使用Multiwfn做基于分子力場的能量分解分析 文/Sobereva @北京科音 First release: 2018-Sep-19  Last update: 2023-Jul-1   0 前言 本文將介紹筆者提出的基于分子力場的能量分解方法的原理以及它在流行的波函數分析程序Multiwfn (http://www.shanxitv.org/multiwfn)中和使用。我將這個方法命...

補充1：后來又寫了《計算RESP原子電荷的超級懶人腳本》（http://www.shanxitv.org/476），腳本會自動調用Gaussian和Multiwfn完成所有需要的計算，使得RESP電荷計算過程驚人的簡單，從初始結構文件到給出最終RESP電荷，僅僅一行命令就能實現！ 補充2：筆者后來寫了《RESP2原子電荷的思想以及在Multiwfn中的計算》（http://www.shanxitv.org/531），其中介紹的RESP2電荷是RESP的擴展，更恰當地考慮了溶劑對溶質電...

基于OpenBabel批量產生特定基團以任意方式接到苯上的結構的方法 文/Sobereva@北京科音  2018-Sep-6 1 前言 最近在計算化學公社論壇有人問（http://bbs.keinsci.com/thread-10797-1-1.html），怎么自動產生一大批帶有指定基團的取代苯，他希望CH3、H、CN、F、Cl、Br、I、OH基團以隨機方式組合接到苯上面。我認為最簡單的實現方式莫過于自己寫個小程序產生各種取代苯...

注：筆者在寫這篇文章的時候，已經盡本人最大努力考慮到最初級的計算化學工作者理解能力的最底線，請睜大眼睛萬分仔細一個字一個字過腦子地閱讀本文5遍以上，只要理解能力正常的人100%能裝上！如果還裝不上，那么友情建議你及早改行成和計算模擬完全無關的領域，肯定能獲得比搞計算化學更大的成果（也不要指望看網上其它文章就能裝上，因為本文已經是網上關于裝Gaussian的文章當中最詳細的了）。   Gaussian的安裝方法及運行時的相關問題 文...

2022-Mar-1注：本文介紹的功能已支持結合CP2K做TDDFT計算研究周期性體系的電子激發，參見《使用CP2K結合Multiwfn對周期性體系模擬UV-Vis光譜和考察電子激發態》（http://www.shanxitv.org/634）。 使用Multiwfn做空穴-電子分析全面考察電子激發特征  文/Sobereva @北京科音 First release: 2018-Aug-31  Last updat...

后記1：在本文介紹的IFCT分析思想的基礎上，筆者又提出了電荷轉移光譜（charge-transfer spectrum, CTS）的概念，可以從電荷轉移角度將總的UV-Vis光譜進行分解分析，從而洞悉光譜的內在本質，見《使用Multiwfn繪制電荷轉移光譜(CTS)直觀分析電子光譜內在特征》（http://www.shanxitv.org/628）。非常建議本文讀者之后閱讀。 后記2：從2022-Mar-15更新的Multiwfn版本開始，在IFCT分析輸出中會直接給出電荷...

注1：2020-Jul-4及以后版本的Multiwfn的自身的靜電勢代碼計算速度較之前版本有脫胎換骨般提升，見《Multiwfn的計算靜電勢的內部代碼速度得到了極大的提升！》（http://bbs.keinsci.com/thread-18268-1-1.html）、《Multiwfn使用的高效的靜電勢算法的介紹文章已于PCCP期刊發表！》（http://www.shanxitv.org/614）。如果你的機子有10核及以上的話，對于計算擬合靜電勢電荷、分子表面靜電勢的定量分析就強烈不建...

重要提示：本文介紹的方法筆者已經發表于Theor. Chem. Acc., 139, 25 (2020) DOI: 10.1007/s00214-019-2541-z，其中專門對pi電子結構分析的算法和應用做了詳細、深入的介紹和討論，給了許多應用例子，本文讀者看完后務必看一下這篇文章。使用本文提到的Multiwfn的功能的讀者，除了必須引用Multiwfn的原文以外，也務必同時引用上述文章。 2021-Sep-25注：筆者后來在Chemistry—Methods, ...

