Multiwfn可以計算的分子描述符一覽 文/Sobereva@北京科音 First release: 2021-Jun-22  Last update: 2023-Jul-5 0 前言 做QSAR（定量結構活性關系）和QSPR（定量結構屬性關系）需要提供分子的描述符（molecular descriptor）作為輸入信息，從而根據擬合的經驗關系預測分子的生物活性以及物理化學性質。特別是隨著基于（深度）神經網絡的機器...

使用Multiwfn計算分子中的原子極化率 文/Sobereva@北京科音  First release: 2021-Jun-4   Last update: 2023-Jul-4 1 前言 原子在孤立狀態下的極化率是可以實驗測量的，也很容易理論計算，在http://ctcp.massey.ac.nz/index.php?menu=dipole&page=dipole有全周期表各種元素的...

2021年計算化學公社論壇“你最常用的計算化學程序和DFT泛函”投票結果統計 文/Sobereva@北京科音  2021-Jun-2 0 前言 2021年4月29號，在人氣最高的計算化學專業論壇“計算化學公社”（http://bbs.keinsci.com）開展了為期一個月的四個投票： 你最常用的DFT泛函投票（http://bbs.keinsci.com/thread-22853-1-1.html） 你最常用的量子化學程序投票...

使用IRI方法圖形化考察化學體系中的化學鍵和弱相互作用 文/Sobereva@北京科音  First release: 2021-May-31  Last update: 2022-Jul-24 1 前言 原子間的相互作用在化學體系中無處不在。把相互作用圖形化展現無疑對考察化學問題非常有益，可以令化學家快速直觀了解體系中什么位置有什么樣的相互作用。目前圖形化展現相互作用的方法不少，有很多都已經非常流行，在...

要善用簇模型，不要盲目用ONIOM算蛋白質-小分子相互作用問題 文/Sobereva@北京科音  2021-May-22 初學者亂用、濫用Morokuma當年提出的ONIOM方法是一個長久以來就有的問題，我在網上答疑時經常強調初學者不要老想著用ONIOM。我主張ONIOM能不用就不用，因為麻煩事和細節問題太多，尤其是許多初學者連基本的計算都做不利落，還用ONIOM純粹是自討苦吃、自找麻煩。這兩天在思想家公社QQ群答疑時連著碰到兩個對量子化學...

2021年4月完結動畫簡評2021年4月完結動畫簡評 文/Sobereva  2021-May-19 本文是筆者觀看過的2021年4月完結的22部全長TV版動畫和5部泡面番（時長<=8分鐘）的簡評，除了《寒蟬鳴泣之時業》看了一半多棄掉外全都完整看完。注意其中多多少少有一些劇透的成份，怕被劇透又想了解哪些值得追的話就看評分就好了。所有新番筆者都看過前幾話（掃番過程的粗略觀感在 里的相應帖子里寫了），沒追的要么是筆者對其題材有抗拒（比如恐...

PS：此文介紹的工具主要是給一個外國合作者寫的，所以文章寫成了英文。 對Gaussian計算的IRC軌跡上每個點用PSI4做SAPT分析的輔助工具 A tool for performing SAPT analysis via PSI4 for each point on the IRC trajectory calculated by Gaussian Sobereva@北京科音  2021-May-10 1 Preface ...

利用Gaussian或ORCA程序把分子結構拉直的幾種方法 文/Sobereva@北京科音  First release: 2021-May-4   Last update: 2021-Jun-15 1 前言 有人問怎么把一個分子從已有的較為卷曲的構象轉化成比較平直的構象。這有一些實際意義，比如通過genmixmem程序構造磷脂雙層膜、用packmol程序構造表面活性劑的囊泡，都需要用戶提供分子...

比SMD算溶解自由能更好的溶劑模型uESE的使用 文/Sobereva@北京科音 2021-Apr-30 1 uESE溶劑模型簡介 SMD是如今非常常用的溶劑模型，在《談談隱式溶劑模型下溶解自由能和體系自由能的計算》（http://www.shanxitv.org/327）里筆者專門介紹過。在Gaussian程序中，SMD的極性部分等同于IEFPCM，而由于其非極性部分考慮較周到，因此溶解自由能計算精度較好。但是SMD算離子體系的溶解自由能誤差遠...

截止到2021年4月13日，使用了Multiwfn波函數分析程序（http://www.shanxitv.org/multiwfn）發表的文章已超過7000篇，用戶已遍及世界超過70個國家。下面是第6001~7000篇使用了Multiwfn程序發表的文章的全文pdf合集（其中漏了約十篇文章對應的文件，不好找了。還有個別的沒下載權限，用本文本文檔代替了）。 百度網盤下載地址（速度慢）：鏈接：https://pan.baidu.com/s/1zzqw4rnMjF68Rm4tO0t...

使用Multiwfn做aNCI分析圖形化考察動態過程中的蛋白-配體間的相互作用 文/Sobereva@北京科音  First release: 2021-Mar-4  Last update: 2022-Feb-22 1 前言 《使用Multiwfn圖形化研究弱相互作用》（http://www.shanxitv.org/68）介紹的NCI方法是如今用得非常普遍、廣為流行的圖形化研究弱相互作用的方法，后來我又在《使...

計算分子動力學軌跡中兩個環平面間的距離和夾角 文/Sobereva@北京科音  2021-Mar-3 1 前言 在《全面探究18碳環獨特的分子間相互作用與pi-pi堆積特征》（http://www.shanxitv.org/572）曾介紹了筆者做的關于18碳環弱相互作用的研究，其中跑了18碳環二聚體的從頭算動力學。當時為了統計模擬過程中兩個碳環的間距和相對角度隨模擬時間的變化，筆者在Multiwfn里寫過一個子程序來實現。今天有人在思想...

我對一篇存在大量錯誤的J.Mol.Model.期刊上的18碳環研究文章的comment 文/Sobereva@北京科音  2021-Mar-1 1 前言 18碳環（cyclo[18]carbon）具有十分特殊的幾何和電子結構，是近期最熱門的分子。目前已經有好幾十篇關于18碳環的理論研究工作，從不同角度對這個體系及其類似物的特點和性質進行分析探討，筆者也已經發表了很多相關研究工作，文章匯總以及我寫過的大量相關博文和評述見此頁面：h...

使用Multiwfn繪制分子和固體表面的距離投影圖 文/Sobereva@北京科音  2021-Feb-28 1 前言 不止一次在思想家公社QQ群和計算化學公社論壇上有人問我下面的這種圖是怎么繪制的 實際上上面這種圖就是定義一個平面，把體系的范德華表面上各個位置距離此平面的垂直距離的大小通過不同顏色展現而已。可能有人覺得直接看范德華表面圖不就完了，何必作這種圖，實際上這種圖是有一定獨特價值的，可以把不...

使用Multiwfn結合CP2K通過NCI和IGM方法圖形化考察固體和表面的弱相互作用 文/Sobereva@北京科音 First release: 2021-Feb-27  Last update: 2022-Mar-8 1 前言 2010年提出的Noncovalent interaction (NCI)分析，也即Reduced density gradient (RDG)分析，是如今使用極為普遍的圖形化考察化學...