• 2018年度計算化學公社杯最常用的量子化學程序和DFT泛函投票結果統計

    注:2021年的統計結果見《2021年計算化學公社論壇“你最常用的計算化學程序和DFT泛函”投票結果統計》(http://www.shanxitv.org/599


    2018年度計算化學公社杯最常用的量子化學程序和DFT泛函投票結果統計

    文/Sobereva @北京科音  2018-May-27



    在2018年4月16號,在著名的計算化學公社論壇(http://bbs.keinsci.com)開展了為期一個月的“你最常用的量子化學程序投票”(http://bbs.keinsci.com/thread-9713-1-1.html)和“你最常用的DFT泛函投票”(http://bbs.keinsci.com/thread-9712-1-1.html)。現對投票結果進行總結和評論。未來可能每隔一兩年重新舉行一次投票。


    1 你最常用的量子化學程序投票

    可投程序有20種,投票者共233人,按照得票數目繪制的云字圖如下,得票太少的被忽略了

    本投票每個人最多選三項,且所投的程序必須占平時全部研究工作的10%以上。按照得票率繪制的圖如下
    由圖可見,每10個量化工作者里就至少有9個人頻繁使用Gaussian,得票率遠遠甩開其它程序。Gaussian在整個量化程序界的流行程度占據絕對主導優勢,這個狀況在十年內應該不會有太大改變。ORCA是除了Gaussian外用戶最多的程序,發展勢頭良好,從統計看已經有約1/5的普通量化研究群體開始在日常研究中使用ORCA。有很多人認為ORCA正在威脅Gaussian的地位,但在短期內還不足以與之抗衡,畢竟ORCA雖然比Gaussian在不少地方有巨大的優勢,但在大部分量化研究者需要的諸多功能上還有很大空白,諸如連十分重要的IRC都沒有,meta系列泛函連二階解析導數都不支持(而Gaussian都支持到三階了),而且也缺乏gview那樣的極佳的專屬可視化工具。

    令我稍微有點意外的是Dmol3的用戶比我預想的多,居然能排到第三位。對于孤立體系(分子、團簇),筆者強烈不建議購買和使用Dmol3(注:后來我專門寫了一篇文章全面表明我對此的觀點http://www.shanxitv.org/508),又貴又弱又封閉,還根本沒法結合Multiwfn做各種分析。要想圖純泛函計算速度快應當用ORCA,圖功能完整、全面應當用Gaussian。我相信Dmol3的用戶當中很大一部分都是初學者被忽悠才用的。ADF的得票率能排到第四,也高于我的預期,我對ADF的看法和對Dmol3類似。我相信Dmol3和ADF的用戶比率在以后一定會下降,因為以后免費的程序會越來越優秀,這倆程序目前看來是優勢的點會逐漸喪失。此外,由于其它軟件的教學資源越來越豐富,且有計算化學公社和思想家公社QQ群等交流平臺,用戶間交流越來越便利,因信息不對稱被忽悠而買這倆程序的人應當會越來越少。有一篇文章http://www.shanxitv.org/489,十分建議不了解ADF卻又對之好奇、甚至有購買欲望的人閱讀一下。
     
    Molpro得票率只有約5%,這很合乎現狀,畢竟不同程序支持的方法側重點不同,Molpro重點在MCSCF/多參考,現在大部分人都用DFT因此不會去用DFT做的不理想的Molpro。預計在未來,Molpro用戶的比率應該也不會有太大變化,但有可能會因為免費的ORCA的沖擊,以及Molcas的免費版OpenMolcas、Molcas@UU的推出而喪失一些。

    GAMESS-US雖然知名度非常高(在早年應該說知名度僅亞于Gaussian),而且是綜合性程序,但用戶比率如今卻非常低,可見早已失勢。GAMESS-US近年來發展緩慢,呈老態龍鐘狀態,而且免費且強大的ORCA的迅速崛起,再加上GAMESS-US使用頗復雜,如今的年輕人也不愛這類刻板、古董風格的程序,GAMESS-US以后的市場必定會越來越小。GAMESS-US雖然在一些功能上也有優勢,但那些功能都不是一般量化研究者用得到的。事實上,從計算化學公社論壇量化版的GAMESS-US分類的帖子來看,現在用GAMESS-US的大多都是要做LMO-EDA能量分解計算的人,如果等什么時候這個優勢也被其它程序徹底取代,GAMESS-US就會加速滅亡。

