使用量子化學程序基于簇模型計算金屬表面吸附問題 文/Sobereva@北京科音  First release: 2020-Mar-8   Last update: 2020-Mar-10 簡介：本文首先對量子化學程序基于簇模型計算表面反應或吸附問題做簡單介紹，然后基于ORCA量子化學程序，簡單演示如何計算苯分子在Ag(111)表面上的吸附能。本文目的是令讀者認識到量子化學程序研究表面問題的可行性，并了解實際...

使用Multiwfn圖形化展示分子動力學模擬體系中的孔洞、自由區域 文/Sobereva@北京科音  First release: 2020-Mar-5   Last update: 2021-Sep-14 1 前言 最近有人問我怎么獲得類似下面文獻中的圖 此圖像展示出分子動力學模擬體系中的孔洞區域，或者叫自由區域（free region）也可以，這體現出了盒子里哪些...

L-BFGS-B局部極小化算法在Fortran中的使用簡例 文/Sobereva@北京科音  2020-Mar-3 本文簡要介紹一下L-BFGS-B局部極小化算法的常識，并通過實例介紹怎么在Fortran中使用這個方法解決實際問題。 1 相關知識 牛頓法是最重要的做多元函數局部極小化的算法之一，BFGS（Broyden–Fletcher–Goldfarb–Shanno algorithm）是準牛頓法的一種實現，通過近...

將信息論與密度泛函中的一些概念相結合，在討論化學問題中已有不少應用，特別是近年來北卡羅來納大學&湖南師大的劉述斌教授在這方面做了大量工作，通過信息論定義的量（information-theoretic quantities）研究了諸多化學問題，獲得了豐碩的成果，陸續發表了幾十篇應用性或純理論文章。之前我寫過的介紹文章《用Hirshfeld電荷和信息增益研究親電性和親核性》（http://www.shanxitv.org/257）就屬于這個范疇。2019年末，劉述斌教授等人還在理論...

使用鍵級密度(BOD)和自然適應性軌道(NAdO)圖形化研究化學鍵 文/Sobereva@北京科音  First release: 2020-Mar-2  Last update: 2020-Nov-28 1 BOD和NAdO簡介 鍵級是十分重要的定量考察化學鍵特征的手段，這在《Multiwfn支持的分析化學鍵的方法一覽》（http://www.shanxitv.org/471）中已經充分介紹過。廣義來說，離域化指數...

無需導數的局部極小化算法NEWUOA在Fortran中的使用簡例 文/Sobereva@北京科音  2020-Mar-1 1 NEWUOA簡介 數學上對多維函數做局部極小化的算法非常多，諸如simplex、BFGS、最陡下降法、共軛梯度法等等。NEWUOA（NEW Unconstrained Optimization Algorithm）是已故的劍橋大學教授Powell于2004年提出的一種不需要導數信息的非約束性局部極小化算法...

談談VMD可視化程序的連接關系的判斷和設置問題 文/Sobereva@北京科音  2020-Feb-25 化學體系可視化程序VMD的用戶越來越多，經常有人在網上問我怎么在VMD里修改鍵連關系，這里就專門說一下這個問題。本文內容對應于撰文時最新的VMD正式版1.9.3，對其它版本可能適用也可能不適用。 當VMD載入pdb、xyz等格式的結構文件時，程序就會自動判斷連接關系。判斷規則和Multiwfn、GaussView等程序類似，...

通過軌道權重福井函數和軌道權重雙描述符預測親核和親電反應位點 文/Sobereva@北京科音 First release: 2020-Feb-24  Last update: 2022-May-24 0 前言 福井函數（Fukui function）與雙描述符（dual descriptor）是概念密度泛函理論框架下定義的非常流行的用于預測反應位點的方法，筆者之前寫過很多相關文章，連同大量相關綜述都匯總提供在了這里...

懶得在這里再發一遍了，本文直接在計算化學公社論壇看： http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html 此文目的是介紹怎么用molclus基于xtb做的分子動力學軌跡作為初始構型，搜索治療武漢肺炎的特效藥瑞德西韋的在水溶液下的能量最低構象，最終結果如下。此文的做法是對較大體系構象搜索的極佳、普適做法。 后注：鑒于有人在病毒名稱上特別敏感，筆者在此進行如下專門澄清，以后不要再試圖給筆者發郵件在肺炎的用...

RESP2原子電荷的思想以及在Multiwfn中的計算 文/Sobereva@北京科音  First release: 2020-Feb-1  Last update: 2022-Aug-6 1 前言 RESP是幾乎最適合用于分子動力學模擬的原子電荷計算方法，在《RESP擬合靜電勢電荷的原理以及在Multiwfn中的計算》（http://www.shanxitv.org/441）中筆者對RESP電荷有非常詳細的介...

一鍵把所有gjf文件轉成xyz文件、把所有Gaussian輸出文件轉成gjf文件的腳本 文/Sobereva@北京科音 First release: 2020-Jan-28  Last update: 2023-Jun-12 本文提供筆者寫的兩個Linux下的Bash shell腳本，對實際研究有一定價值，都利用了Multiwfn程序進行格式轉換，因此Multiwfn必須已恰當安裝從而能通過Multiwfn命令直接啟動。Mult...

使用Multiwfn便利地查看所有激發態中的主要軌道躍遷貢獻 文/Sobereva@北京科音 First release: 2020-Jan-28  Last update: 2022-Mar-1 之前筆者寫過一篇文章《電子激發任務中軌道躍遷貢獻的計算》（http://www.shanxitv.org/230），介紹了如何對TDDFT及類似方法計算的激發態計算軌道躍遷的貢獻。在很多電子激發的研究文章中都會給出各個激發態中各種主要MO躍...

2019年下半年觀看的非TV版動畫簡評 文/Sobereva  2020-Jan-20 這里對從2019年7月1日開始截止到2019年12月31日觀看的非TV版動畫進行簡單評論。還有些此類動畫看完后忘寫了，就也不再補了。由于這類動畫不好對比和打分，我也就不給出評分了。以往的此系列文章和TV版動畫評論見http://www.shanxitv.org右方的“動畫評論”分類。 關于我轉生變成史萊姆這檔事 OAD01 長度：23m16s 講述...

2019年下半年優秀動畫音樂推薦 文/Sobereva  2020-Jan-19 這是第11次寫“優秀動畫音樂推薦”系列文章，此系列從2014年起不斷發布，致力于盡自己微薄之力，令最杰出、最美妙的音樂能有出頭之地，而不被數目是它們20倍以上的海量的平庸、湊數的音樂埋沒。之前的動畫音樂推薦見 《2019年上半年優秀動畫音樂推薦》（http://www.shanxitv.org/496） 《2018年下半年優秀動畫音樂推薦》（http://sobere...

使用PSI4做對稱匹配微擾理論(SAPT)能量分解計算 文/Sobereva@北京科音 First release: 2019-Dec-24  Last update: 2020-Oct-15 1 前言 能量分解方法之前我在《Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概覽》（http://www.shanxitv.org/252）中簡單介紹過。能量分解就是將片段間相互作用能分解成不同物理成分，從而能從能量角度更深入地了解相...