計算化學相關的免費的在線數據庫及工具
這些是我平時收集的和計算化學/分子模擬有關的免費的在線的庫和工具，既在線又免費的實用的網站是很有價值的。其中有些對計算有直接幫助，有些則是提供計算所涉及的素材。由于筆者的研究和生物分子結構問題有關，所以列表中包含不少偏生物的內容。由于本文數據量大，內容雜，應善用搜索功能，比如需要找在線對接的服務器就搜“對接”。
下列網址在寫入本文時均可訪問，若無法訪問可嘗試代理，若確實網址已改變請告訴我。前面有√的代表比較重要。很多在線工具需要Java運行環境。如果有其它好的免費的化學相關的在線的庫或工具歡迎回帖補充，我也會在日后逐漸補充。
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1 在線信息數據庫部分
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√ 在線基組和贗勢數據庫一覽：http://www.shanxitv.org/309
pKa和鍵解離能數據庫iBonD：http://ibond.nankai.edu.cn/
簡介：南開&清華的人搞的包含大量室溫下pKa和鍵解離能(BDE)數據，有理論數據也有實驗數據。
POTLIB勢能面數據庫：http://comp.chem.umn.edu/potlib/
簡介：包含各類體系共約300個勢能面的庫，勢能面是以Fortran子程序來表現的，可以計算出不同核坐標下體系的Born-Oppenheimer能量和導數。virtualchemistry.org：http://virtualchemistry.org/moldb.php
簡介：可以從中檢索到分子熱力學性質，其中一百多個有OPLS-AA和GAFF力場的用于Gromacs的拓撲和結構文件。
lipidbook：http://lipidbook.bioch.ox.ac.uk/
簡介：脂力場數據庫，可以根據兼容的力場類型、MD軟件和脂分子類型來搜索需要的力場數據，并且可以直接下載。
DEGDB：http://www.begdb.com/
簡介：包括S22、S66等弱相互作用測試集的由不同理論方法和基組得到的結果，以及這些數據集所含體系的幾何結構。
GMTKN30數據庫：http://toc.uni-muenster.de/GMTKN/GMTKN30/GMTKN30main.html
簡介：GMTKN30是一個全面的檢驗量子化學理論方法計算精度的測試集，此數據庫包含了測試集的參考數據和分子幾何結構。
QCLDB II計算化學文獻數據庫：http://qcldb.ims.ac.jp
簡介：免費注冊，用戶名和密碼會立刻發到郵箱里。可以通過基組名、理論方法名、時間、計算的化合物的名稱及屬性、作者、刊物等方式檢索出相應的計算化學文獻。搜索功能不是很好用。
√ ChemSpider小分子信息整合數據庫：http://www.chemspider.com
簡介：是當前眾多的在線分子數據庫的信息整合，便于用戶搜索，數據來自200種數據庫。根據分子俗名、系統命名、Smile/InChI字符串、注冊號、分子式等方式搜索，會列出分子平面結構、實驗測定的和由ACD/Labs、EPISuite、ChemAxon軟件預測的理化性質（LogP、LogD(PH=5.5和7.4時)、水溶性、分子體積、密度、沸點、閃點、蒸汽壓、氣化焓、折光率、可極化率、表面張力、SASA等），以及毒性、分子簡介、Smile/InChI/InChIKey字符串、在其它分子數據庫中的編號和鏈接、相關文章及專利、同義詞、相關蛋白質、NMR/IR光譜圖等諸多信息，某些分子還可以鏈入web CSD獲得三維結構。點擊左上角的分子圖形窗口上方的3D標簽，再點擊下方的SAVE，可以獲得由Marvin預測的分子的三維結構。
√ SDBS光譜數據庫：http://sdbs.db.aist.go.jp/sdbs/cgi-bin/direct_frame_top.cgi
簡介：很好的有機化合物光譜數據庫，包含六類光譜：EI-MS、FT-IR、H-NMR、C13-NMR、ESR、Raman。含3萬余個化合物，其中以商業化學試劑為主，約2/3的數據是6碳至16碳的化合物。數據大部分是其自行測定的，并不斷添加。可以通過化合物、分子式、分子量、CAS/SDBS注冊號、元素組成、光譜峰值位置/強度方式搜索。
√ NIST化學動力學數據庫：http://kinetics.nist.gov/kinetics/index.jsp
簡介：包含38000個基元反應的的化學動力學數據，包括指前因子、活化能等信息。搜索方便，比如反應物輸入H2和O2就可以搜索相應的反應。
生物核磁共振數據庫：http://bmrb.protein.osaka-u.ac.jp/deposit
NIST原子光譜數據庫：http://www.nist.gov/pml/data/asd.cfm
NIST雙原子、三原子、烷烴的微波光譜數據庫：http://www.nist.gov/pml/data/msd-di/
NIST基本物理常數數據庫：http://physics.nist.gov/cuu/Constants/index.html
簡介；可以查到精確的計算化學中涉及的物理常數及換算關系，如hartree->eV
√ NIST化學數據庫：http://webbook.nist.gov/chemistry
簡介：是美國國家標準與技術研究院NIST的基于Web的物性數據庫。輸入分子查找條件，可獲得分子量、CAS登記號、各種熱力學數據、紅外/紫外/氣象色譜/質譜等信息，部分分子包含3D結構。
√ NIST計算化學比較和基準數據庫(CCCBDB)：http://cccbdb.nist.gov
簡介：此數據庫包括各種量子化學方法、各種基組下對不同分子的各種屬性的計算結果，也包含實驗數據。可用來對比不同方法計算結果優劣，此數據庫內容在不斷增加。
√ 量化頻率計算校正因子：http://cccbdb.nist.gov/vibscale.asp
簡介：實際上就是CCCBDB的一個子頁面，比較重要故單獨列出。
Truhlar課題組提供的量化頻率校正因子：http://comp.chem.umn.edu/freqscale/version3b1.htm
IUPAC金屬絡合物穩定常數數據庫：http://www.acadsoft.co.uk
注：需要付費，可免費下載試用版。
RESP ESP charge DDataBase(REDDB)：http://q4md-forcefieldtools.org/REDDB/index.php
簡介：分子的RESP電荷的數據庫
Uppsala Electron Density Server(EDS)：http://eds.bmc.uu.se/eds
簡介：獲得蛋白質結構一般通過X光衍射得到電子密度分布，然后擬合、優化得到原子坐標。RCSB蛋白質數據庫只提供原子坐標，而一部分原始電子密度分布則可以通過此網站得到。
The Electron Microscopy Data Bank(EMD)：http://www.ebi.ac.uk/pdbe/emdb/
簡介：提供利用電子顯微鏡獲得的電子密度分布文件，主要是亞細胞級別的生物大分子。可以直接在線觀看。一些文獻上寫著比如EMD-1405，就是指在這個數據庫中的編號。
√ 上海有機所化學專業數據庫：http://202.127.145.134/scdb/default.htm
簡介：十分有用的數據庫，免費注冊。可獲得分子的紅外、質譜譜圖、結構、物化性質、毒性、生物活性以及相關反應等。還包括中英互譯、藥品名稱檢索等功能。
原子間勢參數數據庫：http://www.dfrl.ucl.ac.uk/Potentials
ChemBioFinder：http://chembiofinder.cambridgesoft.com/chembiofinder/SimpleSearch.aspx
簡介：根據分子質量、名稱或者自行繪制結構，從幾十萬分子中搜索，得到二維結構、Smiles、InCHI字符串、分子量等簡單信息。
Sigma-Aldrich公司產品數據庫：http://www.sigmaaldrich.com/united-states.html
簡介：右上角輸入化合物的名字，搜索到后進入相應條目，如果在POPULAR DOCUMENTS里面有FTNMR字樣，就可以進入察看NMR譜。也可以獲得化合物的一些物性數據，但不全面。
百奧知識數據庫：http://tong.bioknow.cn/html/sites/database/index.htm
簡介：一個生物信息數據庫的比較全的列表，每個數據庫有簡單官方介紹。
UniProt(universal protein resource)：http://www.uniprot.org
簡介：整合了Swiss-Prot、TrEMBL、PIR三個數據庫，可以得到蛋白質序列、相關文獻、人工（有黃色五角星標識）或機器自動生成的注釋、所屬分類、蛋白質序列特征等豐富信息。還可以進行序列對比、BLAST搜索。
BioPath.Explore：http://www.molecular-networks.com/biopath/index.html
簡介：含上千種與生化反應相關的分子和反應的BioPath數據庫的在線訪問界面。輸入分子結構或限定條件（如LogP、分子量、酶的EC號），可以從數據庫中找到相關的分子、生化反應和相應的酶的詳細信息。
PDB Wiki：http://pdbwiki.org/index.php/Main_Page
簡介：基于PDB數據庫，對蛋白質進行了簡單分類，訪問者可以給每個蛋白添加注釋。
MOLE db：http://michem.disat.unimib.it/mole_db/index.php?r=1
簡介：分子描述符數據庫，包括對20多萬個分子計算的1000余種分子描述符，可以通過分子登記號、分子名稱、分子化學式和各種分子描述符的數值范圍進行搜索，查詢到分子后可以獲得它們的已計算好的各種分子描述符的數值。
DrugBank：http://www.drugbank.ca
簡介：記錄了5千個左右藥物分子及其相應的靶標分子的詳細信息，并提供結構文件。
BindingDB：http://www.bindingdb.org/bind/index.jsp
簡介：數據庫收錄了標靶分子和藥物小分子的結合親和性信息，現包含3千余個標靶分子，24萬個配體小分子，54萬余條結合數據。既可以通過標靶分子查詢能與之結合的配體小分子，也可以通過配體小分子查詢它的標靶分子，同時給出delta_G、delta_H、-T*delta_S、IC/EC50、PH等信息。
PDTD(Potential Drug Target Database)：http://dddc.ac.cn/pdtd/index.php
