文/Sobereva @北京科音  2024-Jul-5
不得轉載

1 前言

此文對非常適合理論、計算化學投稿的期刊（也有少部分僅限于約稿），以及化學相關的綜合向以及面向不同子領域的重點期刊進行羅列，共約300種期刊，并附上2024年6月公布的2023年影響因子(IF)及中科院分區。本文對于讀者了解有哪些期刊值得投稿和平時關注有明顯意義。這是第15次筆者寫此系列的文章，往年的文章見本文文末的鏈接。

本文的期刊名稱一般用標準縮寫，有的給出了常用首字母縮寫或者全名，之后是ISSN號（若只有網絡版則是EISSN號）。斜杠前是2023年的兩年期影響因子（即一般所謂的影響因子。有些新刊尚無影響因子數據），斜杠后是撰寫此文時的最新的中科院大類分區（2023年12月公布），今年剛有IF的期刊目前沒有分區信息。

附IF計算公式：2017年某期刊的影響因子=（2015+2016年此期刊的文章在2017年被引用的次數）/（2015+2016年此期刊的文章數）

本文涉及的刊物主要分這么幾類：
1 主要理論、計算類刊物
2 綜合
3 中國的期刊
4 無機、有機、化學信息學及其它
5 偏材料
6 偏物理
7 偏生物
第一類是最適合理論、計算類文章投的。根據文章具體的研究方向，也可選擇投其它幾類中的刊物。

本文中給出的期刊列表一般是按照IF來排序的，有IF的都是SCI期刊。國內核心非SCI期刊沒有IF，這些期刊的影響因子的獲取方式為：進入http://navi.cnki.net/knavi/Journal.html，搜索期刊名，取綜合影響因子。本文里期刊普遍用縮寫，如果想得到全稱，去https://www.ablesci.com/journal把縮寫或ISSN輸進去就可以查到。

像往年本系列文章一樣，我再次強調，IF這東西只是個翔，它的存在給科學發展帶來的壞處絕對大于好處。要看重文章自身的價值，垃圾文章僥幸發到高IF期刊上依然是垃圾文章，好文章發到低IF期刊上依然是好文章，會被廣為引用。本文中說的期刊檔次/質量僅是指的平均文章檔次/質量。而如今國內大學和研究機構評判科研業績所廣為采用的中科院分區更是極度荒誕的，其存在的弊遠遠大于利。

2 今年形勢簡評

今年不管是哪個方向的期刊，跌的都明顯比漲的多。能不跌就等效于輕微上漲了。

這是和理論、計算化學關系最密切的一些期刊的IF的變化情況：
大漲：WCMS、CHEM PHYS IMPACT
小漲：JCC、CTC、ELECT STRUCT、STRUCT CHEM、J STRUCT CHEM+
基本沒變：JCIM、JCTC、JPCA、JMGM、CPL、IJQC、JMM、J COMPUT BIOPHYS CHEM、MOL SIMULAT、JPOC、THEOR CHEM ACC、MOL PHYS
小跌：JPCB、JPCC、PCCP、ATS、CHEM PHYS
大跌：JPCL、JCP、CPC

計算化學綜述期刊WCMS從11.4猛升到16.8，這令我有點意外，近些年WCMS上的文章的平均水準也就那么回事。JCP從4.4跌倒3.1，跌幅驚人，特別是對于JCP這樣刊登文章量非常大的期刊來說。原因一部分可能是2020、2021年那會兒集中刊登的計算化學程序原文對IF的貢獻已過，因此又打回原形了。JPCL繼續下跌，從5.7跌到4.8，如今比JCTC和JCIM都低不少了。本身從現在JPCL上文章的題材和整體水準來看也不像是IF能很高的情況。PCCP挺慘，居然跌破3了，顯得比之前低了一個level，雖然學術口碑還在。CPC從原來的3左右跌到2.3真是巨慘，也顯得變低了一個level。CPC上的文章整體水準還是挺不錯的，和JPCA半斤八兩，這個IF實在容易讓人低估CPC的檔次。在很多老牌計算化學相關期刊IF都下跌的大環境下，JCC能從3升到3.4，十分難得，現在反超了PCCP和JCP。CTC的IF居然進一步上升，到了3，這個給人傳統印象是三線的期刊如今能超過PCCP是挺難以置信的事，也進一步說明現在的IF越來越不能反映期刊整體水準和真實的業界認可度了。ELECT STRUCT小升到2.9，看來這個新刊的地位已經比較穩固了。Chemical Physics衍生出的開放訪問的Chemical Physics Impact竟然從2.2升到3.8，很離譜，達到了Chemical Physics的近兩倍，不知道怎么運作的。本來這個期刊很大程度上是Chemical Physics拒稿的回收站。開放訪問的吸金期刊ACS Physical Chemistry Au第一次有了IF，3.7，一般般，才和回收站ACS Omega正好一樣。

化學綜合方面：
NATURE、SCIENCE、CHEM REV都大跌超過10。CHEM SOC REV也跌不少，而NAT REV CHEM微漲，二者IF相仿佛了。ACS CENTRAL SCI巨降，從JACS明顯上頭跌到明顯下頭了。JACS Au現在還是和JACS差得很遠。跌幅最狠的是SCI DATA從9.8降到5.8，估計是什么極高被引的數據集文章對IF的貢獻過期了。Frontiers in Chemistry從5.5大降到3.8。CHEM COMMUN繼續降，只有4.3了，當年六點幾的時代已經回不去了，而且比后起之秀的開放訪問的COMMUN CHEM還落后了。Scientific Reports已降到3.8，ACS OMEGA跌到3.7，RSC Advances 3.9未變，這三個大容量開放訪問期刊的IF現在驚人地接近。SPECTROCHIM ACTA A只小降0.1到4.3，在大環境都在跌的時代能保住這個IF難得了。口碑一直挺好的CHEM-EUR J小跌到3.9，終于到了4以下，可惜了。而其姊妹刊CHEM-ASIAN J跌到3.5，繼續保持著和它的差距。Chemistry-Methods首次有了IF，6.1，很不錯，我的IRI原文（Chemistry—Methods, 1, 231 (2021)）給此刊貢獻了不少引用，是此刊目前發表的文章里引用第一名。值得一提的是，一些大出版社的創刊不久的開放訪問的期刊現在也紛紛成了SCI，如mdpi的Computation和Chemistry，Elsevier的Results in Chemistry、Springer的SN Applied Sciences。另外伊朗化學會的Physical Chemistry Research和Sami Publishing Company的Chemical Methodologies也都成了SCI。

中國期刊方面：
《中國科學:化學（英文版）》小升而CCS Chem小降，前者超過了后者。《結構化學》竟然從2.2猛升到5.7，漲了一倍多，很離譜，莫非也要走《物理化學學報》巨幅提升IF的道路？《物理化學學報》基本沒變，今年10.8，能守住10以上不容易。《化學學報》從2.5跌到了1.7，這是為數不多的只接受中文文章的化學期刊，在此呼吁中國研究者們多多支持。《高等學校化學學報》跌到只有0.7了，沒能像許多其它中國創辦的化學期刊那樣從當年的1左右開始在近年來逐漸攀升。

無機、有機、化學信息學及其它：
INORG CHEM FRONT跌到6.1。J MOL LIQ跌到5.3。J MOL STRUCT居然小升到4了，此刊上很多文章巨水，JMS給我送審的有的純計算的文章寫得特別業余，我覺得發JMM都懸，現在IF卻能升到4，又是個典型的IF不能反映期刊實際水準的例子。小漲的INORG CHEM COMMUN已超過小跌的INORG CHEM。J ORG CHEM連年下降，繼續跌，只有3.3了，慘。不錯的ORGANOMETALLICS現在跌到只有2.5了，這世道...知名的ACTA CRYSTALLOGR B居然跌到只剩1.3，太慘了。

材料方面：IF升的寥寥無幾，而且都只是小漲，90%以上都下跌，而且有一大批都跌得很整齊，跌幅都在0.7-1左右。新刊ACS Materials Au現在有了IF，5.7，中規中矩。

生物方面：同樣幾乎都在跌，而NUCLEIC ACIDS RES卻漲了1.7，難得。

3 期刊列表

(1) 主要理論、計算類刊物

WIREs Comput Mol Sci (WCMS) 1759-0876 16.8/2
J CHEM THEORY COMPUT (JCTC) 1549-9618 5.7/1
J CHEM INF MODEL (JCIM) 1549-9596 5.6/2
J PHYS CHEM LETT (JPCL) 1948-7185 4.8/2
J PHYS CHEM C (JPCC) 1932-7447 3.3/3
J PHYS CHEM B (JPCB) 1520-6106 2.8/2
J PHYS CHEM A (JPCA) 1089-5639 2.7/2
Chemical Physics Impact 2667-0224 3.8/無分區 2020創刊，免費閱覽，發表收費
ACS Physical Chemistry Au 2694-2445 3.7 2021創刊，免費閱覽，發表收費
J COMPUT CHEM (JCC) 0192-8651 3.4/3
J CHEM PHYS (JCP) 0021-9606 3.1/2
COMPUT THEOR CHEM (CTC) 2210-271X 3/3
PHYS CHEM CHEM PHYS (PCCP) 1463-9076 2.9/3
ADV THEORY SIMUL (ATS) 2513-0390 2.9/4
Electronic Structure 2516-1075 2.9/無分區 2019創刊
CHEM PHYS LETT (CPL) 0009-2614 2.8/3
J MOL GRAPH MODEL (JMGM) 1093-3263 2.7/4
CHEM PHYS CHEM (CPC) 1439-4235 2.3/3
INT J QUANTUM CHEM (IJQC) 0020-7608 2.3/3
J MOL MODEL (JMM) 1610-2940 2.1/4
STRUCT CHEM 1040-0400 2.1/4
CHEM PHYS 0301-0104 2/3
J COMPUT BIOPHYS CHEM 2737-4165（以前叫J THEOR COMPUT CHEM (JTCC)） 2/4
MOL SIMULAT 0892-7022 1.9/4
J PHYS ORG CHEM (JPOC) 0894-3230 1.9/4
THEOR CHEM ACC (TCA) 1432-881X 1.6/4
MOL PHYS 0026-8976 1.6/4
J STRUCT CHEM+ (JSC, Journal of Structural Chemistry) 0022-4766 1.2/4
ADV QUANTUM CHEM 0065-3276 ?/無分區
    以下期刊非SCI
Computational Chemistry 2332-5968 2013創刊。免費閱覽，發表收費 http://www.scirp.org/journal/cc/
International Journal of Computational and Theoretical Chemistry (IJCTC) 2376-7286 2013創刊。免費閱覽，發表收費 http://www.sciencepublishinggroup.com/j/ijctc
Communications in Computational Chemistry (CiCC) 2305-7076 2013創刊（此刊已偃旗息鼓，2018年之后未更新） http://www.global-sci.org/cicc/
SDRP Journal of Computational Chemistry & Molecular Modelling (JCCMM) 2473-6260 2015創刊。免費閱覽，發表收費（網站自稱IF是0.827） http://www.siftdesk.org/journal-details/SDRP-Journal-of-Computational-Chemistry-&-Molecular-Modelling-/33
Living Journal of Computational Molecular Science (LiveCoMS) 2575-6524 2017創刊。免費閱覽 https://www.livecomsjournal.org/
Turkish Computational and Theoretical Chemistry (TC&TC) 2017創刊。免費閱覽，免費發表（黑白圖片時） https://dergipark.org.tr/en/pub/tcandtc
Journal of Molecular Physics 2017創刊。免費閱覽 https://scholars.direct/journal.php?jid=molecular-physics
Chemical Physics Reviews 2688-4070 2021創刊。AIP創辦
Journal of Physical Chemistry & Biophysics 2161-0398 2011創刊。免費閱覽，免費發表 https://www.longdom.org/physical-chemistry-biophysics.html

