grostat V1.3--Gromacs .gro文件分析、統計小工具
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Gromacs .gro file analysis tool, programmed by Sobereva, Version 1.3, 2008-Oct-15
有問題請聯系開發者Sobereva (sobereva@sina.com)
此程序是統計并提取Gromacs的.gro文件里指定原子的小工具，輸入指定的坐標范圍，要統計的原子類型和原子所屬殘基名稱，就可以計算出總數，并將結果自動存到程序所在目錄下的result.gro中，可以直接用VMD打開。所選原子的原子序號都輸出到list.ndx，group名稱為[selected-atoms]，可以在Gromacs一些子程序中用-n讀取。
坐標范圍可以是通過輸入最小xyz和最大xyz限定的一個長方形盒子，也可以輸入球形的中心和半徑，得到一個球形范圍。也可以輸入圓柱的半徑，X、Y坐標，柱的最下端和最上端Z軸坐標，得到一個平行于Z軸的圓柱選擇范圍。
1.1增加了保留完整殘基功能，所有被選區域內的原子，都會保留它所在的殘基的全部原子。選擇此項后，所有符合條件的殘基的序號都會輸出到residue.txt
比如選擇一個范圍，有的殘基一半在選擇區域內，一半在選擇區域外，就會導致殘基被截成兩半。選擇保留完整殘基后，處于邊界的殘基都會保留完整形態，即便有些原子處于選擇區域之外。
再比如，選擇一個區域，所選原子類型設CA，所在殘基設為ALA，就會得到這個區域內所有ALA的全部原子，而不是僅僅得到ALA的CA。
1.2版加入了反轉選擇范圍的功能，也就是選擇空間范圍時的第3、4項選項，這樣實際所選的空間范圍，就是輸入的空間范圍以外的范圍。
例1：對程序所在目錄下的new.gro提取xmin,xmax,ymin,ymax,zmin,zmax=1,4,2,3,1.5,6范圍內的所有ALA殘基的CA類型原子。
new.gro //輸入文件名
1 //選擇范圍設置為盒子形狀
1,4,2,3,1.5,6 //輸入xmin,xmax,ymin,ymax,zmin,zmax
no //不保留完整殘基，即不保留CA所在殘基中的其它原子，只要CA
CA //原子類型，也可以是any，包括所有原子類型
ALA //殘基類型，也可以是any，包括所有殘基類型
例2：對程序下一級目錄sob下的test.gro，提取z坐標值在10,44范圍之外的所有原子，處于邊界的分子的原子全部保留，依次輸入
.\sob\test.gro
3
-99,99,-99,99,10,44 //-99及99的意思是，最小和最大值都設得很大，超過體系盒子尺寸，就等于對x、y沒設限制
yes //保留完整殘基
any
any
在gmx中，給膜蛋白加水總是會加到兩層之間的疏水空隙中，使用例2的方法可以去除這部分水。如圖，先在VMD里量一下坐標，確定保留z=10以內，z=44以外的全部原子，即包含了這個范圍內的全部水的原子和磷脂分子的部分原子，由于選擇了保留完整殘基，所有磷脂分子也會完整保留，而在z=10至z=44范圍內的水就被去掉了。
可以將grostat輸出的.gro改一下名，再次讀入grostat進行處理，反復多次，直到弄出合適的結果。
例3：已知某原子的坐標是5.362 4.007 2.863，提取這個原子附近1A范圍內的SOL殘基的原子，若有水分子一部分在范圍內另一部分在范圍外，只保留范圍內的水的原子。依次輸入
new.gro
2 //選擇范圍設置為球形
5.362,4.007,2.863,1 //球中心x，球中心y，球中心z，半徑
no
any
SOL
注意：grostat最大只能處理100000個原子的gro文件，如果原子數超過這個數值，gro中的原子序號會從0重新開始，造成grostat誤判。對這種情況應手動在原子序號重新循環處將.gro分割，分別用grostat處理后合并。
更新記錄：
v1.0 2008.May.18，debut
v1.01 2008.May.22，增加所選范圍的原子的原子序號輸出到list.ndx的功能
v1.02 2008.Jun.2，增加選擇球形范圍的功能，修正linux版原子數統計錯誤的bug
v1.1 2008.Aug.25，去除了選擇邊界處理方式的功能，增加了保留完整殘基的功能。
v1.2 2008.Sep.1，增加了選擇范圍反轉功能，可用于處理膜蛋白嵌入、去除膜層間水分子。修正.gro的原子數輸出格式的bug，使得grostat輸出的.gro可以正確讀入grostat，被反復多次處理。
v1.3 2008.Oct.15，增加了圓柱范圍選擇功能，即范圍選項的5和6（柱狀反轉選擇）。圓柱軸線與Z軸平行，需要輸入的是柱的半徑，X、Y坐標，柱的最下端和最上端Z軸坐標。磷脂層的磷脂一般與Z軸平行，此功能可以把磷脂層挖出一個圓洞，以便放入膜蛋白。