量子化學程序ORCA的安裝方法 文/Sobereva@北京科音 First release 2018-Dec-21  Last update: 2022-Oct-3 0 前言 ORCA是一款對學術用戶免費但不開源的量子化學程序，發展迅猛，流行程度越來越高，用戶越來越多。雖然ORCA的安裝很簡單，都不需要編譯源代碼，但還是有不少量子化學初學者經常問怎么安裝，這里就統一說一下。當隨著ORCA程序更新，導致最新版安裝方法與本文存在較大差...

為什么我極度鄙視和厭惡百毒 文/Sobereva  First release: 2018-Dec-3  Last update: 2020-Oct-25 我對百毒的鄙視和厭惡由來已久，早就想寫此文，但一直沒空。正好昨天有個人在我的一個兩千多人的專業的科研群里大肆鼓吹使用百毒、百毒學術、百毒文庫，結果被筆者和群友一通批判。我對百毒真是不吐不快，借此機會我把此文寫出來，使他人能全面了解筆者對百毒的態度。本文僅代表我現階...

注：本文的操作配有演示視頻，請注意觀看，五分鐘就能學會畫出本文里面的圖像的效果，見https://www.bilibili.com/video/av37101659/ 用VMD繪制藝術級軌道等值面圖的方法 文/Sobereva@北京科音 First release: 2018-Nov-30  Last update: 2021-Sep-19 在《使用Multiwfn觀看分子軌道》（http://sob...

Multiwfn支持的電子激發分析方法一覽 文/Sobereva@北京科音 First release: 2018-Nov-14  Last update: 2022-Mar-1 0 前言 電子激發的研究是量子化學最重要的研究領域之一。波函數分析程序Multiwfn（http://www.shanxitv.org/multiwfn）在表征、分析電子激發問題方面有非常強大的功能，不僅支持幾乎所有文獻里提出的這方面的...

本文的實例操作部分有視頻演示，見：https://www.bilibili.com/video/av35812201/ 使用Multiwfn繪制躍遷密度矩陣和電荷轉移矩陣考察電子激發特征 文/Sobereva @北京科音 First release: 2018-Nov-12  Last update: 2021-May-27   0 前言 躍遷矩陣（transition matri...

用于非限制性開殼層波函數的雙正交化方法的原理與應用 文/Sobereva@北京科音 First release: 2018-Nov-11   Last update: 2021-Sep-10 摘要：本文非常簡要地介紹一下對非限制性開殼層波函數的alpha和beta軌道之間做雙正交化的方法，并且以三重態乙醇為例介紹如何在Multiwfn中實現，使得其alpha和beta軌道最大程度匹配，從而便于討論軌道。本文說的Mul...

注1：本文有完整的演示視頻，初學者嚴格照著操作！5分鐘內不可能學不會！https://www.bilibili.com/video/av34024335/ （別說字太小看不清楚，登錄后看1080p的，不可能看不清楚） 注2：在本文的基礎上，通過修改材質和恰當使用Tachyon渲染器，可以得到效果遠勝于本文的軌道等值面圖，務必在看過本文后一看：《用VMD繪制藝術級軌道等值面圖的方法（含演示視頻）》（http://www.shanxitv.org/449） 使用Mu...

2018年10月完結動畫簡評 文/Sobereva  2018-Oct-16 本文是筆者完整觀看過的2018年10月完結的24部全長TV版動畫和5部泡面番的簡評。注意其中多多少少有一些劇透的成份，怕被劇透又想了解哪些值得追的話就看評分就好了。所有新番筆者都看過前幾話（掃番過程的粗略觀感在http://bbs.keinsci.com/forum-68-1.html里的相應帖子里寫了），沒追的要么是筆者對其題材有抗拒（比如恐怖或者胡搞類），要么...

注：本文有對應的演示視頻，必看！見https://www.bilibili.com/video/av33733749/ 凡是按照本文的詳細說明還繪制不出來的人，一定要精確嚴格重復視頻里的操作！應先把視頻里的示例體系重復一遍，連這個例子都重復不出來者注意看本文文末的文字 使用Multiwfn+VMD快速地繪制靜電勢著色的分子范德華表面圖和分子間穿透圖 文/Sobereva @北京科音 First release: ...

注：本文介紹的操作有對應的視頻演示，按照本文敘述的步驟操作還做不出來者務必觀看：https://www.bilibili.com/video/av33724816/ 使用Multiwfn+VMD快速地繪制高質量AIM拓撲分析圖 文/Sobereva @北京科音 First release: 2018-Oct-13  Last update: 2020-Dec-2 1 前言 AIM（A...

計算化學購機配置推薦 文/Sobereva @北京科音 Last update: 2023-Jul-19 1 重要前言 經常有人問買機子做計算化學計算該用什么配置，這要根據預算、主要用的程序、主要做的任務類型、算的體系大小、對購買渠道有無限制等很多因素綜合考慮。這里，筆者根據不同預算檔次，給出相應預算下目前天朝能買到的性價比最高的配置。這些配置對常規的量子化學、第一性原理計算都是非常適合的。而對于分子動力學，由于可以利用GP...

這個是截止到2018年10月2日，第2002~3001篇使用了Multiwfn程序發表的文章的全文pdf合集，下載地址：https://pan.baidu.com/s/1DuFJQxax1MxTxO9MQjLBaQ 這是此文件包里所有文件的列表http://www.shanxitv.org/attach/438/list.txt 由于本文件包里絕大部分文章都是它們剛在期刊網站上作為ASAP刊登的時候我就下載的，所以文檔中大多沒有頁碼、卷號，大家只要到google學術搜索里...

使用Multiwfn做基于分子力場的能量分解分析 文/Sobereva @北京科音 First release: 2018-Sep-19  Last update: 2023-Jul-1   0 前言 本文將介紹筆者提出的基于分子力場的能量分解方法的原理以及它在流行的波函數分析程序Multiwfn (http://www.shanxitv.org/multiwfn)中和使用。我將這個方法命...

補充1：后來又寫了《計算RESP原子電荷的超級懶人腳本》（http://www.shanxitv.org/476），腳本會自動調用Gaussian和Multiwfn完成所有需要的計算，使得RESP電荷計算過程驚人的簡單，從初始結構文件到給出最終RESP電荷，僅僅一行命令就能實現！ 補充2：筆者后來寫了《RESP2原子電荷的思想以及在Multiwfn中的計算》（http://www.shanxitv.org/531），其中介紹的RESP2電荷是RESP的擴展，更恰當地考慮了溶劑對溶質電...

基于OpenBabel批量產生特定基團以任意方式接到苯上的結構的方法 文/Sobereva@北京科音  2018-Sep-6 1 前言 最近在計算化學公社論壇有人問（http://bbs.keinsci.com/thread-10797-1-1.html），怎么自動產生一大批帶有指定基團的取代苯，他希望CH3、H、CN、F、Cl、Br、I、OH基團以隨機方式組合接到苯上面。我認為最簡單的實現方式莫過于自己寫個小程序產生各種取代苯...