(2) 綜合

CHEM REV 0009-2665 51.4/1
NATURE 0028-0836 50.5/1
SCIENCE 0036-8075 44.7/1
CHEM SOC REV 0306-0012 40.4/1
NAT REV CHEM (Nature Reviews Chemistry) 2397-3358 38.1/1
Nature Chemistry 1755-4330 19.2/1
CHEM (Elsevier旗下) 2451-9294 19.1/1
ACCOUNTS CHEM RES (ACR) 0001-4842 16.4/1
NATL SCI REV (National Science Review) 2095-5138 16.3/1
ANGEW CHEM INT EDIT 1433-7851 16.1/1
NAT COMMUN 2041-1723 14.7/1 免費閱覽，發表收費
J AM CHEM SOC (JACS) 0002-7863 14.4/1
ADV SCI (Advanced Science。Wiley旗下) 2198-3844 14.3/1 免費閱覽，發表收費
Trends in Chemistry 2589-5974 14/2 2019創刊 Cell出版社
ACS CENTRAL SCI 2374-7943 12.7/1 免費閱覽，免費發表
ANNU REV PHYS CHEM 0066-426X 11.7/1
SCI ADV (Science Advances。Science旗下) 2375-2548 11.7/1 免費閱覽，發表收費
P NATL ACAD SCI USA (PNAS) 0027-8424 9.4/1 發表收費
JACS Au 2691-3704 8.5/無分區 2020創刊，免費閱覽，發表收費
Research 2639-5274 8.5/1
Cell Rep. Phys. Sci. 2666-3864 7.9/2 免費閱覽，發表收費
CHEM SCI (Chemical Science) 2041-6520 7.6/1 免費閱覽，免費發表
Chemistry-Methods 2628-9725 6.1/無分區 2020創刊，Wiley旗下。免費閱覽，發表收費
COMMUN CHEM (Communications Chemistry) 2399-3669 5.9/2 2018創刊 Nature出版社。免費閱覽，發表收費
SCI DATA (Scientific Data) 2052-4463 5.8/2 免費閱覽，發表收費
Arabian J. Chem. 1878-5352 5.3/2
INT J MOL SCI (IJMS, International Journal of Molecular Sciences) 1422-0067 4.9/2 免費閱覽，發表收費
iScience 2589-0042 4.6/2 Cell旗下，2018創刊。免費閱覽，發表收費
CHEM COMMUN 1359-7345 4.3/2
BMC Chemistry 2661-801X 4.3/2 免費閱覽，發表收費
SPECTROCHIM ACTA A 1386-1425 4.3/2
Molecules 1420-3049 4.2/2 免費閱覽，發表收費
Dyes and Pigments 0143-7208 4.1/3
CHEM-EUR J (Chemistry-A European Journal) 0947-6539 3.9/2
RSC Advances 2046-2069 3.9/3 免費閱覽，發表收費
SCI REP (Scientific Reports) 2045-2322 3.8/2 免費閱覽，發表收費
Frontiers in Chemistry 2296-2646 3.8/3 有理論化學版塊。免費閱覽，發表收費
ACS OMEGA 2470-1343 3.7/3 免費閱覽，發表收費
CHEM-ASIAN J (Chemistry-An Asian Journal) 1861-4728 3.5/3
Chemical Methodologies 2645-7776 3.5/無分區 2017創刊。免費閱覽，發表收費。http://www.chemmethod.com
Heliyon 2405-8440 3.4/3 免費閱覽，發表收費。全學科
FARADAY DISCUSS 1364-5498 3.3/3
J COMPUT SCI 1877-7503 3.1/3
Royal Society Open Science 2054-5703 2.9/3 2014創刊。免費閱覽，發表收費
SN Applied Sciences 2523-3963 2.8/無分區 2019創刊，Springer旗下。免費閱覽，發表收費
NEW J CHEM 1144-0546 2.7/3
INT REV PHYS CHEM 0144-235X 2.5/2
ChemistryOPEN 2191-1363 2.5/4 免費閱覽，發表收費
Results in Chemistry 2211-7156 2.5/無分區 2019創刊，Elsevier旗下。免費閱覽，發表收費
SoftwareX 2352-7110 2.4/4 免費閱覽，發表收費，專門發表免費程序的介紹文章
Chemistry 2624-8549 2.4/無分區 2019創刊，MDPI旗下。免費閱覽，發表收費 https://www.mdpi.com/journal/chemistry
ISRAEL JOURNAL OF CHEMISTRY 0021-2148 2.3/4
B KOREAN CHEM SOC 0253-2964 2.3/4
J IRAN CHEM SOC 1735-207X 2.2/4
J COMPUT ELECTRON 1569-8025 2.2/4
OPEN CHEM 2391-5420 2.1/4 免費閱覽，發表收費
CHEMICAL PAPERS 0366-6352 2.1/4
ChemistrySelect 2365-6549 1.9/4
Computation 2079-3197 1.9/無分區 MDPI旗下。免費閱覽，發表收費 https://www.mdpi.com/journal/computation
J CHEM SCI 0974-3626 1.7/4
Physical Chemistry Research 2322-5521 1.4/無分區 伊朗化學會創辦，2013創刊。免費閱覽。http://www.physchemres.org
CAN J CHEM 0008-4042 1.1/4
AUST J CHEM 0004-9425 1/4
RUSS J PHYS CHEM A+ 0036-0244 0.7/4
CROAT CHEM ACTA 0011-1643 0.7/4
INDIAN J CHEM 0019-5103 0.4/無分區
  以下期刊非SCI
Nature Computational Science 2662-8457 2021創刊，Nature旗下
Chemical Physics Reviews 2688-4070 2020創刊，AIP旗下
Electronic Materials 2673-3978 2021創刊，MDPI旗下。免費閱覽，發表收費
Physical Sciences Reviews 2365-659X 2016創刊 只接受邀請稿件 https://www.degruyter.com/journal/key/psr/html?lang=en
Current Physical Chemistry 1877-9468 2011創刊，http://benthamscience.com/journal/index.php?journalID=cpc
General Chemistry 2414-3421 2015創刊，免費閱覽和發表 http://www.genchemistry.org
Natural Science 2150-4091 2009創刊 免費閱覽，發表收費 http://www.scirp.org/journal/ns/
Open Journal of Physical Chemistry 2162-1969 2011創刊。免費閱覽，發表收費。http://www.scirp.org/journal/ojpc/
International Journal of Chemistry 1916-9698 2012創刊。免費閱覽，發表收費。http://www.ccsenet.org/journal/index.php/ijc
American Journal of Physical Chemistry 2327-2430 2012創刊。免費閱覽，發表收費。http://www.sciencepublishinggroup.com/j/ajpc
Science Journal of Chemistry (SJC) 2330-0981 2013創刊。免費閱覽，發表收費。http://www.sciencepublishinggroup.com/j/sjc
American Journal of Chemistry and Application (AASCIT) 2375-3765 2014創刊。免費閱覽，發表收費。http://www.aascit.org/journal/about?journalId=905
American Journal of Chemistry 2165-8749 2011創刊。免費閱覽，發表收費。http://www.sapub.org/Journal/articles.aspx?journalid=1091
Physical Chemistry 2167-7042 2011創刊。免費閱覽，發表收費。http://www.sapub.org/journal/articles.aspx?journalid=1022
Journal of Atomic and Molecular Sciences (JAMS) 2075-1303 2010創刊。http://www.global-sci.org/jams/
Chemical Review and Letters 2645-4947 2018創刊。發表和閱覽都免費。http://chemrevlett.com（網站自稱IF是0.92）
Journal of Open Research Software (JORS) 2049-9647 2013創刊，專門收輕量級程序介紹文章，免費閱覽，可申請免費發表。https://openresearchsoftware.metajnl.com
Journal of Open Source Software (JOSS) 2475-9066 專門收開源程序的輕量級介紹文章，免費閱覽和發表。https://joss.theoj.org
Chemical Reports 2591-7943 2019創刊。免費閱覽，發表收費 https://www.syncsci.com/journal/CR/about
F1000 Research 2046-1402 免費閱覽，發表收費 https://f1000research.com/
Journal of Chemistry: Education Research and Practice(JCERP) 2578-7365 （網站自稱IF是0.94） 免費閱覽，發表收費 https://www.opastpublishers.com/journal/journal-of-chemistry-education-research-and-practice
PeerJ Physical Chemistry 2689-7733 免費閱覽，發表收費 https://peerj.com/physical-chemistry/

(3) 中國的期刊

中國期刊英文版：
Science Bulletin 2095-9273 18.8/1 全學科，收版面費
中國科學:化學（英文版）SCI CHINA CHEM 1674-7291 10.4/1。以前叫SCI CHINA SER B
CCS Chem 2096-5745 9.4/無分區 2019創刊，免費訪問，免費發表
中國化學快報 CHINESE CHEM LETT 1001-8417 9.4/1
結構化學 CHINESE J STRUC CHEM 0254-5861 5.9/4
Fundamental Research 2667-3258 5.7/3 2021創刊。免費閱覽，發表收費。國家自然科學基金委創辦
中國化學 Chinese Journal of Chemistry 1001-604X 5.5/1
高等學校化學研究 CHEM RES CHINESE U 1005-9040 3.1/4
中國化學會會志（臺灣） J CHIN CHEM SOC-TAIP 0009-4536 1.6/4
化學物理學報 CHINESE J CHEM PHYS 1674-0068 1.2/4

中國期刊（中文為主）：
物理化學學報 ACTA PHYS-CHIM SIN 1000-6818 10.8/2
有機化學 CHINESE J ORG CHEM 0253-2786 1.8/4
化學學報 Acta Chim Sinica 0567-7351 1.7/4
化學進展 PROG CHEM 1005-281X 1/4
物理學報 Acta Phys Sinica 1000-3290 0.8/4
高等學校化學學報 CHEM J CHINESE U 0251-0790 0.7/4
  以下期刊非SCI
中國科學:化學 Scientia Sinica Chimica 1674-7224 （以前叫 中國科學B）0.789 核心
化學通報 Chemistry 0441-3776 0.745 核心
化學研究與應用 Chemical Research and Application 1004-1656 0.741 核心
分子科學學報 Journal of Molecular Science 1000-9035 0.359 核心
原子與分子物理學報 Journal of Atomic and Molecular Physics 1000-0364 0.341 核心
計算機與應用化學 Computers and Applied Chemistry 1001-4160 非核心
物理化學進展 Journal of Advances in Physical Chemistry 2168-6122 非核心，2012創刊。免費閱覽，發表收費 http://www.hanspub.org/journal/japc

(4) 無機、有機、化學信息學及其它

COORDIN CHEM REV 0010-8545 20.3/1
INORG CHEM FRONT 2052-1553 6.1/1
J MOL LIQ 0167-7322 5.3/2
ORG CHEM FRONT 2052-4129 4.6/1
ORG LETT 1523-7060 4.9/1
INORG CHEM 0020-1669 4.3/2
Dalton Transactions 1477-9226 3.5/3
LANGMUIR 0743-7463 3.7/2
J MOL STRUCT 0022-2860 4/2
INORG CHEM COMMUN 1387-7003 4.4/3
J ORG CHEM (JOC) 0022-3263 3.3/2
MOL INFORM 1868-1743 (以前叫QSAR & Combinatorial Science 1611-020X) 2.8/4
J COMPUT AID MOL DES (Journal of Computer-Aided Molecular Design) 0920-654X 3/3
J CHEM EDUC (JCE) 0021-9584 2.5/3
Inorganics 2304-6740 3.1/4 免費閱覽，發表收費
ORGANOMETALLICS 0276-7333 2.5/3
EUR J ORG CHEM 1434-193X 2.5/3
POLYHEDRON 0277-5387 2.4/3
MATCH-COMMUN MATH CO (MATCH Communications in Mathematical and in Computer Chemistry) 0340-6253 2.9/2
EUR J INORG CHEM 1434-1948 2.2/4
J ORGANOMET CHEM 0022-328X 2.1/3
TETRAHEDRON 0040-4020 2.1/3
ACTA CRYSTALLOGR B 2052-5206 1.3/3
TETRAHEDRON LETT 0040-4039 1.5/4
EUR PHYS J D 1434-6060 1.5/4
J MATH CHEM 0259-9791 1.7/3
MACROMOL THEOR SIMUL 1022-1344 1.8/4
LETT ORG CHEM 1570-1786 0.7/4
TETRAHEDRON CHEM 2666-951X 2022創刊。免費閱覽，發表收費。非SCI
Organics 2673-401X 2020創刊，MDPI旗下。免費閱覽，發表收費。非SCI
Journal of Computer Chemistry, Japan -International Edition (JCCJIE) 2189-048X 非SCI，免費閱覽，發表收費

(5) 偏材料

Nature Materials 1476-1122 37.2/1
ADV MATER 0935-9648 27.4/1
InfoMat 2567-3165 22.7/1 免費閱覽，前三年不收發表費
MATER TODAY 1369-7021 21.1/1
ADV FUNCT MATER 1616-301X 18.5/1
ACS Nano 1936-0851 15.8/1
Small 1613-6810 13/2
Mater Horiz 2051-6347 12.2/2
J Mater Chem A 2050-7488 10.7/2
Carbon 0008-6223 10.5/2
Nano Lett 1530-6984 9.6/1
NPJ COMPUT MATER 2057-3960 9.4/1 免費閱覽
J MATERIOMICS 2352-8478 8.4/1 免費閱覽
Communications Materials 2662-4443 7.5/無分區
CHEM MATER 0897-4756 7.2/2
Science China Materials 2095-8226 6.8/2
Applied Surface Science 0169-4332 6.3/2
J Mater Chem B 2050-750X 6.1/3
MATER CHEM FRONT 2052-1537 6/2
Nanoscale 2040-3364 5.8/3
J Mater Chem C 2050-7526 5.7/2
ACS Materials Au 2694-246 5.7/無分區 2021創刊，ACS旗下，免費閱覽，發表收費。非SCI
APL Materials 2166-532X 5.3/2 免費閱覽，發表收費
Materials Advances 2633-5409 5.2/無分區 2020創刊，RSC旗下。免費閱覽，發表收費。非SCI
2D Materials 2053-1583 4.5/3
Nanomaterials 2079-4991 4.4/3
MATER CHEM PHYS 0254-0584 4.3/3
MATER TODAY COMMUN 2352-4928 3.7/3
J MATER SCI 0022-2461 3.5/3
J Solid State Chem 0022-4596 3.2/3
COMP MATER SCI 0927-0256 3.1/3
ORG ELECTRON 1566-1199 2.7/4
Computational Condensed Matter 2352-2143 2.6/無分區 2014創刊，Elsevier旗下。非SCI
FRONT MATER 2296-8016 2.6/4
Physica Status Solidi (RRL) - Rapid Research Letters 1862-6254 2.5/4
J PHYS-CONDENS MAT 0953-8984 2.3/4
Surface Science 0039-6028 2.1/4
MODEL SIMUL MATER SC (MODELLING AND SIMULATION IN MATERIALS SCIENCE AND ENGINEERING) 0965-0393 1.9/4
Bulletin of Materials Science 0250-4707 1.9/4
Chemistry of Inorganic Materials 2949-7469 2023創刊，Elsevier旗下，免費閱覽，發表收費。非SCI

