XCrySDen在CentOS上的傻瓜式安裝方法

XCrySDen在CentOS上的傻瓜式安裝方法

文/Sobereva@北京科音  2020-Jul-22

1 前言

XCrySDen（http://www.xcrysden.org）是非常流行的第一性原理程序Quantum ESPRESSO用戶經常用的重要工具，可以觀看輸入輸出文件、觀看軌跡、設置k點等，而且作圖效果挺不錯。XCrySDen在Ubuntu上比較容易運行，但對于做計算化學的人用得非常多的CentOS就不那么容易了。XCrySDen很老的版本提供了semishared版，在CentOS里解壓后就能運行，但較新的XCrySDen官方只提供了shared版（至少是對于撰文時最新的1.6.2版而言），里面涉及的一些動態庫在CentOS里沒有相應的源。為了讓CentOS用戶用XCrySDen毫無障礙，筆者在CentOS下編譯了XCrySDen，并且同時提供了傻瓜式編譯的源代碼包。

2 預編譯版XCrySDen的安裝

下載http://www.shanxitv.org/attach/564/xcrysden-1.6.2_sobereva.tar.gz。解壓后，進入此目錄，運行./xcrysden就可以啟動了。如果在~/.bashrc目錄下加上export PATH=$PATH:[XCrySDen的目錄名]，則重新進入終端后就可以在任意目錄下直接啟動XCrySDen了。

這個筆者編譯的XCrySDen 1.6.2在CentOS 7系列各個版本上都可以運行。如果讀者裝系統的時候裝的方式和《在VMware 15中安裝CentOS 7.6的完整過程視頻演示》（http://www.shanxitv.org/454）里演示的相同，不需要裝額外的庫就可以直接運行。如果運行時提示缺庫，Google一下報錯提示，用yum安裝相應的包即可。

對于CentOS 8.0，筆者發現沒法直接運行，但只要把解壓后目錄下的tcl目錄下的xcInit.tcl里的兩處0m都改為0就可以運行，并且關閉程序的時候必須點擊右上角強行關閉。

3 XCrySDen的編譯

下面是基于筆者修改的XCrySDen 1.6.2的源代碼包的編譯過程。前面說的筆者的預編譯版如果能正常用就沒必要自己編譯。在CentOS 7.x和8.0下按以下方法都能編譯通過。

運行以下命令安裝編譯過程要用的庫
yum install libGL-devel libGLU-devel libXmu-devel

機子里應當已經裝了gcc和gfortran，如果沒裝的話運行yum install gcc-gfortran來安裝。

下載筆者修改的源代碼包：http://www.shanxitv.org/attach/564/xcrysden-1.6.2_src_sobereva.tar.gz。解壓后進入其中，運行make all即可，大約5分鐘就能編譯完畢。之后直接運行./xcrysden即可啟動。

對于某些CentOS版本，比如CentOS 7.4，編譯中途可能失敗，需要在解壓目錄下的Makefile中的X_LIB=后面加入-lXss選項，然后重新make all。經測試至少對于CentOS 7.7不用加這個。

關于筆者修改的XCrySDen源代碼包的一些細節：Make.sys文件是在system/Make.sys-shared基礎上修改的，原先的這個文件完全沒法用，筆者改了許多地方才終于令編譯能成功。具體改了哪些，自行對照Make.sys-shared就知道了。Makefile文件也做了修改，把all:后面的mesa去掉了，因為CentOS的源直接就有這個，通過前述的yum步驟已經安裝了，因此就沒必要再在make all的時候編譯了。其實對于CentOS 8，由于源里的tcl/tk已經升為了XCrySDen 1.6.2要求的8.6版，因此不編譯tcl/tk而直接通過源來裝也不是不可以。另外，原本make all的時候會自動下載tcl、tk、Togl、fftw、bwidget包，但在大陸地區由于網速問題，很容易中途下載失敗。因此筆者直接將這些壓縮包放到了external/src目錄下，這樣編譯過程中就會自動利用，而不自動下載這些包了。