03500   Spin multiplicity= ?:
      Ha -> La 85.5%, Hb -> Lb 7.6%
    #   5   4.4035 eV    281.56 nm   f=  0.00820   Spin multiplicity= ?:
      Ha-1 -> La 48.5%, Hb -> Lb+1 40.4%
    #   6   5.1640 eV    240.09 nm   f=  0.00020   Spin multiplicity= ?:
      Hb-3 -> Lb 96.3%
    #   7   5.2669 eV    235.40 nm   f=  0.21880   Spin multiplicity= ?:
      Ha -> La+1 65.4%, Hb-2 -> Lb 22.4%, Hb -> Lb+1 8.8%
    #   8   5.6860 eV    218.05 nm   f=  0.00020   Spin multiplicity= ?:
      Hb-4 -> Lb 89.1%, Hb-1 -> Lb+1 6.8%
    由于參考態是開殼層時TDDFT算的激發態有自旋污染,因此Multi后面是問號。當前情況軌道自旋都明確標出了,a、b分別代表alpha和beta。比如基態到第5激發態中alpha的HOMO-1到alpha的LUMO躍遷貢獻了48.5%。

    如果你是ORCA用戶,當前功能顯得更有意義了。ORCA里有個令很多人討厭的習俗是軌道序號是從0開始記,導致很多人搞錯HOMO和LUMO的序號,指使在文章中描述激發態的MO躍遷情況時出現錯誤。而使用Multiwfn查看主要MO躍遷貢獻就可以完全杜絕這個問題。

    如果你是GAMESS-US用戶,別忘了要把電子激發任務輸出文件設成.gms后綴,否則此功能無法正常使用。比如examples\excit\H2CO_TDDFT_GAMESS.gms就是GAMESS-US對甲醛做TDDFT的輸出文件,可以直接給Multiwfn作為輸入文件使用當前功能。

    使用此文的做法計算軌道躍遷貢獻發表文章時請記得引用Multiwfn程序的原文,在程序啟動時明確提示了。

    久久精品国产99久久香蕉