談談溫度、壓力、同位素設定對量子化學計算結果產生的影響 文/Sobereva @北京科音 First release: 2018-Jun-1   Last update: 2021-Feb-27  經常有量子化學初學者問諸如這種問題：怎么計算特定溫度/壓力下體系的結構、重水和輕水的結構有什么區別。每次回復都比較麻煩，索性寫一個小文章專門談一下溫度、壓力、同位素設定會對哪些常見的量子化學問題計算結果產生...

圖比較多，請耐心等待加載... 2018年（第八屆）傳媒大學春日舞臺祭雜談、照片和錄像 圖+文+視頻/Sobereva  2018-Jun-1 第八屆傳媒大學春日舞臺祭于2018年5月13日于帝都的傳媒大學舉辦。這已經是筆者第三次參加傳媒大學春日舞臺祭了。前兩次都給我留下了深刻印象，演出真的十分良心，誠意滿滿，整體水準很高，所以這次自不必說也參加了。這次果然也沒令我失望，保持了一貫的高質量，內容也是說、唱、跳、演都有，是綜合性...

將Gaussian與ORCA聯用搜索過渡態、產生IRC、做振動分析 文/Sobereva @北京科音 First release: 2018-May-31  Last update: 2022-Jul-13    1 前言 在《將Gaussian與Grimme的xtb程序聯用搜索過渡態、產生IRC、做振動分析》（http://www.shanxitv.org/421）中筆者介紹了Gaussia...

將Gaussian與Grimme的xtb程序聯用搜索過渡態、產生IRC、做振動分析  文/Sobereva @北京科音 First release: 2018-May-29  Last update: 2022-Sep-15 0 前言 在《盤點Grimme迄今對理論化學的貢獻》（http://www.shanxitv.org/388）一文中筆者曾簡單提到GFN-xTB方法，說白了就是類似于DFTB那種半經驗意...

注：2021年的統計結果見《2021年計算化學公社論壇“你最常用的計算化學程序和DFT泛函”投票結果統計》（http://www.shanxitv.org/599） 2018年度計算化學公社杯最常用的量子化學程序和DFT泛函投票結果統計 文/Sobereva @北京科音  2018-May-27 在2018年4月16號，在著名的計算化學公社論壇(http://bbs.keinsci.com)開展了為期一個月的“你最常...

高性價比熱力學組合方法G4(MP2)-6X的計算方法 文/Sobereva @北京科音 First release: 2018-May-26  Last update: 2019-Jul-30 在2011年，J. Chem. Theory Comput., 7, 112-120中，幾個非Gn系列方法的官方人員提出了G4(MP2)-6X熱力學組合方法，號稱耗時與G4(MP2)相仿佛，而精度很接近昂貴得多的G4。其...

利用布居分析判斷基函數與原子軌道的對應關系 文/Sobereva @北京科音  2018-May-26 0 前言 波函數分析程序Multiwfn (http://www.shanxitv.org/multiwfn)的很多分析，比如計算分子軌道中某些原子軌道所占成分（見《談談軌道成份的計算方法》http://www.shanxitv.org/131）、繪制PDOS圖（見《使用Multiwfn繪制態密度(DOS)圖考察電子結構》http://...

PS: 本文圖非常多，20多MB，請非常耐心等待加載... 在大阪拍的“百合展2018”照片 攝影/Chris  文/Sobereva  2018-May-14 之前看到一個百合展預告http://acg.178.com/201803/315211303529.html，在四月份大阪有個“百合展2018”，而且有很多知名作家會參展。雖然Sobereva非常想去，但由于諸事繁忙，抽身不得，于是托正巧要在日本一游的人去百合展把照片都拍了回來...

PS: 本文圖非常多，20MB左右，請非常耐心等待加載... 2018.4在大阪所購的二次元物品 文/Sobereva  2018-May-14 2018年4月托人去了趟大阪的百合展，展會照片見http://www.shanxitv.org/417，在展會上搜刮了大量周邊，在旁邊的偶像大師灰姑娘女孩主題咖啡廳也搞了點限定周邊。之后托人也順便在animate購入不少物資，在這里展示一下。 百合展的宣傳單 百合展限定T恤，恥度略大，據...

量子化學研究中切換泛函應當注意的問題 文/Sobereva @北京科音  First release: 2018-May-2  Last update: 2021-Jun-20 量子化學研究者經常會用一種做法，即計算一種問題用A泛函，計算另一種問題則切換為B泛函。筆者在線上和線下答疑的時候，都常看到有人不恰當地切換泛函，故此文專門說說這個問題。 一定要明白，如果你要切換泛函，必須必須必須有非常正當的理由。一...

談談原子間是否成鍵的判斷問題 文/Sobereva @北京科音  First release: 2018-Apr-27  Last update: 2021-Sep-25 0 前言 經常有人在網上問類似這種問題：“我優化出的結構，在gview里怎么顯示A原子和B原子沒有成鍵啊，應該成鍵才對啊，我是不是算錯啦？”這種問題每次都解釋一遍比較麻煩，遂寫此文專門談一談。 如果對于化學體系中的相互作用類...

談談“計算時是否需要加DFT-D3色散校正？” 文/Sobereva @北京科音 First release: 2018-Apr-21  Last update: 2022-May-29 0 前言 筆者經常被問及的一個問題就是“我要計算xxx，是否需要加DFT-D色散校正？”。關于DFT-D，在以下博文里已經有充分的介紹： 亂談DFT-D http://www.shanxitv.org/83 DFT-D色散校正的使...

2018年4月完結動畫簡評 文/Sobereva  2018-Apr-15 本文是筆者完整觀看過的2018年4月完結的19部全長或半長TV版動畫和3部泡面番的簡評。所有新番筆者都看過前幾話，沒追的要么是筆者對其題材有抗拒（比如恐怖或者胡搞類），要么就是制作質量太差、太低俗、太粗野、內容太老套、太平庸、太莫名其妙等作品自身問題。 通常評分區間是90~95分（低于90分一般不追，超過95的則是神作水準，極度罕見），不了解此系列文章評分傳統的勿試圖吐槽這點。評分依據...

2018-Dec-29注：有不少人表示PySOC運行不了。只要讀者使用本文的操作系統、嚴格按本文的操作步驟計算，至少本文的例子是絕對能運行成功的。讀者應當先確保本文例子能運行正常，由此確認安裝方式和自己的操作過程無誤后再去跑你自己的體系。如果你當前沒有本文用的系統，可以用VMware虛擬機裝，半小時就能裝好。  2019-Feb-10注：筆者后來又寫了《使用ORCA在TDDFT下計算旋軌耦合矩陣元和繪制旋軌耦合校正的UV-Vis光譜》（http://sob...

在VMD中將距離較近的分子質心連線的腳本 文/Sobereva @北京科音  2018-Mar-7 在計算化學公社論壇上有人問下圖這種把距離較近的分子質心連線的圖怎么繪制 其實這種問題用VMD的tcl腳本非常容易實現，下面是筆者寫的繪制這種圖的tcl腳本，20多行就實現了。可見VMD腳本稍微會一點就能解決很大問題。 draw delete all draw color orange set nres [llength [l...