談談怎么計算化學體系中“原子的靜電勢” 文/Sobereva@北京科音   2022-May-29 0 前言 在網上經常有人問我怎么計算原子的靜電勢。“原子的靜電勢”是一個非常含糊不明的詞。靜電勢是一個三維函數，空間中不同的點有不同的數值，顯然靜電勢不是對原子來說的，而是對具體坐標來說的。但有人就是想計算something like“原子的靜電勢”的量，那怎么算？本文我介紹三種比較有實際意義的基于靜電勢計算的對原子而言的...

注：對18碳環另一種重要衍生物C18-Br6的理論研究工作介紹見《不尋常的環[18]碳前驅體C18Br6的電子結構和芳香性》（http://www.shanxitv.org/664）。 深入揭示18碳環的重要衍生物C18-(CO)n的電子結構和光學特性 文/Sobereva@北京科音  2022-Apr-28 0 前言 2019年Kaiser等人首次在凝聚相中觀測到18碳環（cyclo[18]carbon）的存...

基于原子電荷極快速繪制超大體系的分子表面靜電勢圖 文/Sobereva@北京科音   2022-Apr-13 0 前言 筆者之前寫過很多和分子表面靜電勢分析相關的文章，匯總見http://bbs.keinsci.com/thread-219-1-1.html。其中，《使用Multiwfn+VMD快速地繪制靜電勢著色的分子范德華表面圖和分子間穿透圖》（http://www.shanxitv.org/443）介紹的分子表面靜電勢圖...

使用CP2K結合Multiwfn繪制密度差圖、平面平均密度差曲線和電荷位移曲線 文/Sobereva@北京科音 First release: 2022-Mar-10  Last update: 2022-Mar-18 1 前言 電子密度差（electron density difference, EDD）是分析成鍵、電子轉移非常常用的手段。波函數分析程序Multiwfn（http://www.shanxitv.org/mu...

ORCA結合Multiwfn計算RESP、RESP2和1.2*CM5原子電荷的懶人腳本 文/Sobereva@北京科音 First release: 2022-Mar-15  Last update: 2022-Aug-6 之前筆者在以下文章中提供了三個Linux shell腳本，分別用來自動調用機子里的Gaussian和Multiwfn程序實現一鍵計算1.2*CM5、RESP和RESP2原子電荷，它們對于做經典力場的分子動力學非...

使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直觀地展現化學體系中的相互作用 文/Sobereva@北京科音 First releas: 2022-Mar-7  Last update: 2022-Oct-27 0 前言 目前已有不少將化學體系中的相互作用以圖形化方式展現的方法，如NCI（也稱RDG）、aNCI、IGM、aIGM、IRI、ELF、LOL、SCI、價層電子密度，等等，它們各具特點，其中一些已被廣為使用。本...

使用CP2K結合Multiwfn對周期性體系模擬UV-Vis光譜和分析電子激發態 文/Sobereva@北京科音 First release: 2022-Feb-28  Last update: 2023-Feb-10 0 前言 波函數分析程序Multiwfn（http://www.shanxitv.org/multiwfn）有十分豐富的電子激發分析功能，已被量子化學研究者廣為使用，在《Multiwfn支持的電子激發分析方...

截止到2022年2月27日，使用了Multiwfn波函數分析程序（http://www.shanxitv.org/multiwfn）發表的文章已超過9000篇，用戶已遍及世界80多個國家。下面是第8001~9000篇使用了Multiwfn程序發表的文章的全文pdf合集（其中漏了幾篇文章對應的文件，不好找了。還有個別的沒下載權限，用本文本文檔代替了）。 阿里網盤（速度很快）：https://www.aliyundrive.com/s/vS8vA8jvQS3 百度網...

使用Sobtop超級方便地創建二茂鐵的GROMACS的拓撲文件 文/Sobereva@北京科音   2022-Feb-17 0 前言 Sobtop是筆者開發的主要用于產生各種類型體系的GROMACS拓撲文件的程序，可以在主頁http://www.shanxitv.org/soft/Sobtop免費下載。過渡金屬配合物體系的拓撲文件在以往是很難產生的一類情況，因為里面牽扯到GAFF、OPLS-AA、GROMOS等主流有機分子力場...

2021年度完結動畫總評 文/Sobereva  2022-Jan-24 此文對筆者完整看過的2021年度完結的91部全長版TV動畫和13部泡面番進行總評，共約21萬多字。劇場版、OVA之類的都沒有納入其中，因為另有文章。此文只有“2022年1月完結”部分是新寫的，2021年4月、7月、10月完結的動畫的評論在作品剛完結之時就已經寫好并發在了筆者的blog上，在此文只是匯總而已（所以有些文字現在看起來已經out了），不過很多作品的總評分為了...

談談分子動力學模擬蛋白-配體復合物過程中配體發生脫離的原因 文/Sobereva@北京科音   2022-Jan-13 有不少人問怎么他做基于經典力場的蛋白質-配體復合物的分子動力學模擬的過程中配體跑出去了。鑒于這個問題被問得很頻繁，筆者遂寫個小文把常見的可能因素說明一下，便于讀者排查原因。 首先要憑基本化學常識和直覺判斷配體是否真有可能穩定與蛋白結合，可以在VMD程序中把配體周圍一定距離的蛋白質原子都顯示出來觀察，這需要...

2021年10月完結動畫簡評 文/Sobereva  2022-Jan-5 本文是筆者完整觀看過的2021年10月完結的17部全長TV版動畫和1部泡面番的簡評。注意其中多多少少有一些劇透的成份，怕被劇透又想了解哪些值得追的話就看評分就好了。所有新番筆者都看過前幾話（掃番過程的粗略觀感在http://bbs.keinsci.com/thread-23924-1-1.html里寫了），沒追的要么是筆者對其題材有抗拒（比如恐怖或者過于低幼），要么...

理論設計由18碳環與鋰原子構成的電場可控的光學開關 文/Sobereva@北京科音  2022-Jan-2 1 前言 18碳環（cyclo[18]carbon）自從2019年在凝聚相中被實驗觀測到后，掀起了研究熱潮。筆者通過量子化學和波函數分析方法對此體系和衍生物的各方面特性做了大量研究并發表了一系列工作，匯總見http://www.shanxitv.org/carbon_ring.html。 近期，北京科音自然科學研究中心...

2021年下半年觀看的非TV版動畫簡評 文/Sobereva  2022-Jan-1 這里對我從2021年7月1日開始截止到2021年12月31日觀看的非TV版動畫進行簡單評論。由于這類動畫不好對比和打分，我也就不給出評分了。以往的此系列文章和TV版動畫評論見http://www.shanxitv.org右方的“動畫評論”分類。 妄想學生會2 劇場版 長度：約80min 妄想學生會系列老是隔三差五就出個OVA，不知道這個企劃要延續多久...

使用Multiwfn繪制電荷轉移光譜(CTS)直觀分析電子光譜內在特征 文/Sobereva@北京科音 First release: 2021-Dec-31  Last update: 2022-May-11   0 前言 Multiwfn程序（http://www.shanxitv.org/multiwfn）有強大的空穴-電子分析功能，是分析電子激發問題的利器，見《使用Multiwfn做空穴-電子分析全...