電子空間范圍<r^2>和電子徑向分布函數的含義以及在Multiwfn中的計算 文/Sobereva@北京科音  First release: 2021-Sep-7  Last update: 2021-Sep-8 0 前言 偶爾有人問我Gaussian程序算完了之后，輸出文件中Electronic spatial extent (au):  <R**2>后面的值是什么意思...

Multiwfn使用的高效的靜電勢算法的介紹文章已于PCCP期刊發表！ 文/Sobereva@北京科音  2021-Aug-31 近日，深圳灣實驗室的張鋆和北京科音自然科學研究中心（http://www.keinsci.com）的盧天共同發表的名為Efficient Evaluation of Electrostatic Potential with Computerized Optimized Code的文章刊登于P...

詳談Multiwfn的命令行方式運行和批量運行的方法 文/Sobereva@北京科音  2021-Aug-30 0 前言 強大、免費的波函數分析程序Multiwfn（http://www.shanxitv.org/multiwfn）已經被計算化學研究者使用得非常普遍。雖然Multiwfn通常是以交互式方式使用，一次分析一個體系，但在Multiwfn手冊5.2、5.3節也已經明確寫明了怎么通過命令行方式使用、怎么通過腳本一次算一批體系，我...

顯著改進SMD溶劑模型描述Br和I元素精度的溶劑模型SMD18的介紹 文/Sobereva@北京科音  2021-Aug-23 之前筆者在《談談隱式溶劑模型下溶解自由能和體系自由能的計算》（http://www.shanxitv.org/327）中專門說過SMD溶劑模型，這是現階段最適合算溶劑環境下體系能量的隱式溶劑模型。SMD模型需要通過原子球疊加來構建溶質的孔洞用于算溶劑-溶質相互作用的靜電部分，定義原子球需要原子半徑。在SMD原文里，僅對H、...

2021年7月完結動畫簡評 文/Sobereva  2021-Aug-21 本文是筆者完整觀看過的2021年7月完結的21部全長TV版動畫和4部泡面番的簡評。注意其中多多少少有一些劇透的成份，怕被劇透又想了解哪些值得追的話就看評分就好了。所有新番筆者都看過前幾話（掃番過程的粗略觀感在http://bbs.keinsci.com/thread-22413-1-1.html里的相應帖子里寫了），沒追的要么是筆者對其題材有抗拒（比如恐怖或者過于低...

Multiwfn中非常實用的幾何操作和坐標變換功能介紹 文/Sobereva@北京科音 First release: 2021-Aug-16   Last update: 2022-Nov-25 0 前言 以前在網上答疑時，經常有人問及一些涉及到幾何操作、坐標變換的問題，諸如怎么讓某個鍵平行于笛卡爾軸、怎么讓一個分子平面恰好在XY平面上、怎么讓某個原子恰好處在坐標原點等等。其實解決起來原理上都不難，都是些...

使用Multiwfn計算odd electron density考察激發態單電子分布 文/Sobereva@北京科音  2021-Aug-14 1 前言 對于基態是開殼層的體系，比如自由基、過渡金屬配合物等，要考察單電子分布，最常用也是最簡單的做法就是做非限制性開殼層的DFT計算（UKS），然后繪制自旋密度圖，見《談談自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的繪制和計算》（http://www.shanxitv.org/353）。UKS...

全面揭示各種尺寸的碳單環體系的獨特的光學性質 文/Sobereva@北京科音  2021-Jul-31 0 前言 18碳環（cyclo[18]carbon）是18個碳組成的環狀體系，有著與傳統化學體系截然不同的幾何和電子結構。在Kaiser等人于Science, 365, 1299 (2019)首次報道在凝聚相中觀測到18碳環后，新穎的18碳環以及其它的碳單環體系就受到了化學家們的廣泛關注，不斷有大量理論研究工作發表。北京科音自...

使用Multiwfn通過ETS-NOCV方法深入分析片段間的軌道相互作用 文/Sobereva@北京科音  2021-Jul-31 0 前言 強大、免費的波函數分析程序Multiwfn（主頁：http://www.shanxitv.org/multiwfn）支持極為豐富的化學鍵分析方法，見《Multiwfn支持的分析化學鍵的方法一覽》（http://www.shanxitv.org/471）。其中已支持不少從軌道相互作用層面上考察特定片段間的相...

談談與計算化學有關的作圖的圖像清晰問題 文/Sobereva@北京科音  2021-Jul-16 0 前言 寡人在網上答疑的時候，總是看到有人問“得到的圖像不清晰怎么辦”、“怎么讓圖像更清晰”這種問題，語義不明，也不知道對方說的“清晰”到底指什么，對方也不說他覺得不清晰是怎么個不清晰法，也不給出個截圖來說明，令人感覺很莫名其妙。筆者忍不住寫個小文，把各種初學者所謂的“不清晰”的可能情況都羅列一下，便于他們自己對照判斷如何解決。此...

通過電子定域化函數(ELF)、價層電子密度分析討論親核進攻的方向 文/Sobereva@北京科音 First release: 2021-Jul-6   Last update: 2023-Jul-5 1 前言 最近有人在思想家公社QQ群問我，怎么計算下圖的角度，其目的是解釋親核進攻方向問題 實際上，考察這個問題靠計算這個LUMO的角度不是什么好的做法。本身LUMO的物理意義就不嚴...

2021年上半年觀看的非TV版動畫簡評 文/Sobereva  2021-Jul-4 這里對我從2021年1月1日開始截止到2021年7月4日觀看的非TV版動畫進行簡單評論。由于這類動畫不好對比和打分，我也就不給出評分了。以往的此系列文章和TV版動畫評論見http://www.shanxitv.org右方的“動畫評論”分類。 音樂 長度：1h11m 類型：劇場版 觀看地址：https://www.tucao.one/play/h40865...

談談ORCA 5.0的新特性和改變 文/Sobereva@北京科音 First release: 2021-Jul-2  Last update: 2021-Jul-10 1 前言 2021年7月1日，量子化學程序ORCA 5.0發布了，造成了不小影響。這個程序現在流行度已經相當高，從《2021年計算化學公社論壇“你最常用的計算化學程序和DFT泛函”投票結果統計》（http://www.shanxitv.org/599）的...

適合理論、計算化學投稿的期刊及其2020年影響因子（2021年公布） 文/Sobereva @北京科音  2021-Jul-1 未經授權，不得轉載 1 前言 此文對適合理論、計算化學投稿的期刊進行羅列，并附上2021年6月30日公布的2020年影響因子(IF)。本文對于讀者了解有哪些期刊值得平時關注有一定意義。這是第12次筆者寫此系列的文章，往年的文章見本文文末的鏈接。 文中期刊名稱一般用標準縮寫，有的給出了常用首字...

巨幅降低Multiwfn結合VMD繪制分子表面靜電勢圖耗時的一個關鍵技巧 文/Sobereva@北京科音  2021-Jun-30 1 前言 Multiwfn（http://www.shanxitv.org/multiwfn）有十分強大的靜電勢分析功能，按照《使用Multiwfn+VMD快速地繪制靜電勢著色的分子范德華表面圖和分子間穿透圖》（http://www.shanxitv.org/443）的做法還可以非常方便地結合VMD繪制效果很好的分...