下載地址/usr/uploads/file/20150605/20150605005449_28617.rar gmxgrid V1.2 Convert the cube file generated by g_spatial to recognizable format at specific plane Programmed by Sobereva, 2009-Oct-29 bug report: sobereva[at]sina.com...

淺談限制內存容量的屏障 文/Sobereva @北京科音   2009-Feb-2 PS：有很多人有誤區，甚至包括一些計算機老師，比如認為32bit平臺因為2^32=4G所以認為不能使用超過4G內存，然而接受這樣的觀點后很多人會對為何使用4G內存在系統中只顯示3.25G有所疑問。網上也有很多相關文章專門談這個問題，但是其中有不少錯誤的認識，而且條理不清。故撰此文，以盡可能簡單的解釋來清楚地解釋這些問題。 程序使用內存到底能用到多大，跟CPU、內存控...

使VMD實時顯示gromacs軌跡中原子的受力 文/Sobereva@北京科音   2009-Jan-31 顯示原子受力有時很重要，但實現起來又是個麻煩事。由于這兩天要用這個功能，所以寫了一個VMD的tcl腳本，可以用箭頭顯示指定原子的受力，并且隨進度條拖動實時更新，在這里做一下介紹。 VMD當前版本并不讀取軌跡中的力，不能在內部直接調用，所以需要手動把軌跡中的力提取出來并讀入VMD。在此例中，我們要分析序號為977的原子的受力，序號由0開始算。 這里用到一...

C75音樂推薦-東方project部分 文/Sobereva    2009-Jan-31 C75這次東方同人音樂CD大概有50張左右吧。幾乎全都完整聽了，聽得很辛苦，從數目龐大的曲目中精選出了最優秀的作品，就是下面這35首，還有34首稍遜色一點點的被歸進level B。總的來說這次優秀作品比較分散，也就是在各個CD中往往都有一兩首優秀作品，但是不集中在某幾張CD。其中最好的CD應該是hatch the new Fl∞w。也有個別CD完全無法...

C75精華音樂推薦-其它部分 文/Sobereva   2009-Jan-31 據說C75發布音樂CD共120張（我想應該比這個多吧），一部分是企業發布。我完整聽了大概其中80~90張，聽得極為辛苦，有很多歌曲收不收我很矛盾，往往聽好幾十遍才能做出決定。這次東方系列的基本上都聽了，約50張左右。當然最突出的還是東方系列同人音樂。以下音樂是非東方系列音樂里面選出的比較好的，有一些整體中檔偏上的扔了可惜，于是我都列入leve...

原子-殘基B因子/rmsf轉換小工具ba2r 文/Sobereva@北京科音 文獻一般都是比較殘基的B因子或者RMSF，而一般算出來的都是原子的B因子或者RMSF，寡人寫的這個ba2r工具就是用來將它們轉換的，ba2r會輸出殘基號和殘基B因子/RMSF兩列內容，方便作圖。輸入的pdb不需要做任何修改，帶著各種注釋性的文字無妨，會自動跳過去。 ba2r下載地址http://www.shanxitv.org/soft/ba2r.rar ...

量子化學半經驗方法的縮寫和全稱對照 文/Sobereva @北京科音   2008-Dec-28 ZDO=Zero Differential Overlap（非方法名，為半經驗方法常用的近似） FE MO=Free-electron Molecular Orbital Method HMO=Huckel Molecular Orbital Method EHMO=Extended Huckel Molecular Orbital Method(o...

察看Gaussian全部IOp的方法 文/Sobereva @北京科音  Last update: 2010-Jul-22 雖然高斯網站上提供了IOp列表，網上也有相應的pdf版IOp查詢手冊，但是很多IOp在那里面都沒有，甚至是常用的，比如6/7就沒有，只能網上搜索。實際上這些IOp所代表的意思在link程序的.F源代碼頭部都有完整說明。 這里說一下在windows下查閱源代碼里IOp的方便的方法 由于不知道IOp(6/7)會傳遞給哪個link子程...

注：本文已經過時，最新版本GROMACS安裝方法參見《GROMACS的安裝方法》（http://www.shanxitv.org/457）。 Gromacs 4.0.3、4.5.5版安裝方法 文/Sobereva @北京科音    Last update: 2012-Jan-6 下面是gromacs4.0.3安裝方法。4.5.5版安裝方法見本文后半。 gmx4.0.3安裝方法 ...

下載地址 /usr/uploads/file/20150605/20150605000929_91362.rar Gromacs .gro file analysis tool, programmed by Sobereva, Version 1.3, 2008-Oct-15 有問題請聯系開發者Sobereva (sobereva@sina.com) 此程序是統計并提取Gromacs的.gro文件里指定原子的小工具，輸入指定的坐...

寫高斯輸入文件的不錯的參考 文/Sobereva @北京科音   寫于約2008年 一些新手使用高斯經常因為輸入格式錯誤，導致高斯報錯，又找不到好的例子作為參考，比如使用混合基組、QST2/3、oniom等，而且一些老手長時間不用相應功能也會忘。 實際上高斯自帶了許多test文件，不光是作為功能測試用，里面也涵蓋了高斯各功能的用法，可以作為參考。 在windows版中，在高斯的tests目錄下，有個tests.idx文...

PowerVR簡史 文/Sobereva  寫于約2007年8月 英國公司Videologic最初創立了PowerVR，PowerVR第一代分PCX1和PCX2兩種，PCX1采用0.5微米，PCX2采用0.35微米，二者皆為PCI卡，僅限于3D功能，類似voodoo1/2，但不需要外置連接線而是通過PCI總線傳輸數據，顯存64bit，8MB，核心同顯存運行頻率約60-66Mhz，單渲染管線單周期單紋理。PCX1采用了TBR技術，這是P...

很久以前做的簡單小游戲，音樂來自Linux下的一個企鵝滑雪的游戲，結尾音樂來自AOE一代。 /usr/uploads/file/20150605/20150605000022_17997.rar

Gromacs4雜談 文/Sobereva @北京科音   寫于約2008年 隨便談談gromacs4。 新支持僅xy方向的PBC，以前版本實現二維周期邊界條件只能靠那個方向增加很厚的真空層來實現。可以與WALL組合使用（WALL也只能用于二維周期邊界條件）。nwall設2就是在box的z值位置上加兩個wall，此時可以用控壓和ewald相關靜電加和方法。設1就是z=0上一個wall。 新支持周期性分子。 pull代碼作了完全改寫，以前...

注：本文已經沒什么意義了，用筆者后來開發的genmixmem工具來構建磷脂膜方便得多效果也明顯更好，見http://www.shanxitv.org/245。而本文的把蛋白嵌入膜的方法也不再推薦，建議使用GROMACS直接支持的membed方法，在北京科音(http://www.keinsci.com)舉辦的分子動力學與GROMACS培訓班里會講解和演示 Sob談生物膜體系的搭建 文/Sobereva&n...