(6) 偏物理

Reviews of Modern Physics (RMP) 0034-6861 45.9/1
Nature Physics 1745-2473 17.6/1
Physical Review X (PRX) 2160-3308 11.6/1
PHYS REV LETT (PRL) 0031-9007 8.1/1
COMPUT PHYS COMMUN 0010-4655 7.2/2
JPhys Materials 2515-7639 無/3
J COMPUT PHYS 0021-9991 3.8/2
PHYSICAL REVIEW RESEARCH 3.5/無分區 2019創刊，免費閱覽，發表收費
PHYS REV B (PRB) 2469-9950 3.2/2
PHYS REV A (PRA) 2469-9926 2.6/2
PHYS REV E (PRE) 2470-0045 2.2/3
Physica B: Physics of Condensed Matter 0921-4526 2.8/3
CHINESE PHYS B 1674-1056 1.5/4
AIP Advances 2158-3226 1.4/4 免費閱覽，發表收費

(7) 偏生物

NUCLEIC ACIDS RES (NAR) 0305-1048 16.6/2
EMBO J 0261-4189 9.4/1
PLOS BIOL 1544-9173 7.8/1
J MOL BIOL 0022-2836 4.7/2
COMPUT STRUCT BIOTEC 2001-0370 4.4/2 免費閱覽，發表收費
METHODS 1046-2023 4.2/3
J BIOL CHEM (JBC) 0021-9258 4/2
PLoS Comput Biol 1553-734X 3.8/2
ACS CHEM BIOL 1554-8929 3.5/2
BIOPHYS CHEM 0301-4622 3.3/3
BIOPHYS J 0006-3495 3.2/3
PROTEINS (proteins: Structure, Function, and Bioinformatics) 0887-3585 3.2/4
BIOCHEMISTRY (ACS的) 0006-2960 2.9/3
PLoS One 1932-6203 2.9/3 發表收費
ORG BIOMOL CHEM 1477-0520 2.9/3
BBA Biomembranes 0005-2736 2.8/3
J BIOMOL STRUCT DYN 0739-1102 2.7/3
COMPUT BIOL CHEM (Computational Biology and Chemistry) 1476-9271 2.6/4 2002年及以前叫Computers & chemistry
BBA-PROTEINS PROTEOM 1570-9639 2.5/4
J BIOL PHYS 0092-0606 1.8/4
J COMPUT BIOL 1066-5277 1.4/4
Journal of Biophysical Chemistry (JBPC) 2153-036X 非SCI，2010創刊。免費閱覽，發表收費 http://www.scirp.org/journal/jbpc
J Org Biomol Simul 2325-2170 非SCI，2013創刊。免費閱覽，發表收費 http://thescipub.com/jobs.toc
Computational Molecular Bioscience 2165-3445 非SCI，2011創刊。免費閱覽，發表收費 http://www.scirp.org/journal/cmb/

附：歷年的影響因子和點評

適合理論、計算化學投稿的期刊及其2022年影響因子（2023年公布）
http://www.shanxitv.org/675
適合理論、計算化學投稿的期刊及其2021年影響因子（2022年公布）
http://www.shanxitv.org/646
適合理論、計算化學投稿的期刊及其2020年影響因子（2021年公布）
http://www.shanxitv.org/603
適合理論、計算化學投稿的期刊及其2019年影響因子（2020年公布）
http://www.shanxitv.org/560
適合理論、計算化學投稿的期刊及其2018年影響因子（2019年公布）
http://www.shanxitv.org/492
適合理論、計算化學投稿的期刊及其2017年影響因子（2018年公布）
http://www.shanxitv.org/427
適合理論、計算化學投稿的期刊及其2016年影響因子（2017年公布）
http://www.shanxitv.org/382
適合理論、計算化學投稿的期刊及其2015年影響因子（2016年公布）
http://www.shanxitv.org/335
適合理論、計算化學投稿的期刊及其2014年影響因子（2015年公布）
http://www.shanxitv.org/296
適合理論、計算化學投稿的期刊及其2013年影響因子（2014年公布）
http://www.shanxitv.org/248
適合理論、計算化學投稿的期刊及其2012年影響因子（2013年公布）
http://www.shanxitv.org/192
適合理論、計算化學投稿的期刊及其2011年影響因子（2012年公布）
http://www.shanxitv.org/149
適合理論、計算化學投稿的期刊及其2010年影響因子（2011年公布）
http://www.shanxitv.org/92
適合理論、計算化學投稿的期刊及其2009年影響因子（2010年公布）
http://www.shanxitv.org/64

Several tools for constructing three-dimensional structures based on nucleic acid sequences

文/Sobereva@北京科音   2023-Dec-20

之前我在《幾種基于氨基酸序列構建很簡單蛋白質三維結構的工具》（http://www.shanxitv.org/687）中介紹過一些基于氨基酸序列構建簡單蛋白質三維結構的工具，本文將介紹幾種基于核酸序列構建DNA/RNA三維結構的工具，可以用于做分子動力學模擬、分子對接等目的。雖然還有很多其它程序也可以構建，如HyperChem等，但本文提供的這些就已經足夠用了，且都是免費的。這些工具在產生核酸結構時只需要指定一條鏈的序列，從5'端到3'端，對于產生雙鏈結構的情況，另一條鏈的序列總是自動按照規范DNA中標準堿基配對方式自動確定的。這些程序都可以保存成常用的pdb文件格式，并且原子名是規范的。

1 在線工具DNA Sequence to Structure

地址：http://www.scfbio-iitd.res.in/software/drugdesign/bdna.jsp

輸入DNA序列以及DNA結構類型，即可立刻返回產生的pdb結構，例如：

返回的結構用VMD查看：

2 在線工具web.x3dna.org

地址：http://web.x3dna.org

進入后，選Rebuilding - combination of A-, B-, or C-form DNA models。之后可以輸入DNA序列由幾段構成，比如設了3，點next，若三段內容分別按下面這樣設，那么DNA序列就是AAACCCCGGG，且其中AAA部分是A-DNA形式、CCCC部分是B-DNA形式、GGG部分是C-DNA形式。

提交之后，過一會兒（有可能時間挺長），看到下圖，可以點擊鏈接下載pdb文件

3 AmberTools的NAB

AmberTools程序包可以在http://ambermd.org下載，NAB是AmberTools中的組件，AmberTools裝好后NAB就可以直接用了。最簡單的運行方式為nab test.nab -o test.out，這里test.nab是NAB程序的輸入文件（后綴必須是nab）。NAB就像編譯器一樣會編譯出名為test.out的可執行程序，然后運行./test.out即可使里面的指令生效。

NAB可以用于創建DNA和RNA序列。例如創建一個序列為gcgttaacgc的B-DNA結構，就創建一個文本文件比如叫genDNA.nab，里面寫以下內容

molecule m;
m = fd_helix("abdna","gcgttaacgc","dna" );
putpdb( "sobDNA.pdb", m );

之后運行nab genDNA.nab -o genDNA，當前目錄下就出現了名為genDNA的可執行文件。再輸入./genDNA運行之，當前目錄下就出現了sobDNA.pdb，是我們要的DNA的結構，DNA的骨架順著Z軸。

從上面例子可見fd_helix函數里面跟了三個參數，第一個參數控制產生的核酸類型，第二個參數是序列，第三個參數寫dna就是生成DNA、寫rna就是生成RNA。

4 Gabedit

Gabedit是一個免費的可視化程序，可以在http://gabedit.sourceforge.net下載。啟動后點擊菜單欄Geometry - Draw，然后點右鍵選Build - polyNucleic Acid，之后一邊點擊堿基名字的按鈕，三維結構一邊不斷產生，如下圖所示。可見核酸類型和結構形式都可以自己定義。如果選上Add Counter Ion，產生的核酸結構的磷酸基旁邊還會自動加上Na+作為抗衡離子。構建好后，在圖形窗口上點右鍵選Save as，就可以選擇保存成pdb格式。

5 Avogadro

Avogadro可視化程序可以在http://avogadro.cc免費下載。啟動Avogadro后，點擊菜單欄的Build - Insert - DNA/RNA，就蹦出了如下窗口。然后一邊點擊按鈕輸入核酸序列，一邊圖形窗口里就可以看到生成的核酸結構。DNA和RNA，單鏈和雙鏈，結構形式都可以自由選擇。

文/Sobereva @北京科音  2023-Jul-3
不得轉載

1 前言

此文對非常適合理論、計算化學投稿的期刊（也有少部分僅限于約稿），以及化學相關的綜合向以及面向不同子領域的重點期刊進行羅列，共約300種期刊，并附上2023年6月末公布的2022年影響因子(IF)及中科院分區。本文對于讀者了解有哪些期刊值得投稿和平時關注有明顯意義。這是第14次筆者寫此系列的文章，往年的文章見本文文末的鏈接。

本文的期刊名稱一般用標準縮寫，有的給出了常用首字母縮寫或者全名，之后是ISSN號（若只有網絡版則是EISSN號）。斜杠前是2022年的兩年期影響因子（即一般所謂的影響因子。有些新刊尚無影響因子數據），斜杠后是撰寫此文時的最新的中科院大類分區（2022年12月公布），今年剛有IF的期刊目前沒有分區信息。

附IF計算公式：2017年某期刊的影響因子=（2015+2016年此期刊的文章在2017年被引用的次數）/（2015+2016年此期刊的文章數）

本文涉及的刊物主要分這么幾類：
1 主要理論、計算類刊物
2 綜合
3 中國的期刊
4 無機、有機、化學信息學及其它
5 偏材料
6 偏物理
7 偏生物
第一類是最適合理論、計算類文章投的。根據文章具體的研究方向，也可選擇投其它幾類中的刊物。

本文中給出的期刊列表一般是按照IF來排序的，有IF的都是SCI期刊。國內核心非SCI期刊沒有IF，這些期刊的影響因子的獲取方式為：進入http://navi.cnki.net/knavi/Journal.html，搜索期刊名，取綜合影響因子。本文里期刊普遍用縮寫，如果想得到全稱，去https://www.ablesci.com/journal把縮寫或ISSN輸進去就可以查到。

像往年本系列文章一樣，我再次強調，IF這東西只是個翔，它的存在給科學發展帶來的壞處絕對大于好處。要看重文章自身的價值，垃圾文章僥幸發到高IF期刊上依然是垃圾文章，好文章發到低IF期刊上依然是好文章，會被廣為引用。本文中說的期刊檔次/質量僅是指的平均文章檔次/質量。而如今國內大學和研究機構評判科研業績所廣為采用的中科院分區更是極度荒誕的，其存在的弊遠遠大于利。

2 今年形勢簡評

今年，化學方面不管是哪個方向的期刊，整體趨勢都是下跌。能不跌或者僅僅微跌就等效于上漲了。

這是和理論、計算化學關系最密切的一些期刊的IF的變化情況：
大漲：CTC
基本沒變：JCP、JPCB、JPCA、JMGM、CPL、JMM、STRUCT CHEM
小跌：JCIM、ATS、PCCP、JCC、CPC、JPCC、CHEM PHYS、IJQC、JPOC、MOL PHYS
大跌：JPCL、JCTC、TCA

今年理論化學相關刊物整體下降非常明顯。JPCL今年一蹶不振（近些年其不少文章水準和JPCA/B/C也沒顯著差別），但JCTC跌的幅度也相仿佛，因而JPCL還是高于JCTC一丁點，但差距現在僅有0.2，反倒分區還比JCTC更低。之前一直漲的JCIM也小跌了，看來去年破6已經算是最高位了，不過現在倒是比JCTC還高了，居然成了計算化學領域除綜述期刊WCMS外IF第一了！說不定以后就被弄到一區了。ATS不盡如人意，沒advanced成。PCCP小跌，不好說未來2區能否保得住。在普遍下跌的趨勢下，JMGM基本沒跌，如今竟然和JPCA持平了，CPL甚至還升了一絲，真是老二線期刊翻身了。很神奇的是，CTC居然漲了0.5到了2.8，曾經的三線水刊快追平業界口碑良好的老牌JPCA了！挺不可思議，令人刮目相看（當然，僅限IF數值方面，而非文章真實檔次方面），估計馬上會被弄到3區。TCA很慘，本來就挺低的IF損失甚多，以前的二線徹底淪為三線了。前身是JTCC的J COMPUT BIOPHYS CHEM第一次有了影響因子，2.2，比我預期的好（想當年JTCC始終在1.0附近徘徊）。2019創刊的Electronic Structure第一次有了影響因子，2.6，不高不低，根據我看的其中一些文章，感覺差不多也就這個檔次。2020創刊的和Chemical Physics有密切關系的OA期刊Chemical Physics Impact第一次有了影響因子，2.2，和Chemical Physics恰好非常接近，不過整體文章檔次還是有差距，Chemical Physics Impact一定程度擔負著Chemical Physics回收站的工作。

