Amber10安裝方法 文/Sobereva @北京科音    2009-Oct-1 這里使用虛擬機中新裝的RHEL5U1-64bit系統作為例子。 編譯環境: 主機：Q6600，2G，XP-SP2。虛擬機：vmware6.0.1，RHEL5U1-64bit，雙核，512MB，10GB，默認分區，bash，root，intel-MKL-10.0.4.023，intel fortran compiler 10....

Amber力場二面角參數的解釋 文/Sobereva @北京科音    寫于約2008年   在xleap中edit parm99時，進入參數修改界面，每個參數都有介紹。在二面角參數設置中，PK/IDIVF就相當于那些amber參數中nonbond項第二列參數(即Vn/2，也稱作PK)除以第一列參數的值，第一列代表兩端原子數乘積(即redundancy，也稱作IDIVF)，所以PK/IDIV...