安裝和使用molproView

注：如果你用molproView的目的就是看結構，看軌道什么的，遠不如導出.molden文件用Multiwfn看，省事得多。詳見《詳談Multiwfn支持的輸入文件類型、產生方法以及相互轉換》（http://www.shanxitv.org/379）和《使用Multiwfn觀看分子軌道》（http://www.shanxitv.org/269）

molpro執行任務后會自動生成包含結果信息的.xml文件，molproView可以將之轉化為網頁文件，通過網頁瀏覽器清晰地查看運行結果。molproView下載地址為http://www.molpro.net/molproView。

此程序有兩類執行模式：
1 基于web服務器的模式。主機需要有PHP支持，通過網頁瀏覽器訪問解壓目錄下的molproView.php文件，然后輸入.xml文件路徑，就能看到結果頁面。官方也提供了運行molproView的服務器http://www.molpro.net/molproView/molproView.php，但是沒法直接輸入本機文件路徑，.xml文件需要先傳到某web服務器上，略微麻煩。但若是molproView.php運行于本機，可以通過配置使之能夠載入本地.xml文件。

2 純粹單機模式。這種模式下molproView只是作為一個基于命令行的文件轉換器，不需要PHP運行環境，最適合單機使用，安裝方式和使用方式見下文。以下步驟在FC6 32bit下執行成功，假設要安裝到/sob/molproView下。

將molproView壓縮包解壓到/sob下，然后去這里下載jmol壓縮包（頁面會經過自動跳轉）：http://downloads.sourceforge.net/jmol/jmol-11.4.4-binary.tar.gz，然后放到/sob下。在/sob/molproView/Makefile里把JMOLURL變量設為file:/sob，也就是不自動從網上下載而是直接用已下載好的本地的jmol包（因為默認的下載路徑不對），然后運行make，jmol會被解壓到/sob/molproView/jmol下，此目錄中自帶的example.xml會被轉換出example.html，用網頁瀏覽器打開會看到計算結果、振動模式、等值面等信息，其中圖表實際上是在線調用google在線作圖程序，所以得聯網。以后自行得到的新的.xml文件只要放在此目錄下執行make就可得到轉換后的網頁文件，轉換很快。

網頁瀏覽器需要有java支持才能顯示分子結構和等值面，到SUN的網站下載Linux版Java運行環境包，目前的地址是http://java.com/en/download/linux_manual.jsp?locale=en&host=java.com，選其中的Linux RPM，下載后執行之，會自動解壓并安裝rpm包。然后給Firefox添加java插件，cd進入/usr/lib/firefox-1.5.0.7/plugins目錄，執行ln -s /usr/java/jre1.6.0_21/plugin/i386/ns7/libjavaplugin_oji.so。
重新啟動Firefox，在地址欄輸入about:plugins就可以看到是否的確已經安裝好了插件。

如果顯示格點文件的地方顯示access denied，則在/usr/java/jre1.6.0_21/lib/security里面的java.policy里面加入下面內容：
grant codeBase "file:/sob/molproView/jmol/*" {
 permission java.security.AllPermission;
};
這樣就允許/sob/molproView/jmol/下的java程序文件訪問本地文件了，錯誤就解決了。