簡介：此數據庫意義不大。通過PDB ID、名稱、生化類型、治療區域查詢標靶分子，給出此分子在DrugBank等數據庫的鏈接。
TTD(Therapeutic Target Database)：http://bidd.nus.edu.sg/group/cjttd/TTD_HOME.asp
簡介：既可以通過標靶分子查詢能與之結合的配體小分子，也可以通過配體小分子查詢它的標靶分子，同時給出參考文獻、它在其它各個數據庫的登記號及鏈接、相關的疾病、同義詞、藥物分子是否被推薦等信息，并提供分子結構文件。搜索標靶分子時不僅可以通過它的名稱和所屬分類，還可以輸入殘基序列來搜索相似蛋白，搜索配體分子時可以上傳結構文件用相似性算法搜索相關配體分子。
CLiBE(Computed Ligand Binding Energy)：http://bidd.nus.edu.sg/group/CLiBE/CLiBE.asp
簡介：包含六萬多個計算的配體-受體結合自由能數據，包括各個分量能量項以及配體特征。
此網站還有其它幾個數據庫：
KDBI(Kinetic Data of Bio-molecular Interaction)包含了生物分子反應動力學數據。
TCM-ID(the Traditional Chinese Medicine Database Information Database)傳統中國藥物數據庫。
等等
pKa在線數據庫：http://lisa.chem.ut.ee/~ivo/HA.html
簡介：包含好幾個酸度/堿度在線數據庫的連接和簡要介紹。
明尼蘇達大學非共價相互作用數據庫 http://comp.chem.umn.edu/database_noncov/noncovalent.htm
簡介：包含了一些非共價相互作用體系的結構、相互作用精確值和一些DFT泛函下的計算值。數據不多。
PDBsum：http://www.ebi.ac.uk/pdbsum
簡介：輸入PDB ID或者序列，顯示蛋白質信息、基本結構特征、結構出處的文獻摘要，可調用PROCHECK分析結構，可在線觀看3D結構。
DisProt：http://www.disprot.org/index.php
簡介：蛋白無序度數據庫，包含很多蛋白的無序區域信息，在主頁面左邊Disorder Predictors提供了不少在線預測無序度的網站。
PK/DB：http://miro.ifsc.usp.br/pkdb
簡介：藥物分子性質數據庫，包含一千多個分子。可以獲得藥物功能、藥代動力學屬性（人體小腸吸收、口服藥物生物利用度、血漿蛋白結合度、血腦屏障、分布容積、半衰期、腎清除率）。并且免費提供藥物分子屬性預測服務（不是實時在線的）。
物競化學品數據庫：http://www.basechem.org/
簡介：可以查到10萬多種小分子的物性、毒性、結構參數、光譜圖等數據，內容不很全。
CHESHIRE CCAT：http://cheshirenmr.info/MoleculeSets.htm。
簡介：包括105種有機分子的H1和C13 NMR數據。網站還包括了NMR計算方法討論，給出了不同水平下的校正因子等。還包括一些質子-質子耦合常數數據。
SwissSidechain：http://swisssidechain.ch
簡介：包含了230種非標準氨基酸的gromacs和CHARMM的拓撲文件。
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2 結構數據庫部分
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The Cambridge Energy Landscape Database：http://www-wales.ch.cam.ac.uk/CCD.html
簡介：匯集了許多不同類型的原子和分子團簇的極小點結構和能量。
簡介：是一個免費的晶體學數據庫，無機、有機晶體數據文件都有，可以直接得到cif文件。在一定程度上可以代替收費的CCDC和ICSD（但數據的完整度和質量可能還有差距）。
√ 美國礦物學晶體結構數據庫：http://rruff.geo.arizona.edu/AMS/amcsd.php
簡介：可以獲得大量無機晶體的晶體學信息和結構文件。
√ 免費索取CCDC晶體數據庫結構文件：http://www.ccdc.cam.ac.uk/cgi-bin/catreq.cgi
簡介：CCDC晶體數據庫本來是收費的，但是從這個頁面，可以免費索取1994年之后發布的晶體結構文件，而不必買整個CCDC庫。
沸石結構數據庫：http://www.iza-structure.org/databases/
簡介：可以獲得各種沸石的信息和cif文件。
Yoshida的富勒烯結構庫：http://www.cochem2.tutkie.tut.ac.jp/Fuller/Fuller.html
簡介：提供很多富勒烯、碳納米管等結構的圖片，可在線觀看三維結構。可以下載到C60~C100的富勒烯結構文件。這些cc1后綴的結構可以直接在Nanotube Modeler里打開。
納米管、納米錐、富勒烯的VRML庫：http://jcrystal.com/steffenweber/gallery/NanoTubes/NanoTubes.html
簡介：可以下載到一些納米管、納米錐、富勒烯、超導化合物晶胞結構的VRML文件(.wrl)，可以下載到C20~C720的富勒烯結構的cc1文件（其中多數也可以在Yoshida的庫里下載到）。
GLYCAM寡糖數據庫：http://glycam.ccrc.uga.edu/CCRC/Library/index.jsp
√ ICSD無機晶體數據庫：http://icsd.ill.fr/icsd/index.php
簡介：免費在線提供部分晶體結構信息及cif文件。
√ NDB核酸數據庫：http://ndbserver.rutgers.edu
簡介：根據NDB ID，獲得核酸坐標文件、出處等信息，類似RCSB蛋白質數據庫。
PDBbind-CN：http://www.pdbbind.org.cn/index.asp
簡介：收集了pdb數據庫中的生物分子復合物。給出受體、配體名稱、親和性、序列等信息，可在線觀看或下載結構，可根據配體名稱、結構搜索含有此配體的復合物。
Binding MOAD：http://www.bindingmoad.org
簡介：是PDB數據庫的子集，專門收錄蛋白-配體復合物的信息。可以根據配體，或者根據蛋白酶的EC分類、功能查詢。
MDB（金屬蛋白數據庫）：http://metallo.scripps.edu
簡介：用來從PDB數據庫中搜索含有某種金屬的蛋白。可以將所含金屬、解析度、配體數、金屬-配體距離、作者等信息作為檢索條件。結果會給出PDB ID等信息，可以下載其Mini-PDB文件，也就是PDB結構文件中只包含金屬與配體的那一小段結構，可以直接在線瀏覽其3D結構。
sc-PDB：http://bioinfo-pharma.u-strasbg.fr/scPDB
簡介：收集了PDB數據庫中含有可以為藥物結合的位點的蛋白。可根據配體、蛋白、結合方式為特征進行搜索。
√ RCSB PDB數據庫：http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do
簡介：十分重要的數據庫，匯集了X-ray衍射、NMR以及少數由模擬預測方法獲得的蛋白質/核酸結構，可下載或在線觀看。且可以通過給定的氨基酸序列對庫內結構做BLAST/FASTA搜索。
HPDB蛋白質數據庫：http://hpdb.hbu.edu.cn
簡介：河北大學的蛋白質數據庫，可通過此庫間接下載到RCSB蛋白質數據庫的文件。有中文PDB文件格式的介紹，比較有用，還有另外一介紹蛋白質的些文章。
√ ZINC化合物虛擬篩選數據庫：http://zinc.docking.org/index.shtml
簡介：根據自定義的化合物的性質，在800萬種以上可買到的產品中進行篩選。可以下載到結構文件。
√ PubChem：http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov
簡介：NCBI下屬的小分子數據庫，包括化合物、物質、生物活性三大數據庫，含上千萬條目并不斷增加。可通過分子結構、名稱、分子式、分子量、XLogP、氫鍵信息方式查詢。可以得到分子的簡介、化學結構、XLogP（自動計算）、同義詞、生物活性、毒性、藥理學信息及分類、SMILE和InChI/key字符串、相似化合物、2D的SDF文件。一些結構還有3D SDF結構文件，進入條目后可在頁面最下面點SDF按鈕保存，可被一些軟件直接讀取，如ChemBio3D。是一個很有用的獲得小分子三維結構的方法。
SuperNature天然產物數據庫（貌似已經掛了）：http://bioinformatics.charite.de/supernatural
簡介：幾萬種天然產物數據庫，可通過名稱、結構、相似度、LogP、分子量、分子式等信息搜索，也可以繪制結構或根據結構模版搜索，可在線觀看結構，并獲得凈電荷、偶極矩、手形中心數目、可旋轉鍵數目、氫鍵受/配體等信息。
蛋白質pKa數據庫(PPD)：http://www.jenner.ac.uk/PPD
蛋白質分類數據庫(CATH)：http://www.cathdb.info
簡介：其中結構來自PDB數據庫，半自動地對每個結構根據二級結構、形狀、拓撲、同源性進行了分類，可以根據這些特點進行分類查詢。
蛋白質結構分類數據庫(SCOP)：http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop
簡介：和CATH的功能類似，包含幾萬個蛋白質結構。但是是人工對每個蛋白結構進行分類，比CATH的分類更為合理。結構分類基于四個層次：class、fold、superfamily、family。
結構相似蛋白質家族數據庫(FSSP)：http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz?-page+LibInfo+-id+5Ti2u1RffMj+-lib+FSSP
簡介：此數據庫對pdb數據庫中的結構使用Dali算法進行了相似度計算，用以找到相似蛋白質。
VIPERdb二十面體病毒衣殼結構數據庫：http://viperdb.scripps.edu
簡介：包含X光衍射和低溫電子顯微鏡測得的病毒衣殼分子結構文件，不僅可以下載對稱唯一部分的pdb文件（這從RCSB數據庫也能得到），還可以獲得由其組成的半個或整個衣殼的pdb文件（根據單體的對稱信息構建的）。同時還可以得到描述衣殼對稱特征的格子的pdb文件，可以在VMD里用DynamicBond方式在調大成鍵判斷閾值后顯示出來。也會給出子單元數、T數、半徑、SASA、表面凈電荷等信息、二級結構、各殘基SASA、單體間連接方式等。
