VMD里通過疊加方式表現蛋白質骨架活動性的腳本

透明的材質的物體越疊加越深，通過這種方法繪制軌跡中每一幀的骨架（CA原子），就容易看出不同位置的活動性，并與B因子/RMSF相互對照。

首先自定義一下材質，在Material窗口中選Transparent，然后點Create New，將新材質命名為a。然后在控制臺執行draw material a，并執行draw color iceblue，當然也可以用自己喜歡的顏色，比如orange。這樣就說明接下來繪制的物件都是iceblue顏色，用材質a。將Display-Render mode設為GLSL。

然后將下面內容復制到控制臺里執行，就新增了supshow命令

proc supshow {fps1 fps2 space} {
for {set fps $fps1} {$fps<$fps2} {incr fps $space} {
set selca [atomselect top "name CA" frame $fps]
set calist [$selca get {x y z}]
for {set n 0} {$n<[expr [$selca num]-2]} {incr n 1} {
draw cylinder [lindex $calist $n] [lindex $calist [expr $n+1]] radius 0.1 filled yes resolution 20
}
$selca delete
echo "frame" $fps "done"
}}

將軌跡載入（并且Align一下消平動轉動），然后比如執行supshow 1 80 2就說明從1到80幀每2幀繪制一次骨架結構。繪制到了哪幀會在控制臺實時輸出。繪制完畢后，自行調整a材質的各個屬性，主要是opacity和Ambient，效果會實時展現出來，可以得到類似上圖的效果。很明顯中間區域alpha螺旋活動性小，線的顏色深，而外側則比較虛、零散，說明活動性大。若顯卡較老不支持GLSL，則沒有透明效果。


再稍微ps一下，會好看些：