通過軌道離域指數(ODI)衡量軌道的空間離域程度 文/Sobereva@北京科音 First release: 2019-Dec-22  Last update: 2020-Mar-22 1 前言 軌道的離域程度就是指軌道分布的范圍是比較窄還是比較廣，分布范圍越大可以說離域性越強。有人在思想家公社QQ群里發了幾個軌道圖片，問怎么衡量他這幾個軌道的離域程度，即誰離域相對比較強一些。有很多情況直接看軌道圖形就可以直接比...

后記：后來筆者在此文的研究的基礎上做了大量擴展和深化，發表了一系列論文，并且還做了很多其它的與18碳環及其類似物有關的研究，匯總見http://www.shanxitv.org/carbon_ring.html。非常歡迎閱讀和引用其中的文章！ 一篇最全面、系統的研究新穎獨特的18碳環的理論文章 Sobereva@北京科音 First release: 2019-Dec-15  Last update: 2020-Jan-3 ...

將Multiwfn計算的鍵級直接標注在分子結構圖上的方法 文/Sobereva@北京科音  2019-Dec-4 有人在Multiwfn中文論壇上問怎么把Multiwfn計算的鍵級直接標注在分子結構圖上，以便于直觀觀看。將Multiwfn與GaussView結合使用就可以很方便地實現這一點，在本文介紹一下。讀者必須使用2019-Dec-4及以后更新的Multiwfn版本，可以在其官網http://www.shanxitv.org/mult...

計算分子內氫鍵鍵能的幾種方法 文/Sobereva@北京科音 First release: 2019-Nov-23  Last update: 2022-May-26 0 前言 計算分子間弱相互作用，包括計算最常被研究的氫鍵的鍵能，已經有非常成熟、準確的方法，比如最常用的就是用CCSD(T)等高精度方法，拿復合物的能量減各個單體的能量。有時我們需要研究分子內氫鍵的鍵能，但計算方法并不唯一，哪種方法最合理也爭議頗多，沒有普遍的共識，...

Grimme的xtb程序的編譯方法 文/Sobereva@北京科音  2019-Nov-21 之前筆者在《將Gaussian與Grimme的xtb程序聯用搜索過渡態、產生IRC、做振動分析》（http://www.shanxitv.org/421）中已經對xtb程序的基本情況進行了介紹，也說明了安裝方法。通常直接用預編譯版的xtb就夠了，但有時候為實現特殊目的需要改代碼，這就需要自己編譯了。本文介紹一下在CentOS 7.4下的編譯。機子...

2019年10月完結動畫簡評 文/Sobereva  2019-Nov-13 本文是筆者完整觀看過的2019年10月完結的21部全長TV版動畫和3部泡面番的簡評。注意其中多多少少有一些劇透的成份，怕被劇透又想了解哪些值得追的話就看評分就好了。所有新番筆者都看過前幾話（掃番過程的粗略觀感在http://bbs.keinsci.com/forum-68-1.html里的相應帖子里寫了），沒追的要么是筆者對其題材有抗拒（比如恐怖或者胡搞類），要么...

2020-Sep-14后記：本文中關于多中心鍵級計算耗時的說法已經完全過時了。因為從2020-Sep-12更新的Multiwfn開始，程序中實現了筆者提出的一種超快的多中心鍵級計算算法，而精度沒有絲毫損失，對于哪怕含有幾十個原子的環也可以非常快速地計算多中心鍵級，這使得多中心鍵級的應用范疇有了革命性的擴展。相比之下，AV1245的實際價值就已經不大了。 使用Multiwfn計算AV1245指數研究大環的芳香性 文/Sobereva@北京科音...

談談如何衡量分子的極性 文/Sobereva@北京科音 First release: 2019-Oct-16  Last update: 2020-Sep-29 0 前言 經常有人問怎么衡量分子的極性，是不是算個偶極矩就可以。實際上，極性是一個非常含糊的概念。從本質上來說，極性來自于凈電荷分布的不均勻性，不均勻性越大則極性越強，而分布完全均勻就沒有極性。至于極性這個概念怎么才能嚴格定量反映出來，這沒有唯一答案，不同...

注：讀者務必使用目前Multiwfn官網上的最新版本，早期版本Multiwfn有某些bug 將Gaussian等程序收斂的波函數作為ORCA的初猜波函數的方法 文/Sobereva@北京科音 First release: 2019-Oct-11  Last update: 2021-Oct-1 1 說明 ORCA是非常強大的量子化學程序，筆者之前也寫過不少相關文章，開發了不少輔助工具，見s...

關于為什么Multiwfn算的出RESP電荷與Antechamber的有所差異 文/Sobereva@北京科音 2019-Sep-27 0 前言 RESP電荷的原理、細節以及計算在《RESP擬合靜電勢電荷的原理以及在Multiwfn中的計算》（http://www.shanxitv.org/441）有詳細說明，Multiwfn是計算RESP電荷最方便易用和靈活的程序。有Multiwfn用戶發現，Multiwfn算出的某些分子的RESP電荷與ant...

后記：筆者后來在18碳環方面開展了大量研究工作，并陸續發表了許多論文，匯總見http://www.shanxitv.org/carbon_ring.html。本文的讀者請務必一看，非常歡迎閱讀和引用其中的文章！ 本文下面的所有數據和圖像都已體現在筆者發表的文章Carbon, 165, 468-475 (2020) DOI: 10.1016/j.carbon.2020.04.099的正文或者補充材料里。因此如果需要引用下文的任何內容，都請引用Carbon這篇論文。 ...

注：筆者后來又寫了《使用Multiwfn通過局部電子附著能(LEAE)考察親核反應位點、難易及弱相互作用》（http://www.shanxitv.org/676），其中介紹的重要的LEAE函數與ALIE有關鍵性的互補，非常推薦閱讀！ 使用Multiwfn和VMD繪制平均局部離子化能(ALIE)著色的分子表面圖（含視頻演示） 文/Sobereva@北京科音 First release: 2019-Sep-17  Last u...

透徹認識氫鍵本質、簡單可靠地估計氫鍵強度：一篇2019年JCC上的重要研究文章介紹 文/Sobereva@北京科音  2019-Sep-15 0 前言 氫鍵是最重要的分子內和分子間相互作用類型之一，盡管已經有巨量文章對其從各個角度進行探討，但即便到現在依然是一個研究的熱點，尚有很多未探究充分、透徹的問題。2019年9月，北京科音自然科學研究中心（http://www.keinsci.com）連同伊朗Islamic Azad大學以...

使用Multiwfn對第一超極化率做雙能級和三能級模型分析 文/Sobereva@北京科音  2019-Sep-6 1 前言 研究第一超極化率(beta)的文章里經常做一種叫雙能級模型的分析用于闡明影響beta的關鍵因素、便于討論不同體系beta大小差異的原因，比如在筆者的J. Comput. Chem., 38, 1574 (2017)中就用了這種方式討論。之前筆者在《談談計算第一超極化率的雙能級公式》（http://sobe...

談談怎么正確認識論文投稿時對圖像分辨率的要求 文/Sobereva@北京科音   2019-Aug-31 筆者在思想家公社QQ群和計算化學公社論壇交流、答疑時，時常看到有人提到有關圖片的分辨率的問題，一些期刊在投稿時對分辨率有明確要求。在討論中明顯可以看出他們對分辨率這個概念缺乏正確的理解，因此導致做一些無意義的處理、考慮無意義的問題，因此筆者在這個小文中專門說說怎么正確認識分辨率。 首先要知道，常用的jpg（亦即jp...