http://pdbtm.enzim.hu
簡介：收集了RCSB蛋白質數據庫中所有跨膜蛋白，可以下載結構文件或在線觀看結構。
Nucleic Acids Research分子生物學數據庫專題：http://nar.oxfordjournals.org/content/39/suppl_1
簡介：包含近200種分子生物學數據庫介紹，免費訪問。
Protein-RNA Interface Database (PRIDB)：http://pridb.gdcb.iastate.edu
簡介：蛋白質-RNA界面數據庫，是RCSB蛋白質數據庫的子集，指出了蛋白質與RNA存在相互作用的殘基，用戶也可以自行上傳pdb文件進行預測。另外還提供了一些其它的預測蛋白質與核酸相互作用的殘基的在線工具的鏈接。
√ Protein-Protein Interactions：http://bip.weizmann.ac.il/toolbox/structure/protein-protein.htm
簡介：收集了一批和蛋白質-蛋白質相互作用有關的數據庫和工具。
PDBIdb：http://melolab.org/pdidb/web/content/home
簡介：蛋白質-DNA界面數據庫，可以下載完整pdb文件或只下載相互作用界面的pdb文件，可直接調用NUCPLOT繪制出DNA與蛋白質殘基相互作用的拓撲關系圖。還給出了各個相互作用位點的所屬類型（氫鍵、疏水、離子鍵等）、接觸方式（核酸骨架、大凹槽、小凹槽），可以直接在網頁內嵌的JMol里用圖形表示出來。
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3 在線工具部分
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Group Additivity Based Estimates：http://webbook.nist.gov/chemistry/grp-add/
簡介：利用Benson的片段加和的方法，快速預測分子氣相下的焓、熵、等壓熱容。分子可以直接在線畫，也可以上傳.mol文件（用gview就可以產生）。
MemBuilder II：http://bioinf.modares.ac.ir/software/mb2/
簡介：生成磷脂膜、膠束、脂質體的在線工具。
molcalc：http://molcalc.org
簡介：在線繪制分子結構，然后自動調用GAMESS-US進行量子化學計算。得到分子表面、軌道圖形、熱力學量等等基本分子屬性。軌道信息在HF/STO-3G級別下產生，其它性質在PM3級別下得到。操作很簡單，計算速度很快，很適合教學目的。
PPM Server：http://opm.phar.umich.edu/server.php
簡介：上傳跨膜蛋白的pdb文件，此程序就能自動把跨膜區域標示出來。與之對應的是Orientations of Proteins in Membranes (OPM)數據庫（http://opm.phar.umich.edu），專門存放各種跨膜蛋白
MDWiZ：http://barongroup.medchem.utah.edu/tools/mdwiz/index.php
簡介：用于將gromacs的tpr文件轉換為lammps的輸入文件
在線分子坐標格式轉換器：http://www.webqc.org/molecularformatsconverter.php
RECCR在線工具：http://reccr.chem.rpi.edu/software.html
簡介：包含了一系列單機或者在線工具。其中
RECON用于快速計算電荷密度。PROTEIN RECON是專用于蛋白的
PEST用于計算PEST描述符，對于描述分子間相互作用有用
PESDserv用于高通量對比蛋白-配體表面
DIXEL用于計算DNA溝槽表面的靜電勢和平均局部離子化能
MASKER contacts & MASKER voids用于快速計算溶劑可及表面積
RS-WebPredictor用于
Chemical Identifier Resolver (CIR)
簡介：可用于SMILE字符串到SMART字符串的轉換，例如http://cactus.nci.nih.gov/chemical/structure/CCO/file?format=smarts就把SMILE字符串CCO轉換為SMART字符串以文本格式顯示在網頁上了
Wolf2pack：http://kepler.scai.fraunhofer.de:8080/
簡介：獲得小分子Parm99SBGAFF和ExTrM力場參數的工具
LOOPP：http://clsb.ices.utexas.edu/web/loopp_server.html
簡介：輸入序列，進行同源模建。
DOCK/PIE(RR)：http://clsb.ices.utexas.edu/web/dock.html
簡介：蛋白-配體在線對接工具。提供相應pdb文件即可。
http://molmovdb.org/
簡介：生物大分子運動數據庫和分析程序。收集了一些用于大分子結構分析比較、表面積/體積/口袋計算工具，含有很多大分子運動模式的描述和動畫，也可以提供大分子不同構象的pdn來生成它們之間的變化動畫。
ViewMotions：http://viewmotions.bc.edu/
簡介：提交兩個對應于同一分子的兩個構象的pdb文件，就可以將兩個構象之間的變化過程用彩虹圖表現出來。
ParamChem：https://www.paramchem.org
簡介：提交小分子pdb或mol2文件，生成力場參數。需要注冊，目前每周只允許每個用戶提交100個分子。不好用，提交的分子結構總是報錯。
1-Click Docking：https://mcule.com/apps/1-click-docking/
簡介：操作極為簡單的分子對接工具。只需要畫出配體結構或輸入對應的描述字符串，上傳受體結構或輸入對應的PDB ID，就可以一鍵對接。結果可以在線觀看，也可以將pdb文件下載到本地。
gCP-D3：http://wwwtc.thch.uni-bonn.de/
簡介：對B3LYP/6-31G*進行校正，得到B3LYP-gCP-D3/6-31G*下的能量，這個能量比B3LYP/6-31G*的能量有所改進，尤其是弱相互作用。只需提供結構文件即可。
MolDiam：http://moldiam.bio-log-software.com/
簡介：計算分子直徑，由于用的是橢球模型，因此會輸出三個直徑。上傳pdb文件即可，不一定必須是蛋白的pdb文件。
hi-ho：http://www.ric.hi-ho.ne.jp/asfushi/
簡介：用于計算cremer-pople在JACS,97,1354定義的描述非平面環體系構象的pucker參數，輸入pdb格式的坐標即可。
OpenTox：http://apps.ideaconsult.net:8080/ToxPredict
簡介：繪制結構，然后可預測各種毒性數據，以及LogP、Pka等性質。
ToxCreate：http://www.toxcreate.org/create
簡介：導入訓練數據，生成毒性預測模型。
Automated Topology Builder(ATB)：http://compbio.biosci.uq.edu.au/atb/
簡介：這是個在線計算與gromos力場兼容的分子力場參數的網站，提交pdb文件即可。另外還提供很多已經算好的小分子以及預平衡的體系的結構和gromacs拓撲文件。
OBGMX：http://software-lisc.fbk.eu/obgmx/
簡介：生成gromacs的基于UFF力場的拓撲文件
X1s方法校正B3LYP的生成焓：http://www.xdft.org/dft/Xmethods/X1s.html
簡介：B3LYP計算的生成焓準確度有限，徐昕等人提出的X1s是通過神經網絡方法校正B3LYP生成焓的方法，可以將準確度提升不少，但比起Gn、CBS系列方法的準確度還是有差距。在本機將計算體系做振動分析后，將電子能量、ZPE等數據填進網站的表格里，就可以得到校正后的能量。
RCMD 3-D QSAR：http://www.3d-qsar.com
簡介：在線3D QSAR工具，預置了200多種3D QSAR模型。通過在線繪制或者直接粘貼SMILE字符串來提交分子。
確定分子點群、計算轉動常數：http://www.colby.edu/chemistry/PChem/scripts/ABC.html#Help
TPACM4電荷計算：http://www.scfbio-iitd.res.in/software/drugdesign/charge.jsp
簡介：TPACM4是一種通過查表方式迅速獲得近似RESP電荷的方法，比AM1-BCC更快，結果比較可靠。只需提交pdb文件就能很快獲得近似的RESP電荷。支持的元素有C, H, O, N, S, P, F, Cl, Br。
PDB文件加氫工具：http://www.scfbio-iitd.res.in/software/drugdesign/addh.jsp
BAPPL：http://www.scfbio-iitd.res.in/software/drugdesign/bappl.jsp
簡介：計算蛋白和配體（非金屬）間的結合自由能，需上傳含有受、配體的pdb文件。
BAPPL-Z：http://www.scfbio-iitd.res.in/software/drugdesign/bapplz.jsp
簡介：同BAPPL，但是專門計算含鋅的金屬蛋白。
PreDDICTA：http://www.scfbio-iitd.res.in/software/drugdesign/preddicta.jsp
簡介：預測DNA-藥物相互作用強度。
ParDOCK：http://www.scfbio-iitd.res.in/dock/pardock.jsp
簡介：基于蒙特卡羅方法的蛋白質-配體剛性對接服務器。
DnaDOCK：http://www.scfbio-iitd.res.in/dock/dnadock.jsp
簡介：基于蒙特卡羅方法的DNA-配體對接服務器，輸入DNA的序列、小分子的pdb及其總電荷即可。
預測蛋白質結構中的活性位點：http://www.scfbio-iitd.res.in/dock/ActiveSite_new.jsp
輸入序列和參數生成DNA三維結構：http://www.scfbio-iitd.res.in/software/drugdesign/bdna.jsp
提交pdb結構計算分子體積：http://www.scfbio-iitd.res.in/software/utility/VolumeCalculator.jsp
