在VMD中繪制Gaussian計算的分子振動矢量的方法 文/Sobereva@北京科音  First release: 2020-Sep-8    Last update: 2022-May-19 Gaussian用戶觀看freq任務產生的振動矢量一般都是通過GaussView看（雖然也有ChemCraft等其它一些程序也可以看）。然而，起碼對于GaussView 6來說，GaussView顯示振動矢...

Multiwfn 3.7正式版隆重發布！ 文/Sobereva @北京科音  2020-Aug-14 1 前言 Multiwfn是極為流行、功能最全面的的量子化學波函數分析程序，被學術文章引用得越來越多（目前已被近70個國家的研究者共引用5600多次），用戶數越來越龐大。Multiwfn的上個正式版3.6是2019年5月21日發布的，經過近一年有余的不懈發展、改進和完善，Multiwfn 3.7正式版終于正式發布！目前已經可以...

XCrySDen在CentOS上的傻瓜式安裝方法 文/Sobereva@北京科音  2020-Jul-22 1 前言 XCrySDen（http://www.xcrysden.org）是非常流行的第一性原理程序Quantum ESPRESSO用戶經常用的重要工具，可以觀看輸入輸出文件、觀看軌跡、設置k點等，而且作圖效果挺不錯。XCrySDen在Ubuntu上比較容易運行，但對于做計算化學的人用得非常多的CentOS就不那么容易了...

2021-Aug-31補充：本文提及的Multiwfn采用的新的靜電勢計算方法已經正式發表于Phys. Chem. Chem. Phys.期刊，請閱讀《Multiwfn使用的高效的靜電勢算法的介紹文章已于PCCP期刊發表！》（http://www.shanxitv.org/614），里面包含更多測試數據和相關事項的說明。 Multiwfn的計算靜電勢的內部代碼速度得到了巨幅提升！ 文/Sobereva@北京科音  2020-Jul-11 ...

Quantum ESPRESSO在Linux中的安裝方法 文/Sobereva@北京科音 First release: 2020-Jul-10  Last update: 2020-Jul-23 1 前言 Quantum ESPRESSO (QE)是用戶非常多、極為流行的第一性原理程序，而且完全開源免費。本文介紹一下QE在Linux下的安裝過程。本文對于CentOS 7.x系列系統下安裝QE 6.5是完全適合的，對...

2020年7月完結動畫簡評 文/Sobereva  2020-Jul-9 本文是筆者完整觀看過的2020年7月完結的16部全長TV版動畫和2部泡面番的簡評。注意其中多多少少有一些劇透的成份，怕被劇透又想了解哪些值得追的話就看評分就好了。所有新番筆者都看過前幾話（掃番過程的粗略觀感在http://bbs.keinsci.com/forum-68-1.html里的相應帖子里寫了），沒追的要么是筆者對其題材有抗拒（比如恐怖或者胡搞類），要么就是由...

適合理論、計算化學投稿的期刊及其2019年影響因子（2020年公布） 文/Sobereva @北京科音  2020-Jul-4 未經授權，不得轉載 1 前言 此文對適合理論、計算化學投稿的期刊進行羅列，并附上2020年6月末公布的2019年影響因子(IF)。本文對于讀者了解有哪些期刊值得平時關注也有一定意義。這是第11次筆者寫此系列的文章，往年的文章見本文文末。 文中期刊名稱一般用標準縮寫，有的給出了常用首...

2020年上半年觀看的非TV版動畫簡評 文/Sobereva  2020-Jul-4 這里對從2020年1月1日開始截止到2020年6月30日觀看的非TV版動畫進行簡單評論。由于這類動畫不好對比和打分，我也就不給出評分了。以往的此系列文章和TV版動畫評論見http://www.shanxitv.org右方的“動畫評論”分類。 紫羅蘭永恒花園外傳 類型：劇場版 長度：90m44s 此作能在國內上映，而且還是日本播放后才幾個月就能在國內上映...

使用Multiwfn計算分子片段的偶極矩和復合物中單體的偶極矩 文/Sobereva@北京科音  2020-Jun-23 1 原理 時不時有人問怎么計算一個分子中某些片段的偶極矩，或者問怎么計算一個分子復合物中各個分子的偶極矩，確實這對于分析局部的極性很有意義，在本文就通過例子對做法進行說明。做這種分析必須使用2020-Jun-22之后更新的Multiwfn程序，可以在http://www.shanxitv.org/multiwfn免費...

談談量子化學研究中什么時候用B3LYP泛函優化幾何結構是適當的 文/Sobereva@北京科音 First release: 2020-Jun-11  Last update: 2020-Nov-17 1 前言 量子化學研究中什么場合用什么DFT泛函合適，在《簡談量子化學計算中DFT泛函的選擇》（http://www.shanxitv.org/272）中我已經說過了。量子化學研究中最常見的兩類任務就是單點能的計算和幾何優化...

在Comiket 97漫展入手的二次元物 Part 2 文/Sobereva   2020-Jun-7 本文的part 1見http://www.shanxitv.org/555。 其它同人本 艦娘本子。一個是以艦娘們自制各種簡單又美味的食物為題材，里面有些東西令我躍躍欲試，另一個是講艦娘們打棒球過程中的搞笑事情 自從《獸娘動物園》播出之后，藪貓就火了，...

在Comiket 97漫展入手的二次元物 Part 1 文/Sobereva   2020-Jun-7 由于此文圖太多，總共有約120張圖，為避免加載太慢，分成兩個part發。part 2見http://www.shanxitv.org/556。 2019年年末終于有機會去了在東京辦的世界規模最大的漫展，12月28~31日舉辦的Comiket 97，這也是全世界ACG愛好者們終極的朝圣的地方。這里把當時買的ACG東...

談談量子化學中什么樣的benchmark才有意義 文/Sobereva@北京科音  2020-Jun-5 1 前言 筆者在計算化學公社論壇、思想家公社QQ群解答量子化學相關問題時，經常看到有些對理論方法知之甚少、沒讀過什么文獻的初學者在自己的研究中亂做benchmark，還管這叫“標定”，甚至一些初學者竟然以為所謂的標定總是要做。他們所做的事幾乎純粹是在浪費計算資源，每次我都得苦口婆心地勸他們別瞎做無用功。在本文，我就再專門說一...

通過設置CPU內核綁定降低ORCA同時做多任務的耗時 文/Sobereva@北京科音   2020-Jun-1 1 前言 由于任何程序的并行效率都是隨著核數增加而降低，當機子核數比較多的時候，比如有好幾十核，而且又有許多任務要跑的時候，比起一個一個調用所有核心來跑，同時跑兩個或者多個任務但是每個都用較少的核心數（總和不超過物理核心數），總耗時通常會更低。對于某些程序跑某些任務，甚至并行核數較少的時候反倒比核數較多的時候...

使用Shermo結合量子化學程序方便地計算分子的各種熱力學數據 文/Sobereva@北京科音 First release: 2020-May-19  Last update: 2023-Jul-13 1 前言 在日常量子化學研究中，計算焓、熵、自由能等熱力學數據是最常涉及的問題。主流量子化學程序如Gaussian、ORCA等都自帶了振動分析功能，在任務結束后會自動給出熱力學數據。但是用這些程序來獲得熱力學...