root用戶在用openmpi并行計算時避免加--allow-run-as-root的方法 文/Sobereva @北京科音   2018-Mar-4 OpenMPI從2.0開始有個變態要求，即如果用戶是root，則通過mpirun來并行運行程序時，會提示 mpirun has detected an attempt to run as root. Running at root is *strongly* discouraged as any mis...

注1：本文的方法適合展現分子內部的孔洞。如果你是希望展現周期性動力學模擬或者晶胞當中的自由區域（未被原子占據的區域）并計算其體積，應當使用此文的方法：《使用Multiwfn圖形化展示分子動力學模擬體系中的孔洞、自由區域》（http://www.shanxitv.org/539）和《使用Multiwfn計算晶體結構中自由區域的體積、圖形化展現自由區域》（http://www.shanxitv.org/617）。 注2：Multiwfn還有計算分子孔洞直徑的功能，見《使用Multiwf...

后記1：筆者后來又寫了一篇文章介紹怎么對周期性體系做IGM分析，見《使用Multiwfn結合CP2K通過NCI和IGM方法圖形化考察固體和表面的弱相互作用》（http://www.shanxitv.org/588）。 后記2：2022年我提出了叫做IGMH的改進版IGM方法，圖像效果顯著好于IGM，還可以完全避免IGM圖中誤導性的著色出現，而且物理意義明顯比IGM更強。請讀者們務必閱讀IGMH的全面介紹文章《使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直觀地展現化學體系中的相...

構建被顯式溶劑層包裹的分子的簡單方法 文/Sobereva @北京科音  2018-Jan-20 0 前言 溶劑模型分兩大類，顯式溶劑模型、隱式溶劑模型。在量子化學研究中，一般為了省事、方便以及為了考慮溶劑平均效應而用隱式溶劑模型，但是有時候溶劑效應沒法靠連續介質的考慮方式描述，非得用顯式溶劑模型不可。有些情況只需要很少的顯式溶劑即可，比如水催化的反應，只需要把參與反應的水分子納入體系即可。但研究許多問題的時候，顯式溶劑放在哪、怎么放，哪些...

2017年下半年優秀動畫音樂推薦 文/Sobereva  2018-Jan-10 這是第7次寫“優秀動畫音樂推薦”系列文章，此系列從2014年起不斷發布，之前的見 《2017年上半年優秀動畫音樂推薦》（http://www.shanxitv.org/385） 《2016年優秀動畫音樂推薦》（http://www.shanxitv.org/360） 《2015年下半年優秀動畫音樂推薦》（http://www.shanxitv.org/318） 《2015年上半年優秀...

在Gaussian中做限制性優化的方法 文/Sobereva @北京科音   2018-Jan-9 0 前言 量化計算時一般做的幾何優化叫做全優化(full optimization)，與之相對的叫做限制性優化，即優化時凍結某些變量來實現特殊目的。經常有人在網上問Gaussian里怎么做限制性優化，每次都回復很麻煩，在本文就統一說一下。本文內容至少適用于Gaussian 09/16。 對于有解析導數的方法，限制性優化并不會減低計算量，因為不...

在Multiwfn中基于fch產生自然軌道的方法與激發態波函數、自旋自然軌道分析實例 文/Sobereva @北京科音 First release: 2018-Jan-8  Last update: 2020-Nov-6      0 前言 在《詳談Multiwfn支持的輸入文件類型、產生方法以及相互轉換》（http://www.shanxitv.org/379）和Multiwfn手冊第四章開頭都說過，對于Gaussi...

基于Multiwfn產生的cube文件在VMD和GaussView中繪制填色等值面圖的方法 文/Sobereva @北京科音  2018-Jan-6   0 前言 填色等值面圖是一種重要的描述三維實空間函數分布特征的方法，最常見的就是分子表面靜電勢填色圖，就是將靜電勢這個函數在電子密度等值面上各個位置的數值大小通過顏色表現出來。這種圖筆者之前專門說過怎么繪制，見 使用Multiwfn+VMD快速地繪制靜電勢著色的分子范德華表面圖和分子...

2017年度完結動畫總評 文/Sobereva  2018-Jan-5 此文對筆者完整看過的2017年度完結的89部全長版TV動畫和17部泡面番進行總評。劇場版、OVA之類的都沒有納入其中。此文只有“2018年1月完結”部分是新寫的，4月、7月、10月完結的動畫的評論在作品剛完結之時就已經寫好并發在了blog上，在此文只是匯總而已（所以有些文字現在看起來已經out了），不過很多作品的總評分為了保持評價的一致性，在此文又做了微調。前幾年的總評見： 2016年度完...

在Gaussian中計算IRC的方法和常見問題 文/Sobereva @北京科音 First release: 2018-Jan-4  Last update: 2020-Sep-14      0 前言 IRC是量子化學研究化學反應的重要概念，它是質權坐標下連接勢能面相鄰兩個極小點的能量最低路徑，描述了化學過程在不考慮熱運動因素下最理想的結構變化軌跡，對于討論微觀化學過程至關重要，而且也是...

繪制有填色效果的用于弱相互作用分析的RDG散點圖的方法 文/Sobereva @北京科音 First release: 2017-Dec-17  Last update: 2022-Aug-11    2010年提出的用于分析弱相互作用的RDG方法（文獻中也普遍叫NCI方法）已被廣泛用于考察各種分子間/分子內弱相互作用了，筆者也寫過不少相關文章，不了解此方法的者看《使用Multiwfn圖形化研究弱相互作用》（h...

電子激發過程中片段間電荷轉移百分比的計算 文/Sobereva @北京科音 First release: 2017-Dec-15   Last update: 2022-Mar-15 1 前言 電子激發過程往往伴隨著電子分布范圍的明顯轉移，在一些文獻里經常給出電子躍遷過程中某片段向另一個片段電荷轉移特征的百分比，CT%。比如對于配合物體系，很常見的躍遷模式是Metal-to-ligand charge transfer (ML...

硬盤速度與內存容量對量子化學計算速度影響的測試 文/Sobereva @北京科音   2017-Dec-5 1 前言 本文的目的是通過幾種主流量子化學程序的實測數據，說明量子化學計算用的機子有沒有必要用大內存，有沒有必要用高速硬盤，這倆問題是購買服務器的人很關注的問題。經常有人認為內存容量只要讓計算得以進行就夠了，加大內存對提升速度并沒用處，本文也通過測試看看是否是這么回事。 本文測試用的機子是雙路XEON E5-2696v3（2*18=36個物...

使用Multiwfn+VMD繪制片段貢獻的躍遷偶極矩矢量 文/Sobereva @北京科音 First release: 2017-Dec-2  Last update: 2020-Dec-25 1 前言 躍遷偶極矩是討論電子激發最關鍵的量之一。躍遷偶極矩大，振子強度才可能大，對應的吸收/發射才可能比較強，這些基本知識在此帖都有介紹：《Gaussian中用TDDFT計算激發態和吸收、熒光、磷光光譜的方法》（http://sobereva.c...

在Multiwfn中分析比CCSD更高級別波函數的方法 文/Sobereva @北京科音 First release: 2017-Nov-28  Last update: 2021-May-19       1 前言 Gaussian程序能產生的最高級別的波函數是CCSD，雖然這已經非常精確了，比如在Science, 355, 49 (2017)中作者以CCSD密度為金標準，考察了不同泛函對...