簡單分子力學優化蛋白質結構：http://www.scfbio-iitd.res.in/software/proteomics/promin.jsp
計算Wiener指數：http://www.scfbio-iitd.res.in/software/drugdesign/wienerindex.jsp
PROSECSC預測蛋白序列二級結構：http://www.scfbio-iitd.res.in/software/proteomics/secstr/index.jsp
√ Dali server：http://ekhidna.biocenter.helsinki.fi/dali_server
簡介：輸入PDB ID或者上傳PDB，服務器會對此結構與PDB數據庫中的結構用dali算法計算，將其中有一定結構相似度的PDB列出。通過復選框選擇幾個結構，可以對比序列，以及在線觀看它們重疊后的3D結構。Dali Database(http://ekhidna.biocenter.helsinki.fi/dali/start)每年更新兩次，如果是在更新日期以前發布的pdb，可以直接在Dali Database里面查詢之前已算好的結果，而不必在Dali server里面重新計算。
√ Xemistry Web Sketcher：http://www.xemistry.com/edit/frame.html
簡介：非常好的在線繪制平面分子結構的工具，它的一大好處是不需要安裝java運行環境或其它插件，也不必等待緩慢的載入過程，打開網頁直接就可以用。繪制結構方便，界面簡潔，還可以進入模版頁面直接調用基團。在繪制過程中可以實時生成SMILE、InChI等字符串，可以自動將當前繪制的結構在化學結構數據庫中檢索，立刻得到它的比如CAS編號、PubChem CID編號、名稱等信息。繪制的結構可以導出為mol、ChemDraw的CDX、Sybyl的sln等格式，還可以導出png/gif等圖形、pdf文件、swf文件等。也可以直接輸入Smile字符串，或者上傳分子結構文件來導入此編輯器。
POLCH：http://84.113.253.84/~polch/index.php
簡介：基于PB方法計算蛋白質溶解自由能，輸出文件中會被分解為極性、色散、孔徑部分的貢獻，還會輸出分子表面積、分子體積。除了水還支持甲醇、乙醇、辛醇、環己烷溶劑，還可以設為以膜環境為“溶劑”，可設定溶劑的溫度。POLCH計算方法的特點是基于GPU加速（CUDA），所以速度很快。將鼠標移到Jobs并在下拉框中選擇Submit a job（如果沒出現下拉框，重新點擊Jobs標簽，頁面被刷新后再移到Jobs上就會出現下拉框），然后上傳pdb文件并進行簡單設定即可。
VADAR：http://redpoll.pharmacy.ualberta.ca/vadar/index.html
簡介：上傳pdb文件或提供pdb ID，可以對蛋白質結構質量進行檢驗，例如顯示氫鍵，顯示殘基的ASA、品質指數、體積、所屬二級結構、phi/psi值，做Rama圖，顯示氫鍵列表等。
Molsoft：http://www.molsoft.com/mprop
簡介：此網站提供了幾個在線工具，在頁面左側Online Tools選擇。PDB Viewer可以輸入pdb id觀察直接調用jmol在線觀看蛋白。2D to 3D Converter可以繪制二維結構，直接生成smile字符串，并且觀看三維結構。Chemical Search可以搜索與輸入的分子相似的分子以及其銷售商。Drug LIkeness可以繪制分子二維結構，然后預測LogP、LogS(水溶性)、分子極性部分面積、計算分子體積，預測這種分子是否有可能作為藥物。ODA可以在線進行Optimal Docking Areas方法計算蛋白表面的相互作用位點，結果可以以免費的ICM-browser打開。
生成分子的3D pdf文件：http://85.214.71.72/pdf3d
簡介：Acrobat從8.0開始就支持內嵌3D對象的pdf文件，可以直接在pdf文檔中旋轉這些3D對象。此網站只要輸入分子的PubChem中的CID號（可從PubChem網站搜分子名得到），就可以得到內嵌了這個分子3D對象的pdf文件，還可以設定顯示方式。免得用acrobat 3D從可視化軟件中捕捉3D對象的麻煩。
分析分子的片斷：http://85.214.71.72/fragment
簡介：可以上傳結構或者繪制結構，程序會通過UNIFAC或Sedlbauer-Majer算法分析分子是由哪些片斷構成的，以及數目分別是多少，以此幫助確定分子的物理和化學性質。例如異戊二烯，程序會分析出CH3、CH2=CH、CH2=C三種片斷各有1個。
分子標識符轉換：http://cactus.nci.nih.gov/chemical/structure
簡介：以Smile/InchI字符串、分子名稱等標識符輸入分子，然后轉換為其它分子標識符或者分子平面圖形，比如輸入aspirin轉化為CAS注冊號。也可以通過網址方式直接轉換，網址格式是http://cactus.nci.nih.gov/chemical/structure/"輸入標示符"/"輸出方式"，例如要將2-丁烯轉化為分子平面圖形，可輸入http://cactus.nci.nih.gov/chemical/structure/2-butene/image。
另外還可以輸出通用的或某些軟件特有格式的文件，例如將CAS注冊號為119-65-3的分子轉化為pdb格式，只需輸入http://cactus.nci.nih.gov/chemical/structure/119-65-3/file?format=pdb。還支持輸出cif、gjf、gromacs、mol2、sdf等格式的文件，把format=后面改成這些名字即可。
OPSIN：http://opsin.ch.cam.ac.uk
簡介：輸入化合物名字，生成分子平面圖形、InChI、SMILES字符串。
在線生成金剛石結構（包括同晶體結構的硅、鍺）：http://turin.nss.udel.edu/research/diamondonline.html
在線生成石墨結構：http://turin.nss.udel.edu/research/graphiteonline.html
在線生成碳納米管結構：http://turin.nss.udel.edu/research/tubegenonline.html
ADIT蛋白質檢查工具：http://deposit.rcsb.org/adit
簡介：可以自行上傳pdb文件，通過Validate操作，自動通過PROCHECK程序繪制出各種圖表用以檢查蛋白質。包括ramachandran圖，chi1-chi2圖，主鏈/側鏈信息圖（解析度標準偏差、不合理接觸等）、二級結構圖、扭轉角分布、鍵長距離分布、側鏈上平面結構偏差分布、主鏈鍵長鍵角扭曲情況。
webPIPSA(Protein Interaction Property Similarity Analysis)：http://pipsa.eml.org/pipsa
簡介：上傳pdb/pqr或輸入pdb ID，自動調用APBS/UHBD計算它們的靜電勢，根據一定規則繪制成距離矩陣，并做簇分析。可以分析不同蛋白質在相互作用上的相似性。可以下載到運行期間的中間文件，包括轉化后的pqr和計算得到的grid格點文件，可被vmd等軟件讀取。
CASTp：http://sts-fw.bioengr.uic.edu/castp/calculation.php
簡介：找出某蛋白所有口袋或孔洞，并得到它們的容積和表面積，有助于研究潛在的配體結合位點。
Q-SiteFinder：http://www.modelling.leeds.ac.uk/qsitefinder
簡介：以甲基為疏水探針，找出蛋白質上配體可能結合的位點，結果以Jmol在線顯示。號稱成功率和速度都比Pocket-Finder要好。
Pocket-Finder：http://www.modelling.leeds.ac.uk/pocketfinder/
簡介：基于幾何結構尋找蛋白質中的口袋，直接在線圖形化顯示結果。
PPI-Pred：http://bmbpcu36.leeds.ac.uk/ppi_pred
簡介：通過上傳pdb文件或指定PDB ID，預測蛋白質（或DNA）之間的結合位點。
Fpocket、MDPocket、HPocket：http://bioserv.rpbs.univ-paris-diderot.fr/fpocket/
簡介：FPocket用來找蛋白質中的口袋，可以在線觀圖形化顯示結果，類似Q-SiteFinder；MDPocket用來分析動力學過程中各個口袋的保守性，結果以等值面顯示；HPocket用來考察同源蛋白中保守的口袋。
SFoldRate預測蛋白質折疊速率：http://gila.bioengr.uic.edu/lab/tools/foldingrate/fr0.html
XLOGP3：http://www.sioc-ccbg.ac.cn/software/xlogp3
簡介：上傳MOL、SDF等格式的文件在線計算LogP，由上海有機所提供。
CORINA：http://www.molecular-networks.com/online_demos/corina_demo.html
簡介：通過SMILE字符串得到分子的結構文件
http://www.molecular-networks.com/online_demos/corina_demo_interactive
簡介：在線繪制分子結構，利用CORINA生成的立體結構立刻可以顯示出來，其結構文件也可以下載
MN.CONVERT：http://www.molecular-networks.com/online_demos/convert_demo
簡介：功能類似Babel的不同格式的結構文件轉換。但這只是demo版，所以支持的格式沒正式版的多。
MN.IMAGE：http://www.molecular-networks.com/online_demos/image_demo
簡介：輸入2D的SDF文件，生成gif、bmp、png等幾種格式的分子平面圖像。
MN.TAUTOMER：http://www.molecular-networks.com/online_demos/tautomer_demo
簡介：輸入SDF文件或SMILE字符串生成異構體結構文件（描述拓撲關系）。
一些有用的晶體學工具：http://www.cryst.ehu.es
GETAREA：http://curie.utmb.edu/getarea.html
簡介：計算分子SASA和溶解能，服務器不太穩健
DockingServer：http://www.dockingserver.com/web/?
