注：本文內容比較適合Gaussian09，而對于Gaussian16，本文的某些描述已經過時，做法也不是最好的。 振動分辨的電子光譜的計算 文/Sobereva @北京科音 First release: 2014-Feb-24   Last udpate: 2016-Apr-15 1 原理 表面上看，光電子能譜、UV-Vis都只是電子態之間的變化的光譜（本文只討論UV-Vis吸收光譜），吸收峰來...

注：筆者后來開發了genmixmem，可以實現genmem的所有功能，還能生成混合膜，因此genmem已沒有存在意義了。見《生成混合組分的磷脂雙層膜結構文件的工具genmixmem》（http://www.shanxitv.org/245） 生成磷脂雙層膜結構文件的小工具genmem 文/Sobereva@北京科音  2014-Feb-20 能夠生成磷脂雙層膜結構文件用于分子動力學模擬的程序不少，比如packmol（http://www.ime...

談談諧振頻率校正因子 文/Sobereva @北京科音 First release: 2014-Jan-19   Last update: 2020-May-17 1 頻率校正因子的基本知識 通常理論計算的頻率是諧振頻率，由于忽視了非諧振效應，而且理論方法本身也有誤差，所以直接基于它計算基頻、零點能、焓、熵都可能有較大誤差。而將頻率校正因子（后文簡稱校正因子）乘在理論計算出的諧振頻率上，基頻以及熱力學校正量就變得較為準確了...

一些波函數分析詞匯的中文翻譯 文/Sobereva @北京科音 First release: 2014-Jan-16   Last update: 2014-Mar-4 由于波函數分析方面目前沒有中文的專著，很多波函數分析方法甚至從未在中文文獻中出現過，導致有些人在寫中文論文時遇到困難，不知道怎么翻譯波函數分析當中的詞匯。這里就把波函數分析里中的主要詞匯的中文譯名給出來。有些詞匯是類似的，看一個詞就能知道另一個詞怎么翻譯，因此很多相似的詞就省...

2013年度完結動畫總評 文/Sobereva   2014-Jan-5   此文對筆者完整看過的2013年度完結的82部TV版動畫進行總評，其中17部是泡面番，劇場版、OVA之類的都沒有納入其中。此文只有“2014年1月完結”部分是新寫的，4月、7月、10月完結的動畫的評論在作品剛完結之時就已經寫好并發在了blog上，在此文只是匯總而已（所以有些文字現在看起來已經out了）。去年和前年的總評見： 2012年度完結動畫總評：h...

C84音樂推薦 文/Sobereva  2013-Jan-5   由于C84后亂七八糟的事就極多，能認真聽碟、仔細篩選曲目的時間不夠充裕，然而我對音樂的執念又異常強烈，納入推薦的曲目一定是反復聆聽精挑細選的，結果就一直拖到了C85都結束了才把C84音樂推薦下寫出來。從當年C75音樂推薦一直寫到現在，這算是寫得最遲的一次（想來都寫了近5年了，時光荏苒）。不過好音樂什么時候聽都一樣。這些推薦的音樂精選自119張C84的專輯，...

PM7、PM6-DH+半經驗方法在優化堿基對兒時的失敗 文/Sobereva @北京科音 First release: 2013-Dec-30 Last update: 2015-Jul-18 已在《大體系弱相互作用計算的解決之道》（http://www.shanxitv.org/214）當中介紹過PM7和PM6-DH+，這兩種方法專門考慮了弱相互作用，對于優化弱相互作用大體系是很合適的。 筆者最近優化了一個GC堿基對兒體...

注1：經常有Multiwfn用戶閱讀本文不仔細導致操作不當，無法正確繪制出ICSS，故這里提供苯的ICSS計算涉及到的所有文件：http://www.shanxitv.org/attach/216/benzene.rar。繪制不成功者請先嘗試直接用這里的文件進行繪制，并仔細對照這里面的文件和自己算出來的文件。 注2：本文很多例子中利用了用戶自定義函數-1來基于ICSS_ZZ格點數據做三線性插值繪制平面圖、曲線圖。而后來Multiwfn支持了更好的三維B-spline插值，得到...

第五屆ANIMANIA圣誕祭演唱會“Infinity∞”雜談、照片和全部錄像 文/Sobereva(3)   2013-Dec-24 第五屆ANIMANIA同人ACG圣誕祭演唱會“Infinity∞”于2013年12月21日在MAO Live House舉行。這是寡人第7次參加AM的演唱會了，也是第七次寫雜談了。我記得大抵是十月份，AM在MAO也有個演出，但貌似那次演出比較私密，有點內部演出的意味，居然大抵是演出前幾天才...

大體系弱相互作用計算的解決之道 文/Sobereva @北京科音 First release: 2013-Dec-18   Last update: 2018-Jun-3 1 前言 以DFT-D為代表的一大類色散校正方法使得大體系弱相互作用的計算成為了可能，介紹和使用見《DFT-D色散校正的使用》（http://www.shanxitv.org/210）。筆者曾在《亂談DFT-D》（http://www.shanxitv.org/83...

LACVP這類方式命名的基組的含義 文/Sobereva @北京科音 First release: 2013-Nov-16   Last update: 2018-Oct-17   這類基組的命名是來自Jaguar程序，詳見Jaguar手冊。它們都是混合基組，對輕原子用全電子基組，對重原子用Hay和Wadt開發的Los Alamos贗勢基組。故開頭兩個字母是LA。這類贗勢對于超過Kr的元素...

mopac2xyz：將MOPAC的幾何優化過程轉換為xyz軌跡文件的工具 文/Sobereva @北京科音 First release: 2013-Nov-12    Last update: 2021-Sep-20     最近用MOPAC優化一些大體系，雖然有現成的程序諸如gabedit可以觀看優化后的結構，但是沒法像在GaussView里那樣觀看優化過程中的結構 ...

DFT交換相關泛函庫的使用方法 文/Sobereva @北京科音 First release: 2013-Nov-10    Last update: 2019-Feb-10 1 前言 DFT大行其道的今天，寫量子化學程序總是免不了要涉及DFT計算，而DFT的核心就是交換相關泛函。現有的交換相關泛函數目甚巨，每年都有新的泛函被提出。交換相關泛函形式往往比較復雜，要想求其導數更是件麻煩事（...

注：本文主要講DFT-D3。筆者后來又寫了文章專門介紹DFT-D4，見《DFT-D4色散校正的簡介與使用》（http://www.shanxitv.org/464）。 DFT-D色散校正的使用 文/Sobereva @北京科音 First release: 2013-Nov-7  Last update: 2023-Jun-16  1 前言 很多傳統的交換-相關泛函，諸如B3LYP，由于相關勢的長程...

靜電效應主導了氫氣、氮氣二聚體的構型 文/Sobereva @北京科音  2013-Nov-6 氫氣和氮氣分子是最基本、最簡單的無極性分子。由于沒有極性，所以人們普遍認為由它們構成的二聚體(H2)2、(N2)2和(H2)(N2)都是范德華二聚體，也就是分子間相互作用純粹靠范德華作用。然而J. Mol. Model., 19, 5387-5395的名為Revealing the nature of intermolecular in...