將prodrg得到的itp轉化為rtp的程序itp2rtp V1.0
將prodrg得到的itp轉化為rtp的程序itp2rtp V1.0
文/Sobereva @北京科音 寫于2008年
通過prodrg獲得的小分子.itp文件中，原子的順序總是發生變化，無法直接include使用。如果分子數目較少可以手動修改，但對于磷脂層這樣分子數眾多的情況就十分麻煩。
筆者開發了itp2rtp程序以解決此問題。此程序對.itp的格式進行簡單的轉換，輸入.itp文件，得到result.rtp，其中的內容可以拷進力場的.rtp中，在pdb2gmx中相應力場就 認識了此分子。pdb2gmx讀進去的結構如果原子順序和itp中不符，輸出的結構就會按照rtp中的順序進行排列，與itp相符，使用這樣的結構就可以 直接在拓撲文件中include小分子.itp文件了。
使用方法：輸入文件名即可，如c:\pop.itp
此處pop.itp為prodrg得到的.itp文件，不要修改格式。