簡介：在線分子對接，須注冊，對免費用戶功能有限制
GLYCAM在線構建糖、糖蛋白結構：http://glycam.ccrc.uga.edu/ccrc/biombuilder/biomb_index.jsp
MolEdit：http://159.149.163.21/moledit.htm
簡介：在線繪制2D結構，自動轉化為三維坐標文件，支持格式很多。
√ E-Babel：http://www.vcclab.org/lab/babel
簡介：相當于在線版的Babel，可以支持幾十種結構文件格式的轉換。注意不要打開瀏覽器彈出窗口過濾功能。
√√ ALOGPS：http://www.vcclab.org/lab/alogps
簡介：在線上傳分子結構，計算LogP、LogS(水溶性)、PKa、SMILE字符串等信息。支持分子結構格式十分多。
E-DRAGON：http://www.vcclab.org/lab/edragon
簡介：DRAGON的在線版本，可以計算20類1600多種分子描述符，用于研究分子結構與活性或屬性的關系、分子相似性和高通量篩選。首先點擊upload data，上傳smile、mol2或sdf文件（如果只含2D信息應當選擇一種轉換為3D的方法），然后關閉此頁面，點submit your task，之后開始計算，算完后會出現“--- downloaded”字樣，此時在紅色底色的VCCLAB字樣右邊選Results as text，點inspect "results.txt"就能看到結果。
√ Parameter Client：http://www.vcclab.org/lab/pclient/
簡介：是DRAGON、ETState等程序的整合的接口，可以方便地計算3000多種分子描述符，比如拓撲指數、LogP、LogD、密度、極性表面積、不飽和指數等等。
√ Opal Dashboard：http://ws.nbcr.net/opal2/GetServicesList.do
簡介：一大批軟件的在線計算工具，包括MEME（搜索一組DNA/蛋白序列中的基序），APBS（解PB方程得到靜電勢分布、溶解自由能），PDB2PQR（往pdb格式中添加原子半徑信息，轉為apbs等軟件所需的pqr文件），Prepare receptor/GPF（創建pdbqt、GPF文件），Autogrid（計算autodock所需的格點文件），Autodock（分子對接），FIMO，GLAM2，GLAM，GOMO。
在線版PDB2PQR：http://nbcr.sdsc.edu/pdb2pqr
Prodrg 2.5：http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/prodrg/
簡介：輸入結構或者在線繪制結構，生成gromacs等軟件的拓撲文件，以及加過氫的pdb、gro、mol結構文件。支持gromos87/96力場，支持結構優化。
Karlsberg+：http://agknapp.chemie.fu-berlin.de/karlsberg/index.php
簡介：基于線性PB方程在線計算蛋白質Pka
PROPKA：http://propka.ki.ku.dk
簡介：輸入PDB ID或者上傳pdb文件，計算pKa。輸出結果包括每個殘基的pka，不同PH下的蛋白去折疊化能、最穩定時的PH值，折疊與去折疊時在不同PH下所帶電荷、等電點PH、緩沖能力。雖然獨立狀態的氨基酸的pKa是已知的，但在蛋白中由于受到周圍其它氨基酸的影響pKa會發生改變，故此程序有助于正確判斷在不同PH環境下模擬蛋白質時氨基酸所應處的質子化態。
H++：http://biophysics.cs.vt.edu/H++/
簡介：通過隱式溶劑(GB/PB)和分子力學模型計算pK_1/2（滴定曲線的Y=0.5的PH位置，與pKa含義不完全相同）、滴定曲線，并根據指定PH自動將結構質子化
PCE-pKa：http://bioserv.rpbs.jussieu.fr/cgi-bin/PCE-pKa
簡介：基于MEAD程序數值求解PB方程，計算蛋白質殘基的pK_1/2、滴定曲線。
PCE-pot：http://bioserv.rpbs.jussieu.fr/cgi-bin/PCE-Pot
簡介：輸入pdb id或pdb文件，繪制蛋白表面的填色靜電勢圖。如果輸出格式選擇為.gjf，將得到蛋白旋轉的動畫，能更好展現靜電勢。
ProBuilder：http://nova.colombo58.unimi.it/probuilder.htm
簡介：輸入蛋白質序列和預期的二級結構生成蛋白結構文件
√ PLATINUM：http://model.nmr.ru/platinum
簡介：此程序基于分子疏水勢的概念。上傳受體/配體結構文件后計算，會顯示分子總面積、極性面積、非極性面積的大小。得到的疏水勢格點文件可保存也可以在線自動調用Jmol觀看，以不同顏色描述分子的疏水/親水性質，可以直觀了解受、配體不同方式的的結合能力。對于脂體系可以顯示2D疏水圖。
√√ MarvinSketch：http://www.chemaxon.com/marvin/sketch/index.jsp
簡介：一款功能強大的繪制分子結構、反應式并計算相關性質的軟件的在線版，需要java運行環境，載入較慢。可自行繪制也可以直接通過名字生成結構(edit-import name)，可以直接從模版庫/基團庫中插入結構(insert-template library/group)，可以保存結構文件到本地。可以顯示周期表(view-periodic table)，獲得smile字符串(選中分子，edit-save as smile，然后隨便找個文本框paste)，顯示3D結構(view-Open MarvinView3D/Space)，給出結構的名字(tools-Naming)，得到分子式、分子量、元素組成(tools-Elemental analysis)，繪制滴定曲線、計算PKa、等電點、獲得指定PH環境下的被質子化/去質子化后的結構(tools-Protonation)，計算LogP、LogD(tools-partitioning)，計算原子電荷、極化率、軌道電負性(tools-charge)，獲得互變異構體、立體異構體(tools-isomers)，計算各個異構體的能量、做簡單分子動力學(tools-conformation)，結構拓撲分析、優化并計算能量、計算SASA(tools-geometry)，顯示氫鍵供體/受體原子數目、Huckel分析、計算折射率、顯示共振結構、獲得結構框架(tools-other)。在程序下方文本框中可以使用Chemical term語言編寫表達式來通過性質篩選分子、計算屬性。亦可免費下載此軟件的單機版。
MarvinSpace：http://www.chemaxon.com/marvinspace/applet.html
簡介：在線的基于java的分子可視化程序，使用Opengl庫，支持pdb、mol和cub格點文件。可用NewCartoon等方式顯示蛋白質骨架結構，可以用幾種方式顯示分子表面，并在上面用顏色顯示包括靜電勢在內的幾種信息。缺點是程序載入很慢。
REDS(RESP ESP charge Derive Server)：http://q4md-forcefieldtools.org/REDS
簡介：在線計算RESP電荷，注冊十分麻煩。
計算RRKM反應速率：http://phd.marginean.net/rrkm.html
DynDom：http://fizz.cmp.uea.ac.uk/dyndom/runDescription.jsp
簡介：輸如蛋白質分子的兩個構象，可分析出構象變化所繞著的旋轉軸，以及導致結構變化的關鍵殘基。結果可以用rasmol程序顯示。
StrucTools：http://helixweb.nih.gov/structbio/basic.html
簡介：可以繪制蛋白質二級序列圖，計算主鏈氫鍵，繪制B因子-殘基圖，計算殘基所占體積并繪圖，計算殘基SASA，做Ramachandran圖，做蛋白質旋轉的gif/mpeg動畫。
TarFisDock(Target Fishing Dock)：http://www.dddc.ac.cn/tarfisdock
簡介：反向對接程序，提供小分子結構，尋找受體蛋白。國內可能需要國外代理才能訪問，速度比較慢。
PharmMapper：http://59.78.96.61/pharmmapper/
簡介：上傳藥物小分子mol2文件，使用反向藥效團匹配方法從PharmTargetDB數據庫中尋找藥物靶標，進而預測化合物的生物活性。盡管也可以通過反向對接實現此目的，但這種方法速度更快。
VRML File Creator：http://cactus.nci.nih.gov/vrmlcreator
簡介：通過smile字符串或者結構文件，創建VRML(.wrl)文件。比如可以導入Acrobat 3D，在pdf文檔中演示分子的立體結構。
w3DNA：http://w3dna.rutgers.edu
簡介：輸入核酸PDB ID或上傳結構文件，分析其堿基結構參數。也可以在線搭建新的核酸結構。
WebMO：http://www.webmo.net/demo/index.html
簡介：提供了友好的GUI界面，可以在線繪制或導入結構并調用服務器上的Gaussian、Gamess、Mopac、Molpro、NWChem、QChem、Tinker程序進行量化/分子力學計算。對于免費用戶WebMO提供了guest帳戶登入，但運算時間限制在60秒以內，在缺乏計算條件下可以應急使用。
估算REMD模擬適宜的溫度設定：http://folding.bmc.uu.se/remd
在線蛋白質分析工具列表：http://www.bioinf.org.uk/servers