化學綜合方面：
Chem. Rev.降了大約10，Nature降了約5，Science降了約7，CHEM SOC REV降了14.4，ACCOUNTS CHEM RES降了6，Chem Sci小降到8.4（沖10大失敗）。創刊不久的Cell Reports Physical Science小漲到8.9，居然比Chem Sci都高了。雖然之前覺得此刊物不水，不過一下子能到這么高還是令我有點意外。SCI DATA小漲到9.8了，近年來真是一路豬突猛進，大抵是因為現在learning、AI太火，數據集的重要性顯得越來越高。COMMUN CHEM小跌。CHEM COMMUN受到了暴擊，只有4.9了，當年的地位不再，近些年確實有不少挺普通的文章都發上去了，以后沒準2區都難保（曾經還是1區），不知道會不會從此一蹶不振。歐化大降到4.2，很慘。這樣老牌有口碑的刊物跌到這種程度真不應該。亞洲化學大降到4.1，還是恰好比歐化低一頭，但IF數值上的差異已經甚微乎其微了（雖然還有明顯檔次差距）。Molecules如今被弄到2區去了，IF比歐化還高了，真是無語。在化學類期刊普遍下跌的情況下，ACS OMEGA居然基本沒變，撐住了4.1。RSC Advances也只是微跌到3.9。現在這些以往總被稱為回收站的期刊反倒比PCCP這樣的期刊還高不少，世道挺迷。此外，Heliyon這大水OA期刊的IF居然有4。老牌OA期刊Sci Rep小跌到4.6。這幾個大宗OA期刊現在居然IF如此相似，挺有意思。

中國期刊方面：
物理化學學報居然漲到了10.9，異軍突起，不可思議，這下該到1區了。這幾年此刊運作得真好（編輯的確很努力），2018年的時候還是1.05，呵呵。今年我審此刊的文章時，編輯說今年IF要破10，要按照Chemical Science那種標準來審，當時我還有點不信，沒想到真成真了，令人刮目相看，居然比Chemical Science還高，也比中國科學（今年小降到9.6）都高了。中國化學快報稍微漲到了9.1，現在是1區了。結構化學IF竟然翻了一倍多，到了2.2，居然比Springer的Struct Chem都高了。CCS Chem首次有了IF，高達11.2（不意外，早就知道IF得到中國科學的檔次），肯定也要入1區了，現在是純化學類中國的期刊里最高的。

其它：
J MOL LIQ、ORG LETT、Inorg Chem、Dalton Transactions、J ORG CHEM都小跌。ORGANOMETALLICS從3.8大跌到2.8，二區不保了。老三流刊物J MOL STRUCT現在竟然成了2區了，保住了3.8，挺會運作（PS：此刊上很多文章真是...合成個不疼不癢亂七八糟的東西加一通模板化的計算就能發上去，其很多文章計算部分幾乎靠AI都能自動生成，非常套路）。COMPUT PHYS COMMUN漲了不少到6.3。

材料方面，Nature Materials、J Mater Chem C大降，ADV MATER、J Mater Chem A、Nano Lett、CHEM MATER、MATER CHEM FRONT、Nanoscale小降。Mater Horiz和Small小降，不過現在恢復了1區。NPJ COMPUT MATER降了不少，但也恢復了1區。Science China Materials微降，從1區被攆到2區了。看來之前（大抵是出于特殊動機）亂分區被群眾批判得太慘，知道悔改些了，否則難以服眾。

生物方面，NUCLEIC ACIDS RES巨降，居然還是被瞎分在2區。EMBO J、PROTEINS大降，后者被分成4區太扯了。

3 期刊列表

(1) 主要理論、計算類刊物

WIREs Comput Mol Sci (WCMS) 1759-0876 11.4/2
J PHYS CHEM LETT (JPCL) 1948-7185 5.7/2
J CHEM INF MODEL (JCIM) 1549-9596 5.6/2
J CHEM THEORY COMPUT (JCTC) 1549-9618 5.5/1
J CHEM PHYS (JCP) 0021-9606 4.4/2
J PHYS CHEM C (JPCC) 1932-7447 3.7/3
J PHYS CHEM B (JPCB) 1520-6106 3.3/3
J PHYS CHEM A (JPCA) 1089-5639 2.9/3
PHYS CHEM CHEM PHYS (PCCP) 1463-9076 3.3/2
ADV THEORY SIMUL (ATS) 2513-0390 3.3/3
J COMPUT CHEM (JCC) 0192-8651 3/3
CHEM PHYS CHEM (CPC) 1439-4235 2.9/3
J MOL GRAPH MODEL (JMGM) 1093-3263 2.9/4
COMPUT THEOR CHEM (CTC) 2210-271X 2.8/4
CHEM PHYS LETT (CPL) 0009-2614 2.8/4
Electronic Structure 2516-1075 2.6/無分區 2019創刊
CHEM PHYS 0301-0104 2.3/3
Chemical Physics Impact 2667-0224 2.2/無分區 2020創刊，免費閱覽，發表收費
INT J QUANTUM CHEM (IJQC) 0020-7608 2.2/3
J MOL MODEL (JMM) 1610-2940 2.2/4
J COMPUT BIOPHYS CHEM 2737-4165（以前叫J THEOR COMPUT CHEM (JTCC)） 2.2/無分區
MOL SIMULAT 0892-7022 2.1/4
J PHYS ORG CHEM (JPOC) 0894-3230 1.8/4
THEOR CHEM ACC (TCA) 1432-881X 1.7/4
MOL PHYS 0026-8976 1.7/4
STRUCT CHEM 1040-0400 1.7/4
J STRUCT CHEM+ (JSC, Journal of Structural Chemistry) 0022-4766 0.8/4
ADV QUANTUM CHEM 0065-3276 ?/4
ACS Physical Chemistry Au 2694-2445 尚無IF 2021創刊，免費閱覽，發表收費
    以下期刊非SCI
Computational Chemistry 2332-5968 2013創刊。免費閱覽，發表收費 http://www.scirp.org/journal/cc/
International Journal of Computational and Theoretical Chemistry (IJCTC) 2376-7286 2013創刊。免費閱覽，發表收費 http://www.sciencepublishinggroup.com/j/ijctc
Communications in Computational Chemistry (CiCC) 2305-7076 2013創刊（此刊已偃旗息鼓，2018年之后未更新） http://www.global-sci.org/cicc/
SDRP Journal of Computational Chemistry & Molecular Modelling (JCCMM) 2473-6260 2015創刊。免費閱覽，發表收費（網站自稱IF是0.827） http://www.siftdesk.org/journal-details/SDRP-Journal-of-Computational-Chemistry-&-Molecular-Modelling-/33
Living Journal of Computational Molecular Science (LiveCoMS) 2575-6524 2017創刊。免費閱覽 https://www.livecomsjournal.org/
Turkish Computational and Theoretical Chemistry (TC&TC) 2017創刊。免費閱覽，免費發表（黑白圖片時） https://dergipark.org.tr/en/pub/tcandtc
Journal of Molecular Physics 2017創刊。免費閱覽 https://scholars.direct/journal.php?jid=molecular-physics

(2) 綜合

NATURE 0028-0836 64.8/1
CHEM REV 0009-2665 62.1/1
SCIENCE 0036-8075 56.9/1
CHEM SOC REV 0306-0012 46.2/1
NAT REV CHEM (Nature Reviews Chemistry) 2397-3358 36.3/1
CHEM (Elsevier旗下) 2451-9294 23.5/1
Nature Chemistry 1755-4330 21.8/1
NATL SCI REV (National Science Review) 2095-5138 20.6/1
ACCOUNTS CHEM RES (ACR) 0001-4842 18.3/1
ACS CENTRAL SCI 2374-7943 18.2/1 免費閱覽，免費發表
NAT COMMUN 2041-1723 16.6/1 免費閱覽，發表收費
ANGEW CHEM INT EDIT 1433-7851 16.6/1
Trends in Chemistry 2589-5974 15.7/1 2019創刊 Cell出版社
ADV SCI (Advanced Science。Wiley旗下) 2198-3844 15.1/1 免費閱覽，發表收費
J AM CHEM SOC (JACS) 0002-7863 15/1
JACS Au 2691-3704 2020創刊，免費閱覽，發表收費
ANNU REV PHYS CHEM 0066-426X 14.7/1
SCI ADV (Science Advances。Science旗下) 2375-2548 13.6/1 免費閱覽，發表收費
P NATL ACAD SCI USA (PNAS) 0027-8424 11.1/1 發表收費
Research 2639-5274 11/1
SCI DATA (Scientific Data) 2052-4463 9.8/2 免費閱覽，發表收費
Cell Rep. Phys. Sci. 2666-3864 8.9/2 免費閱覽，發表收費
CHEM SCI (Chemical Science) 2041-6520 8.4/1 免費閱覽，免費發表
INT REV PHYS CHEM 0144-235X 6.1/2
Arabian J. Chem. 1878-5352 6/2
COMMUN CHEM (Communications Chemistry) 2399-3669 5.9/2 2018創刊 Nature出版社。免費閱覽，發表收費
iScience 2589-0042 5.8/2 Cell旗下，2018創刊。免費閱覽，發表收費
INT J MOL SCI (IJMS, International Journal of Molecular Sciences) 1422-0067 5.6/2 免費閱覽，發表收費
Frontiers in Chemistry 2296-2646 5.5/3 有理論化學版塊。免費閱覽，發表收費
CHEM COMMUN 1359-7345 4.9/2
SCI REP (Scientific Reports) 2045-2322 4.6/3 免費閱覽，發表收費
Molecules 1420-3049 4.6/2 免費閱覽，發表收費
Dyes and Pigments 0143-7208 4.5/2
SPECTROCHIM ACTA A 1386-1425 4.4/2
CHEM-EUR J (Chemistry-A European Journal) 0947-6539 4.3/2
CHEM-ASIAN J (Chemistry-An Asian Journal) 1861-4728 4.1/3
ACS OMEGA 2470-1343 4.1/3 免費閱覽，發表收費
Heliyon 2405-8440 4/4 免費閱覽，發表收費。全學科
RSC Advances 2046-2069 3.9/3 免費閱覽，發表收費
Royal Society Open Science 2054-5703 3.5/3 2014創刊。免費閱覽，發表收費
FARADAY DISCUSS 1364-5498 3.4/2
SoftwareX 2352-7110 3.4/4 免費閱覽，發表收費，專門發表免費程序的介紹文章
NEW J CHEM 1144-0546 3.3/3
J COMPUT SCI 1877-7503 3.3/3
ISRAEL JOURNAL OF CHEMISTRY 0021-2148 3.2/3
J IRAN CHEM SOC 1735-207X 2.4/4
ChemistryOPEN 2191-1363 2.3/3 免費閱覽，發表收費
OPEN CHEM 2391-5420 2.3/4 免費閱覽，發表收費
CHEMICAL PAPERS 0366-6352 2.2/4
ChemistrySelect 2365-6549 2.1/4
J COMPUT ELECTRON 1569-8025 2.1/4
J CHEM SCI 0974-3626 1.7/4
B KOREAN CHEM SOC 0253-2964 1.7/4
AUST J CHEM 0004-9425 1.1/4
CAN J CHEM 0008-4042 1.1/4
RUSS J PHYS CHEM A+ 0036-0244 0.7/4
INDIAN J CHEM A 0376-4710 0.4/4
CROAT CHEM ACTA 0011-1643 0.3/4
  以下期刊非SCI
Nature Computational Science 2662-8457 2021創刊，Nature旗下
Chemistry-Methods 2628-9725 2020創刊，Wiley旗下。免費閱覽，發表收費
Chemical Physics Reviews 2688-4070 2020創刊，AIP旗下
Electronic Materials 2673-3978 2021創刊，MDPI旗下。免費閱覽，發表收費
Physical Sciences Reviews 2365-659X 2016創刊 只接受邀請稿件 https://www.degruyter.com/journal/key/psr/html?lang=en
Current Physical Chemistry 1877-9468 2011創刊，http://benthamscience.com/journal/index.php?journalID=cpc
General Chemistry 2414-3421 2015創刊，免費閱覽和發表 http://www.genchemistry.org
Natural Science 2150-4091 2009創刊 免費閱覽，發表收費 http://www.scirp.org/journal/ns/
Open Journal of Physical Chemistry 2162-1969 2011創刊。免費閱覽，發表收費。http://www.scirp.org/journal/ojpc/
International Journal of Chemistry 1916-9698 2012創刊。免費閱覽，發表收費。http://www.ccsenet.org/journal/index.php/ijc
American Journal of Physical Chemistry 2327-2430 2012創刊。免費閱覽，發表收費。http://www.sciencepublishinggroup.com/j/ajpc
Science Journal of Chemistry (SJC) 2330-0981 2013創刊。免費閱覽，發表收費。http://www.sciencepublishinggroup.com/j/sjc
American Journal of Chemistry and Application (AASCIT) 2375-3765 2014創刊。免費閱覽，發表收費。http://www.aascit.org/journal/about?journalId=905
American Journal of Chemistry 2165-8749 2011創刊。免費閱覽，發表收費。http://www.sapub.org/Journal/articles.aspx?journalid=1091
Physical Chemistry 2167-7042 2011創刊。免費閱覽，發表收費。http://www.sapub.org/journal/articles.aspx?journalid=1022
Journal of Atomic and Molecular Sciences (JAMS) 2075-1303 2010創刊。http://www.global-sci.org/jams/
Chemical Review and Letters 2645-4947 2018創刊。發表和閱覽都免費。http://chemrevlett.com（網站自稱IF是0.75）
Journal of Open Research Software (JORS) 2049-9647 2013創刊，專門收輕量級程序介紹文章，免費閱覽，可申請免費發表。https://openresearchsoftware.metajnl.com
Journal of Open Source Software (JOSS) 2475-9066 專門收開源程序的輕量級介紹文章，免費閱覽和發表。https://joss.theoj.org
Chemical Reports 2591-7943 2019創刊。免費閱覽，發表收費 https://www.syncsci.com/journal/CR/about
F1000 Research 2046-1402 免費閱覽，發表收費 https://f1000research.com/
SN Applied Sciences 2523-3963 2019創刊，Springer旗下。免費閱覽，發表收費
Results in Chemistry 2211-7156 2019創刊，Elsevier旗下。免費閱覽，發表收費
Chemistry 2624-8549 2019創刊，MDPI旗下。免費閱覽，發表收費 https://www.mdpi.com/journal/chemistry（網站自稱IF是2.1）
Computation 2079-3197 MDPI旗下。免費閱覽，發表收費 https://www.mdpi.com/journal/computation（網站自稱IF是2.2）
Physical Chemistry Research 2322-5521 伊朗化學會創辦，2013創刊。免費閱覽。http://www.physchemres.org（網站自稱IF是1.28）
Chemical Methodologies 2645-7776 2017創刊。發表和閱覽都免費。http://www.chemmethod.com（網站自稱IF是5.6）

