談談約束性DFT(CDFT) 文/Sobereva @北京科音 First release: 2014-Dec-29  Last update: 2023-May-17   1 原理 經常有人，特別是初學者會問量化計算中如何設定原子的電荷，他們想讓某些原子或片段的電荷成為理想的整數。會問這個問題，大多都是對量化計算原理沒搞透徹所致，筆者在《談談片段組合波函數與自旋極化單重態》（http...

NWChem的編譯方法 文/Sobereva @北京科音 First release：2014-Dec-22   Last update：2020-May-6 本文介紹編譯NWChem 7.0的最簡單的方法。筆者的操作系統是CentOS 7.4 64bit，用戶是root。編譯器用的gfortran。官方也有編譯說明，見https://github.com/nwchemgit/nwchem/wiki/Compiling-NW...

補充：筆者后來又寫了一篇《使用Multiwfn+VMD快速繪制高質量分子軌道等值面圖》（http://www.shanxitv.org/447）和《用VMD繪制藝術級軌道等值面圖的方法》（http://www.shanxitv.org/449），并且配有演示視頻，介紹了如何基于腳本非常方便快速地將Multiwfn與VMD相結合繪制效果極好的軌道圖像。看完本文后請務必看這兩篇文章。 使用Multiwfn觀看分子軌道 文/Sobereva @北京科音 ...

注：本文的做法如今已經完全過時，如今強烈建議用Sobtop（http://www.shanxitv.org/soft/Sobtop）建立納米球/管/板的拓撲文件，比x2top靈活得多，參考網頁里的例子。 使用Gromacs模擬碳納米管的一個簡單例子 文/Sobereva @北京科音   2014-Dec-15 很早以前寫過一個帖子《amber與gromacs讀入碳納米管的方法》（http://www.shanxitv.org/39）...

利用約化密度梯度(RDG)考察AIM臨界點的位置 文/Sobereva @北京科音 First release: 2014-Dec-14  Last update: 2022-Aug-17 約化密度梯度(RDG)定義如下 RDG把電子密度梯度轉化為了無量綱的形式，用于GGA泛函中。RDG的其它用處想必很多人已經知道了，就是可以考察弱相互作用區域，這在《使用Multiwfn圖形化研究弱相互作用》...

幾種生成有機分子GROMACS拓撲文件的工具 文/Sobereva @北京科音 First release：2014-Dec-9  Last update: 2022-Mar-15       本文把各種可以產生GROMACS拓撲文件的工具進行匯總。具體細節和實際使用例子筆者在北京科音分子動力學與GROMACS培訓班里會詳細講（http://www.keinsci.com/workshop/...

亂談激發態的計算方法 文/Sobereva @北京科音 First release: 2014-Dec-7    Last update: 2021-Jun-4 這個文章就是隨意胡亂談一下各種計算激發態的方法，對于用得最多的TDDFT多費點筆墨。限于時間精力，嚴謹詳細的探討留待日后。如果對電子激發計算完全是門外漢，很建議讀一下這篇入門級綜述文章，會很有幫助：Chem. Soc. Rev., 42, 845-856 (20...

CASSCF計算雙自由基以及雙自由基特征的計算 文/Sobereva @北京科音   2014-11-24 1 前言 雙自由基就是指一個體系里有兩個未成對兒電子，它們的自旋相反，因此是單重態的體系。 普通的單重態體系是閉殼層的，所有電子都是配對兒的。最理想的雙自由基體系，是兩個自旋彼此相反的單電子之間完全不配對兒，二者的空間分布彼此完全分離。而多數雙自由基體系，情況介于二者之間，即兩個單電子之間部分配對兒，分布沒有...

以前版本的安裝方法參見： 《Amber11+AmberTools1.5及CUDA版安裝方法，以及Amber12安裝方法》（http://www.shanxitv.org/103） 《Amber10安裝方法》（http://www.shanxitv.org/3）   Amber14安裝方法 文/Sobereva @北京科音   2014-Nov-22 編譯環境：RHEL6U1-64...

MOPAC的安裝方法 文/Sobereva@北京科音 First release: 2014-Nov-21  Last update: 2022-Jul-20 0 前言 MOPAC的安裝極為簡單，自帶的說明已經寫得很清楚，但還是經常見到有初學者問，這里就再說說。不熟悉MOPAC的話先看看《大體系弱相互作用計算的解決之道》（http://www.shanxitv.org/214）里面的介紹。 先去http://o...

利用Multiwfn計算傾斜、扭曲環的NICS_ZZ 文/Sobereva @北京科音 First release: 2014-Nov-19  Last update: 2021-Oct-26 1 前言 NICS、NICS(1)_ZZ的定義在《衡量芳香性的方法以及在Multiwfn中的計算》（http://www.shanxitv.org/176）的3.1節有詳細介紹。NICS(1)_ZZ具體指的是垂直于...

VMD里使用環境光遮蔽改進渲染效果 文/Sobereva   2014-Nov-17 在較新版本的VMD里，可以使用ambient occlusion（AO,環境光遮蔽）來改進自帶的Tachyon渲染器的渲染效果。這可以使體系在光線照射下呈現的陰暗區域柔和、自然地表現出來，絲毫不遜色于用povray渲染，甚至看著更舒服一些。 開啟AO的做法很簡單，在display setting里面把Shadows和Amb. Occl.打...

第二屆帝都大音樂祭雜談 文/Sobereva(3)   2014-Nov-10 第二屆帝都大音樂祭于2014年11月8日在雍和宮那邊的糖果KTV三層舉行，從下午1點到6點。整體令人滿意，質量高。這次演出原本更早，由于破APEC被延期了一周。 第一屆大音樂祭我沒去過，前一陣偶然看到有這個音樂祭的消息，加上一直很喜歡ACG的live（ANIMANIA的這種類型的live都去過9次了），于是也就去了。門票實話說不便宜，180...

使用Gaussian時的幾個實用腳本和命令 文/Sobereva @北京科音  First release: 2014-Nov-5  Last update: 2022-Jun-6 本文提供幾個平時Gaussian計算時常用的簡單小腳本和命令，對于實際研究很有用處，也希望讀者能舉一反三。另外也非常建議讀者看看《詳談Multiwfn的命令行方式運行和批量運行的方法》（http://www.shanxitv.org/612），里...

用Hirshfeld電荷和信息增益研究親電性和親核性 Sobereva @北京科音 2014-Nov-1   對于化學體系，Shannon熵定義為-∫ρ(r)lnρ(r) dr，其中ρ是體系的電子密度。 劃分分子成為原子空間的方法很多，如Hirshfeld、AIM、Becke、ISA等。Nalewajski和Parr在PNAS, 97, 8879 (2000)中指出，如果用Hirshfeld方式劃分分子空間來...