PBT Profiler：http://www.pbtprofiler.net
簡介：輸入化合物代碼或在線繪制結構，快速預測此化合物對環境污染的情況，包括在各種環境下的半衰期和分布狀況、生物累積性、毒性等。
√ WHAT IF：http://swift.cmbi.ru.nl/servers/html/index.html
簡介：提供了十分豐富的蛋白質模擬相關工具。包括同源模建、檢查和修復蛋白結構、殘基突變、蛋白結構分析、可及表面計算、分析氫鍵、補全質子、原子間不正當接觸檢測、計算鹽橋、生成FlexDock輸入文件等等。
3D-JIGSAW：http://bmm.cancerresearchuk.org/~3djigsaw/
簡介：輸入氨基酸序列進行蛋白同源模建的在線工具，提交任務幾個小時后會收到電子郵件反饋計算結果。
SPINUS-WEB：http://www2.chemie.uni-erlangen.de/services/spinus/
簡介：繪制或上傳結構，得到H-NMR光譜數據。但需要Chime插件，比較麻煩。
TeleSpec IR Simulator：http://www2.chemie.uni-erlangen.de/services/telespec/simuframe/index.html
簡介：通過神經網絡方法獲得紅外光譜。在左上角點New Query，彈出窗口中四項都要填，然后關閉彈出窗口，再點START SIMULATION按鈕。在填色矩陣中點紅球，下方就會出現預測的紅外光譜。
MolProbity：http://molprobity.biochem.duke.edu/index.php
簡介：蛋白質、核酸結構檢測工具。首先輸入PDB ID或者上傳pdb文件，服務器會自動對結構進行一些修改，然后就會進入主界面。主界面上方有一些操作，點擊add hydrogens會進行加氫成為全原子結構。之后點analyze all-atom contacts and geometry對結構合理性進行分析，參數用默認即可，之后就會得到評價結構質量的指標數據，可以將各項指標以列表形式顯示出來(Multi-criterion Chart)以得知哪些殘基有問題；也可以在線調用KiNG查看三維結構(Multi-criterion kinemage)，結構中不合理的地方會用特有的符號標識出來，例如綠色的為不合理的二面角（在Rama圖合理區域之外），桔色說明此殘基是不合理的側鏈旋轉異構體，一團紅線說明那個地方有不合理的接觸，一堆綠點說明那里有氫鍵等等，詳見molprobity原文。在主界面的Popular Downloads可以在文件列表中下載或直接查看所有操作生成的中間文件。
Ramachandran plot：http://dicsoft1.physics.iisc.ernet.in/rp/
簡介：繪制Rama圖的工具，可輸入PDB ID或自行上傳。可設定的選項較多，除了作圖，還可以進行分析，比如有多少殘基在合理區域外。
繪制Ramachandran圖的工具：http://www.fos.su.se/~pdbdna/input_Raman.html
簡介：輸入PDB ID繪制rama圖，可以只繪制某幾個鏈，可以選擇只繪制哪幾類殘基，并會以不同顏色表示。
Hex Server：http://hexserver.loria.fr
簡介：分子對接程序Hex Protein Docking的在線服務器，提交受體配體pdb文件進行計算，最終獲得對接結果的pdb文件。采用了CUDA加速，速度很快。
√ FROG 2：http://bioserv.rpbs.jussieu.fr/cgi-bin/Frog2
簡介：上傳sdf、mol2文件或粘貼smile字符串，生成分子各種可能的構象（構象搜索）以及異構體的立體結構文件。
Mobyle@RPBS：http://mobyle.rpbs.univ-paris-diderot.fr/cgi-bin/portal.py
簡介：一大批單機程序的統一的在線界面，從左上角選擇要執行的程序。一般通過smile字符串、sdf、mol2、pdb、FASTA序列輸入（選擇文件后，等一會兒，在文本框出現文件開頭部分時說明已上傳完成）。可以同時執行多個任務，會顯示在Jobs標簽頁里。
**Sequence里面是研究序列的相關工具
**以下是Drug分類下屬的部分工具簡介
AMMOS：小分子能量最小化
DG-AMMOS：依靠distance geometry算法生成一個小分子的3D結構
ADME-Tox：根據指定規則篩選輸入的小分子集
DeSalt：將輸入的結構中的鹽去掉
XScore-LogP：使用原子加和算法加上校正因子計算LogP
OpenBabel：OpenBabel的在線版，用于諸多分子結構格式相互轉換
**以下是Structure分類下屬的部分工具簡介
--Analysis
ASA：計算pdb文件的ASA（可及表面積），可列出每個殘基的貢獻
H-bonds：列出蛋白中的所有氫鍵，可顯示氫鍵受體、配體、氫鍵距離和鍵角
Dihedral Angles：計算蛋白質骨架和側鏈的二面角（即phi, psi, omega, chis）
plotSC：以chi1/chi2為坐標，繪制蛋白中每種殘基的散點圖
PCE-pKa：可以計算出每個殘基間相互作用能，蛋白質等電點，殘基的PKa，不同PH下每個殘基的質子化態和體系總電荷數。但是不支持太大體系。
PCE-pot：PB方法計算靜電勢，可以得到以不同顏色映射在蛋白質表面的靜電勢圖。
avp：分析蛋白中不能被溶劑接觸的空穴
ExtractTurn：識別出蛋白中的Turn
p-sea：識別并用字符串顯示蛋白質的二級結構
stride：獲得蛋白質二級結構信息
--Edition
AddHydrogens：給蛋白質加氫
Dihedral Angle：根據ppx文件的定義修改蛋白質的二面角（phi, psi, omega, chi）
PDBTM：使用指定的4*4坐標變換矩陣來得到新的蛋白質結構
Side Chains Substitution：自行輸入序列，將上傳的蛋白質結構中序列與之不符的殘基換成輸入的殘基，但不會對替換后的殘基原子位置進行優化。
BasicBuilder：輸入蛋白質序列以及對應的構象序列，生成3D結構
--Predictions
HCA：疏水簇分析
SSPro、psipred：預測蛋白二級結構
Coudes：預測beta-turn位置
CysState：預測半胱氨酸二硫鍵狀態，適合鏈內二硫鍵研究，不適合鏈間的。
PredAcc：預測蛋白質殘基側鏈相對溶劑可及程度
PEP-FOLD：從頭預測蛋白質三維結構，支持9~36個殘基的情況。
--Mutations：PoPMuSic：預測蛋白突變穩定性，也可以在這里執行http://babylone.ulb.ac.be/popmusic/
--Homology、Quality_Assessment：一些同源模建相關工具
--Pockets：一些從蛋白質結構中識別口袋的工具
--Superposition：使兩個蛋白位置重疊的工具
ezSpectrum在線版本：http://groupwiki.usc.edu/ezSpectrum.html
簡介：上傳初始態和目標態的從頭算頻率計算輸出文件（支持Gaussian、GAMESS、Q-Chem、Molpro等），計算振動分辨的躍遷光譜圖。ezSpectrum程序也可以在此網站上下載，意義類似于FCClasses程序。
Zhang Lab的各種蛋白質分析的在線工具：http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/services/
I-TASSER與LOMETS：輸入序列，預測蛋白質結構。
MUSTER：使用新的方法做蛋白質穿線(threading)。
PSFLoger：輸入蛋白質pdb文件，從蛋白質數據庫中尋找結構、功能與之相似的蛋白。
TM-fold：輸入兩個蛋白質pdb文件，通過結構對齊算法計算結構相似性，并預測在SCOP/CATH中屬于相同分類的概率。
TM-score：計算兩個蛋白質結構拓撲相似性。
TM-align：使用動態規劃和TM-score旋轉矩陣快速、精確地對齊蛋白質結構
MM-align：基于TM-score旋轉矩陣使用啟發式迭代和動態規劃對齊多聚體蛋白復合物結構
SVMSEQ：使用支持向量機算法預測蛋白質殘基-殘基接觸
ANGLOR：基于機器學習算法預測蛋白質骨架扭轉角
REMO：通過優化骨架氫鍵網絡由alpha-C坐標構建蛋白質原子結構
HAAD：對只含重原子的蛋白質結構補氫，依據是減小氫的空間重疊并且趨于形成氫鍵。
上述程序一部分可以免費下載單機版。
UCLA-DOE的一些在線工具：http://www.doe-mbi.ucla.edu/services
簡介：SAVes與Verify3D用來分析檢驗輸入pdb結構的可靠性。Internal Repeat Finder可以尋找輸入序列中的重復片段。此網站還另有很多在線數據庫、蛋白晶體數據分析、序列分析、結構預測工具。
NetSurfP：http://www.cbs.dtu.dk/services/NetSurfP/
簡介：輸入蛋白的氨基酸序列，會預測每個殘基的相對/絕對溶劑可及表面積，預測形成alpha螺旋、beta折疊、Coil的概率等。
Flexweb：http://flexweb.asu.edu/software/first/first_online_newsim/ （已失效）
簡介：在線執行FRODAN程序生成分子的各種構象，可以分析很大體系，如蛋白。需要在options for FRODAN analysis里把Use FRODAN dynamics打上對勾。訪問時需要用戶名和密碼，需要先在http://flexweb.asu.edu/register/注冊。