(3) 中國的期刊

中國期刊英文版：
Science Bulletin 2095-9273 18.9/1 全學科，收版面費
CCS Chem 2096-5745 11.2/無分區 2019創刊，免費訪問，免費發表
中國科學:化學（英文版）SCI CHINA CHEM 1674-7291 9.6/1。以前叫SCI CHINA SER B
中國化學快報 CHINESE CHEM LETT 1001-8417 9.1/1
中國化學 Chinese Journal of Chemistry 1001-604X 5.4/2
高等學校化學研究 CHEM RES CHINESE U 1005-9040 3.1/3
結構化學 CHINESE J STRUC CHEM 0254-5861 2.2/4
中國化學會會志（臺灣） J CHIN CHEM SOC-TAIP 0009-4536 1.8/4
化學物理學報 CHINESE J CHEM PHYS 1674-0068 1/4
Fundamental Research 2667-3258 非SCI，2021創刊。免費閱覽，發表收費。國家自然科學基金委創辦

中國期刊（中文為主）：
物理化學學報 ACTA PHYS-CHIM SIN 1000-6818 10.9/2
化學學報 Acta Chim Sinica 0567-7351 2.5/3
有機化學 CHINESE J ORG CHEM 0253-2786 1.9/無分區
化學進展 PROG CHEM 1005-281X 1.3/4
物理學報 Acta Phys Sinica 1000-3290 1/4
高等學校化學學報 CHEM J CHINESE U 0251-0790 1/4
  以下期刊非SCI
中國科學:化學 Scientia Sinica Chimica 1674-7224 （以前叫 中國科學B）0.713 核心
化學研究與應用 Chemical Research and Application 1004-1656 0.664 核心
化學通報 Chemistry 0441-3776 0.503 核心
原子與分子物理學報 Journal of Atomic and Molecular Physics 1000-0364 0.489 核心
分子科學學報 Journal of Molecular Science 1000-9035 0.377 核心
計算機與應用化學 Computers and Applied Chemistry 1001-4160 非核心
物理化學進展 Journal of Advances in Physical Chemistry 2168-6122 非核心，2012創刊。免費閱覽，發表收費 http://www.hanspub.org/journal/japc

(4) 無機、有機、化學信息學及其它

COORDIN CHEM REV 0010-8545 20.6/1
INORG CHEM FRONT 2052-1553 7/1
J MOL LIQ 0167-7322 6/2
ORG CHEM FRONT 2052-4129 5.4/1
ORG LETT 1523-7060 5.2/1
INORG CHEM 0020-1669 4.6/2
Dalton Transactions 1477-9226 4/2
LANGMUIR 0743-7463 3.9/2
J MOL STRUCT 0022-2860 3.8/2
J ORG CHEM (JOC) 0022-3263 3.6/2
MOL INFORM 1868-1743 (以前叫QSAR & Combinatorial Science 1611-020X) 3.6/4
J COMPUT AID MOL DES (Journal of Computer-Aided Molecular Design) 0920-654X 3.5/3
J CHEM EDUC (JCE) 0021-9584 3/2
ORGANOMETALLICS 0276-7333 2.8/2
POLYHEDRON 0277-5387 2.6/3
MATCH-COMMUN MATH CO (MATCH Communications in Mathematical and in Computer Chemistry) 0340-6253 2.6/2
EUR J INORG CHEM 1434-1948 2.3/3
J ORGANOMET CHEM 0022-328X 2.3/3
TETRAHEDRON 0040-4020 2.1/3
ACTA CRYSTALLOGR B 2052-5206 1.9/3
TETRAHEDRON LETT 0040-4039 1.8/4
EUR PHYS J D 1434-6060 1.8/4
J MATH CHEM 0259-9791 1.7/3
MACROMOL THEOR SIMUL 1022-1344 1.4/4
LETT ORG CHEM 1570-1786 0.8/4
TETRAHEDRON CHEM 2666-951X 2022創刊。免費閱覽，發表收費。非SCI
Organics 2673-401X 2020創刊，MDPI旗下。免費閱覽，發表收費。非SCI
Journal of Computer Chemistry, Japan -International Edition (JCCJIE) 2189-048X 非SCI，免費閱覽，發表收費

(5) 偏材料

Nature Materials 1476-1122 41.2/1
ADV MATER 0935-9648 29.4/1
MATER TODAY 1369-7021 24.2/1
InfoMat 2567-3165 22.7/1 免費閱覽，前三年不收發表費
ADV FUNCT MATER 1616-301X 19/1
ACS Nano 1936-0851 17.1/1
Mater Horiz 2051-6347 13.3/1
Small 1613-6810 13.3/1
J Mater Chem A 2050-7488 11.9/2
Carbon 0008-6223 10.9/2
Nano Lett 1530-6984 10.8/1
NPJ COMPUT MATER 2057-3960 9.7/1 免費閱覽
J MATERIOMICS 2352-8478 9.4/1 免費閱覽
CHEM MATER 0897-4756 8.6/2
Science China Materials 2095-8226 8.1/2
MATER CHEM FRONT 2052-1537 7/2
J Mater Chem B 2050-750X 7/2
Nanoscale 2040-3364 6.7/2
Applied Surface Science 0169-4332 6.7/1
J Mater Chem C 2050-7526 6.4/2
APL Materials 2166-532X 6.1/2 免費閱覽，發表收費
2D Materials 2053-1583 5.5/2
Nanomaterials 2079-4991 5.3/3
MATER CHEM PHYS 0254-0584 4.6/3
J MATER SCI 0022-2461 4.5/3
MATER TODAY COMMUN 2352-4928 3.8/3
J Solid State Chem 0022-4596 3.3/3
COMP MATER SCI 0927-0256 3.3/3
FRONT MATER 2296-8016 3.2/3
ORG ELECTRON 1566-1199 3.2/3
Physica Status Solidi (RRL) - Rapid Research Letters 1862-6254 2.8/3
J PHYS-CONDENS MAT 0953-8984 2.7/3
Surface Science 0039-6028 1.9/3
MODEL SIMUL MATER SC (MODELLING AND SIMULATION IN MATERIALS SCIENCE AND ENGINEERING) 0965-0393 1.8/3
Bulletin of Materials Science 0250-4707 1.8/4
Computational Condensed Matter 2352-2143 2014創刊，Elsevier旗下。非SCI
Materials Advances 2633-5409 2020創刊，RSC旗下。免費閱覽，發表收費。非SCI
ACS Materials Au 2694-246 2021創刊，ACS旗下，免費閱覽，發表收費。非SCI
Chemistry of Inorganic Materials 2949-7469 2023創刊，Elsevier旗下，免費閱覽，發表收費。非SCI

(6) 偏物理

Reviews of Modern Physics (RMP) 0034-6861 44.1/1
Nature Physics 1745-2473 19.6/1
Physical Review X (PRX) 2160-3308 12.5/1
PHYS REV LETT (PRL) 0031-9007 8.6/1
COMPUT PHYS COMMUN 0010-4655 6.3/2
J COMPUT PHYS 0021-9991 4.1/2
PHYS REV B (PRB) 2469-9950 3.7/2
PHYS REV A (PRA) 2469-9926 2.9/2
PHYS REV E (PRE) 2470-0045 2.4/3
Physica B: Physics of Condensed Matter 0921-4526 2.8/3
CHINESE PHYS B 1674-1056 1.7/3
AIP Advances 2158-3226 1.6/4 免費閱覽，發表收費

(7) 偏生物

NUCLEIC ACIDS RES (NAR) 0305-1048 14.9/2
EMBO J 0261-4189 11.4/1
PLOS BIOL 1544-9173 9.8/1
COMPUT STRUCT BIOTEC 2001-0370 6/2 免費閱覽，發表收費
J MOL BIOL 0022-2836 5.6/2
J BIOL CHEM (JBC) 0021-9258 4.8/2
METHODS 1046-2023 4.8/3
J BIOMOL STRUCT DYN 0739-1102 4.4/3
PLoS Comput Biol 1553-734X 4.3/2
ACS CHEM BIOL 1554-8929 4/2
BIOPHYS CHEM 0301-4622 3.8/4
PLoS One 1932-6203 3.7/3 發表收費
BBA Biomembranes 0005-2736 3.4/3
BIOPHYS J 0006-3495 3.4/3
BBA-PROTEINS PROTEOM 1570-9639 3.2/3
ORG BIOMOL CHEM 1477-0520 3.2/3
COMPUT BIOL CHEM (Computational Biology and Chemistry) 1476-9271 3.1/3 2002年及以前叫Computers & chemistry
PROTEINS (proteins: Structure, Function, and Bioinformatics) 0887-3585 2.9/4
BIOCHEMISTRY (ACS的) 0006-2960 2.9/3
J BIOL PHYS 0092-0606 1.8/4
J COMPUT BIOL 1066-5277 1.7/4
Journal of Biophysical Chemistry (JBPC) 2153-036X 非SCI，2010創刊。免費閱覽，發表收費 http://www.scirp.org/journal/jbpc
J Org Biomol Simul 2325-2170 非SCI，2013創刊。免費閱覽，發表收費 http://thescipub.com/jobs.toc
Computational Molecular Bioscience 2165-3445 非SCI，2011創刊。免費閱覽，發表收費 http://www.scirp.org/journal/cmb/

附：歷年的影響因子和點評

適合理論、計算化學投稿的期刊及其2021年影響因子（2022年公布）
http://www.shanxitv.org/646
適合理論、計算化學投稿的期刊及其2020年影響因子（2021年公布）
http://www.shanxitv.org/603
適合理論、計算化學投稿的期刊及其2019年影響因子（2020年公布）
http://www.shanxitv.org/560
適合理論、計算化學投稿的期刊及其2018年影響因子（2019年公布）
http://www.shanxitv.org/492
適合理論、計算化學投稿的期刊及其2017年影響因子（2018年公布）
http://www.shanxitv.org/427
適合理論、計算化學投稿的期刊及其2016年影響因子（2017年公布）
http://www.shanxitv.org/382
適合理論、計算化學投稿的期刊及其2015年影響因子（2016年公布）
http://www.shanxitv.org/335
適合理論、計算化學投稿的期刊及其2014年影響因子（2015年公布）
http://www.shanxitv.org/296
適合理論、計算化學投稿的期刊及其2013年影響因子（2014年公布）
http://www.shanxitv.org/248
適合理論、計算化學投稿的期刊及其2012年影響因子（2013年公布）
http://www.shanxitv.org/192
適合理論、計算化學投稿的期刊及其2011年影響因子（2012年公布）
http://www.shanxitv.org/149
適合理論、計算化學投稿的期刊及其2010年影響因子（2011年公布）
http://www.shanxitv.org/92
適合理論、計算化學投稿的期刊及其2009年影響因子（2010年公布）
http://www.shanxitv.org/64

Common sense about file compression that computational chemistry researchers should know

文/Sobereva@北京科音

First release: 2023-Jun-10    Last update: 2023-Jun-11

0 前言

筆者每天在網上回答各種計算化學問題時，經常看到有計算化學研究者對文件壓縮真是毫無概念。比如分享好幾百兆甚至1GB以上的fch、cub文件時居然都不壓縮！又浪費自己上傳文件的時間，又浪費他人下載文件的時間，還浪費自己硬盤上的儲存空間。而且在論壇里直接上傳很大的文本型文件還造成寶貴的論壇服務器空間的嚴重浪費。今天答疑時又看到這種情況，忍不住寫一個科普文章，強調一下文件壓縮的重要性。

