在VMD中使用GaussView的元素著色的方法

在VMD中使用GaussView的元素著色的方法

文/Sobereva@北京科音   2022-Sep-16

GaussView的元素配色總體上來說不錯，而且對所有元素都定義了唯一的顏色，在File - Preference - Colors - Element Colors中可以看到所有元素的顏色，如下所示

VMD是免費、靈活、強大而且超級流行的化學體系可視化工具。在VMD里也可以按照元素著色，見《在VMD程序里對不同元素的原子用不同顏色顯示的方法》（http://www.shanxitv.org/624）。然而，至少對于筆者撰文時的最新的正式版1.9.3版來說，VMD自帶的元素著色定義很少，對絕大多數元素都是統一用的褐色，導致很多情況下沒法區分不同元素，而且顏色也不美觀。這里介紹在VMD里使用GaussView里元素顏色定義的做法。

從http://www.shanxitv.org/attach/652/gview_color.tcl下載gview_color.tcl文件，將之放到VMD目錄下（即VMD啟動后在文本窗口里輸入pwd命令后顯示的目錄），然后在VMD的vmd.rc文件末尾加入一行proc gview {} {source gview_color.tcl}。如果你不了解vmd.rc文件的話，看《VMD初始化文件(vmd.rc)我的推薦設置》（http://www.shanxitv.org/545）。

啟動VMD后，在文本窗口里輸入gview，就可以把默認的元素著色方案替換成和GaussView相同的了。之后載入個含有元素信息的結構文件（比如pdb、xyz等），然后在Graphics - Representation里把Coloring Method設為Element即可看到按元素著色的效果。如果想和GaussView顯示的圖像特征盡可能接近，將Drawing Method設為CPK，Bond Radius設為0.2，Material設為AOShiny。對順鉑體系顯示效果如下，左邊是VMD的，右邊是GaussView的

上圖還可以看到在鍵的著色方面有差異，VMD的鍵的兩邊的顏色分別對應兩個原子的，而GaussView都是白色的。如果想讓VMD在這點和GaussView統一，可以把當前的Representation里的Bond Radius設為0使得鍵不顯示，然后再建立一個Representation，用CPK，把Sphere Scale設0，Bond Radius設0.15，Coloring Method選ColorID并指定為白色，之后效果如下所示，可見和GaussView顯示的很接近了

再把原子半徑、光源方向、材質微調一下，就更像GaussView的效果了。不過，GaussView里對多重鍵的顯示效果是VMD里怎么設都模仿不來的。