gromacs和amber處理環肽的辦法 文/Sobereva @北京科音   寫于約2008年 環肽的模擬其實和直鏈肽沒有區別，只是環肽首尾相接，在讀入gmx和amber時需要做一些處理，否則會被當作N端和C端殘基自動進行特殊處理，而我們的目的就是讓pdb兩端的氨基酸被程序當成普通的處于中端的氨基酸殘基來處理，這樣使環中的每個氨基酸都沒有特殊性。 在amber的leap中，讀如氨基酸庫之后，用list可以看到N打頭和C打頭的一批氨基酸un...

VMD的APBS插件提示...unreadable的解決方法 文/Sobereva   寫于約2008年 這個插件是有bug的，mailing list也有報告，但是沒給出解決方法。 實際上這個問題是由于APBS插件寫入apbs.in里面的pqr文件路徑有誤導致的。 雖然偶...

將prodrg得到的itp轉化為rtp的程序itp2rtp V1.0 文/Sobereva @北京科音   寫于2008年 通過prodrg獲得的小分子.itp文件中，原子的順序總是發生變化，無法直接include使用。如果分子數目較少可以手動修改，但對于磷脂層這樣分子數眾多的情況就十分麻煩。 筆者開發了itp2rtp程序以解決此問題。此程序對.itp的格式進行簡單的轉換，輸入.itp文件，得到re...

玩windows任務管理器CPU占用率曲線 文/Sobereva   寫于2008年 以前聽說鄒某《編程之美》那書里說過，微軟面試的一個考題是如何讓CPU占用率保持50%，前幾天夜里自己編了個并且很容易就實現了，發現和正確答案非常像。然后我又加了幾句，讓之呈鋸齒形波動 下載地址/usr/uploads/file/20150602/20150602213422_37162.rar 運行時最好別開其它占用CPU資源的程...

計算化學攢機--電源篇 文/Sobereva @北京科音   2008-Sep-17 1.  品牌及選購 1.1 品牌簡介 1.2 關于代工廠商 1.3 品牌的選擇 1.4 適合購買的電源* 1.5 電源質量的簡易評判 2.  電源基礎知識 2.1 輸出電壓和各種線 2.2 電源接口 2.3 電源規范 2.4 服務器電源 3.  功率 3.1 電源功率的選擇 3.2 電源的真實功率 4.  電源指標 5.&nbs...

計算化學攢機--機箱篇 文/Sobereva @北京科音   2008-Sep-12 1. 機箱的規格 現在最常見的主板規格分為EATX(30.5x33.2cm，常見的雙路服務器主板尺寸)、ATX(30.5x24.2cm，長方形，最常見的民用主板規格及少部分雙路服務器主板)、Micro-ATX(24.2x24.2cm，PCI槽很少的正方形主板，用于小尺寸迷你機)。大機箱可以兼容小主板，但小機箱不能兼容大主板，比如服務器機箱一般都是EAT...

注意：GsGrid的全部功能早已經融合到了Multiwfn (http://www.shanxitv.org/multiwfn)當中作為主功能13，故GsGrid不再更新。 GsGrid V1.6 Extract data from Gaussian grid file and grid file calculation Programmed by Sobereva, 2009-Oct-7 Bug report or recommend: Sobereva@si...

VMD制作體系旋轉演示播放軌跡的gif動畫的簡單方法 文/Sobereva@北京科音    寫于約2008年 用這個方法可以做出體系旋轉演示的gif圖，適合嵌入網頁或幻燈片，比壓成視頻文件更清楚也往往更小，也無須調用videomach之類的，十分方便而且很快。而且可以保存進ppt保證演示時能夠播放，不像視頻文件嵌入ppt實際上只能作個視頻文件的鏈接，而且很多視頻還播放不了。 讀者必須用Linux版VMD。且讀者需要在Linux下安...

VMD顯示軌跡中粒子的空間密度分布的兩種方法 文/Sobereva 寫于約2008年  Last update: 2015-Jun-13   第一種方法是用顏色深淺顯示某原子在不同位置出現的概率，這種方法適合描述少數幾個粒子的密度分布，效果比較柔和。 渲染模式開GLSL，在Materials對話框里把Transparent材質復制到一個新的材質叫a 把a的Ambient設最大，Opacity設0.03，然后在文本控制臺source一下d...

使VMD播放軌跡時同步顯示幀號 文/Sobereva   寫于約2008年   把這段內容存為showframe.tcl，保存在vmd文件夾。啟動VMD后直接在文本控制臺運行source showframe.tcl trace variable vmd_frame(1) w sdf mol new proc sdf {args} {global vmd_frame graphics 0 delete all graphics 0 color...

使用g_densmap得到分子附近二維密度分布圖 文/Sobereva @北京科音   寫于約2008年 Gromacs的g_densmap可以把體系中某個組的出現密度投影到一個平面上，-aver設定一個軸，默認是z，也可以是x和y，投影到的就是垂直于這個軸的面，如z就是xy。-xmin和-xmax設定這個軸上的指定坐標范圍內的粒子被投影到那個平面上。得到.xpm圖。 g_densmap還可以做軸向-徑向密度分布圖。用-rmax定義徑向最大...

Fedora7下使用GaussView3.09的方法 文/Sobereva @北京科音   寫于約2008年   GaussView linux版主要是面向rh9那時代的系統開發的，fedora7-64bit下面使用需要幾個步驟 下載這個包 ...

聲明：此文最初發布于Sobereva的百度博客，后在網上被一堆博客胡亂轉載，卻不注明真正來源。此文真正原文在此！鄙視胡亂轉載但是不注明出處的人！ 解析gromacs的restraint、constraint和freeze 文/Sobereva @北京科音   寫于約2008年 gromacs里面人為固定坐標有三大類方式：restraint、constraint和freeze，有各自的特點。 限制(restraint) ...

mpich2多節點并行運算的設置 文/Sobereva @北京科音   寫于約2008年 在單節點上使用mpich2，編譯并行amber9并且并行運行的方法我前面已經介紹過了，下面介紹mpich2通用的多節點的設置方法，關于amber的并行設置，都在之前的帖子里。這里用root，fedora7。建立多節點并行運算，是計算化學工作者必備的能力，這里講得詳細些。 這里假設有兩臺電腦，分別叫vmware1和vmware2，IP分別為192.168.0.2...

Fedora8安裝sybyl8.0 文/Sobereva @北京科音   寫于約2008年 fedora8-64bit,root,之前無安裝sybyl老版本 1 下載：http://tanyenxao.blogspot.com/2008/06/tripos-sybyl-80-rapidshare-link.html，下載CD1和DVD1，crack在DVD1中，不需要單獨下 2 掛載： mkdir /mnt/iso mkdir /mnt/i...