Gaussian單點能自動相互運算工具enecalc

Gaussian單點能自動相互運算工具enecalc

文/Sobereva @北京科音

 First release: 2015-Nov-3   Last update: 2020-Aug-21

1.0版下載地址：http://www.shanxitv.org/soft/enecalc_1.0.rar

1 用途

enecalc程序用來對指定的結構在不同級別下調用Gaussian來計算單點能，然后根據預設的系數進行相互運算，得到最終能量，很適合用來做基組外推計算。

2 壓縮包內容

enecalc.exe：編譯好的Windows版可執行文件
enecalc：編譯好的Linux 64bit版可執行文件
settings.ini：用來設定運行參數
template.gjf：模板文件，里面包含體系結構和內存、內核數等設定，關鍵詞部分留空。

3 實例1：一般情況

例如對某個結構，按照以下外推公式計算能量：
E[QCISD(T)/CBS]=1.4629*E[QCISD(T)/TZ]-0.4629*E[QCISD(T)/DZ]+1.6938*E[MP2/QZ]-2.1567*E[MP2/TZ]+0.4629*E[MP2/DZ]

可以將settings.ini寫為
"D:\study\g09w\g09"   // Gaussian的路徑，注意用雙引號擴住
1   // 設定當前的系統，1為Windows，2為Linux或MacOS
0   // enecalc支持ONIOM計算，如果是ONIOM任務寫1，否則為0
5   // 要考慮的計算級別數，可以為無窮多
1.4629 -0.4629 1.6938 -2.1567 0.4629     // 每個級別的能量要乘的系數
QCISD(T)/cc-pVTZ  // 第1個級別計算時用的關鍵詞，后同
QCISD(T)=   // enecalc從輸出文件末尾讀取能量，這里設定用于定位第1個級別能量的字符串，后同
QCISD(T)/cc-pVDZ
QCISD(T)=
MP2/cc-pVQZ
MP2=
MP2/cc-pVTZ
MP2=
MP2/cc-pVDZ
MP2=

以下是模板文件template.gjf示例
%mem=1500MB
%nproc=4
#

B3LYP/6-31G* opted

0 1
 O                  0.33287540   -1.10635328    1.50332174
 H                  0.33287540   -0.34740028    0.90678174
 H                  0.33287540   -1.86530628    0.90678174


啟動enecalc之后，程序先讀取當前目錄下的settings.ini，然后將第一個計算級別的關鍵詞套入當前目錄下的模板文件template.gjf里，生成001.gjf，然后調用Gaussian產生001.out，從中讀取能量并顯示出來。然后再如此處理第二個級別，直至全部級別都處理完，最后輸出根據定義的規則運算出最終總能量。

注：做CBS外推最好的做法是看此帖里我的回復：http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=redirect&goto=findpost&ptid=19058&pid=128867&fromuid=1

4 實例2：ONIOM的情況

此例和上例一樣進行能量外推計算，但是是基于ONIOM計算。下面是settings.ini文件，注意不需要寫用于定位的字符串，因為enecalc直接讀取輸出文件中的ONIOM: extrapolated energy =后面的值。
"g09"
2
1
5
1.4629 -0.4629 1.6938 -2.1567 0.4629
oniom(CCSD(t)/cc-pVTZ:M062X/TZVP)
oniom(CCSD(t)/cc-pVDZ:M062X/TZVP)
oniom(MP2/cc-pVQZ:M062X/TZVP)
oniom(MP2/cc-pVTZ:M062X/TZVP)
oniom(MP2/cc-pVDZ:M062X/TZVP)

模板文件template.gjf示例：
%mem=7GB
%nproc=4
#

Title Card Required

0 1
 C                0    0.87378638   -1.26213590    0.00000000 L
 H                0    1.23044081   -2.27094591    0.00000000 L
 H                0    1.23045922   -0.75773771   -0.87365150 L
 H                0   -0.19621362   -1.26212272    0.00000000 L
 C                0    1.38712860   -0.53617963    1.25740497 L H 8
 H                0    1.03207226    0.47319346    1.25642745 L
 H                0    1.02885949   -1.03944806    2.13105486 L
 C                0    2.92712600   -0.53863598    1.25881364 H
 H                0    3.28539448   -0.03569410    0.38497547 H
 H                0    3.28218223   -1.54800868    1.26016738 H
 O                0    3.40380116    0.13590181    2.42615231 H
 H                0    4.36379924    0.13453019    2.42749555 H