使用Multiwfn非常便利地創建CP2K程序的輸入文件 文/Sobereva@北京科音 First release: 2021-Feb-22  Last update: 2023-May-11 1 前言 CP2K（https://www.cp2k.org）是速度非常快，功能又比較全面的第一性原理程序，受到越來越多的重視，有很多無可替代的重要價值。CP2K的一個問題是輸入文件寫起來極其繁瑣，一個簡單的任務的輸入文...

CP2K第一性原理程序在CentOS中的簡易安裝方法 文/Sobereva@北京科音 First release: 2021-Feb-16  Last update: 2023-Jan-21 1 前言 CP2K（https://www.cp2k.org）是非常好的第一性原理程序，開源免費，跑中、大周期性體系比起主流的基于平面波的程序如Quantum ESPRESSO、VASP等速度快得多，而且筆者寫的Multiwf...

計算適用于OPLS-AA力場做模擬的1.2*CM5原子電荷的懶人腳本 文/Sobereva@北京科音  2021-Jan-28 根據J. Phys. Chem. B., 121, 3864 (2017)中的測試，基于OPLS-AA力場的模擬很適合結合1.2*CM5原子電荷。雖然用1.2*CM5的時候水合自由能的計算精度稍遜于文中測試的另一種原子電荷1.14*CM1A-LBCC（因為這種原子電荷本來就是針對水合自由能訓練的校正參數），但在計算...

使用Multiwfn計算過渡金屬的d-band center（d帶中心） 文/Sobereva@北京科音 First release: 2021-Jan-14  Last update: 2022-Jun-2 1 前言 Multiwfn具有靈活強大的繪制態密度（DOS）曲線的功能，見《使用Multiwfn繪制態密度(DOS)圖考察電子結構》（http://www.shanxitv.org/482），沒看過此文的話務必先仔細...

使用Gaussian做鑭系金屬配合物的量子化學計算 文/Sobereva@北京科音  2021-Jan-13 0 前言 過渡金屬配合物體系的量子化學計算比主族體系的計算通常更復雜，因為在判斷自旋多重度方面需要更多考慮，SCF收斂整體更難（d軌道近簡并所致），而且還有更高幾率收斂到不穩定波函數。而鑭系錒系配合物的計算甚至更困難，由于f軌道近簡并導致SCF比過渡金屬配合物還更難收斂（除非鑭系錒系原子用大核贗勢，此時不需要描述f電子）...

2020年下半年觀看的非TV版動畫簡評 文/Sobereva  2021-Jan-1 這里對我從2020年7月1日開始截止到2020年12月31日觀看的非TV版動畫進行簡單評論。由于這類動畫不好對比和打分，我也就不給出評分了。以往的此系列文章和TV版動畫評論見http://www.shanxitv.org右方的“動畫評論”分類。 碧藍幻想 第二季 EX2 長度：23m45s 這個EX2屬于惡搞內容，分為兩部分。第一部分是葛蘭一行人去某...

基于背景電荷計算分子在晶體環境中的吸收光譜 文/Sobereva@北京科音  2020-Dec-23 1 前言 用Gaussian、ORCA等主流量子化學程序計算分子在真空中、在溶劑環境中的激發態和吸收光譜是非常簡單的事，參考比如《Gaussian中用TDDFT計算激發態和吸收、熒光、磷光光譜的方法》（http://www.shanxitv.org/314）、《Simulating UV-Vis and ECD spectra usin...

揭示各種新奇的碳環體系的振動特征 文/Sobereva@北京科音  2020-Dec-21 1 前言 在2019年Science, 365, 1299中報道凝聚相下首次觀測到18碳環（cyclo[18]carbon）后，幾何和電子結構特征新穎奇特的碳單環類體系就受到了化學家們的極大關注。北京科音自然科學研究中心（http://www.keinsci.com）對此類體系開展了大量研究并陸續發表了相關文章，包括成鍵、芳香性、激發態、...

2020年10月完結動畫簡評 文/Sobereva  2020-Dec-20 本文是筆者完整觀看過的2020年10月完結的19部全長TV版動畫和6部泡面番的簡評。注意其中多多少少有一些劇透的成份，怕被劇透又想了解哪些值得追的話就看評分就好了。所有新番筆者都看過前幾話（掃番過程的粗略觀感在http://bbs.keinsci.com/forum-68-1.html里的相應帖子里寫了），沒追的要么是筆者對其題材有抗拒（比如恐怖或者過于低幼），要...

使用ORCA做從頭算動力學(AIMD)的簡單例子 Sobereva@北京科音 First release: 2020-Dec-13  Last update: 2021-Jul-7 1 前言 基于量子化學方法的動力學一般稱為從頭算動力學（Ab initio molecular dynamics, AIMD），相比于基于一般的經典力場的動力學，其關鍵優勢在于精度高、普適性強、能夠描述化學反應，代價是耗時相差N個數量級...

談談不同量子化學程序計算結果的差異問題 文/Sobereva@北京科音  First release: 2020-Nov-1   Last update: 2023-Jun-18 經常有人問，為什么他用的兩個不同量子化學程序在相同級別計算下計算結果存在差異，也常有人問用不同的量子化學程序算的結果能否放在一起對比。在此文就專門說一下導致不同程序間，也包括相同程序的不同大版本間計算結果存在差異可能的因素。首先說最簡...

本文詳細介紹如何將構象生成程序Confab或Frog2與molclus程序（http://www.keinsci.com/research/molclus.html）做柔性有機體系的構象搜索。請在http://bbs.keinsci.com/thread-20063-1-1.html觀看

截止到2020年10月13日，引用Multiwfn的文章已達6000篇，用戶已遍及世界超過70個國家！下面是第5001~6000篇使用了Multiwfn程序發表的文章的全文pdf合集（其中漏了個別文章對應的文件，不好找了。還有個別的沒下載權限，用本文本文檔代替了）。 百度網盤下載地址（速度慢）：鏈接：https://pan.baidu.com/s/1Y-inyAzv1iVZQ-9a9O9dEg 提取碼：e9vg Mega網盤下載地址（適合“有條件”的人下載，速度快）：...

使用Multiwfn繪制NMR譜 文/Sobereva@北京科音 First release: 2020-Oct-8   Last update: 2023-Jan-16  摘要：流行的波函數分析程序Multiwfn（http://www.shanxitv.org/multiwfn）也有強大、靈活、易用的光譜繪制功能，支持繪制UV-Vis、ECD、IR、Raman、VCD、ROA，見《使用Multiwfn繪制...

探究18碳環獨特的分子間相互作用與pi-pi堆積特征 文/Sobereva@北京科音  2020-Oct-3 1 前言 18碳環（cyclo[18]carbon）是18個碳組成的環狀體系，是近期最熱門的分子，它具有與一般化學體系截然不同的幾何結構、電子結構和各種性質。在2019年于凝聚相中被實驗觀測到后，這個新的碳的同素異形體打開了碳化學新的篇章，它在未來或許會有著如同富勒烯、石墨烯、碳納米管一樣的重要地位。 北京科...