談談Gaussian產生downhill路徑的功能 文/Sobereva@北京科音  2020-Sep-14 1 前言 在Gaussian程序的IRC關鍵詞中，有一個叫downhill（下坡）的選項，很多人都沒有留意過，在本文就介紹一下此選項的實際用處。我們一般跑IRC都是從過渡態開始跑的，詳見《在Gaussian中計算IRC的方法和常見問題》（http://www.shanxitv.org/400），而IRC=downhill任務則可...

一篇文章深入揭示外電場對18碳環的超強調控作用 文/Sobereva@北京科音 First release: 2020-Sep-13  Last update: 2022-Jul-19 0 前言 2019年，Science的一篇文章中首次在凝聚相中觀測到了由18個碳原子組成的環狀體系，即18碳環（cyclo[18]carbon），其十分獨特的幾何結構和電子結構立刻引起了化學家們的極大關注，一年來就已經有20多篇相關...

在VMD中顯示Gaussian計算的原子受力 文/Sobereva@北京科音  2020-Sep-13 在量子化學研究中，原子受力往往是非常值得關注的量。Gaussian程序可以通過force關鍵詞計算原子的受力，然后在GaussView中可以根據原子受力大小進行著色，但是沒法繪制出受力矢量。本文介紹如何在免費、靈活、強大的VMD程序中，通過筆者自寫的tcl腳本，將Gaussian計算的原子受力非常直觀地通過箭頭展現出來，這對于一些量子化學...

實驗測定分子結構的方法以及將實驗結構用于量子化學計算需要注意的問題 文/Sobereva@北京科音 First release: 2020-Sep-10  Last update: 2021-Jan-4 筆者在網上答疑時，經常有人問類似于“實驗測定的分子結構，做量子化學計算時還需要優化么？”這種問題。我覺得值得寫一篇文章將實驗測定分子結構的原理科普一下，并順帶談談相關問題。搞懂了測定原理、測定時的環境和計算時的條件的差異，才能...

在VMD中繪制Gaussian計算的分子振動矢量的方法 文/Sobereva@北京科音  First release: 2020-Sep-8    Last update: 2022-May-19 Gaussian用戶觀看freq任務產生的振動矢量一般都是通過GaussView看（雖然也有ChemCraft等其它一些程序也可以看）。然而，起碼對于GaussView 6來說，GaussView顯示振動矢...

Multiwfn 3.7正式版隆重發布！ 文/Sobereva @北京科音  2020-Aug-14 1 前言 Multiwfn是極為流行、功能最全面的的量子化學波函數分析程序，被學術文章引用得越來越多（目前已被近70個國家的研究者共引用5600多次），用戶數越來越龐大。Multiwfn的上個正式版3.6是2019年5月21日發布的，經過近一年有余的不懈發展、改進和完善，Multiwfn 3.7正式版終于正式發布！目前已經可以...

XCrySDen在CentOS上的傻瓜式安裝方法 文/Sobereva@北京科音  2020-Jul-22 1 前言 XCrySDen（http://www.xcrysden.org）是非常流行的第一性原理程序Quantum ESPRESSO用戶經常用的重要工具，可以觀看輸入輸出文件、觀看軌跡、設置k點等，而且作圖效果挺不錯。XCrySDen在Ubuntu上比較容易運行，但對于做計算化學的人用得非常多的CentOS就不那么容易了...

2021-Aug-31補充：本文提及的Multiwfn采用的新的靜電勢計算方法已經正式發表于Phys. Chem. Chem. Phys.期刊，請閱讀《Multiwfn使用的高效的靜電勢算法的介紹文章已于PCCP期刊發表！》（http://www.shanxitv.org/614），里面包含更多測試數據和相關事項的說明。 Multiwfn的計算靜電勢的內部代碼速度得到了巨幅提升！ 文/Sobereva@北京科音  2020-Jul-11 ...

Quantum ESPRESSO在Linux中的安裝方法 文/Sobereva@北京科音 First release: 2020-Jul-10  Last update: 2020-Jul-23 1 前言 Quantum ESPRESSO (QE)是用戶非常多、極為流行的第一性原理程序，而且完全開源免費。本文介紹一下QE在Linux下的安裝過程。本文對于CentOS 7.x系列系統下安裝QE 6.5是完全適合的，對...

2020年7月完結動畫簡評 文/Sobereva  2020-Jul-9 本文是筆者完整觀看過的2020年7月完結的16部全長TV版動畫和2部泡面番的簡評。注意其中多多少少有一些劇透的成份，怕被劇透又想了解哪些值得追的話就看評分就好了。所有新番筆者都看過前幾話（掃番過程的粗略觀感在http://bbs.keinsci.com/forum-68-1.html里的相應帖子里寫了），沒追的要么是筆者對其題材有抗拒（比如恐怖或者胡搞類），要么就是由...

適合理論、計算化學投稿的期刊及其2019年影響因子（2020年公布） 文/Sobereva @北京科音  2020-Jul-4 未經授權，不得轉載 1 前言 此文對適合理論、計算化學投稿的期刊進行羅列，并附上2020年6月末公布的2019年影響因子(IF)。本文對于讀者了解有哪些期刊值得平時關注也有一定意義。這是第11次筆者寫此系列的文章，往年的文章見本文文末。 文中期刊名稱一般用標準縮寫，有的給出了常用首...

2020年上半年觀看的非TV版動畫簡評 文/Sobereva  2020-Jul-4 這里對從2020年1月1日開始截止到2020年6月30日觀看的非TV版動畫進行簡單評論。由于這類動畫不好對比和打分，我也就不給出評分了。以往的此系列文章和TV版動畫評論見http://www.shanxitv.org右方的“動畫評論”分類。 紫羅蘭永恒花園外傳 類型：劇場版 長度：90m44s 此作能在國內上映，而且還是日本播放后才幾個月就能在國內上映...

使用Multiwfn計算分子片段的偶極矩和復合物中單體的偶極矩 文/Sobereva@北京科音  2020-Jun-23 1 原理 時不時有人問怎么計算一個分子中某些片段的偶極矩，或者問怎么計算一個分子復合物中各個分子的偶極矩，確實這對于分析局部的極性很有意義，在本文就通過例子對做法進行說明。做這種分析必須使用2020-Jun-22之后更新的Multiwfn程序，可以在http://www.shanxitv.org/multiwfn免費...

談談量子化學研究中什么時候用B3LYP泛函優化幾何結構是適當的 文/Sobereva@北京科音 First release: 2020-Jun-11  Last update: 2020-Nov-17 1 前言 量子化學研究中什么場合用什么DFT泛函合適，在《簡談量子化學計算中DFT泛函的選擇》（http://www.shanxitv.org/272）中我已經說過了。量子化學研究中最常見的兩類任務就是單點能的計算和幾何優化...

在Comiket 97漫展入手的二次元物 Part 2 文/Sobereva   2020-Jun-7 本文的part 1見http://www.shanxitv.org/555。 其它同人本 艦娘本子。一個是以艦娘們自制各種簡單又美味的食物為題材，里面有些東西令我躍躍欲試，另一個是講艦娘們打棒球過程中的搞笑事情 自從《獸娘動物園》播出之后，藪貓就火了，...