用Hirshfeld電荷和信息增益研究親電性和親核性 Sobereva @北京科音 2014-Nov-1   對于化學體系，Shannon熵定義為-∫ρ(r)lnρ(r) dr，其中ρ是體系的電子密度。 劃分分子成為原子空間的方法很多，如Hirshfeld、AIM、Becke、ISA等。Nalewajski和Parr在PNAS, 97, 8879 (2000)中指出，如果用Hirshfeld方式劃分分子空間來...

本文寫于2014年10月27日，原文鏈接：http://bbs.keinsci.com/thread-116-1-1.html 今天，在小木蟲上有人問sob問題（http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=8067226&fpage=1），雖然Sob早就對小木蟲沒什么興趣了（內容整體太水，被新人的低水平求助貼和灌水帖所充斥，盡管也偶爾有高人發精華帖子），但畢竟是專門PM Sob的，就給他回帖了。然而，回的帖子沒顯示出來，...

簡談原子半徑 文/Sobereva @北京科音 First release: 2014-Oct-24  Last update: 2018-Apr-25 經常有人問原子半徑的事，這里十分簡略地談談。 1 共價半徑 一般說原子半徑的時候多數情況就是指共價半徑。原子間形成化學鍵的時候，鍵的長度大體相當于這兩個原子的共價半徑之和。很多可視化程序判斷是否成鍵就是根據這個規則判斷的。例如在Multiwfn（http://sobereva....

2014年10月完結動畫簡評 文/Sobereva(2)+(3)   2014-Oct-7   本文是筆者完整觀看過的2014年10月完結的22部TV版動畫的簡評。注意其中多多少少有一些劇透的成份。所有新番筆者都看過前幾話，沒追的要么是筆者對其題材有抗拒（比如恐怖或者胡搞類），要么就是制作質量太差、太低俗、太粗野、內容太老套、太平庸、太莫名其妙等作品自身問題。 按照慣例還是先頒獎，頒獎的作品也都只限...

注：此文已經完全毫無意義了！筆者后來寫的《使用Multiwfn+VMD快速地繪制靜電勢著色的分子范德華表面圖和分子間穿透圖》（http://www.shanxitv.org/443）的作圖步驟比用GaussView簡單得多，效果好得多，而且還完全免費，還特意錄了視頻對操作進行演示。別再試圖用GaussView繪制這種圖了，Multiwfn+VMD是王道！ 在GaussView里繪制分子表面靜電勢填色圖的過程 文/Sobereva @北京科音 ...

Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概覽 文/Sobereva @北京科音 First release: 2014-Aug-28  Last update: 2023-Jul-18 這里所謂的弱相互作用，是指強度明顯弱于一般化學鍵的各種形式的相互作用，范德華作用、pi-pi堆積、氫鍵、鹵鍵、二氫鍵等等皆屬于這一范疇（如果對相關概念不了解的話，看《談談“計算時是否需要加DFT-D3色散校正？” 》ht...

通過Multiwfn計算各個軌道的偶極矩 文/Sobereva @北京科音   2014-Aug-23 通常人們只是計算分子整體的偶極矩，有時也討論局部的偶極矩，諸如原子偶極矩或ELF盆的偶極矩，這個靠Multiwfn (http://www.shanxitv.org/multiwfn)的模糊空間分析和盆分析模塊方便地實現。也有人問怎么計算分子軌道的偶極矩，實際上利用Multiwfn里的多個功能都可以實現這一目的，下面就依次介紹下，順便也使...

ANIMANIA 2014夏日祭 “Ignition”全部錄像、照片和雜談 文&拍攝 / Sobereva(3)   2014-Aug-21 ANIMANIA 2014夏日祭"Ignition"演唱會于2014年7月6日在帝都MAO LIVE HOUSE舉行。由于結束之后一直忙得出奇，結果拖拖拉拉過了一個多月到現在才得以寫寫雜記。這是第九次參加AM的演出了。 這次比較詭異，居然演出前后在AM的官方網...

C85音樂推薦 文/Sobereva(2)   2014-Aug-15   Comiket音樂推薦系列文章從C75就開始每次都寫（見文末的連接），這回算是最慚愧的，由于C85以來一直忙，且要消化的各類音樂太多，另外由于一些原因沒法像以前那樣方便地收羅Comiket的音樂資源，C85總共只聽了54張（以前每次都是一百多張甚至超過200張），而且一直拖到恰好C86要開始了才寫此文。實話說，由于這次聽的數目偏少，原本都有點想pass...

適合理論、計算化學投稿的期刊及其2013年影響因子（2014年公布） 文/Sobereva @北京科音   2014-Jul-30 此文對適合理論、計算化學投稿的期刊進行羅列，并附上2014年公布的2013年影響因子(IF)。 文中期刊名稱一般用標準縮寫，括號里面是常用簡稱或者全名，之后是ISSN號。斜杠前是2013年的兩年期影響因子（即一般所謂的影響因子），斜杠后是五年期影響因子。有些新刊尚無影響因子數據。多數情況期...

注：本文已經過時，最新版本GROMACS安裝方法參見《GROMACS的安裝方法》（http://www.shanxitv.org/457）。 Gromacs 5.1.1與4.6.7編譯方法 文/Sobereva @北京科音  Last update: 2016-Jan-25 Gromacs 5.0（5.1.1編譯方法與此完全一樣） 編譯條件：RHEL6-U1 64bit, Intel Q6600, root。 必須有cmake 2.8.8及以上。MKL...

后記：對于計算反應速率常數，如果沒有特別的要求，實際上通過《使用Shermo結合量子化學程序方便地計算分子的各種熱力學數據》（http://www.shanxitv.org/552）里介紹的我開發的Shermo程序計算出過渡態、反應物的自由能，求差得到自由能壘，然后代入我制作的《基于過渡態理論計算反應速率常數的Excel表格》（http://www.shanxitv.org/310）表格中，并且利用表格里的單元格計算出隧道效應校正量，就足矣得到合理的反應速率常數。如今并沒有多大必要用KiSThe...

生成混合組分的磷脂雙層膜結構文件的工具genmixmem 文/Sobereva@北京科音 First release: 2014-Jul-23   Last update: 2021-Nov-14 1 前言 構建磷脂膜的程序和辦法不少，比如CHARMM-GUI、Packmol等等，但都有這樣或那樣的缺點。比如Packmol構建雙層膜往往要迭代很多次才能收斂，得到的結構往往還有好多空隙。而CHARMM-GUI...

2014年上半年優秀動畫音樂推薦 文/Sobereva   2014-Jul-21 Sobereva對音樂的執著，或許比起動畫更甚。不管動畫是否追了，所有動畫的OST、OP/ED、歌曲集、角色集什么的一切衍生的音樂相關的產物是一個不落全都仔細聽完的，并且仔細進行篩選。    筆 者在blog上發Comiket、M3、例大祭的音樂推薦已經是數年來的傳統。后來覺得，光是推薦了同人音樂，而積攢的那么多超級優秀的動畫音樂如...

后記：本文的配置已經過時，此文也不再更新。時下最理想的配置見《計算化學購機配置推薦》（http://www.shanxitv.org/444），其中的配置會不斷更新 單路計算化學攢機配置推薦 文/Sobereva @北京科音 First release: 2014-Jul-21   Last update: 2016-Apr-18 計算化學并非總是需要雙路及以上的服務器，如今的普通PC已經足夠完成很多計算了...