后記：后來又寫了《用Multiwfn+VMD做RDG分析時的一些要點和常見問題》（http://www.shanxitv.org/291），是對本文內容的極其重要的補充，務必在看完本文后閱讀！另外也推薦之后閱讀《繪制有填色效果的用于弱相互作用分析的RDG散點圖的方法》（http://www.shanxitv.org/399）、《使用Multiwfn研究分子動力學中的弱相互作用》（http://www.shanxitv.org/186）、《使用Multiwfn做aNCI分析圖形化考察動態過程中的蛋白-配體...

小測Tesla C2050在amber11上的性能 文/Sobereva @北京科音  2010-Aug-13 nVidia正在做tesla免費試用活動，國內由AMAX負責，提供5個小時的測試時間，通過SSH遠程登陸，機子是XEON 5520*2, 16GB, Tesla C2050*2。用它們的機子測了下Tesla C2050在amber11下的性能，基本與amber官網上的數據吻合，略微偏低一點。下面數據中測Tesla時的Amber11的pmemd....

NBO程序的.31至.40文件格式及轉換為.wfn文件的方法 文/Sobereva @北京科音 First release: 2010-Jul-12   Last update: 2011-Aug-4 我曾經寫過《高斯fch文件與wfn波函數文件的介紹及轉換方法》一文，見http://www.shanxitv.org/55，本文是對那篇文章內容的拓展，重復的內容就不再介紹了，建議先回顧一下。 1 .31至.40文件簡介 想獲得某種...

顯示粒子運動軌跡的VMD腳本 文/Sobereva   2010-Jun-29 經常需要通過將運動軌跡連線來描繪粒子的運動路徑，此腳本可以實現這個目的 proc showtrj {fps1 fps2 space selection} { set selnow [atomselect top $selection frame $fps1] set selnext [atomselect top $selection frame $fps1] se...

適合理論、計算化學投稿的期刊及其2009年影響因子 文/Sobereva @北京科音    Last Update: 2011-Apr-14 很多其它期刊中也零零散散有一些理論、計算化學類文章，就不列出了，免得列表冗雜且缺乏重點。一些小國家影響力小的刊物也不列了，比如棒子的B KOREAN CHEM SOC。期刊名稱是標準縮寫，括號里面是常用簡稱或者全名，之后是印刷版ISSN號。 主要刊物： J CHEM PHYS(JCP) 0021-96...

注：在撰寫本文后筆者還撰寫了大量與ELF有關的文章，連同其它各種ELF相關資料，可以在這里訪問：“ELF綜述和重要文獻小合集”（http://bbs.keinsci.com/thread-2100-1-1.html） 電子定域性的圖形分析 文/Sobereva @北京科音 First release: 2010-Jun-13  Last update: 2012-Oct-24 摘要：本文回顧了電子定域性分析...

VMD里通過疊加方式表現蛋白質骨架活動性的腳本 文/Sobereva   2010-May-25 透明的材質的物體越疊加越深，通過這種方法繪制軌跡中每一幀的骨架（CA原子），就容易看出不同位置的活動性，并與B因子/RMSF相互對照。 首先自定義一下材質，在Material窗口中選Transparent，然后點Create New，將新材質命名為a。然后在控制臺執行draw material a，并執行draw color iceblue，當然也可以用自...

筆者注：讀者不要說諸如“此文我看了，還是不收斂”、“我用了文中的方法還是不收斂”這類話，然后問我怎么解決，筆者極度反感這種說法。絕對沒有哪個方法能100%保證解決SCF不收斂。本文絕對沒有一條餿主意，所有Gaussian支持的真正有可能能解決SCF不收斂的做法在本文都已經全面列舉了，沒有任何遺漏，沒有可補充的。倘若本文的做法都做了嘗試還沒解決，那也別指望有任何其它方法能解決。才隨便試了文中一個做法，或者以不正當的方式（沒有真正了解原理的基礎上）瞎試幾個就說沒解決問題，這根本什么也...

詳解Gaussian中混合基組、自定義基組和贗勢基組的輸入 文/Sobereva @北京科音 First release: 2010-May-6  Last Update: 2019-Sep-11 Gaussian的初學者經常在混合基組、自定義基組和贗勢的輸入方面犯錯，此文就具體說說怎么正確用它們。   1 混合基組的輸入 混合基組就是指不同的原子用不同的基組。寫gen關鍵詞代表從坐標部分后面讀入基組定義。用IOp(3/24=1)可以顯示每...

小談幾種量子化學方法對氫分子解離過程的描述 文/Sobereva @北京科音 First release:2010-Apr-18  Last update:2010-Jun-2 本文簡要討論幾種常見的量子化學方法對氫分子解離過程的描述。假設使用極小基，兩個氫原子的1s軌道分別為Xa和Xb，考慮的是基態（單重態）的解離過程。 常有人懷疑在解離過程中多重度是否會變化，是否應當在遠距離時改成三重態，實際上不需要改變多重度。以分子軌道模型來看，兩個氫距離較近...

雜談交換互斥(exchange repulsion)作用 文/Sobereva @北京科音 First release:2010-Apr-15  Last update:2020-May-17 一般量化計算中說的交換能和能量分解中常說的交換互斥(exchange repulsion)能的本質都在于Pauli反對稱原理推得的Pauli互斥原理，它使得具有相同自旋的電子在空間中相互回避，平均距離增加，如同有某種互斥力（有時被稱為Pauli斥力），導致它們之...

Gaussian的Link、IOp與非標準計算路徑 文/Sobereva @北京科音   2010-Mar-9 1. Gaussian程序的基本結構 高斯是由很多功能不同的獨立可執行程序組成的，它們被稱為Link，在它們之間通過臨時文件來傳遞數據，最主要的是rwf文件，每個Link的功能在高斯手冊里都有簡單介紹。Link間的調用順序實際上是隨意的，但是只有某些固定順序的調用（還包括循環、分支、跳轉方式的調用）才有意義，才能完成特...

由Mulliken布居和Lowdin布居再談旋轉不變性問題 文/Sobereva @北京科音   2010-Feb-20 前言： 最近看到兩篇Mayer的討論Lowdin布居旋轉不變性問題的文章Int. J. Quant. Chem, 106, 2065-2072和CPL, 393, 209-212，受到啟發，繼之前寫的《談談原子軌道朝向引起的量化計算結果與經驗觀念的差異》（http://www.shanxitv.org/52），本文對旋轉坐標問題...

高斯fch文件與wfn波函數文件的介紹及轉換方法 文/Sobereva @北京科音  2010-Feb-1 了解高斯的格式化檢查點文件fch和波函數文件wfn的格式和每項的意義對編寫第三方量化輔助程序是很重要的，前者蘊含的信息豐富，后者更為簡明而且通用。本文將解讀wfn文件的格式和讀、寫代碼，對fch中的一些要點進行介紹，介紹如何寫出將fch轉化為wfn文件的程序fch2wfn，以幫助大家認識這兩種文件并利用fch和wfn寫出相關程序。 ...

計算不同z位置水能形成氫鍵數的VMD Tcl腳本 文/Sobereva   2009-Nov-8 有人請我寫一個計算垂直于溶液界面的即不同z值處的水能形成氫鍵數的腳本，下面是我的VMD Tcl腳本，或許有人也用得著。 氫鍵判據用的是常用的35度3.5埃的幾何判據，當然也可以直接在腳本里改。計算方法是，只要有水分子有一個原子在某一層里，則這個水分子就認為屬于這一層的水。對于每一幀，計算屬于每一層的水selin與其它物質selbig之間的氫鍵數，氫鍵包括...