sobeig：計算矩陣本征值和本征矢的便捷小程序 文/Sobereva@北京科音   2023-Jan-28 自己寫程序求解矩陣的本征值和本征矢極其簡單。但有時候需要對給定的矩陣隨手求一下本征值和本征矢，一般的計算器程序又沒有這個功能，往往又懶得寫或來不及現寫個程序去做，還有些人則完全不會寫。正好筆者在培訓班講課時需要現場求CP2K輸出的超精細耦合各向異性張量的本征值，就順手寫了個小程序叫sobeig，這里也分享出來。 ...

使CP2K計算的振動模式可以被GaussView觀看的程序：MfakeG 文/Sobereva@北京科音   2023-Jan-22 GaussView在觀看振動模式方面非常好用，可以方便地顯示振動矢量，播放和保存振動動畫，還可以沿特定的振動模式對結構進行位移，但GaussView只支持Gaussian程序的振動分析輸出文件。之前我寫過一個程序OfakeG，見《OfakeG：使GaussView能夠可視化ORCA輸出文件的工具》（...

談談記錄化學體系結構的mol2文件 文/Sobereva@北京科音  2022-Dec-31 1 mol2文件簡介 mol2文件是計算化學領域非常常用的記錄分子結構的格式，被很多程序所支持和利用。例如VMD、GaussView、Chem3D、OpenBabel、AmberTools里的Antechamber等程序都可以導出mol2文件，筆者開發的Multiwfn（http://www.shanxitv.org/multiwfn）可以基于...

下面是第10001~11000篇使用了筆者開發的功能非常全面而且在世界范圍流行的Multiwfn波函數分析程序（http://www.shanxitv.org/multiwfn）發表的文章的全文pdf合集（其中漏了幾篇文章對應的文件，不好找了）。 阿里網盤（速度很快）：https://www.aliyundrive.com/s/vS8vA8jvQS3 百度網盤下載地址（速度慢）：鏈接：https://pan.baidu.com/s/1wMV6YQIKQT1V0o...

淘寶上購買的雙路EPYC 7R32 96核服務器的使用感受和雜談 文/Sobereva@北京科音  2022-Oct-13 1 前言 五年前我曾寫過《淘寶店購買雙路2696v3服務器的過程、使用感受和雜談》（http://bbs.keinsci.com/thread-6310-1-1.html），當時購買的雙路XEON 2696v3 36核機子筆者一直在用，但在如今性能已經比較過時了，特別是跑大體系長時間的AIMD很吃力。于是在...

在VMD中使用GaussView的元素著色的方法 文/Sobereva@北京科音   2022-Sep-16 GaussView的元素配色總體上來說不錯，而且對所有元素都定義了唯一的顏色，在File - Preference - Colors - Element Colors中可以看到所有元素的顏色，如下所示 VMD是免費、靈活、強大而且超級流行的化學體系可視化工具。在VMD里也可以按照元素著色，見《在VM...

詳談使用CP2K產生給Multiwfn用的molden格式的波函數文件 文/Sobereva@北京科音 First release: 2022-Aug-31  Last update: 2022-Dec-17 0 前言 強大的波函數分析程序Multiwfn（http://www.shanxitv.org/multiwfn）已經有很多分析功能支持免費又速度極快的CP2K程序產生的周期性波函數，諸如AIM拓撲分析、原子電荷計算、M...

2022年7月完結動畫簡評 文/Sobereva  2022-Aug-9 本文是筆者完整觀看過的2022年7月完結的24部全長TV版動畫和3部泡面番的簡評。注意其中多多少少有一些劇透的成份，怕被劇透又想了解哪些值得追的話就看評分就好了。所有新番筆者都看過前幾話（2022年4月開播的番的掃番過程的粗略觀感在http://bbs.keinsci.com/thread-28829-1-1.html里寫了），沒追的要么是筆者對其題材有抗拒（比如恐怖...

截止到2022年7月26日，使用了Multiwfn波函數分析程序（http://www.shanxitv.org/multiwfn）發表的文章已超過10000篇，用戶已遍及世界80多個國家。下面是第9001~10000篇使用了Multiwfn程序發表的文章的全文pdf合集（其中漏了幾篇文章對應的文件，不好找了）。 阿里網盤（速度很快）：https://www.aliyundrive.com/s/vS8vA8jvQS3 百度網盤下載地址（速度慢）：https://p...

使用Multiwfn計算特定方向的UV-Vis吸收光譜 文/Sobereva@北京科音   2022-Jul-8 0 前言 通過量子化學或第一性原理計算，得到理論UV-Vis光譜的原理在《使用Multiwfn繪制紅外、拉曼、UV-Vis、ECD、VCD和ROA光譜圖》（http://www.shanxitv.org/224）里有專門的說明。UV-Vis光譜的光學吸收主要來自于入射的電磁波對應的震蕩電場與體系的相互作用，使體系能...

2022年4月完結動畫簡評 文/Sobereva  2022-Jul-8 本文是筆者完整觀看過的2022年4月完結的12部全長TV版動畫和1部泡面番的簡評。注意其中多多少少有一些劇透的成份，怕被劇透又想了解哪些值得追的話就看評分就好了。所有新番筆者都看過前幾話（掃番過程的粗略觀感在http://bbs.keinsci.com/thread-27347-1-1.html里的相應帖子里寫了），沒追的要么是筆者對其題材有抗拒（比如恐怖或者過于低幼...

使用Multiwfn對靜電勢和范德華勢做拓撲分析精確得到極小點位置和數值 文/Sobereva@北京科音   2022-Jul-4 0 前言 靜電勢和筆者在J. Mol. Model., 26, 315 (2020)中提出的范德華勢都是分析化學體系與其它分子相互作用的重要方法。靜電勢的極小點（指全空間內的極小點，而不是http://www.shanxitv.org/159和http://www.shanxitv.org/443等文章介...

適合理論、計算化學投稿的期刊及其2021年影響因子（2022年公布） 文/Sobereva @北京科音  2022-Jul-1 不得轉載 1 前言 此文對非常適合理論、計算化學投稿的期刊，以及和化學有關的一些子領域的重點期刊進行羅列，共約300種期刊，并附上2022年6月末公布的2021年影響因子(IF)及中科院分區。本文對于讀者了解有哪些期刊值得平時關注和投稿有一定意義。這是第13次筆者寫此系列的文章，往年的文章見本文文末的鏈...

使用Multiwfn計算分子和晶體中孔洞的直徑 文/Sobereva@北京科音   2022-Jun-30 0 前言 化學研究中經常涉及到孔洞尺寸的問題，這和分子吸附、化學物質分離、分子識別等很多問題有關。Multiwfn有展現化學體系孔洞并計算其體積的功能，見《使用Multiwfn圖形化展示分子動力學模擬體系中的孔洞、自由區域》《http://www.shanxitv.org/539）和《使用Multiwfn可視化分子孔洞并...

2022年上半年觀看的非TV版動畫簡評 文/Sobereva  2022-Jun-30 這里對我從2022年1月1日開始截止到2022年6月30日觀看的非TV版動畫進行簡單評論。由于這類動畫不好對比和打分，我也就不給出評分了。以往的此系列文章和TV版動畫評論見http://www.shanxitv.org右方的“動畫評論”分類。 天空色的多功能桿 類型：不明 長度：14m30s 此作內容是三個美少女打高爾夫的故事，其中兩個是...