    MOPAC以其對半經驗方法的全面支持和高效,有4%的人在用,比較正常。但隨著越來越多的人認識到做類似半經驗DFT的GFN-xTB方法的xtb程序的好處,MOPAC的地位恐怕要不保。但MOZYME還是MOPAC的獨家優勢。

    Q-Chem一直處于不溫不火的狀態,年引用次數也就區區六七百,這次從投票情況看用戶數目也確實就Gaussian一個零頭。不流行主要在于Q-Chem定位和Gaussian一樣,雖然也有一些Gaussian沒有的優勢,但是這些優勢對一般用戶并不重要,而相對于Gaussian來說又有很多不足,再加上ORCA火了,尤其是曾經Q-Chem引以為傲的TDDFT二階解析導數在Gaussian16里已經有了,Q-Chem以后的生存應該比較困難。這程序不收費都未必有很多人用,更別說還是收費的,而且license和機子綁定,用戶體驗的機會都不多(雖說可以申請試用)。

    有點意外的是Firefly雖然不流行,但竟然可憐到一票未得。而HyperChem這個給本科生教學用的程序竟然還都得了一票。PSI4的用戶之少也超過預期,畢竟PSI4在SAPT等方面還是很有價值的,卻居然只有1票。NWChem、Molcas、Dalton的得票率和預期的一致,用戶數都不多,都是少部分人沖著它們的特色功能去的。



    2 你最常用的DFT泛函投票

    可投泛函有20種(明顯感覺不會有多少人用的泛函就沒納入可投范圍),投票者共299人,按照得票數目繪制的云字圖如下,得票太少的被忽略了
    本投票每個人最多選三項,且所投的泛函必須占平時全部研究工作的10%以上,帶不帶DFT-D3校正算同一個泛函。按照得票率繪制的圖如下


    投票期間一開始B3LYP和M06-2X咬得很厲害,齊頭并進,結果后來姜還是老的辣,B3LYP最終依然保住了流行程度的No.1的寶座。畢竟M06-2X跟B3LYP比,速度慢,對積分格點要求高,而且D3彌補了B3LYP以往的一個重大軟肋,再加上以后還有其它泛函出來,因此我感覺M06-2X的得票率如今已經飽和了,以后超過B3LYP的可能性不是很大。

    ωB97XD(含ωB97X)、PBE0、PBE這回得票率非常接近,僅次于M06-2X,這是情理之中。ωB97XD和同年的M06-2X比,有種“既生瑜何生亮”的感覺,要是沒有M06-2X把它的市場份額搶了的話,ωB97XD如今的流行程度應該會更高。

    M06得票率符合預期,有一定市場,但還不算很流行,跟M06-2X沒得比。M06L的用戶比預期少得多,本以為和M06能差不多。MN15號稱普適性好,但還不成氣候,一方面是G16才支持,另一方面是這種各個方面都還成,但又都不突出的泛函,很難克服用戶的“替換成本”流行開。

    TPSSh和TPSS知名度也挺高,雖然如今算不上流行,但本以為也能有個大約2~3%的得票率,沒想到現狀很慘淡,TPSSh一票,TPSS三票。其實這倆泛函算過渡金屬還是可以的。

    B97系列和BH&HLYP也都很慘,其實還是有用武之地的。LC-ωPBE有些人用,估計大多都是沖著ω調控去的。BP86和BLYP這倆GGA泛函得票率比同為GGA的PBE低那么多,感覺有點意外,其實這倆泛函用處是很大的,BP86公認是經典的算配合物的泛函,而根據GMTKN55的測試,BLYP結合D3在GGA泛函中算弱相互作用是幾乎最好的,很適合在ORCA中開RI算大體系弱相互作用,希望這倆泛函的價值別被低估。CAM-B3LYP在非主流泛函里算是混得不錯的,這和它適合算大共軛體系激發態以及(超)極化率有密切關系。

    APFD這回丟人丟大發了。此泛函在exploring第三版里被強行推銷,幾乎所有計算都用APFD,結果沒成想,一票未得,說明爛泛函怎么推都沒用。
    久久精品国产99久久香蕉