SymmDock：http://bioinfo3d.cs.tau.ac.il/SymmDock/
簡介：多聚體蛋白往往只有單體的結構信息。利用此在線程序，輸入蛋白質單體和對稱階數（Cn點群），將通過基于結構的對接方法生成多聚體結構。結果很快就會通過電子郵件通知用戶。
PatchDock：http://bioinfo3d.cs.tau.ac.il/PatchDock/
簡介：基于形狀互補原理進行分子對接，輸入的受體和配體可以是蛋白、DNA、藥物小分子（可以蛋白-蛋白對接）。結果很快就會通過電子郵件通知用戶。
FireDock：http://bioinfo3d.cs.tau.ac.il/FireDock/
簡介：此程序可以將剛性蛋白-蛋白對接的結果進一步結構優化和打分，解決剛性對接時由于未考慮柔性導致的缺陷。
Molgen：http://molgen.de/?src=documents/molgenonline
簡介：輸入分子式，點Submit就可以生成滿足這個分子式的所有可能的結構，結果可以在右側Jmol程序上觀看（得稍等一會兒）。還可以對生成的結構加以限制，比如環的大小、原子價態、原子數目范圍、不同類型鍵的數目等。
WEBnm：http://apps.cbu.uib.no/webnma/home
簡介：上傳結構文件，計算并在線觀看蛋白質的最低簡正振動模式，數據可導出。也可以比較幾個aligned的蛋白的簡正振動模式。
√ExPASy(Expert Protein Analysis System)：http://expasy.org/tools
簡介：一大批在線蛋白質、基因序列分析工具列表，一部分是ExPASy本身提供的，有的是外鏈，有的程序可以下載到單機版。介紹其中幾個很有用的：
Translate/Transeq：將核酸序列翻譯成氨基酸序列。
Reverse Translate：將氨基酸序列反向翻譯成核酸序列，可以自定義編碼子。
ProtParam：輸入氨基酸序列，得到氨基酸數、等電點、分子質量、各類氨基酸比例、正/負電荷氨基酸數目、分子式、消光系數、在哺乳動物/酵母/大腸桿菌中的半衰期、不穩定指數、疏水性。
Compute pI/Mw、ScanSite pI/Mw：計算等電點。
Radar、REP、REPRO、TRUST、XSTREAM：尋找所給的序列中重復性高的部分。
SAPS：對氨基酸序列進行統計分析。
Coils、Paircoil、Multicoil：預測氨基酸序列中卷曲螺旋區域。
Three-/one-letter amino acid converter：使單字符和三字符形式描述的氨基酸序列相互轉換。
Protein Colourer、Colorseq：輸入氨基酸序列，指定各種氨基酸用什么顏色字體顯示，使觀看清楚。其實在word里通過“搜索”中的“突出顯示所有...”的功能批量設定某些字符的顏色也可以輕易實現。
Randseq：隨機生成一定長度的氨基酸序列，各類氨基酸比例可自行設定。
ProtScale：計算蛋白質序列各個位置的極性、疏水性、跨膜趨勢、形成各種二級結構的可能性等問題。算法很簡單，對每種氨基酸預置了不同的描述符（比如Roseman給出的Ala的疏水性是0.390、Val是1.300），然后依次循環每個殘基，將當前殘基和周圍幾個殘基（稱作Window）的描述符通過權重加和得到此殘基位置的性質，并自動繪制“性質.vs.殘基號”的圖。Windows size如果設為i，表明將當前殘基前后(i-1)/2的殘基納入加和范疇，可以設定windows的邊緣殘基相對于當前殘基的相對權重以及權重函數衰減形式。
BLAST：對核酸或氨基酸序列進行相似性搜索。
STRAP：對多個蛋白質、核酸的結構和序列進行對齊（序列對齊時考慮了結構相似性），預測跨膜區域和二級結構。需要JAVA運行環境。
TLSMD：上傳晶體學測定的大分子pdb文件或輸入PDB ID，預測域的運動模式，結果可以與B因子相互對應。
TopMatch：提供兩個pdb結構，對序列和結構進行對齊
SignalP：預測信號肽區域。神經網絡(NN)方法結果中，S大的區域代表這部分是信號肽區域可能性大；C越大的位置越有可能是剪切位點；Y綜合考慮了C和S值，C越大、S變化越陡的地方Y越大，越有可能是切割位點。
PeptideCutter：輸入氨基酸序列，預測蛋白與蛋白酶和化學物質作用后潛在的斷裂位點。
Secondary structure prediction分類：一大批蛋白質二級結構預測工具。其中PSIpred預測準確率較高，速度快、且結果十分直觀。
PROSITE：這個數據庫收集了有特定功能性（比如某種催化活性、易于與某種小分子結合）以及用于對蛋白家族分類的域的序列模式。有些氨基酸序列找不到較高同源性的蛋白，但是如果整體或其中一部分序列與數據庫中的序列模式特征相符，則可以預測其功能、劃歸它的所屬家族。輸入氨基酸序列即可從中尋找各種相符的序列模式。
Pattern and profile searches分類：提供了一批搜索PROSITE及相關數據庫的工具，比如InterProScan、Hits。
PSORT、TargetP：輸入氨基酸序列，預測蛋白在亞細胞級別出現的位置。
DAS、HMMTOP、PredictProtein、SOSUI、TMHMM、TMpred、TopPred：通過氨基酸序列預測哪些區域是跨膜區域。其中SOSUI還可以很形象地給出蛋白質的形態。
SWISS-MODEL：著名的自動化的蛋白質同源模建工具。有結構已知的同源性較高的模板序列時可以直接用Automated Mode，提交目標序列即可；也可以自行將目標序列與幾條模板序列對齊（起碼其中一個結構是一致的）然后提交進行比較建模，即Alignment Mode。同時提供結構質量評估工具(Tools-Structure Assessment)，二級結構、無序性、跨膜區域預測和特征域掃描工具(Tools-Domain annotation)。
CPHmodels、ESyPred3D、Geno3d、Phyre、Fugue、HHpred、LOOPP、SAM-T08、HMMSTR/Rosetta：在線同源模建工具，直接提交目標序列即可。
Anolea、PROCHECK、ProSA-web、QMEAN：提交pdb文件，檢查、分析蛋白質結構模型的質量，是否存在不合理性。
SwissDock：基于EADock DSS的在線分子對接，提交蛋白和小分子結構文件，然后指定對接的空間區域即可。
DisEMBL、POODLE：預測蛋白各殘基無序度。
GlobPlot：預測蛋白各殘基無序度、球狀程度和跨膜區域。
MeDor：預測蛋白各殘基無序度和二級結構。
MakeMultimer：有些多聚體分子pdb文件只有對稱唯一部分的坐標，而REMARK信息BIOMT段落中記載了變換矩陣用于生成完整多聚體結構，MakeMultimer就是利用這些信息生成完整多聚體的pdb文件的在線工具，也可以下載python腳本MakeMultimer.py離線使用。注意當原子數超過100000時有bug，應當將原子序號那一列向左移一行。
EBI PISA：輸入大分子結構（蛋白、核酸），預測可能的結合進而形成四級結構的界面。
SIM+LALNVIEW、LAGLIGN：對兩個序列進行對比。
Decrease redundancy：輸入一批序列，剃掉相似度高于或低于一定標準的序列，也可以指定只保留多少個序列。
CLUSTALW：用著名的CLUSTALW程序對多個序列進行對齊，并獲得距離矩陣。輸出的dnd文件可用于Treeview程序顯示進化樹。
KALIGN、MAFFT、Muscle、T-Coffee、MSA、DIALIGN、Multalin、MUSCA：類似于CLUSTALW的多序列對齊工具，算法各不同。
MaxAlign：多序列對齊后，對于某些分析來說gap較多的序列沒什么意義，MaxAlign以一定方法去掉這些序列。
ESPript：輸入多序列對比結果和二級結構預測結果等信息，繪制ps或gif圖像。目前（2011年1月27日）ExPASy提供的網址有誤，應為http://espript.ibcp.fr/ESPript/ESPript/index.php。
WebLogo、plogo、GENIO/logo、SeqLogo：輸入多序列對齊的結果，繪制sequence logos，根據圖案中各個位置的總高和每個字母的相對高矮，可以直觀地獲知一大批序列中哪些位置保守性好、同一位置不同類型核苷酸/氨基酸出現的相對幾率。
PVS：輸入多序列對齊的結果，圖形描述不同位置序列可變程度的高低（某位置出現的殘基種類越多、概率越相近，可變程度越大）。可以選擇Shannon、Simpson、Wu-Kabat三種計算方法。
SwissParam：http://swissparam.ch
簡介：意義類似prodrg，輸入有機小分子mol2文件，生成用于CHARMM/NAMD和GROMACS模擬的拓撲、參數文件。力場參數基于MMFF，但只保留諧振項部分。電荷基于MMFF。范德華參數采用CHARMM22中最接近的原子類型。這樣的參數比較粗糙，有優化的余地。
EMBL-EBI：http://www.ebi.ac.uk/Tools/webservices/
簡介：提供了不少和蛋白、核酸的序列、結構分析相關在線工具，很多已經在ExPASy部分介紹了，這里介紹幾個其它的：
DaliLite：http://www.ebi.ac.uk/Tools/dalilite/。給定兩個pdb文件，對結構進行比較。
MaxSprout：http://www.ebi.ac.uk/Tools/maxsprout/。給定只有蛋白質Alpha-C的pdb文件，自動生成骨架和側鏈結構。
