• Amber10安裝方法

    Amber10安裝方法

    文/Sobereva     @北京科音    2009-Oct-1


    這里使用虛擬機中新裝的RHEL5U1-64bit系統作為例子。

    編譯環境:
    主機：Q6600，2G，XP-SP2。虛擬機：vmware6.0.1，RHEL5U1-64bit，雙核，512MB，10GB，默認分區，bash，root，intel-MKL-10.0.4.023，intel fortran compiler 10.1.015，gcc 4.1.2，mpich2-1.0.7/lam-7.1.4。工作目錄/sob。

    到intel網站免費下載linux的MKL和ifc(皆Intel 64版)，在郵箱里得到相應安裝所需的.lic文件。

    默認設置安裝intel fortran compiler到默認文件夾(opt/intel/fce/10.1.015)
    在/root/.bashrc中添加：
    source /opt/intel/fce/10.1.015/bin/ifortvars.sh (會加入一些信息到/etc/profile)
    export FC=/opt/intel/fce/10.1.015/bin/ifort
    (如果安裝時提示缺少libstdc++.so.5，下載這個rpm文件，并安裝進系統： ftp://fr2.rpmfind.net/linux/opensuse/distribution/10.3/repo/oss/suse/x86_64/compat-libstdc++-5.0.7-86.x86_64.rpm   此文件在本貼附件中)

    默認設置安裝MKL到默認文件夾(/opt/intel/mkl/10.0.4.023)
    在/root/.bashrc中添加:
    export MKL_HOME=/opt/intel/mkl/10.0.4.023
    export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/intel/mkl/10.0.4.023/lib/em64t

    輸入bash使環境變量生效

    并行環境可以用mpich2或lammpi或intel mpi


    ===========用mpich2===============
    到http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2/ 下載mpich2-1.0.7.tar.gz
    mpich2-1.0.7.tar.gz解壓到/sob/mpich2-1.0.7，進入此目錄，運行：
    ./configure
    make
    make install          (此時編譯好的mpich2的文件已經被安裝到默認路徑/usr/local的各個子目錄下)
    touch /etc/mpd.conf
    chmod 700 /etc/mpd.conf

    將下面加入/etc/mpd.conf:
    secretword=<secretword>            (比如secretword=ltwd)
    (輸入mpd&，然后mpdtrace是否能顯示主機名，如果能出現代表安裝成功。
    如果提示諸如gethostbyname_ex failed for xxx，xxx是主機名，則修改/etc/hosts，加入<ip號> <主機名稱> <主機別名>，比如192.168.2.3 f7 f7)

    ===========用lam-mpi===============
    到http://www.lam-mpi.org/7.1/download.php下載lam-7.1.4
    解壓到/sob/lam-7.1.4，進入此目錄，運行：
    ./configure
    make

    make install

    ===========用intel mpi=============
    到intel官方網站下載intel mpi for linux的30天評估版，從填寫的電子郵箱中得到.lic
    解壓壓縮包，并把.lic放進解壓后的目錄里，運行./install.sh用默認設置和目錄安裝。

    也可以從verycd上下載Linux版Intel Cluster Toolkit Compiler V3.1.1，內含ifort、icc、MKL、mpi、debugger等，沒有時間限制。掛載到linux之后先復制到硬盤某目錄，注意目錄不能有空格，進入這個目錄后，將Crack子目錄下的.lic復制到當前目錄，并運行chmod 777 -R *  之后執行./install.sh按說明安裝。

    安裝好后將此加入/root/.bashrc： export PATH=$PATH:/opt/intel/impi/3.1/bin


    在/root/.bashrc中添加:
    export MPI_HOME=/usr/local    (如果是intel mpi，目錄寫/opt/intel/impi/3.1)
    export AMBERHOME=/sob/amber10
    export PATH=$PATH:/sob/amber10/bin

