AIM鍵臨界點處電子密度拉普拉斯值符號判斷相互作用類型失敗原因的圖形分析 文/Sobereva @北京科音 First release：2012-Sep-2   Last update: 2014-Mar-10   本文目的是通過圖形方法討論一下為什么通過AIM鍵臨界點處電子密度拉普拉斯值符號判斷相互作用類型很多時候是錯誤的，本質原因何在，以及如何判斷相互作用類型更為可靠。本文體系皆在B3LYP/cc...

例大祭9和M3-29優秀音樂推薦 文/Sobereva   2012-Aug-7 這次音樂推薦包含了我全部聽過的共45張M3-29的專輯和99張例大祭9專輯中的精選曲目，這也基本是全部能在網上下得到的M3-29和例大祭9專輯。依然如同以前筆者的優秀音樂推薦文章，推薦標準只關注音樂自身的質量。M3-29的音樂質量整體來說挺不錯，保持甚至超越了以往的水準，平均一張專輯就能有1.2首值得保留的音樂。   例大祭9推薦曲目下載地址（35首，171MB...

使用Multiwfn的定量分子表面分析功能預測反應位點、分析分子間相互作用 文/Sobereva @北京科音 First release: 2012-Aug-6  Last Update: 2023-Jul-5 0 前言 定量分子表面分析對于預測反應位點、預測分子間結合模式、預測分子熱力學性質有重要意義。本文簡要介紹定量分子表面分析的概念和意義、它在Multiwfn程序中所用的數值算法，并通過實例說明怎么用Multiw...

AM4動漫同人歌曲演唱會雜談、照片和演出錄像 文/Sobereva(3)  2012-Jul-25 AM4動漫同人歌曲演唱會于2012年7月22日，在北京和上海兩地的MAO LIVE HOUSE同步舉行。這一天正好是在國家會議中心的Fate only同人展，很想去，但是和AM4沖突了。對我來說，顯然還是AM4更重要。 帝都的MAO LIVE HOUSE是在鼓樓附近，以前沒怎么去過，走到那里，感覺到濃郁的文化氛圍，街邊都是小平房，...

偽全息影像顯示蛋白質動力學軌跡 文/Sobereva@北京科音    2012-Jul-18 現在廉價的偽全息影像實現方法已經在網上盛傳，寡人也做了一個，雖然原理十分簡單，但實際看上去比想象得更有趣。大家基本都是用這技術來顯示Miku等角色的舞蹈，寡人靠VMD做了個蛋白質偽全息視頻，效果不錯，如下圖所示（后文有視頻）。這里簡單說說步驟。 這種偽全息終究是偽的，只能表現物體前后左右四個面的影像，而不能像真正意義的全息效果一樣能將物體的各個角度的影像...

在贗勢下做波函數分析的一些說明 文/Sobereva @北京科音 First release: 2012-Jul-17   Last update: 2019-Jun-3   經常有人問在贗勢下能不能做AIM分析、Multiwfn (http://www.shanxitv.org/multiwfn)支持不支持贗勢等等問題。此文專門就此問題進行探討。   1 全電子相對論計算 對于重原子，從第四周期開始（K~Kr）相對論效應就已經體...

2019-Jun-22注：由于后來出了好用得多的GIMIC 2.0版，此文介紹的GIMIC老版本的程序使用部分的內容已經完全過時了。想用GIMIC研究問題的讀者一定要仔細看《考察分子磁感生電流的程序GIMIC 2.0的使用》（http://www.shanxitv.org/491），其中還包含24分鐘演示視頻。 使用GIMIC計算和分析磁感應電流密度 文/Sobereva @北京科音  2012-Jul-15 1...