1 文件壓縮的基本概念

文件壓縮的目的是為了減小原文件的尺寸，原文件尺寸除以壓縮后的尺寸稱為壓縮率。根據壓縮的目的，分為兩類：
(1)特定目的的壓縮：比如視頻壓縮、音頻壓縮、圖像壓縮
(2)通用目的的壓縮：可用于所有文件
文件壓縮又分為有損和無損壓縮，前者會降低原文件承載的信息的質量，無法復原；后者完整保持原文件里的信息，在解壓后可以復原。

壓縮算法學問很深，但最簡單的一些壓縮思想也很好理解。比如視頻壓縮，原視頻需要記錄每一幀圖像的完整信息，而在壓縮時可以只記錄每一幀相對于上一幀有顯著變化部分的信息，自然能節約大量儲存空間，特別是當視頻里沒有大量大幅色彩變化的情況。再比如無損壓縮文本文件，假設原文件有個部分內容是222222222，壓縮時可記錄為9*2，自然也節約了巨大空間。有損壓縮由于允許信息的犧牲，因而在壓縮后的質量能保證滿足實際要求的情況下，原理上能夠比無損壓縮達到更高的壓縮率。針對特定目的壓縮算法由于能考慮原數據信息的特征并加以利用，也能做到比通用目的的壓縮更高的壓縮率。

一些壓縮文件格式例子：
針對圖像的有損壓縮：jpg、gif
針對圖像的無損壓縮：png、tif
針對音頻的有損壓縮：mp3、ogg
針對音頻的無損壓縮：flac
針對軌跡的有損壓縮：GROMACS的xtc格式（相對于全精度的trr而言）
針對cube文件的無損壓縮：bqb（TRAVIS支持）
通用的無損壓縮：zip、rar、bz2、gz、zst、xz、7z

格式和壓縮算法不總是同一個概念，比如7z格式支持LZMA、LZMA2、bzip2等算法，zip格式支持Deflate、LZMA、bzip2等算法。也有的格式就只對應一種算法，比如rar格式（rar算法）、bz2格式（全稱bzip2，特有算法）、gz格式（全稱gzip，基于Deflate算法）、xz格式（基于LZMA2算法）、zst格式（Zstandard算法）。由于某些壓縮格式允許用不同的算法，因此不能簡單說這種格式的壓縮率如何，必須具體到壓縮算法。而且對于同一種壓縮算法，壓縮率還取決于一些參數，比如字典越大可能得到越高的壓縮率，但壓縮和解壓時的耗時和耗內存也越高。

不同壓縮算法的壓縮率、壓縮/解壓過程的運算量和內存消耗、流行程度、能實現的程序都有所不同。對于支持同一種算法的不同的容器格式，其提供的特性也各有不同。

計算機文件分為文本型和二進制型兩種：
(1)文本型文件：通過文本編輯器打開后看到的都是人能閱讀的信息。在計算化學領域里包括Gaussian的fch文件、通用的記錄波函數信息的mwfn/wfn/wfx/molden文件、記錄格點數據的cube文件、記錄化學體系坐標的pdb/xyz/mol/mol2文件、GROMACS的gro/mdp/top文件、AMBER的mdcrd/prmtop文件、CP2K的restart文件等等，以及各種程序的輸入和輸出文件（如Gaussian的gjf和out文件）
(2)二進制文件：用文本編輯器打開后會看到許多亂碼。在計算化學領域里包括Gaussian的chk文件、GROMACS的trr/xtc/tpr/cpt文件、dcd軌跡文件、AMBER的binpos文件等等。
用二進制方式記錄數值為主的信息，比如動力學軌跡、軌道展開系數等，會比文本型文件尺寸小得多。所有前述的壓縮文件格式也都是二進制文件。

對于同一種算法來說，比如rar，對于不同文件的壓縮率是不同的，往往相差極其懸殊，這和被壓縮的文件里記錄的信息特征有關，可以稱為“油水”。文本型文件一般總是有巨大的油水，像是好幾百MB甚至上GB的fch、cube文件，你通過網絡傳給別人時如果不壓縮，會顯得是非常沒常識的行為。如果你是通過慢如龜速的百毒網盤（對免費用戶來說）分享這樣的文件，不壓縮更是不可理喻的行為，倘若下載文件的對方稍微有一點文件壓縮的常識都會在心里吐槽你。至于二進制文件有多少壓縮的油水那不一定，比如說壓縮一個H.264編碼的mp4視頻文件、mp3音頻文件、png文件，無論你用哪種壓縮算法，如bzip2、rar、LZMA2等，肯定尺寸都沒有明顯減小，因為這樣的文件根本就沒什么油水，因為那些文件內容本身就已經是被壓縮過的，因此給別人發這些文件時還刻意去壓縮也是顯得很沒常識，別人還得再解壓一次，完全多此一舉。不要以為用一種算法壓縮后再換一種算法壓縮就能再次減小很多，因為大量壓縮思想在不同算法之間都是共通的，油水在初榨的時候已經被利用掉了。如果二進制文件是“生”的，那可能有壓縮的價值，使具體文件而定。比如Gaussian計算直接產生的chk經過壓縮后普遍能減小非常多尺寸。GROMACS的trr軌跡的油水一般，壓成比如rar后往往能減小幾分之一。而GROMACS的xtc軌跡的話本身就已經是有損壓縮了，再壓縮就沒有什么油水了。如果不清楚某種文件的油水的話，找個典型文件壓縮試試便知，以后就有經驗了。

2 Linux下壓縮/解壓文件的方法

Windows下文件壓縮和解壓沒什么好說的，Winrar（收費）、7zip（免費）都是主流的文件壓縮/解壓程序，有圖形界面，小學生都會用。做計算化學的人總和Linux打交道，這里對Linux下的壓縮做一個快速的掃盲，給出一些很簡單的例子，更多的用法自行看help或google。其中tar命令是Linux系統自帶的（太老的系統里的版本不支持zst格式）

2.1 基本用法

? 解壓文件（程序自動根據后綴判斷怎么解壓）
tar -xf [壓縮文件名]

? 把指定的文件或整個目錄壓縮成new.tbz（tbz是tar.bz2的簡寫）
tar -caf new.tbz [文件名或目錄名]

? 把指定的文件或整個目錄壓縮成new.tgz（tgz是tar.gz的簡寫）
tar -caf new.tgz [文件名或目錄名]

? 把指定的文件或整個目錄壓縮成new.tar.xz
tar -caf new.tar.xz [文件名或目錄名]

? 把指定的文件或整個目錄壓縮成new.tar.zst
tar -caf new.tar.zst [文件名或目錄名]

以上-caf選項等同于同時寫-c -a -f。-c代表壓縮，-a代表根據后綴自動判斷以什么方法壓縮，-f代表指定文件名。以上寫文件名的地方可以一次寫多個文件名，以空格分隔，也可以用通配符，比如*.chk *.fch代表把當前目錄下所有.chk和.fch文件都打包并壓縮。

7z、zip、rar格式能夠包含多個被壓縮的文件，而bz2、gz、xz、zst這些格式本身只能記錄單個文件。tar是一種可以由tar程序產生的打包格式，多個文件（或目錄）可以合并成一個.tar文件，這個過程不改變文件的總尺寸。上面提到的諸如.tar.xz是先把被壓縮的文件用tar打包然后再壓縮成xz格式的產物。因此，如果被壓縮的文件只有一個，上面的.tar.xz可以簡化為.xz，而如果涉及多個文件就必須寫成.tar.xz。

2.2 并行壓縮

文件很大時，而且用的又是復雜度較高的壓縮算法，在壓縮時耗時會很高。以上方式壓縮都是只用單線程壓縮，下面也說一下怎么并行壓縮以顯著節約時間。

以上面方式用tar命令在壓縮時，對bz2、gz、xz、zst實際上是分別調用bzip2、gzip、xz、zst程序進行的壓縮。這些程序也有相應的并行版，分別為pbzip2、pigz、pxz、pzst，自動會用盡量多的核來多線程處理。可以手動直接運行它們，也可以在用tar命令的時候通過-I明確指定用這些程序來做壓縮。這些并行版壓縮程序不一定在安裝系統時就自動裝了，如果運行時提示找不到命令的話可以手動裝。例如在Rocky Linux 9上，首先用dnf install epel-release，然后再運行dnf install pxz，就把pxz裝好了。下面是使用例子

? 并行壓縮成tar.xz格式
tar -I pxz -cf new.tar.xz [文件名或目錄名]
如果發現壓縮過程中CPU占用率太低而沒法充分靠并行節約時間，可以帶上-D 1，如下所示（-D 1是傳遞給pxz程序的參數，代表把每個線程壓縮上下文尺寸設為字典的1倍而非默認的3倍大小。此時并行效率可能提升很多而大幅節約時間，但壓縮率有時會有一定下降）
tar -I 'pxz -D 1' -cf new.tar.xz [文件名或目錄名]

? 并行壓縮成tar.zst格式
tar -I pzstd -cf new.tar.zst [文件名或目錄名]

? 并行壓縮成tbz格式
tar -I pbzip2 -cf new.tbz [文件名或目錄名]

? 并行壓縮成tgz格式
tar -I pigz -cf new.tgz [文件名或目錄名]

2.3 壓縮質量的設置

有的壓縮程序可以接上控制壓縮質量的選項，在相應命令后面加上--help即可查看，并且用tar明確調用這些程序時在-I中可以加上相應的選項。不管什么算法，選最低壓縮質量的話總是速度非常快。

? 壓成.tgz情況的選項：-1是最快，-9是最好，默認是-6。例如以最好質量并行壓縮
tar -I 'pigz -9' -cf new.tgz [文件名或目錄名]

? 壓成.tar.xz情況的選項：-0是最快，-9是最好。一般用默認的-6就足夠好了，用更高質量時耗時會提升非常多，壓縮率也沒什么顯著的提升。例如以-5質量并行壓縮
tar -I 'pxz -5 -D 1' -cf new.tar.xz [文件名或目錄名]

? 壓成.tar.zst情況的選項：-1是最快，-19是最好。默認的-3時的壓縮率比較爛。例如以質量和耗時權衡較好的-16質量并行壓縮：
tar -I 'pzstd -16' -cf new.tar.zst [文件名或目錄名]

我比較推薦并行壓縮成默認質量的tar.xz格式，壓縮率夠高，耗時也不高，常用的winrar也能解壓。如果你是為了輸入命令時盡量省事，也懶得裝pxz程序，可以壓縮成tbz，winrar也能解壓。

2.4 關于zip和unzip命令

主流Linux系統也自帶了zip命令和unzip命令用于壓縮成zip文件和解壓zip文件。前面說了，zip格式的一個好處是能直接包含多個文件而不需要tar。此外，不是很老的Windows系統還可以直接訪問zip里的內容。

壓縮一個或多個文件成為sob.zip：
zip  sob [一個或多個文件名]
如果其中包含目錄名，需要加上-r，這樣才能把目錄里所有內容都包含進去。
在壓縮過程中默認會顯示所有被壓縮的文件名，加上-q可以避免顯示。
zip命令默認使用原始且壓縮率較低的deflate算法，如果用壓縮率更高但也更貴的bzip2算法需要再加上-Z bzip2選項。

解壓zip文件：unzip sob.zip

3 幾種計算化學領域的大文件的壓縮效果對比

為了體現不同壓縮方式對于計算化學研究者的實際意義，以及不同壓縮方式的壓縮率和耗時差異，筆者選了4個有代表性的測試文件：
(1) fch文件（343 MB）：筆者在Phys. Chem. Chem. Phys. (2023) DOI: 10.1039/D3CP01896B里研究了OPP和兩個18碳環構成的主-客體復合物，共260原子。此文件是這個體系opt freq任務產生的chk文件轉成的fch文件
(2) cube文件（215 MB）：是基于上面這個fch文件，通過Multiwfn（http://www.shanxitv.org/multiwfn）計算的電子密度格點數據文件
(3) molden文件（464 MB）：這是北京科音CP2K第一性原理計算培訓班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）里我講授用Multiwfn對WO3晶體計算態密度所使用的CP2K導出的molden文件
(4) xyz文件（149 MB）：這是北京科音CP2K第一性原理計算培訓班里我講使用CP2K做蛋白質+水體系分子力場幾何優化任務產生的記錄優化過程每一幀的xyz文件，有8047個原子，292幀

測試的方法包括利用tar命令將各個文件壓縮成gz、bz2、xz、zst格式的情況，用的是Rocky Linux 9所對應的程序版本，這些測試在雙路EPYC 7R32機子上完成，96個物理核心，512GB內存，PM9A1固態硬盤，此機子介紹見《淘寶上購買的雙路EPYC 7R32 96核服務器的使用感受和雜談》（http://www.shanxitv.org/653）。另外還測試了Winrar 6.22 beta 1 64bit（壓縮成rar格式）和7zip 23.0 64bit（LZMA2算法壓縮成7z格式）的情況，都是默認的并行方式，此部分測試是在Intel i9-13980HX（24個物理核心）CPU的筆記本上跑的，64GB內存，PM9A1固態硬盤，Windows 11操作系統。由于解壓的耗時遠遠低于壓縮的耗時，因此解壓速度就不做對比測試了。

