VMD制作體系旋轉演示播放軌跡的gif動畫的簡單方法

用這個方法可以做出體系旋轉演示的gif圖，適合嵌入網頁或幻燈片，比壓成視頻文件更清楚也往往更小，也無須調用videomach之類的，十分方便而且很快。而且可以保存進ppt保證演示時能夠播放，不像視頻文件嵌入ppt實際上只能作個視頻文件的鏈接，而且很多視頻還播放不了。

讀者必須用Linux版VMD。且讀者需要在Linux下安裝ImageMagick，這樣才腳本中調用的convert命令才能用。對于CentOS系統，運行yum install ImageMagick即可安裝。
 
 
將以下內容保存為makegif.tcl文件。

proc makegif {dir} {
    set frame 0
    for {set i 0} {$i < 360} {incr i 15} {
        set filename snap.[format "%04d" $frame].rgb
        render snapshot $filename
        incr frame
        rotate $dir by 15
    }
    exec convert -delay 10 -loop 4 snap.*.rgb movie.gif
    foreach k [ls snap.*.rgb] { file delete $k}
}

啟動VMD后在tk console運行諸如source /sob/makegif.tcl。然后運行makegif y，這樣體系就不斷繞著y軸旋轉并且截圖，自動調用convert命令將圖片合成為gif，儲存在當前文件夾（即tkconsole輸入pwd顯示的文件夾)。如果繞x軸旋轉就是makegif x，也可以是z。

對于Windows用戶，也可以使用以上腳本產生一批圖像文件后手動用ffmpeg、atani之類的軟件合成gif。


實際效果如圖：

(是否覺得蛋白部分顯示效果有點像分子月刊的圖呢？實現方法以后再談）

如果想減小gif體積，有三種方法

1 縮小3D顯示窗口

2 減少幀數，將makegif.tcl里面旋轉角度和i變量的增量改大

3 減少顏色，默認是256色，減到16色體積可減小約一半。把makegif.tcl的convert命令后面加上-colors 16即可。但16色有點太狠了，尤其是顏色比較豐富的時候，32色才算勉強。

制作軌跡演示的gif動畫

和上面方法用起來類似，腳本內容如下

proc maketragif {start end {step 5} {color 32} {delay 5}} {
for {set fn $start} {$fn < $end} {incr fn $step} {
   set filename snap.[format "%05d" $fn].rgb
   render snapshot $filename
   animate goto $fn
}
exec convert -delay $delay -loop 999 -colors $color snap.*.rgb movie.gif
foreach k [ls snap.*.rgb] { file delete $k}
}

同樣先source一下這個腳本，然后可以用maketragif命令了
用法: maketragif 起始幀數 結束幀數 [步長] [顏色數] [動畫中每幀間隔時間]
[]內代表非必需的參數
默認步長為5幀，顏色數32，每幀間隔5。
例如maketragif 350 650 5 64 10，代表350幀至650幀每5幀截一幅圖，連結成gif，64種顏色，動畫中每幀間隔為5。軌跡的動畫生成在同目錄movie.gif

當然也可以只輸入maketragif 350 650，步長、顏色數、動畫中每幀間隔時間都用默認的。