mopac2xyz：將MOPAC的幾何優化過程轉換為xyz軌跡文件的工具

mopac2xyz：將MOPAC的幾何優化過程轉換為xyz軌跡文件的工具

文/Sobereva @北京科音
First release: 2013-Nov-12    Last update: 2021-Sep-20

 

 

最近用MOPAC優化一些大體系，雖然有現成的程序諸如gabedit可以觀看優化后的結構，但是沒法像在GaussView里那樣觀看優化過程中的結構 變化。而看不到優化過程的話，特別是對于較大體系，就心里沒譜。另外這些支持MOPAC的可視化程序的界面也著實不好。遂寫了個小程序，把MOPAC的優化任務的輸出文件轉化為xyz格式的軌跡文件（介紹見談談記錄化學體系結構的xyz文件http://www.shanxitv.org/477），然后將xyz文件直接拖到VMD里就可以很方便地觀看優化過程中結構怎么變化了。

 

mopac2xyz 1.0.3版下載地址：http://www.shanxitv.org/soft/mopac2xyz_1.0.3.zip

使用說明：

mopac2xyz用來把MOPAC的EF方式的幾何優化的結構變化過程提取出來構成多幀xyz文件。然后直接將生成的xyz文件拖進VMD就可以觀看優化過程的結構變化了。

當前mopac2xyz版本已測試能夠兼容MOPAC 2012/2016。不保證能兼容其它版本的MOPAC的輸出文件。

壓縮包內的test.mop是示例輸入文件，test.out是相應的輸出文件。mopac2xyz.exe是編譯好的Windows版程序，無后綴的mopac2xyz文件是編譯好的Linux版程序。

啟動mopac2xyz后先輸入MOPAC的優化任務的輸出文件名。由于優化過程可能步數很多，為了減少輸出文件的幀數，程序會讓你指定每多少步輸出一次到.xyz文件里，如果輸入1，那么每一步的結構都輸出。程序處理完之后，結構變化過程就都存到當前目錄下的.xyz文件中了。

注意MOPAC的輸入文件必須用笛卡爾坐標，并且必須寫PRNT=2關鍵詞。并且輸入文件第三行的內容必須是All coordinates are Cartesian（是為了讓mopac2xyz能夠定位）。如果任務不是EF方法優化，而是比如L-BFGS方法優化（對較大體系默認如此），那么此程序提取出來的只有初始結構和優化后的結構，也有可能提取不成功。此時用戶必須加上EF關鍵詞才能提取優化過程的所有幀。建議用戶總帶著PRNT=2 EF關鍵詞。
 
有問題請電子郵件聯系我（程序啟動時顯示了）。