找回Windows 7中經典風格的開始菜單 文/Sobereva    2009-Nov-1 很多從windows95/98或者dos時代過來的資深老用戶對于windows 7徹底去掉了經典開始菜單與我一樣感到憤怒，感到工作效率嚴重受挫，但win7的這個設計似乎很討好從XP時代過來的菜鳥，以至于占多數用戶的這類群體對這個變化不以為然。即便這個設計對一部分用戶的確更有利，但不尊重用戶的選擇權利是惡劣的行為。有人開發了cs menu解決這個困難，...

談談原子軌道朝向引起的量化計算結果與經驗觀念的差異 文/Sobereva @北京科音    Last update: 2010-Mar-27 我曾在《談談5d-6d型d軌道波函數與它們在高斯中的標識》一文中討論到量化程序中的基函數與實際中的原子軌道的對應問題，即6d型笛卡爾GTF函數是難以對應實際實際原子軌道的，這是基函數本身形式的問題。導致對應問題的另一個因素，就是分子的取向問題，它造成了分子軌道組成與常規化學觀念相沖突，比如π鍵。這個問題...

談談5d、6d型d殼層基函數與它們在Gaussian中的標識 文/Sobereva@北京科音   Last Update: 2011-Jul-30 在含有d軌道的體系的高斯輸出文件中，有時會看到d軌道名以D 0, D+1, D-1, D+2, D-2標識，有人誤以為那些軌道就是指復數型真實原子軌道，這是個嚴重的誤區，下面將對此進行討論。 在高斯等量化程序中，對于非半經驗方法用的都是GTF(Gaussian type function)型實函數用來描述...

GAMESS-US 2009 R3版編譯方法 文/Sobereva @北京科音    First release: 2009-Oct-7  Last updated: 2010-Jan-20 操作系統：Fedora7-64bit，已裝gcc 4.1.2（在系統安裝過程中選擇了安裝軟件開發這一類就會裝上），系統中有csh（Fedora8及以后需手動安裝csh），root用戶，使用bash shell，GAMESS(US)版本為Janu...

C76優秀音樂推薦-其它部分 文/Sobereva    2009-Sep-30 PS: C76東方系列音樂精選見此貼：http://www.shanxitv.org/48 雖然C76的東方project的同人音樂質量不如C75，但是其它同人音樂質量卻相當好，勝于C75很多。最精彩部分共被我選出27首（相比之下C75只有10首）。以下曲目都是從verycd上全部發布過的C76非東方project的CD中精選出來。 本次推薦的C76非東方系列的音...

C76優秀音樂推薦-東方project部分 文/Sobereva   2009-Sep-30 客觀來講，C76東方同人作品整體質量與C75有不小差距。多數都被列入了level B，即有特點但不完美。這些曲目精選自verycd上發布過的全部（約40張）C76東方同人CD。 這些文件絕大多數都是我從無損格式轉化過來的，160kbps的ogg既節省空間，音質也足夠高，聽感上與無損無異（之所以FXT/FXTZ中的音樂使用的是~195kbps的ogg正是因為這個...

Gaussian03的Linda并行設置與VMware的虛擬集群 文/Sobereva @北京科音 First release: 2009-Sep-13    Last update: 2014-Sep-8 網上也有一些關于高斯linda并行設置的文章，也有討論使用虛擬機模擬的集群跑高斯+linda的，但是說明都不甚具體，各種linux發行版本差異也不小，拿到手的高斯程序也有所不同，其設置方法往往不能直接套用。最近也有人問配置Linda的問題，...

談談BSSE校正與Gaussian對它的處理   文/Sobereva @北京科音 First release 2009-Aug-27  Last update: 2018-Jul-5 計算A、B分子間的弱相互作用能時，一般不能簡單地通過E_interaction = E_AB - E(A) - E(B)來計算，因為E_AB能量相對于E(A) + E(B)的降低來自兩方面，一方面是真實的A、B分子間的相互作用能，這是我們要求的；另...

Sobereva于大約2008年8月15日制作，下載地址：/usr/uploads/file/20150605/20150605012359_52218.rar 修改器所修改的地址介紹（皆4字節整數)： 得點，004B0C44，數值為屏幕顯示的值的1/10。 Power，004B0C48，內存中數值為顯示的數值的100倍，如1.03為103。建議鎖在399，然后吃一個紅P就滿了，并實際生效了。設400或更多不直接起作用 殘機數，004B0C98...

過渡態、反應路徑的計算方法及相關問題 文/Sobereva @北京科音 First release: 2009-Aug-6   Last update: 2019-Feb-4 前言：本文主要介紹過渡態、反應路徑的計算方法，并討論相關問題。由于這類算法極多，可以互相組合，限于精力不可能面面俱到展開，所以只介紹常用，或者實用價值有限但有啟發性的方法。文中圖片來自相關文獻，做了一定修改。由于本文作為帖子發布，文中無法插入復雜公式，故文中盡量將公式轉化為文字描...

計算化學相關的免費的在線數據庫及工具 文/Sobereva @北京科音 First release: 2009-Jul-11    Last Update: 2015-Dec-2 這些是我平時收集的和計算化學/分子模擬有關的免費的在線的庫和工具，既在線又免費的實用的網站是很有價值的。其中有些對計算有直接幫助，有些則是提供計算所涉及的素材。由于筆者的研究和生物分子結構問題有關，所以列表中包含不少偏生物的內容。由于本文數據量大，內容...

談談分子模擬中的隱式溶劑模型與GB模型 文/Sobereva @北京科音    Last update: 2010-Apr-6 本文主要討論分子模擬中隱式溶劑模型和GB模型（=Generalized Born，廣義Born模型）的各個方面。 隱式水模型優勢主要有下： 減少體系的粒子數從而降低計算開銷。 沒有溶劑摩擦效應，可以加快構象變化。 不顯著、具體地表現溶劑運動而直接表現平均效果，便于計算自由能，避免動力學很長時間采樣。 不需要顯式水的預平衡過程。...

用VMD做太極拳動畫 文/Sobereva    2009-May-25 做出來的動畫： VMD不僅僅可以用來做研究，還可以用來娛樂，在娛樂過程中也可以學到很多使用技巧。 這里我用VMD做了一個小人打太極拳的軌跡動畫，以此為基礎對方法進行說明，希望起到拋磚引玉的作用，由于時間所限，只作了5個動作。所用VMD為windows版1.8.6。 動畫下載地址： /usr/uploads/f...

Gromacs的pull code介紹(3.3.x+4.0.x) 文/sobereva @北京科音    2009-May-4 Gromacs 3.3.x: Pull Code有三種類型：AFM pulling,Umbrella sampling,constraint AFM是給原子一個外力，實際上是一個彈簧點在恒速遠離，彈簧點拉動一組原子，其力取決于彈簧點與這組原子質心的距離和自己定義的力常數。類似amber的jar=1。 比如A----...

Amber與Gromacs讀入碳納米管的方法 文/Sobereva @北京科音   2009-Mar-2 這里說一下Amber和Gromacs讀入碳納米管的方法。只說操作方法，不涉及選用力場等問題。 Amber： 碳納米管結構比較大，而結構很有規律，一般僅有C原子。若不考慮邊界問題，可以將全部電荷當成0，這種近似并不會對結果真實性有多少影響。對于碳納米管這樣的特征，適合當成一般的小分子來處理，但不宜用antechamber而且也沒必要用。 先用N...