利用photoshop計算晶體表面孔洞面積 文/Sobereva@北京科音   2019-Aug-31 今天思想家公社QQ群里有人發了一張圖片，問文獻中標注的MoS2的孔洞面積是怎么算的 其實用photoshop就可以實現計算。拿上圖右下角那個體系為例，我們實際上要統計的就是圖中孔洞對應的白色區域的面積。 把圖片載入ps，用魔棒工具選擇那塊白色區域，再點擊“窗口”-“直方圖”，就看到了選區的...

給def2以ma-方式加彌散函數的Gaussian格式的基組定義文件（含所有def2支持的元素） 文/Sobereva@北京科音 First release: 2019-Aug-28   Last update: 2019-Oct-11 def2系列基組非常流行，在筆者的很多博文里都提到、用到，但遺憾的是沒有官方標配的帶彌散函數的版本。之前筆者寫過一篇文章《給ahlrichs的def2系列基組加彌散的方法》（http:/...

為什么我非常不建議購買和使用D摩3量子化學程序 2019-Aug-26 重要提示：此文對D摩3的討論僅限于D摩3算孤立體系（分子、團簇），D摩3算周期性體系的情況不屬于本文的討論范疇。D摩3在算周期性體系上還是可以一用的，雖然也絕非好選擇。本文說的都是W$2018里D摩3的情況，對于未來的版本某些說法可能適用也可能不適用。 在網上討論交流的時候偶爾會看到有人想買、想用D摩3程序，或者有的人用D摩3還自我感覺良好，每次表態我對D摩3的強烈鄙...

后記：此文用VMD的做法已經沒有意義了，用Multiwfn來實現方便得多！仔細看《Multiwfn中非常實用的幾何操作和坐標變換功能介紹》（http://www.shanxitv.org/610）中的介紹，特別是2.6節的例子。 讓體系(躍遷)偶極矩平行于某個笛卡爾軸的方法 文/Sobereva@北京科音  2019-Aug-24 1 前言 有時需要讓分子的偶極矩、躍遷偶極矩（或者其它什么矢量）平行于某個笛卡爾坐...

談談如何通過勢壘判斷反應是否容易發生 文/Sobereva@北京科音  2019-Aug-23 經常有人問“反應勢壘小于多少反應才容易發生？”這種問題，本文就專門說一下。 1 拿什么來衡量反應快慢？ 首先要明確“勢壘”或“能壘”（barrier）到底是指什么。這個詞比較含糊，可以指代很多種，比如： (1)電子能壘：用過渡態結構的電子能量減反應物結構的電子能量。電子能量是指什么這里說了《談談該從Gaussian輸出文件...

談談我對計算化學代算的看法 文/Sobereva   2019-Aug-20 時常有人在群里、論壇里，或者直接郵件問我，他要算***問題，哪里可以提供計算化學代算、哪里有靠譜的。我以前專門做過兩年多代算，接過的代算任務有將近90個，對于代算這方面我覺得我還是比較有發言權的，所以在此文我說說我對代算的看法。順帶一提，我早已不再接任何代算了，而是提供計算化學的培訓（見http://www.keinsci.com的“科研培訓”欄目）。授...

VMD里原子選擇語句的語法和例子 文/Sobereva@北京科音   2019-Aug-19 1 前言 VMD（http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/）是極其強大、靈活的化學體系可視化程序，筆者之前也寫過不少相關文章，見http://www.shanxitv.org/category/VMD/。VMD的選擇語句(selection)用來選擇滿足特定要求的體系中的原子，其用法極度簡單靈活，對于V...

使用Multiwfn計算分子的動力學直徑 文/Sobereva@北京科音 First release: 2019-Aug-19  Last update: 2022-Jun-17 1 相關知識&計算原理 分子直徑有很多不同定義。在分子分離研究領域中經常用動力學直徑（kinetic diameter）體現分子尺寸，這個量沒有一般性的方法，直到現在，主要來源還是Breck很老的1974年的Zeolite Mol...

使用Multiwfn考察分子軌道、NBO等軌道對密度差、福井函數的貢獻 文/Sobereva@北京科音  2019-Aug-17 1 前言&基本知識 密度差是量子化學研究中經常被考察的量，Multiwfn可以非常容易地計算和繪制各種類型的密度差，見《使用Multiwfn作電子密度差圖》（http://www.shanxitv.org/113）。福井函數本質上也是密度差的一種，對于預測反應位點非常有實際價值，在http://bbs...

使用Multiwfn計算Bond length/order alternation (BLA/BOA)和考察鍵長、鍵級、鍵角、二面角隨鍵序號的變化 文/Sobereva@北京科音   First release: 2019-Aug-11  Last update: 2019-Nov-30 1 基本知識 共軛寡聚物是量子化學經常研究的對象，如10聚乙烯、12聚噻吩等。這類體系都有共軛長鏈，pi電子能夠在上面...

截止到2019年8月11日，引用Multiwfn的文章已達4000篇。這是第3001~4000篇使用了Multiwfn程序發表的文章的全文pdf合集，下載地址：https://pan.baidu.com/s/16snA2J0HBBS1V2fPYL3Acg 這是此文件包里所有文件的列表： list.txt 由于本文件包里絕大部分文章都是它們剛在期刊網站上作為ASAP刊登的時候我就下載的，所以文檔中大多沒有頁碼、卷號，大家只要到google學術...

使用Multiwfn計算與超瑞利散射(HRS)實驗相關的量 文/Sobereva@北京科音  First release: 2019-Aug-7  Last update: 2020-Jun-26 摘要：超瑞利散射(HRS)是考察分子第一超極化率的一種實驗手段，本文介紹如何使用Multiwfn基于Gaussian的polar任務的輸出文件計算出與HRS實驗相關的量。首先介紹基礎知識，然后給出具體例子，并重復文獻里的數據。...

OfakeG：使GaussView能夠可視化ORCA輸出文件的工具 文/Sobereva@北京科音 First release: 2019-Jul-17  Last update: 2021-Jul-2 1 前言 量子化學程序ORCA用的人越來越多，功能很強大而且免費，用戶數在所有量化程序中已經是第二高（雖然跟Gaussian比還遙不可及）。但至少在筆者撰寫此文時，相對于用戶數占絕對主導地位的Gaussian程序而...

2019年7月完結動畫簡評 文/Sobereva  2019-Jul-16 本文是筆者完整觀看過的2019年7月完結的17部全長TV版動畫和5部泡面番的簡評。注意其中多多少少有一些劇透的成份，怕被劇透又想了解哪些值得追的話就看評分就好了。所有新番筆者都看過前幾話（掃番過程的粗略觀感在http://bbs.keinsci.com/forum-68-1.html里的相應帖子里寫了），沒追的要么是筆者對其題材有抗拒（比如恐怖或者胡搞類），要么就是...

2019年上半年優秀動畫音樂推薦 文/Sobereva  2019-Jul-12 這是第10次寫“優秀動畫音樂推薦”系列文章，此系列從2014年起不斷發布，致力于盡自己微薄之力，令最杰出、最美妙的音樂能有出頭之地，而不被數目是它們20倍以上的海量的平庸、湊數的音樂埋沒。之前的動畫音樂推薦見 《2018年下半年優秀動畫音樂推薦》（http://www.shanxitv.org/459） 《2018年上半年優秀動畫音樂推薦》（http://sobere...