通過SMD溶劑模型描述離子液體溶劑環境的方法 文/Sobereva @北京科音  2018-Aug-7 離子液體已被廣泛作為溶劑。常有人問離子液體溶劑環境怎么在量子化學計算中體現，本文就專門說一下。閱讀本文之前務必先閱讀《談談隱式溶劑模型下溶解自由能和體系自由能的計算》（http://www.shanxitv.org/327）了解基礎知識。 1 原理 Truhlar搞出來的SMD溶劑模型是一種比較普適的隱式溶劑模型。原理上...

2018年7月完結動畫簡評 文/Sobereva  2018-Aug-1 本文是筆者完整觀看過的2018年7月完結的25部全長TV版動畫和6部泡面番的簡評。注意其中多多少少有一些劇透的成份，怕被劇透又想了解哪些值得追的話就看評分就好了。所有新番筆者都看過前幾話，沒追的要么是筆者對其題材有抗拒（比如恐怖或者胡搞類），要么就是制作質量太差、太低俗、太粗野、內容太老套、太平庸、太莫名其妙等作品自身問題。 全長番一般評分區間是90~95分（低于90分根本不追，超過95...

使用Multiwfn計算激發態之間的密度差 文/Sobereva @北京科音 First release: 2018-Jul-28   Last update: 2022-Jul-14 1 前言 使用Multiwfn計算密度差、繪制各種密度差圖形非常簡單，在《使用Multiwfn作電子密度差圖》（http://www.shanxitv.org/113）中有充分示例，其中也包括繪制激發態與基態間的密度差，這對于討論...

2018年上半年優秀動畫音樂推薦 文/Sobereva  2018-Jul-7 這是第8次寫“優秀動畫音樂推薦”系列文章，此系列從2014年起不斷發布，致力于盡自己微薄之力，令最杰出、最美妙的音樂能有出頭之地，而不被數目是它們20倍以上的海量的平庸、湊數的音樂埋沒。之前的動畫音樂推薦見 《2017年下半年優秀動畫音樂推薦》（http://www.shanxitv.org/405） 《2017年上半年優秀動畫音樂推薦》（http://sobereva...

適合理論、計算化學投稿的期刊及其2017年影響因子（2018年公布） 文/Sobereva @北京科音  2018-Jun-30 未經授權，嚴禁轉載 此文對適合理論、計算化學投稿的期刊進行羅列，并附上2018年6月公布的2017年影響因子(IF)。 文中期刊名稱一般用標準縮寫，括號里面是常用首字母簡稱或者全名，之后是ISSN號。斜杠前是2017年的兩年期影響因子（即一般所謂的影響因子），斜杠后是撰此文時的最新中科院分區。有些新...

使用Multiwfn計算分子的長寬高以及顯示分子的主軸 文/Sobereva @北京科音 First release: 2018-Jun-10  Last update: 2021-Oct-23 0 前言 經常有人問怎么計算分子的長寬高，之前筆者在《談談分子半徑的計算和分子形狀的描述》（http://www.shanxitv.org/190）一文中也曾討論分子的長寬高怎么算，但那個博文用的蒽的例子過于簡單，而實際分子形狀往...

使用Multiwfn+VMD以原子著色方式表現原子電荷、自旋布居、電荷轉移、簡縮福井函數 文/Sobereva @北京科音   2018-Jun-3 0 前言 在圖像中表現原子電荷分布、原子自旋布居的時候通常都是將數值標在原子上面，但當原子很多的時候，就會導致圖像上的數字密密麻麻，難以辨認，而且也不好直觀去考察。有一種做法可以解決這個問題，就是通過原子的顏色來表現其原子電荷、自旋布居等屬性的正負和大小，這樣非常直觀。...