PS:鑒于有一些人看完了本文還是覺得操作上吃力,筆者專門錄了個視頻予以演示:https://www.bilibili.com/video/av28653613
在Origin中繪制能量折線圖的方法
文/Sobereva @北京科音 2016-Feb-9
很多討論反應機理的文章都會給出能量折線圖,用于描述反應過程中過渡態、中間體的能量以及連接關系。這種圖中,縱坐標是能量,橫坐標是反應坐標,每個過渡態或中間體在圖中在...
這是老夫(sobereva)對GRRM (Global reaction route mapping)方法的非官方個人歸納,主要是怕自己以后遺忘相關知識才做的。然而老夫卻從未有機會試用過GRRM程序,因此若被本幻燈片誤導概不負責
/usr/uploads/file/20160202/20160202003347_54989.pdf
本幻燈片僅供學習交流使用,不得用于商業用途
Date: January 11, 2016
Category: 音樂推薦
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2015年下半年優秀動畫音樂推薦
文/Sobereva(3) 2016-Jan-11
這是第4次寫“優秀動畫音樂推薦”系列文章,此系列從2014年起每半年發一次,前三次見
《2014年上半年優秀動畫音樂推薦》(http://www.shanxitv.org/244)
《2014年下半年優秀動畫音樂推薦》(http://www.shanxitv.org/279)
《2015年上半年優秀動畫音樂推薦》(http://www.shanxitv.org/299)
不管動畫是否追了...
Date: January 11, 2016
Category: 二次元
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Sobereva無數年前開始就有每日去最大的同人圖網站pixiv(http://www.pixiv.net/)掃圖的習慣,早已是雷打不動的每日必做的事情,每天都得花費至少看一話新番的時間去把當日排名至少前350的圖都仔細掃一遍,保存下來精選的。日均收圖40張。
此前發過2013~2014年期間筆者日積月累收的Lovelive!精選圖,近5000張,下載地址:http://www.shanxitv.org/275
這里筆者將2015年1月1日至2015年12月31...
2015年度完結動畫總評
文/Sobereva(2)+(3) 2016-Jan-10
此文對筆者完整看過的2015年度完結的92部TV動畫(含24部泡面番)進行總評,比去年總評時多10部。劇場版、OVA之類的都沒有納入其中。此文只有“2016年1月完結”部分是新寫的,4月、7月、10月完結的動畫的評論在作品剛完結之時就已經寫好并發在了blog上,在此文只是匯總而已(所以有些文字現在看起來已經out了),不過很多作品的總評分為了保持評價的一致性,在此...
Date: December 26, 2015
Category: 量子化學
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2020-May-19注:本文對應的是Shermo 1.0版,此程序已經完全沒有意義了,因為后來筆者發布了Shermo 2.0版,介紹見《使用Shermo結合量子化學程序方便地計算分子的各種熱力學數據》(http://www.shanxitv.org/552)。2.0版比1.0版好用、強大、靈活得多得多得多,是日常量子化學研究者計算分子熱力學數據離不開的工具。
Shermo:計算氣相分子配分函數和熱力學數據的簡單程序
文/Sobereva @北京科...
Gaussian中用TDDFT計算激發態和吸收、熒光、磷光光譜的方法
文/Sobereva @北京科音
First release: 2015-Dec-22 Last update: 2022-Mar-1
1 前言
總是有人問Gaussian中怎么算激發能之類的問題。Gaussian手冊的SCRF關鍵詞里有個所謂的“7步”過程,寫得本身沒問題,但是過程過于繁瑣、好幾個問題攪合在一起,對激發態計算、溶...
Date: December 18, 2015
Category: 分子模擬
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見 http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html
Date: December 15, 2015
Category: 分子模擬
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見 http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html
Date: December 12, 2015
Category: 其它
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在球面上隨機均勻分布點的算法
文/Sobereva @北京科音 2015-Dec-12
寫個程序時遇到一個問題,需要得到在一個單位球面上隨機分布一批點的坐標,想了想辦法,第一個辦法是選取一個起始點(1,0,0),然后依次繞著X、Y、Z軸隨機旋轉一定的角度,Fortran代碼如下
x=1
y=0
z=0
!Step 1: Rotate about Z axis
call RANDOM_NUMBER(rotval)
rotval=rotval*2*pi
xtmp=cos(ro...
基于過渡態理論計算反應速率常數的Excel表格
Created by Sobereva @北京科音
First release:2015-Dec-10 Last update:2020-Jun-7
這個是筆者基于過渡態理論計算單分子和雙分子反應速率常數的Excel表格,把自由能壘(過渡態與反應物的自由能之差),或者反應物和過渡態的配分函數填進去,并且填入反應溫度T、反應路徑簡并度σ和透射系數κ就可以得到反應速率常...
在線基組和贗勢數據庫一覽
文/Sobereva @北京科音
First release: 2015-Nov-11 Last update: 2020-Oct-9
量子化學程序都自帶了基組或贗勢庫,但是顯然是很難做到全面。缺的基組可以從其它程序自帶基組庫中借過來,但更常用的做法還是從網上的基組數據庫上直接找定義。此文不完整地匯總一下在線基組、贗勢數據庫,都是免費開放的。如果其中有網站在大陸無...
Date: November 3, 2015
Category: 量子化學
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Gaussian單點能自動相互運算工具enecalc
文/Sobereva @北京科音
First release: 2015-Nov-3 Last update: 2020-Aug-21
1.0版下載地址:http://www.shanxitv.org/soft/enecalc_1.0.rar
1 用途
enecalc程序用來對指定的結構在不同級別下調...
Date: October 23, 2015
Category: 量子化學
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molpro2010的編譯方法
文/Sobereva @北京科音 2015-Oct-23
Intel i7-2630QM CPU,RHEL6U1 64bit系統,root用戶。安裝到/sob/molpro2010.1下。MKL庫是以前安裝Intel fortran & C compiler 12.1.0時的包里面帶的(但這個不是必須的)。本想用ifort+icc編譯,結果運行不正常(可能intel編譯器版本太新),于是本文用系統自帶的gcc...
2015年10月完結動畫簡評
文/Sobereva (2)+(3) 2015-Oct-3
本文是筆者完整觀看過的2015年10月完結的23部全長TV版動畫和10部泡面番/半泡面番的簡評。注意其中多多少少有一些劇透的成份。所有新番筆者都看過前幾話,沒追的要么是筆者對其題材有抗拒(比如恐怖或者胡搞類),要么就是制作質量太差、太低俗、太粗野、內容太老套、太平庸、太莫名其妙等作品自身問題。
按照慣例還是先頒獎,頒獎的作品也都只限于我追下來的。
最佳男CV:小西克幸(...
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