下表是壓縮后的文件尺寸對比

下表是文件壓縮耗時的對比

由上可見
(1)Winrar壓縮成rar的速度很快，但壓縮率很平庸。用rar格式的“最好”壓縮質量會令耗時比默認時增加至少一倍，而并沒有令壓縮率有多少提升，極個別情況壓縮率反倒還輕微下降。用rar4格式的“最好”壓縮質量相對于默認不怎么影響耗時，但壓縮率也沒提升。所以rar只推薦用于Windows下快速壓縮目的。
(2)7zip程序用LZMA2算法在默認設置下壓縮成7z格式的速度遠不如rar，但壓縮率高得多，因此很適合看重壓縮率的人。用“極限壓縮”設置時耗時提升甚巨，而壓縮率提升極為有限，所以用默認設置足矣。如果用“快速壓縮”，耗時比winrar默認壓縮時還更低，而壓縮率至少不輸于之。“極速壓縮”的耗時非常低，而壓縮率依然說得過去，因此非常推薦追求速度的時候用。PS：7zip壓縮的時候如果選擇xz格式，在相同的算法和設定下，耗時和壓縮率和用7z格式是相同的，用xz的好處是在Linux下能直接用tar -xf解壓，但缺點是只支持單文件。
(3)tar在默認設置下壓縮成bz2和gz文件的耗時相仿佛，而bz2的壓縮率明顯高一些，因此相對來說更推薦bz2。二者用并行版本程序壓縮時耗時極低，對所有的測試文件在一秒左右就能壓縮完。壓縮gz時用最高質量的-9沒必要，耗時增加很多但對壓縮率改進甚微。
(4)xz格式用的是LZMA2算法，和7zip壓縮成7z默認用的算法相同，因此xz的壓縮率也與之差不多，都是當前測試里表現得最好的。由于這種算法壓縮耗時相當高，因此強烈建議用pxz并行壓縮并且結合-D 1選項。雖然此時比并行壓縮成bz2和gz的耗時還是高得多，但對于大文件已經完全是立等可取的范疇了。壓縮xz時用最高質量的-9沒必要（除非你癡迷于壓縮率），耗時增加幾分之一而對壓縮率改進甚微。
(5)默認設置下zst的壓縮耗時極低，但壓縮率也倒數第一，如果你很看重壓縮速度而對壓縮率要求很低的話這是適合使用的。zstd結合-16的時候壓縮率不錯，已經比bz2明顯更好了，但耗時也比之高很多。-19的時候耗時極高，快趕上默認設置的xz了，但壓縮率則明顯不如之，而且相對于pxz結合-D 1的時候pzstd在速度上也沒優勢。所以zst格式基本主要就是低質量壓縮時在效率方面有獨特長處，對壓縮率但凡有些要求的時候就不如用pzstd -D1。

總結一下，有下面的關系，讀者可根據對速度和壓縮率的要求擇情選用壓縮方法。gz沒用處。
? Windows下
速度：7z(LZMA2,極速) > 7z(LZMA2,快速) > rar(標準) > 7z(LZMA2,標準)
壓縮率：7z(LZMA2,標準) > 7z(LZMA2,快速) >= rar(標準) ≈ 7z(LZMA2,極速)
? Linux下
速度：zst(默認) > bz2 >= gz > xz(默認）
壓縮率：xz(默認）> bz2 > gz > zst(默認)

以上的測試也充分體現了，哪怕用耗時很低的很廉價的壓縮方式，如zst（默認）和7z(LZMA2,極速)，對于計算化學領域常見的文本型文件也能干掉一多半體積。所以再次強調，該壓縮的時候一定要想著壓縮！如果你是要分享一個要被很多人下載的大文件，或者要把文件放到一個硬盤空間很緊張的地方，那么建議使用壓縮率較高的方式壓縮，比如基于LZMA2算法在默認設置下的xz或7z格式。如果文件只是用于臨時性的一對一傳輸，想通過壓縮節約傳輸時間，那只需要用很快速的方法壓縮一下就夠了，若把過多的CPU運算時間花在對壓縮率的追求上就得不償失了。

sobeig: a convenient utility for calculating matrix eigenvalues and eigenvector

文/Sobereva@北京科音   2023-Jan-28

自己寫程序求解矩陣的本征值和本征矢極其簡單。但有時候需要對給定的矩陣隨手求一下本征值和本征矢，一般的計算器程序又沒有這個功能，往往又懶得寫或來不及現寫個程序去做，還有些人則完全不會寫。正好筆者在培訓班講課時需要現場求CP2K輸出的超精細耦合各向異性張量的本征值，就順手寫了個小程序叫sobeig，這里也分享出來。

sobeig可以在http://www.shanxitv.org/soft/sobeig_1.0.zip下載，帶exe后綴的是Windows版，沒后綴的是Linux版（PS：別問我怎么在Linux下啟動此程序這種沒必要問的問題）。

啟動后，sobeig會讓你輸入記錄矩陣的文本文件的路徑，程序包自帶的mat.txt就是例子，是個3*3的矩陣，是自由格式，如下所示：
 0.0918507019        -4.9297513675        -5.2344223141
-4.9297513675         0.8863948625         2.3565979846
-5.2344223141         2.3565979846        -0.9782455645

然后程序會問你矩陣的維度是幾，對于處理自帶的mat.txt顯然輸入3。然后本征值就顯示在屏幕上了：

 ******************************* Loaded matrix *******************************
             1             2             3
     1  9.18507E-002 -4.92975E+000 -5.23442E+000
     2 -4.92975E+000  8.86395E-001  2.35660E+000
     3 -5.23442E+000  2.35660E+000 -9.78246E-001

 Calculating, please wait...
 Successful!

 Eigenvalues:
         1     8.50318156E+000
         2    -6.22710477E+000
         3    -2.27607679E+000

同時本征值和本征矢都以極其清晰的格式輸出到了當前目錄下的eig.txt中，內容為：

 Eigenvalues:
         1     8.50318156E+000
         2    -6.22710477E+000
         3    -2.27607679E+000
 
 Eigenvector         1
   0.64795841E+000  -0.57420585E+000  -0.50043735E+000
 
 Eigenvector         2
  -0.73900099E+000  -0.31481607E+000  -0.59562435E+000
 
 Eigenvector         3
  -0.18446527E+000  -0.75576351E+000   0.62832642E+000

可見使用便利到沒法更便利！利用echo或重定向通過命令行方式運行也可以，參看《詳談Multiwfn的命令行方式運行和批量運行的方法》（http://www.shanxitv.org/612）。

sobeig可以處理任意大的矩陣。只能是方陣，可以是對稱的也可以不是對稱的。程序內部是基于Intel MKL數學庫做矩陣對角化，速度極快。支持并行，把OMP_NUM_THREADS環境變量設為并行核數即可。

淘寶上購買的雙路EPYC 7R32 96核服務器的使用感受和雜談

文/Sobereva@北京科音  2022-Oct-13

1 前言

五年前我曾寫過《淘寶店購買雙路2696v3服務器的過程、使用感受和雜談》（http://bbs.keinsci.com/thread-6310-1-1.html），當時購買的雙路XEON 2696v3 36核機子筆者一直在用，但在如今性能已經比較過時了，特別是跑大體系長時間的AIMD很吃力。于是在2022年9月末筆者入了臺96核（物理核心）的雙路AMD EPYC 7R32服務器，性價比極高，在本文就談談使用感受和一些相關經驗。并且借本文的機會，在文末再次勸讀者盡量不買“大品牌”服務器。

2 配置和價格

我在大約近一年的《計算化學購機配置推薦》（http://www.shanxitv.org/444）里一直推薦的頂級雙路服務器配置是雙路XEON 8375C，很多人看了這博文后也都買了并感到滿意。本來筆者原本也打算入這個配置，但近期8375C漲價不少（也許和我這博文的推薦有一定關系，導致8375C賣得快），在高性能CPU范疇內其性價比已經不是首選。筆者在反復謹慎對比和斟酌后，最終決定入比較冷門的7R32。

EPYC 7R32的知名度不高，這是給亞馬遜特供的CPU。屬于EPYC二代（Roma核心），有48個物理核心，96個邏輯核心，支持八通道DDR4-3200。基礎頻率為2.8GHz，是EPYC二代中>=48核產品中基礎頻率最高的。關HT時全核滿載時我實測穩定在3.3GHz。其功耗是EPYC二代中最高的，TDP為280W。

在淘寶上有個北京的老字號賣組裝服務器的淘寶店有現成的雙路7R32服務器，基礎配置原價22000，筆者做了如下改動：
(1)把標配的單條DDR4-2666 16GB內存改成了16條32GB鎂光DDR4-2666，加了8800。用16條是為了用滿兩個CPU的總共16條內存通道，配較大的512GB內存是考慮到以后跑DLPNO-CCSD(T)等耗內存高任務的時候能用盡可能多的核并行。7R32最高支持DDR4-3200，但標配內存改成16條32GB DDR4-3200則要加12600，相當于DDR4-2666提升到DDR4-3200需多花3800元，筆者認為不值得，而且對于筆者常用的計算程序和任務來說DDR4-2666的內存帶寬大多數時候不至于構成瓶頸。
(2)硬盤從標配的三星256GB M.2固態換成了三星PM9A1 2TB M.2（PCI-E 4.0）固態，加了1300。筆者把原先筆記本淘汰下來的影馳500GB SATA3固態用來裝系統和程序，而PM9A1純粹用來當讀寫臨時文件的苦力盤，寫入量榨干了也沒關系。選擇PM9A1是因為其讀寫速度是目前市售的固態硬盤中最快之一，選擇較大的2TB是考慮到后HF任務相當耗硬盤，特別是并行核數很多時用ORCA跑DLPNO-CCSD(T)、DLPNO-STEOM-CCSD的情況。愛折騰的話也可以考慮淘寶上U.2的Intel、三星等牌子的工包或拆機的企業級固態硬盤，4TB的都不太貴，寫入量上限比消費級的大得多，不過水有點深。另外，如果讀者需要儲存大量數據，以及許多人共用，建議再入個希捷8TB企業級機械硬盤，1250元（筆者是把以前2*2696v3機子上的希捷4TB企業級機械硬盤挪到了新機子上）。
(3)電源標配的是廉價的長城1300W，長城電源由于其廉價也是很多淘寶上服務器商家的標配。雖然也不能把諸如此類低端牌子的所有型號一棒子打死（有些型號素質還不錯，用起來也沒啥問題），但筆者始終對這些牌子持鄙夷態度，而且在電源上圖便宜是很不明智的（電源是服務器所有部件里最容易壞的之一），所以換成了海韻FOCUS GX1000（額定1000W），為此多加了500元。海韻是口碑最好的電源品牌之一，筆者之前雙路2696v3原配的臺達650W電源用了幾年壞掉后也是替換的GX1000，感覺良好。而且GX1000還有個好處是長度很短（14cm），這使得在機箱下方能夠有空間加裝風扇，見后文。額定1000W的電源對于雙路7R32綽綽有余，絕對沒必要用1300W的浪費錢。值得一提，如果讀者之后有加裝高端GPU諸如RTX4090做GPU加速計算的可能，可以用海韻或振華1600W的電源。

最終，筆者買的機子共32600元，配置如下，所有東西都是全新的：
CPU：2*EPYC 7R32（96核192線程，滿載3.3 GHz）
主板：技嘉MZ72-HB0（支持1~3代EPYC，官方支持280W CPU）
顯卡：主板集顯
內存：16*32GB=512GB 鎂光DDR4-2666 ECC REG
硬盤：三星PM9A1 2TB
電源：海韻FOCUS GX1000
機箱：追風者614PC
散熱器：見后文
聲卡：無（主板也沒有集成，筆者也不需要）

關于技嘉MZ72-HB0主板的介紹，可以參看官網介紹https://www.gigabyte.com/us/Enterprise/Server-Motherboard/MZ72-HB0-rev-30-40和測評https://www.anandtech.com/show/16825/the-gigabyte-mz72hb0-motherboard-review-dual-socket-3rd-gen-epyc。

這個商家挺不錯，整個購買過程中和客服交流順利，各種問題都在15秒內回復，水平也比較專業，也沒有亂推薦、亂出主意。整套配置報價相當良心，淘寶上應該沒有明顯能做到價格更低的了。敲定配置和價格后，當即筆者就用支付寶付款。上述價格已經包含了北京地區送貨上門費用。然后過了兩天，機子就送到家了。

順帶一提，為了避免牽扯利益關系，讀者請勿向筆者詢問賣家信息，感興趣的讀者可以根據本文的配置自行在淘寶上搜合適的賣家。

3 機子照片

下圖是機子照片，風扇吹風方向如紅色箭頭所示。商家配了5個利民TL-C14X 14cm機箱風扇，單價120塊。商家配的CPU散熱器是貓頭鷹NH-U12S TR4-SP3（5熱管散熱器，原配1個貓頭鷹NF-F12 12cm風扇，又再加裝了一個NF-F12風扇），這樣一個散熱器淘寶上賣600多塊。商家在散熱上很重視而且挺舍得的，在散熱上的成本就差不多2000塊錢了。這家淘寶店值得好評，配件完全屬實，沒有任何貓膩，而且如下圖可見，機子裝得不錯，理線弄得都很好。

