原子-殘基B因子/rmsf轉換小工具ba2r

Date: June 5, 2015

原子-殘基B因子/rmsf轉換小工具ba2r

文獻一般都是比較殘基的B因子或者RMSF，而一般算出來的都是原子的B因子或者RMSF，寡人寫的這個ba2r工具就是用來將它們轉換的，ba2r會輸出殘基號和殘基B因子/RMSF兩列內容，方便作圖。輸入的pdb不需要做任何修改，帶著各種注釋性的文字無妨，會自動跳過去。

B因子轉換為RMSF的公式為RMSF^2=B*3/8/pi^2，參見Biochemistry, 48, 7986–7995 (2009) DOI: 10.1021/bi900811p（文中搜RMSF可找到），大家用這個程序的時候可以引用此文章。

軟件的Readme：

此軟件有三個功能
1.將pdb中的原子B因子轉換為殘基B因子（原子B因子取平均）
2.將gmx rmsf輸出的或者此軟件第3個功能輸出的原子RMSF的.xvg轉換為殘基的RMSF（原子RMSF取平均）
3.將蛋白質原子B因子轉換為原子的RMSF

運行后首先輸入選擇哪個功能，然后輸入文件名，例如D:\study\sob.pdb，處理完的結果存于程序當前目錄下。輸出的文件名見提示。

pdb中的B因子單位都是埃^2，RMSF的單位都是nm

第一個和第三個功能需要輸入pdb文件。第二個功能需要輸入pdb文件和原子的RMSF文件，兩個文件內容需要對應，pdb用來判斷出哪些原子屬于哪些殘基。

例如，將1.pdb的B因子轉化為殘基的RMSF。首先用第3個功能得到其原子的RMSF文件rmsf-atomic.txt，再選擇第2個功能，分別輸入1.pdb和rmsf-atomic.txt即可得到rmsf-residue.txt。

輸入的pdb不必事先手動處理，不必刪掉開頭或者TER，會自動選擇讀取其中有用內容。
輸入的.xvg如果來自GROMACS的gmx rmsf，開頭的內容也無需手動刪掉，會自動略過。

有問題請聯系寡人sobereva[at]sina.com。