√SoapLab：http://www.ebi.ac.uk/soaplab/。分子生物學工具EMBOSS(The European Molecular Biology Open Software Suite)的在線服務器，集合了超過百余種蛋白質和核酸分析工具，比如預測二級結構、預測跨膜區域、預測結合位點、數據庫搜索、計算序列間距離、多序列對齊、計算等電點、計算核酸熔點等等。
√NCBI BLAST：http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE_TYPE=BlastHome
簡介：NCBI提供的在線BLAST程序，可以對核酸、蛋白在數據庫中進行BLAST搜索，也可以對多個序列進行對齊，可以繪制距離樹。
PredictProtein：https://www.predictprotein.org
簡介：輸入氨基酸序列，預測蛋白質諸多性質并且做BLAST搜索。預測內容包括二級結構、跨膜區域、蛋白在生物體內位置、二硫鍵、殘基無序度、蛋白質-蛋白質及蛋白質-DNA結合位點、整體呈球狀的程度等等。
CHARMMing：http://charmming.org/charmming/
簡介：在線版本的CHARMM，準備、模擬、分析工作都通過網頁對話框進行。免費注冊。對IE瀏覽器支持不好，如果登陸后左側選項列表不能顯示建議改用FireFox。
http://www.charmm-gui.org/
簡介：CHARMM、NAMD、Gromacs輸入文件的在線創建工具。
DrugScore ONLINE：http://pc1664.pharmazie.uni-marburg.de/drugscore/
簡介：上傳蛋白、配體結構，對結合模式進行打分。特點是結果可以以圖形化表示（需Pymol），使用位于原子的藍色、紅色球形表示在當前配體結構下對結合有利和不利的原子，球的大小表明影響程度大小，以此幫助改進配體結構。
DOCK Blaster：http://blaster.docking.org
簡介：受體-配體在線對接程序，使用UCSF DOCK進行對接。給定受體結構后可以對ZINC數據庫進行虛擬篩選尋找潛在的藥物小分子。
ChemWriter：http://chemwriter.com
jsMolEditor：http://chemhack.com/jsmoleditor/
OLN JSDraw：http://www.olncloud.com/oln/jsdraw/
簡介：三款簡單好用的繪制分子二維結構圖的工具，功能雖不算豐富，但能應付大多數需要諸如Chemdraw完成的繪圖工作，加載速度很快，不需要JAVA插件。很適在Windows平臺以外的平臺下繪圖。
ChemDB：http://chemdb.ics.uci.edu
簡介：ChemDB集合了很多功能，有兩個比較重要：
進入ChemicalSearch，可以根據SMILE字符串、化合物的注釋、名稱、XLogP、分子式、分子質量、可旋轉鍵數目、氫鍵受/配體數目、來源、子集（比如是否屬于FDA審核通過的藥物）進行搜索，可得到分子的SMILE/InCHi字符串、二/三維結構文件，預測的LogP、表面積、溶解自由能等信息。
進入Virtual Chemical Space，輸入分子SMILE字符串，可以對其進行一步一步的逆合成分析，逐漸構建出完整合成路徑。可以指定利用哪些反應，可以設定打分權重（以此對多種合成路線優劣進行排序）。實際使用效果并不好。
另外，ChemDB還提供了一些分析分子特征的實用工具：
COSMOS：輸入SMILE字符串或其它只有分子二維結構的數據，生成三維結構文件。可以一次提交一批，可以指定生成多少種異構體。
Smi2Depict：輸入一個或一批SMILE字符串，繪制出二維圖形，圖像寬高等信息可自行設定。
Babel：轉換文件格式。但是并不全部支持單機Babel所支持的格式。
MolInfo：輸入SMILE字符串，繪制出二維圖形，并獲得分子式、名字、分子量、氫鍵受體/給體數、化學鍵數、手性鍵數等信息。
Reaction Processor：輸入一批分子SMILE字符串或結構文件，以及描述化學反應的SMIRK字符串，輸出所得產物的SMILE字符串或結構文件。
Pattern Match Counter：輸入一批分子SMILE字符串或結構文件，以及描述官能團的SMART字符串（一種專用于描述分子子結構的類似SMILE的格式），計算分子中有多少個官能團。
Pattern Count Screen：輸入一批分子SMILE字符串或結構文件，以及描述官能團的SMART字符串，篩除含有指定類型指定數目的分子。
MSFragment：輸入分子SMILE字符串和碎片的SMART字符串，計算質譜中可能產生的各種分子碎片。
Mass2Structure：輸入分子量a，和閾值b，查找原子量在a±b內的分子。也可以同時將分子式、調整質量、子結構（即查詢到的結構必須與輸入結構有相同子結構）納入搜索條件。
Docking At UTMB：http://docking.utmb.edu/index.php
簡介：基于AutoDock Vina的在線對接、虛擬篩選工具。注冊是免費的，只有注冊后才能對Maybridge、Chembridge、ZINC子集數據庫進行虛擬篩選，沒注冊的話用anonymous作為用戶名和密碼登陸，但只能做單個配體的對接，上傳受體、配體文件，指定活性區域即可。
ProfiLIB：http://duvel.silicos.be:16080/profilib
簡介：上傳描述分子的smile字符串或SD文件，計算分子描述符、生物活性，包括配位效率、結合能、柔性、手性中心數、cLogP、對各類酶的活性等等。
TMDET：http://tmdet.enzim.hu
簡介：上傳提供蛋白質結構文件，預測跨膜區域。
BindN：http://bioinfo.ggc.org/bindn
簡介：輸入蛋白FASTA序列，預測與RNA/DNA存在相互作用的殘基，速度很快。
PiRaNhA：http://bioinformatics.sussex.ac.uk/PIRANHA/
簡介：類似BindN，但只能預測與RNA存在相互作用的殘基，速度較慢。
POLYVIEW-2D：http://polyview.cchmc.org
簡介：輸入PDB ID或上傳蛋白質結構，對蛋白序列進行注釋。也就是使用圖形方式顯示蛋白質序列上各個位置二級結構、殘基暴露在溶劑中的程度、物理化學屬性（疏水、兩親、極性、帶電性），圖片可以以ps或tiff格式下載。
SABLE：http://sable.cchmc.org
簡介：功能類似POLYVIEW-2D，但只需輸入蛋白序列而不必提供結構，另外還可以選擇調用MINNOU預測跨膜區域。
POLYVIEW-3D：http://polyview.cchmc.org/polyview3d.html
簡介：輸入PDB ID或上傳大分子結構文件并設定作圖參數，調用Rasmol或PyMol生成高質量渲染好的分子結構圖片或者旋轉動畫。
SPPIDER：http://sppider.cchmc.org
簡介：輸入PDB ID或上傳蛋白質結構文件，或者只輸入蛋白質序列，預測相互作用殘基。也可以輸入復合體的結構分析其中的相互作用殘基，結果可以直接在內嵌的JMol程序中圖形化表示出來。
Nucleic Acids Research的在線服務器專題：http://nar.oxfordjournals.org/content/38/suppl_2
簡介：含122個分子生物學分析的服務器的介紹，內容免費訪問。
http://botdb.abcc.ncifcrf.gov/menuPages/home.jsp
簡介：提供了Blast、PSI-Blast序列搜索工具，ClustalW、SSearch序列聯配工具，DSSP二級結構分析工具，IC50與Ki通過Michaelis-Menten方程相互轉換工具。
MODWEB:http://modbase.compbio.ucsf.edu/ModWeb20-html/modweb.html
簡介：蛋白質比較建模工具，需提供Modeller的key。
ROBETTA:http://robetta.bakerlab.org
簡介：蛋白質結構預測服務，輸入序列后首先要做Ginzu，用來預測域，同時二級結構與會被預測，等結果出來后在結果查看頁面中才能選擇做全三維結構預測。另外，Rosetta.design可以用來預測序列對蛋白骨架的兼容性，RosettaDock用來做蛋白-蛋白對接，RosettaBackrub用來做柔性骨架蛋白結構的建模和設計。還能做界面丙氨酸掃描、對DNA-蛋白復合物中蛋白殘基進行突變以研究哪些殘基對結合有主要貢獻。
漢堡大學生物信息中心的一些在線工具：http://www.zbh.uni-hamburg.de/en/servers.html
WURST和SALAMI：序列聯配和蛋白質結構預測工具。
FTreesWeb：從上千個化合物數據庫中尋找與你輸入的化合物相似的化合物。
PoseViewWeb：提交的復合物三維結構，將其中配體與周圍殘基間各種相互作用清晰地以二維圖形表示出來，有點類似ligplot的感覺。
SMARTSviewer：將輸入的SMILE字符串畫成二維分子結構圖，并且各種類型化學鍵、各種類型原子以不同風格繪制。
PPI Server：上傳蛋白復合物的pdb文件，計算蛋白間的相互作用的三種成分百分比：Permanent、Transient、Crystal artifacts。
DoGSiteScorer：上傳蛋白pdb文件，預測和分析可能的活性位點。
AsteriX：http://swift.cmbi.ru.nl/bitmapb/access/runit.html
簡介：可以將分子結構從pdf文件中的圖形中提取出來
RmSquare Calculator：http://203.200.173.43:8080/rmsquare/
簡介：評判QSAR/QSPR模型預測質量的在線工具。提交實測值和預測值即可。