顯示粒子運動軌跡的VMD腳本

經常需要通過將運動軌跡連線來描繪粒子的運動路徑，此腳本可以實現這個目的

proc showtrj {fps1 fps2 space selection} {
set selnow [atomselect top $selection frame $fps1]
set selnext [atomselect top $selection frame $fps1]
set num [$selnow num]
for {set fps $fps1} {$fps<$fps2} {incr fps $space} {
$selnow frame $fps
$selnext frame [expr $fps+$space]
$selnow update
$selnext update
for {set i 0} {$i<$num} {incr i 1} {
draw line [lindex [$selnow get {x y z}] $i] [lindex [$selnext get {x y z}] $i]
draw sphere [lindex [$selnext get {x y z}] $i] radius 0.12
}
puts "Frame $fps done"
}}

使用方法：showtrj 最初幀 最末幀 幀數間隔 選擇范圍

下圖是VMD自帶的alanin軌跡的1至95幀中兩末端的C的軌跡，首先運行draw color red設定軌跡為紅色（默認為藍色），然后執行showtrj 1 95 1 "index 1 61" 即可。圓點是每一幀兩原子的位置，圖中的結構是第95幀的情況。可見alanin最初的alpha螺旋結構發生了很大變化，兩端最后縮到一起，成了C形構象。



下圖是某蛋白平衡狀態1ns內的CA原子的運動軌跡。不想繪制顯示每幀的圓球只需將腳本中draw sphere [lindex [$selnext get {x y z}] $i] radius 0.12這句去掉。由于軌跡幀數較多(1000幀)，每幀都繪制一次不僅速度很慢，而且線條太密，所以改成每50幀繪制一次。運行showtrj 0 1000 50 "name CA"得到下圖