    輸入bash使環境變量生效

    將AmberTools-1.2.tar.bz2解壓至/sob/amber10
    將amber10.tar.bz2也解壓至/sob/amber10，使兩個壓縮包的文件在一個目錄下
    下載最新的amber10的bugfix，http://amber.scripps.edu/bugfixes/10.0/bugfix.all，復制到/sob/amber10目錄中，改名為bugfixab.all
    下載最新的AmberTools1.2的bugfix，http://amber.scripps.edu/bugfixes/AmberTools/1.2/bugfix.all，復制到/sob/amber10目錄中，改名為bugfixat.all
    /sob/amber10> chmod 777 -R *
    /sob/amber10> patch -p0 -N -r patch-rejects < bugfixab.all
    /sob/amber10> patch -p0 -N -r patch-rejects < bugfixat.all
    /sob/amber10/src> ./configure_at gcc
    更改config.h中FC=gfortran為FC=ifort，FFLAG中的-O1改為-O3，并加上-axT，刪除-fno-automatic。
    /sob/amber10/src> make -f Makefile_at
    /sob/amber10/src> ./configure_amber ifort
    更改config_amber.h中FOPTFLAGS中的-axWP為-axT
    /sob/amber10/src> make serial  (使用intel mpi可能出現和netcdf相關的錯誤，make clean然后重新make serial就能解決)
    /sob/amber10/src> make clean
    /sob/amber10/src> ./configure_amber -mpich2 ifort  (若用lammpi，把-mpich2改為-lam。若用intel mpi，把-mpich2改為-intelmpi)
    更改config_amber.h中FOPTFLAGS中的-axWP為-axT
    /sob/amber10/src> make parallel

    ***安裝pmemd***
    /sob/amber10/src/pmemd> ./configure linux_em64t ifort mpich2 bintraj (也支持其它并行環境，見./configure --help)
    更改config.h中F90_OPT_HI中的-xP為-axT
    /sob/amber10/src/pmemd> make install
    ***************

    安裝完畢，進行測試

    測試串行版本：
    /sob/amber10/test>make test
    /sob/amber10/test>make test.serial.QMMM
    我這里bintraj和divcon是failure，其它都PASS，應該是程序自身的bug。

    測試并行版本:
    如果用lam-mpi，把/root/.bashrc中設定的環境變量都復制到某個用戶的主目錄下的.bashrc，然后登陸到那個用戶再執行下列命令，因為root用戶不能啟動lamboot。
    /sob/amber10/test>mpd&               (若用lam-mpi，輸入lamboot。若用intel mpi，輸入mpdboot)
    /sob/amber10/test>export DO_PARALLEL='mpirun -np 2'      (有些項目需要-np 4并行，-np 2時自動跳過)
    /sob/amber10/test>make test.parallel  全部PASS
    /sob/amber10/test>make test.parallel.QMMM  全部PASS
    為節省空間，此后可刪掉test目錄。src目錄下除了mm_pbsa目錄以外都可以刪掉節省空間，因為mm_mmpbsa.pl在執行時還需要那個文件夾里的文件。



    此外，還有一種更簡單的安裝方法，直接調用amber10里面自帶的lam-7.1.3的配置腳本。
    MKL、ifort安裝過程不變。然后略過裝lam-7.1.4那步，也不用設MPI_HOME。其它過程都不變，一直到make serial并且make clean之后，輸入
    ./configure_amber -lamsource ifort
    更改config_amber.h中FOPTFLAGS中的-axWP為-axT
    ./configure_lam   (這步自動將自帶的lam-7.1.3裝上)
    make parallel
    就裝好了，測試步驟同上



    PS:
    Intel的CPU為提高性能一定要用ifort。C語言編的部分運算量不大，除非要用ambertools中NAB做長時間模擬，否則一般不需要用icc，也無須專門設置優化參數。
    用不用MKL對性能影響約1/6。
    ambertools基本上只有自帶的MOPAC7是fortran語言編的，用不到半經驗方法的話用gfortran對性能不會有什么損失。
    系統不要用太新或者太舊的版本，自帶庫文件版本和編譯器版本有異等因素都可能造成編譯失敗，RHEL5U1、Fedora7是我推薦的。
    -axT是優化選項，針對Core2架構，對不同類型intel的CPU應當用不同優化選項，詳見/opt/intel/fce(or cce)/10.1.015/doc/Doc_index.htm，進入Document那項，選Optimizing Applications-Using Compiler Optimizations
    久久精品国产99久久香蕉