簡談NBO間的相對相位問題 文/Sobereva @北京科音  2013-Jun-13 在思想家公社群里有人研究C2H5OC2H5自由基陽離子，問為何在6-31+G*和6-31++G**下得到的beta NBO中的氧的LP*與C-H的BD的相對相位發生了反轉、這樣情況下如何討論軌道間相互作用。這個問題感覺還是值得專門談一下的。 這個相位反轉問題如下圖所示。綠色/藍色代表O LP*的正/負相位。黃綠/紫色代表C-H BD...

談談分子半徑的計算和分子形狀的描述 文/Sobereva @北京科音 First release：2013-Jun-7   Last update：2019-Oct-21 經常有人談及和分子形狀有關的話題，本文就說說常用的三種模型怎么討論和計算，即球形模型、圓柱模型和矩形盒子。 1 球形模型 用球形模型，相當于討論怎么計算分子的半徑。首先要認識到，分子半徑不是一個可觀測量，在計算方法上也不可能有唯一的定義，因此“怎么計算分子半徑...

ComicDive8同人展收獲和雜談 文/Sobereva(3)  2013-Jun-8 ComicDive8于2013年5月19日在國家會議中心舉辦。 這次排的隊出奇的長。CD7的時候基本沒排隊就進去了，而CD5、CD6，排隊時間我記得也沒超過半個小時。這回明明已經事先買了票，到了那里是10:00AM，剛開場的時間，沒想到居然排了兩個小時的隊才進去。隊伍的長度，在通道內都已經折返成了三排，然后都繞到國家會議中心...

贗勢的函數形式以及在量子化學程序中定義的方式 文/Sobereva @北京科音  2013-May-29 1 前言 贗勢在量子化學計算中使用得極為普遍，有時需要用的贗勢在量子化學程序中沒有內置，就得通過自定義的方式添加，例如Stuttgart贗勢對于Au按照Gaussian程序格式的寫法是 AU     0 AU-ECP     4   ...

C83音樂推薦 文/Sobereva  2013-May-21   C83音樂整體水準超過前幾屆，特別是非東方project的部分。這次的音樂推薦是總共從103張幾乎所有網上能找到的C83的CD中十分嚴格地精選出來的。由于撰文時C83已過去了很久，所以應該不會有漏網之魚。依然和以前的音樂推薦一樣，是否列入推薦列表只看音樂本身的素質，除此以外一切因素皆不考慮。 非東方Project部分中最佳部分共50首，不錯的...

后記：針對aNCI方法用于蛋白質-配體相互作用的分析，筆者后來專門寫了一篇文章《使用Multiwfn做aNCI分析圖形化考察動態過程中的蛋白-配體間的相互作用》（http://www.shanxitv.org/591）。本文的讀者千萬別忘了看此文！ 使用Multiwfn研究分子動力學中的弱相互作用 文/Sobereva @北京科音 First release: 2013-May-18  Last update: 2021-Jul-21 ...

全部歌曲的錄像合集見此：http://www.youku.com/playlist_show/id_19190324.html。本文文末有每首歌曲單獨的鏈接。 AM三周年紀念LIVE雜談、照片和演出錄像 文/Sobereva(3)  2013-Apr-30 2013年4月21日1:00PM~6:00PM的ANIMANIA在MAO LIVE HOUSE的Live演出是ANIMANIA成立三周年的紀念演出，挺有特別意義的。這也是寡...

Multiwfn波函數分析程序的意義、功能與用途 文/Sobereva @北京科音 First release: 2013-Apr-29    Last update: 2019-Mar-18 前言：Multiwfn (http://www.shanxitv.org/multiwfn) 波函數分析程序的功能極其豐富，用途十分廣泛，用法十分靈活，所以絕大多數用戶可能不容易完全了解Multiwfn的全貌。雖然在J. Comput. ...

PED分析軟件VEDA4簡介 文/Sobereva @北京科音   2013-Apr-15 PED分析工具有很多。筆者曾經介紹過GAR2PED，見《Potential energy distribution(PED)計算軟件GAR2PED使用簡介》（http://www.shanxitv.org/75），但是程序使用起來比較麻煩，得根據分子結構自己定義去定義坐標，對于一些結構新穎、復雜的體系很難搞。筆者也介紹過Gaussian中的intmode關鍵詞...

利用wfn文件計算電子密度的代碼的編寫方法 文/Sobereva @北京科音   2013-Apr-11 在《雜談Multiwfn從1.0到3.0版的開發經歷》（http://www.shanxitv.org/180）一文中曾經提到過，寡人三年多以前開發Multiwfn最初的動機是為了寫個帖子介紹怎么通過wfn文件里的信息計算電子密度，然而那帖子一直沒寫。正好最近有人在其代碼里需要計算電子密度，于是借這個機會寫個帖子介紹下怎么實...

2013年4月完結動畫簡評 文/Sobereva  2013-Apr-5   季度頒獎： 最佳男配角：王騎（王者天下） 優秀男主角：降矢三連星&翔（向銀河開球），信（王者天下），狡嚙慎也（PSYCHO-PASS），真城&高木（食夢者3），熊貓&白熊（白熊咖啡廳） 最佳女主角：石原浪花（我的妹妹是大阪大媽） 優秀女主角：琴浦春香（琴浦小姐） 最佳女配角：朝霧史織（玉子市場） 優秀女配角：艾麗...

雜談Multiwfn從1.0到3.0版的開發經歷 文/Sobereva @北京科音   2013-Mar-29   在Multiwfn 3.0發布后，在疲憊、激動之余，回想起從Multiwfn 1.0到3.0版這三年多斷斷續續且艱苦的開發歷程，頗有點感慨。當初只是一個很小的念頭，臥在床上寫了幾百行的程序，想不到這個小程序如今成為了Multiwfn 3.0，有了約三萬行代碼，被近百篇文章所使用，用戶覆蓋...

使用Multiwfn做電子密度、ELF、靜電勢、密度差等函數的盆分析 文/Sobereva @北京科音 First release: 2013-Mar-27  Last update: 2023-Jun-16 前言：Multiwfn（http://www.shanxitv.org/multiwfn）主功能17對應于盆分析功能。本文目的在于簡要介紹盆分析的概念、算法，并結合幾個應用實例介紹盆分析功能的基本操作方法并展現盆分析的...

調節平面分子間距的方法 文/Sobereva@北京科音  2013-Feb-3 計算化學研究中有時需要調節兩個平面分子間距離，比如研究不同間距下的相互作用能。如果兩個平面分子的坐標正好對著，或者分子平面平行于某個笛卡爾平面，那么改變間距很容易。前者就用gview的設定鍵長大小的工具就能調，后者就自行對笛卡爾坐標統一加減一定的數值就可以。比較麻煩的是分子既不平行于笛卡爾平面，兩個分子也不是正對著，如下圖這種情況 這...

后記：此文用VMD的做法已經沒有意義了，用Multiwfn來實現方便得多！仔細看《Multiwfn中非常實用的幾何操作和坐標變換功能介紹》（http://www.shanxitv.org/610）中的介紹，特別是2.3節的例子。 讓指定化學鍵平行于笛卡爾坐標軸的方法 文/Sobereva@北京科音  2013-Jan-27   見到好幾次有人問怎么讓指定的化學鍵平行于某個笛卡爾坐標軸。這里提供一個筆者寫...