談談怎么判斷分子動力學模擬是否達到了平衡 文/Sobereva@北京科音  2021-Dec-24 0 前言 時常有人在思想家公社QQ群里或計算化學公社論壇（http://bbs.keinsci.com）里問關于怎么判斷分子動力學模擬中體系是否達到平衡的問題，問是不是看溫度、勢能變化等等信息判斷。然而往往提問的人都不說清楚他的體系是什么特征，導致這根本沒法回答。實際上，對于不同類型的體系，判斷方式有極大的差異。有一點尤其要搞明白...

談談質子轉移、氫原子轉移、氫負離子轉移的關系 文/Sobereva@北京科音 First release: 2021-Dec-23  Last update: 2022-Jul-29 0 前言 質子轉移、氫轉移、氫負離子轉移是關系密切相關的三個化學過程，有時候有人問相關的問題。我覺得有必要寫一個小文總結一下它們的差異，使讀者能分清它們的關系。與此同時筆者還會從量子化學波函數分析角度提及一些相關的問題，給我的一些觀點，以...

令Gaussian 16中SCF未收斂到默認收斂限也能繼續做后續計算的方法 文/Sobereva@北京科音  2021-Nov-17 注：本文內容對目前我用過的Gaussian 16 A.03、B.01、C.01都適用，對未來的版本不一定。 Gaussian程序從09版開始默認的收斂限成為了tight，相當于SCF=conver=8關鍵詞設的收斂限，這在所有量子化學程序里幾乎是最嚴的。Gaussian程序從16版開始加...

在VMD程序里對不同元素的原子用不同顏色顯示的方法 文/Sobereva@北京科音 First release: 2021-Nov-11  Last update: 2022-Sep-16 1 前言 之前筆者寫了大量的將Multiwfn與VMD相結合的文章，比如《使用IRI方法圖形化考察化學體系中的化學鍵和弱相互作用》（http://www.shanxitv.org/598）、《使用Multiwfn+VMD快速地繪制靜電勢著色...

revTPSS泛函結合pcSseg-1基組是計算NMR很好的選擇 文/Sobereva@北京科音  2021-Oct-24 1 前言 計算NMR化學位移是量子化學常見而且重要的應用之一，之前筆者也寫過一篇文章《談談如何又好又快地計算NMR化學位移》（http://www.shanxitv.org/354）做了相關討論，不了解這方面計算者強烈建議先看看。《使用Multiwfn繪制NMR譜》（http://www.shanxitv.org/565）...

談談第一超極化率(beta)的符號的物理意義 文/Sobereve@北京科音    2021-Oct-22 1 前言 在《理論設計由18碳環與鋰原子構成的電場可控的光學開關》（http://www.shanxitv.org/630）里介紹的筆者的Carbon, 187, 78 (2022) DOI: 10.1016/j.carbon.2021.11.005一文里，體系的兩種構型對應的第一超極化率(first hype...

在網上求助計算化學問題的時候必須把問題描述得詳細、具體、準確、清楚 文/Sobereva@北京科音 First release: 2021-Oct-18  Last update: 2022-Jun-11 筆者從十幾年前開始就廣泛在網上回答計算化學問題，如今在三個計算化學QQ群（思想家公社1、2、3號群）以及一個論壇（計算化學公社http://bbs.keinsci.com）每天都花巨量時間回復問題。愈發感覺如今計算化學新人在提...

截止到2021年9月28日，使用了Multiwfn波函數分析程序（http://www.shanxitv.org/multiwfn）發表的文章已超過8000篇，用戶已遍及世界近80個國家。下面是第7001~8000篇使用了Multiwfn程序發表的文章的全文pdf合集（其中漏了幾篇文章對應的文件，不好找了。還有個別的沒下載權限，用本文本文檔代替了）。 百度網盤下載地址（速度慢）：鏈接：https://pan.baidu.com/s/1lS5pEDp8SN4YGmyOhKdac...

18碳環（cyclo[18]carbon）與石墨烯的相互作用：基于簇模型的研究一例 文/Sobereva@北京科音  2021-Sep-18 1 前言 自從2019年Science, 365, 1299 (2019)報道在凝聚相觀測到18個碳組成的環狀體系18碳環（cyclo[18]carbon）之后，碳環類體系一直是研究的熱點，筆者做了大量研究并發表過一系列工作，匯總見http://www.shanxitv.org/carbon_rin...

使用Multiwfn定量化和圖形化考察分子的平面性（planarity） 文/Sobereva@北京科音  First release: 2021-Sep-16   Last update: 2021-Oct-15 0 前言 分子的平面性（planarity）是分子的一個很重要的結構特征，有很多問題都和平面性密切相關。對pi共軛體系，由于其平面性明顯影響pi電子共軛能力，因此和芳香性、導電性、光學性...

使用Multiwfn計算晶體結構中自由區域的體積、圖形化展現自由區域 文/Sobereva@北京科音  2021-Sep-15 0 前言 之前筆者寫過一篇《使用Multiwfn圖形化展示分子動力學模擬體系中的孔洞、自由區域》http://www.shanxitv.org/539），講解怎么用Multiwfn計算分子動力學模擬出的盒子里面的自由區域的體積（free volume）、怎么圖形化展示自由區域（free region）。最近更新...

電子空間范圍<r^2>和電子徑向分布函數的含義以及在Multiwfn中的計算 文/Sobereva@北京科音  First release: 2021-Sep-7  Last update: 2021-Sep-8 0 前言 偶爾有人問我Gaussian程序算完了之后，輸出文件中Electronic spatial extent (au):  <R**2>后面的值是什么意思...

Multiwfn使用的高效的靜電勢算法的介紹文章已于PCCP期刊發表！ 文/Sobereva@北京科音  2021-Aug-31 近日，深圳灣實驗室的張鋆和北京科音自然科學研究中心（http://www.keinsci.com）的盧天共同發表的名為Efficient Evaluation of Electrostatic Potential with Computerized Optimized Code的文章刊登于P...

詳談Multiwfn的命令行方式運行和批量運行的方法 文/Sobereva@北京科音  2021-Aug-30 0 前言 強大、免費的波函數分析程序Multiwfn（http://www.shanxitv.org/multiwfn）已經被計算化學研究者使用得非常普遍。雖然Multiwfn通常是以交互式方式使用，一次分析一個體系，但在Multiwfn手冊5.2、5.3節也已經明確寫明了怎么通過命令行方式使用、怎么通過腳本一次算一批體系，我...

顯著改進SMD溶劑模型描述Br和I元素精度的溶劑模型SMD18的介紹 文/Sobereva@北京科音  2021-Aug-23 之前筆者在《談談隱式溶劑模型下溶解自由能和體系自由能的計算》（http://www.shanxitv.org/327）中專門說過SMD溶劑模型，這是現階段最適合算溶劑環境下體系能量的隱式溶劑模型。SMD模型需要通過原子球疊加來構建溶質的孔洞用于算溶劑-溶質相互作用的靜電部分，定義原子球需要原子半徑。在SMD原文里，僅對H、...