molpro2010的編譯方法
Intel i7-2630QM CPU,RHEL6U1 64bit系統,root用戶。安裝到/sob/molpro2010.1下。MKL庫是以前安裝Intel fortran & C compiler 12.1.0時的包里面帶的(但這個不是必須的)。本想用ifort+icc編譯,結果運行不正常(可能intel編譯器版本太新),于是本文用系統自帶的gcc+gfortran編譯。
本文提供的是最簡單的編譯方法,步驟最大程度精簡。
============= 并行版本的編譯 =============
解壓molpro2010.1包,產生/sob/molpro2010.1目錄,進入此目錄,運行
./configure -mpp -auto-openmpi -gcc -gfortran
會看到提示已經識別了編譯器以及MKL庫。所有的提示都按回車用默認(安裝目標的路徑依實際情況輸入)。程序會自動下載openmpi-1.4.3到/root/.molpro/cache/openmpi-1.4.3.tar.gz,并自動解壓、進行編譯,產生到src/openmpi-install目錄。(如果機子沒聯網,可以自行獲取openmpi壓縮包并放到那個目錄,程序會直接自動使用)
開始編譯:
make -j
大約8分鐘編譯完畢。如果編譯完畢后提示輸入username,直接Ctrl+C中斷掉。(如果需要在其它選項下重新編譯,可以先用make veryclean清掉編譯生成的文件,然后再重做以上步驟)
把license文件token改為.token放到/sob/molpro2010.1/lib目錄下
然后然后進行測試:
make MOLPRO_OPTIONS=-n4 quicktest
代表用4核進行快速測試。幾分鐘,所有測試悉數通過。全面測試需要用把quicktest改為test。
在自己目錄下的.bashrc中加入
export PATH=$PATH:/sob/molpro2010.1/bin
再把默認運行參數設定為環境變量,比如以下設定讓運行時自動用四核、不自動備份同名老文件、運行后不生成.xml文件、分配6400MB內存:
export MOLPRO_OPTIONS="-n 4 -s --no-xml-output -m 800m"
輸入bash或重新打開shell使以上環境變量生效,然后我們可以用個小例子測試是否運行正常。把以下內容寫為h2co.inp:
geometry={
4
test
C 0.00000000 0.00000000 -0.56221066
H 0.00000000 -0.92444767 -1.10110537
H -0.00000000 0.92444767 -1.10110537
O 0.00000000 0.00000000 0.69618930
}
basis=cc-pvtz
hf
ccsd(T)
然后在其所在目錄下運行molpro h2co.inp,看看輸出的h2co.out內容是否正常。
============= 串行版本的編譯 =============
把并行編譯的相應步驟替換為以下即可
./configure -gcc -gfortran
make -j
make quicktest
PS 1:molpro程序結果觀看程序molproView的安裝和使用見http://www.shanxitv.org/70。
PS 2:基于Molpro產生的.molden文件,可以通過Multiwfn極為方便地看結構、看軌道圖形,以及做各種波函數分析,見《使用Multiwfn觀看分子軌道》(http://www.shanxitv.org/269)。
PS 3:程序手冊、quickstart等文檔的pdf文件在壓縮包的doc目錄下。