C81音樂推薦 文/Sobereva   2012-Jul-14 這次的C81音樂推薦來自我全部認真聽過的，也可以說是網上能找到的所有能下載到的C81專輯，共158張。依然是老規矩，無論是誰創作的音樂，無論是誰演唱的歌曲，無論出自哪張專輯，無論是哪個社團出品，無論什么風格，無論cover繪制得如何，評選標準依舊只嚴格關注音樂本身的藝術價值、藝術靈感，音樂以外的成份一切無視，希望借此讓真正好的音樂被更多人聽到，而不因為沒有名氣而被埋沒在音樂資源的汪洋大海...

在Gromacs中模擬金納米線拉伸過程 文/Sobereva @北京科音  2012-Jul-11 1 前言 前一陣子在多尺度材料模擬會議上看見有人演示了一段拉伸納米線的動畫，令我有些愉悅。雖然寡人并不是搞材料模擬的，不過還是想模擬一下玩玩，就用熟悉的gromacs做了一下拉伸金納米線的過程，結果看上去還挺合理，這里把流程介紹下。當然了，納米線拉伸這類問題用lammps去做最適合，gromacs做這個就是寓教于樂罷了。 gromacs模擬金屬最大...

使用Multiwfn繪制原子軌道圖形、研究原子殼層結構及相對論效應的影響 文/Sobereva @北京科音  2012-Jul-9 1 前言 這個帖子主要介紹怎么用Multiwfn程序（http://www.shanxitv.org/multiwfn）結合Gaussian繪制各種類型的原子軌道圖形，包括角度和徑向部分，在繪制過程中能加深一些對原子軌道的理解，如原子軌道間的正交性和鉆穿效應。本文繪制軌道并不是像一般教材中通過原子...

能繪制原子球上帶十字形線的分子結構圖的幾種軟件和用法 文/Sobereva @北京科音  2012-Jul-7   1 關于橢球圖和十字形線 經常看到有人問用什么可視化軟件可以讓顯示的分子結構圖上每個原子上有個十字形線。恐怕不少人并不了解為什么文獻中很多圖上原子球上都有十字形線，且為什么有時原子用橢球而不是圓球來表示，這里有必要先科普一下熱橢球圖。如果對熱橢球圖有興趣，可以參看這個頁面的詳細介紹：h...

CFOUR程序的編譯和使用方法簡介 文/Sobereva @北京科音  2012-Jul-5 1 前言 CFOUR程序的全稱是Coupled-Cluster techniques for Computational Chemistry。它是由ACESII-MAB程序改名而來，而ACESII-MAB程序是ACESII程序的一個分支，ACESII (Advanced Concepts in Electronic Structure)是從199...

適合理論、計算化學投稿的期刊及其2011年影響因子 文/Sobereva @北京科音  2012-Jun-29 2009年的影響因子見http://www.shanxitv.org/92 2010年的影響因子見http://www.shanxitv.org/64 很多其它期刊中也零零散散有一些理論、計算化學類文章，就不列出了，免得列表冗雜且缺乏重點。期刊名稱是標準縮寫，括號里面是常用簡稱或者全名，之后是ISSN號。斜杠前是2011年的兩年期影響因子（即一般所謂的影響因子。是2...

這是灑家(sobereva)做的一個幻燈片，介紹了感應電流密度，以及使用AICD和GIMIC程序計算感應電流密度的方法 下載地址：/usr/uploads/file/20150609/20150609155327_57037.ppt 注意，此幻燈片對應的是AICD和GIMIC的老版本，后來兩個程序都出了好用得多的新版本，所以操作部分應當參考以下兩篇文章 考察分子磁感生電流的程序GIMIC 2.0的使用（含24分鐘演示視頻） htt...

注：后來發布了AICD 2.0，安裝和使用比此文介紹的老版本方便得多，因此一定要看此文：《使用AICD 2.0繪制磁感應電流圖》（http://www.shanxitv.org/294） 使用AICD程序研究電子離域性和磁感應電流密度   文/Sobereva @北京科音 First release: 2012-Apr-7   Last update: 2015-Jan-26 1 關于磁感應電流...