可見同一個散熱器的兩個風扇通過貓頭鷹的Y型線轉成一個4pin。此主板有兩個4pin CPU風扇口。

追風者614PC是個很好的機箱，設計很科學，上下前后都能裝機箱風扇，背部走線的地方還自帶了粘扣，給理線帶來了極大方便。

在機箱前后走線的窟窿的地方有橡膠片使線材固定，是個很好的設計

機箱前面沒啥特殊的，四個USB，一個耳機口一個Mic，一個硬啟按鈕。機箱上面是能發光的開機鍵，旁邊是個小的硬盤讀寫指示燈。下圖中機箱上的金屬logo和文字是商家自己粘的。

機箱前面板可以用力拽開

拽開前面板之后就可以把上面掀開

機箱下面前后有兩個濾網，可以方便地抽出來。如果在下面加裝風扇吸風，時間長了積了灰時就可以方便地抽出濾網清潔。

機箱背部，一個串口，兩個USB，兩個LAN口（技嘉MZ72-HB0提供的是倆萬兆網口，是個亮點），一個管理LAN口，一個VGA口，還有個帶LED的ID button。如果你不額外加裝GPU，顯示器又沒VGA口，記得買個轉換器。

PM9A1固態硬盤。此硬盤較早的批次（GXA7301Q固件）有掉速問題，被一些人所顧忌，而如今較新的，包括我這個GXB7601Q，都沒這個問題了。注意MZ72-HB0只有一個M.2口，要是有倆就更好了。

內存

這臺機子相當沉，是一般女生搬不動的程度，比我以前用先馬泰坦機箱的雙路2696v3機子至少多重1/3。主要應該是追風者614PC這機箱比先馬泰坦更沉的緣故，高度略微更高，長度也明顯長一截。

4 散熱、噪音、功耗

7R32作為大功率CPU，大家必然十分關心發熱以及機子噪音問題。在環境溫度約27度時，AIDA64壓力測試全核滿載15分鐘后，CPU溫度穩定在73度。溫度確實控制得很理想，但是噪音令我很不滿意。由于這機子我是放在距離自己一米遠的地方用，顯然聲音不能太大。買之前我特意問了商家，商家說這個機子噪音不大，但是插上電剛開機時感覺聲音相當大。進系統后風扇轉速自動降低了之后還行，但是用AIDA64的壓力測試功能全核滿載運行時，聲音又是相當的大，不是能長時間忍受的程度。為了盡可能降低噪音，同時又不顯著令散熱效果降低，我花了很大精力鼓搗。

首先考慮降低機箱風扇的噪音。原配的5個利民TL-C14X風扇高轉速時噪音頗大（標稱最高轉速為1800rpm，全核滿載期間會達到1650rpm），我發現其實用5個完全是多余的。如上一節所示的CPU風扇吹風方向可見，風是從下往上吹的，給機箱前面板加風扇沒必要（本身風還會被硬盤架子擋一部分）。而且機箱后側風扇也完全多余，滿載時吹出的風都是涼的。于是我就把前面板兩個風扇和后側一個風扇都摘了，果然滿載時溫度幾乎沒變，而噪音有明顯減小。我又發現當前用的海韻GX1000電源比較短，機箱下方有裝14cm風扇的空間，于是就把摘下來的一個風扇裝到了下面往上吹風，滿載溫度平均降低了1.5度（效果不明顯，可有可無）。此時的風向如下所示

我認為像這樣從下向上走風比起從前往后走風好得多，此時兩個CPU的溫度是基本一致的，不像從前往后走風會導致后面那個CPU溫度比前面的明顯更高。而且熱風從上面出，滿載運算時在冬天可以把手放在機箱上方暖手（親測有效）。不過機箱上面就不能放東西了。

如上處理后，滿載運行聲音依然不小，畢竟現在還有的4個貓頭鷹NF-F12風扇和3個利民TL-C14X風扇。我原本打算買到閑魚上入手貓頭鷹的減速線NA-RC7或調速器NA-FC1降低風扇轉速，后來發現在技嘉MZ72-HB0主板的通過網頁瀏覽器訪問的MegaRAC SP-X網絡管理界面里可以細膩地根據CPU溫度控制風扇轉速百分比，徹底解決了噪音大的問題。

具體來說，把網線插到服務器的管理LAN口上，進BIOS后，進入Server Mgmt - BMC network configuration，恰當設置IP地址，比如我設Static地址，并指定地址為192.168.5.100。之后保存BIOS設置并重啟。之后在同一網段的另外的機子的網頁瀏覽器里輸入192.168.5.100，就可以進入服務器的管理界面了。登錄的用戶名是admin，密碼在主板的貼紙上，如下所示，密碼是3/A/后面的字符串，即LH4PA800228。

登錄后在界面左側選Settings，再選Fan Profile，就可以添加風扇運轉策略，比如我增加了balance、silent、ultra_silent三種，當前啟用的是ultra_silent，如下所示

我是下圖這樣定義ultra_silent策略的，能令室溫下CPU滿載溫度維持在不太高的情況下用盡可能低的轉速，讀者可以效仿。如圖所示，傳感器數據定義為兩個CPU的溫度，對主板所有風扇口（兩個CPU風扇口和4個機箱風扇口）控制轉速。由下圖右上角的示意圖可見，溫度低于30度時風扇20%轉速，30~77度之間轉速從20%緩慢線性提升至40%。超過77度就算稍高了，因此在77~90度之間轉速從40%較快地變化到90%。超過95度就危險了，達到CPU可承受的上限，所以>=95度時就令風扇全力全開了。

值得一提的是技嘉MZ72-HB0的網絡管理界面做得相當不錯，功能和設置很多，所有傳感器的信息在Sensor頁面里都能一覽無余地看到，并且還提供隨時間變化的動態變化圖。例如從下圖可見CPU溫度、風扇轉速、電壓等的變化情況。

經過如上調教后，環境溫度為27度時，全核滿載溫度在78~80度波動，期間貓頭鷹風扇在750~900rpm范圍波動，機箱風扇轉速維持在1200rpm。此時的噪音很令我滿意了，放在距離我一米遠的地方運行不覺得吵，噪音甚至比我在http://bbs.keinsci.com/thread-6310-1-1.html里介紹的那臺雙路2696v3的機子還小一點點。7R32這機子剛拿來的狀態下距離一米處滿載34分貝，經過調教后只有20分貝出頭一丁點了（我手頭沒專門的噪音測試儀，只是用手機app測了一下，所以絕對值肯定不準，但相對值能說明問題）。另外，調教后這個機子在待機狀態下相當安靜，CPU溫度維持在30度出頭，貓頭鷹風扇轉速只有300rpm，機箱風扇450rpm。

如果滿載時還想更靜音甚至還有余地，即允許讓CPU滿載溫度更高（如達到85度）換來更低的風扇轉速。還可以在機箱蓋里面貼一層吸音棉（淘寶有賣。一些以靜音為賣點的機箱也是這樣做的）。PS：按上述處理后，敞著機箱蓋運行不會令溫度有絲毫降低。網上有人說在機箱蓋上貼吸音棉會影響散熱，起碼這對于當前機子不適用，因為此機子滿載時兩側的機箱蓋并無明顯溫熱感，對散熱無貢獻，只有機箱上頭的出風處的金屬網會被熱風吹得很熱。

之前有人在計算化學公社論壇里專門討論主板MOS管散熱問題，有的上水冷有的用小風扇吹，而當前這機子完全不需要顧慮這個，不需要任何額外的輔助散熱就能在室溫下長期穩定運行。

關于風扇再多說幾句。在機箱風扇方面，如前所述，這機子的14 cm機箱風扇有上面兩個、下面一個就夠，而且機箱風扇對于CPU溫度影響很有限，故機箱風扇沒必要用利民TL-C14X那么貴的，用諸如60塊錢的ARCTIC F14 PWM PST就行了，價格只有TL-C14X的一半。雖然ARCTIC F14 PWM PST的最大轉速和風量都更小，但即便如此也綽綽有余，都完全用不著滿速運行。在CPU風扇方面，根據網上的一些測試，對于滿載的CPU，NF-U12S用倆風扇比單風扇溫度也就低三度左右，因此如果你對噪音敏感的話，用原配的一個風扇足矣，而且還少花錢。順帶一提，NF-U12S原配的NF-F12在12 cm風扇范疇內已經幾乎是最靜音的了，沒有比之明顯更好的選擇。貓頭鷹的NF-U14S散熱器也有適合EPYC的版本NF-U14S TR4-SP3，搭配的是單個14 cm風扇NF-A15，在同樣散熱能力下轉速能比NF-F12更低因而更靜音，但以當前主板倆CPU的間距來說，裝倆NF-U14S是不可能的。

這雙路7R32和雙路2696v3目前我并排放置使用，之間相距只有兩厘米，如下所示。兩臺機子同時滿載時我都感覺噪音不大，所以噪音問題完全不必擔心。兩臺機子挨著放也完全沒有相互影響散熱。

輸入功耗方面，根據計量插座顯示，關機狀態13瓦，win 11、Rocky Linux 9.0下待機80~90瓦，AIDA64壓力測試（stress CPU/FPU/cache/system memory都選上）時是640W左右，如下所示。考慮到功率轉換效率，輸出功率此時也就不到580W，顯然電源用額定1000W的GX1000綽綽有余。用較好牌子的額定850W的電源也夠。這機子的功耗比起以前我帖子里說的雙路2696v3滿載時的輸入功率455W大了近200W。按照北京地區居民電價，滿載一天不到8塊錢。

5 軟件安裝和運行

我的研究做的計算都是在Linux下跑的，Linux系統肯定是我自己根據實際需要裝的，不打算讓商家裝，但畢竟商家測試機子也得有個系統。商家問我裝什么系統時，就姑且先讓裝了Win11，也便于我跑Cinebench R23、AIDA64、CrystalDiskMark等一些Windows下的測試程序。

CentOS是我以前一直推崇的操作系統，后來變成stream形式了，失去了原有的靈魂，后來我就轉向了以魯棒為重的CentOS正統的繼任者Rocky Linux，和CentOS的界面和體驗完全沒有區別。Rocky Linux我裝的是最新的9.0，去https://rockylinux.org下載DVD iso，然后用rufus制作安裝U盤（順帶一提，別用UltraISO制作，否則沒法順利安裝），插上服務器并啟動就可以照常順利安裝了。作為計算用服務器，建議選成Workstation，然后把GNOME Applications、Legacy UNIX Compatibility、Developement Tools、System Tools、Graphical Administration Tools都選上。前面說了，我給這機子添了個以前留下的500GB固態硬盤，Rocky Linux就裝在了這里。機子是我私用的，硬盤配置方面給必須設的UEFI分區設了200MB，其它空間就都掛載到了/，用ext4文件系統，由于內存已經很大了就沒設swap分區。

由于之前PM9A1 2TB上商家已經裝了Win11，所以Rocky Linux 9裝完后再重啟就可以看到啟動菜單，可以選進入哪個系統。由于Windows對我沒用，所以后來就把PM9A1這個硬盤格掉了，把Gaussian、PSI4等程序的臨時文件目錄都設在了這個硬盤上。

Rocky Linux 9.0和當前這機子完全兼容，安裝和使用過程完全沒有出現任何問題。Multiwfn 3.8(dev)、Gaussian 16、ORCA 5.0.3、CP2K 2022.1、PSI4 1.6.1、xtb 6.5.1，以及OpenMPI 4.1.1和FFTW 3.3.8在這個機子上安裝/編譯和使用都非常順利。需要注意的是系統沒有自動裝gfortran，編譯OpenMPI之前記得用yum裝上gfortran，否則之后ORCA沒法正常并行。原本要裝的是經典的GROMACS 2018.8，可能是由于Rocky Linux 9.0自帶的gcc 11.2.1與老版本GROMACS語法兼容性的緣故編譯失敗，因此就裝了目前最新的2022.3，順利安裝，而且也正確識別出了AVX2。

肯定有人顧慮用AMD CPU的兼容性問題，至少安裝和使用上述程序時我沒碰到任何兼容性問題。安裝過程嚴格按照這些文章所述進行：《Gaussian的安裝方法及運行時的相關問題》（http://www.shanxitv.org/439）、《量子化學程序ORCA的安裝方法》（http://www.shanxitv.org/451）、《CP2K第一性原理程序在CentOS中的簡易安裝方法》（http://www.shanxitv.org/586）、《GROMACS的安裝方法（含全程視頻演示）》（http://www.shanxitv.org/457）。

此機子運行十分穩定，已經用了十幾天，沒任何問題。最長連續計算是用CP2K滿載跑AIMD跑兩天，毫無問題。

6 性能測試

在Win11下用Cinebench R23測試，結果如下。在雙路2696v3上得分是多核23391，單核745，可見雙路7R32這機子理論性能約為其3.5倍。當然，受制于實際計算程序的并行效率等原因，在大多數量子化學、第一性原理程序上比2*2696v3的優勢不會顯著到這種程度。

我在網上看到的雙路8375C的R23多核得分是72071，可見2*7R32雖然目前比2*8375C明顯更便宜，全核性能卻還更好（7R32單核性能會吃虧一些，但畢竟96核對64核，優勢還是明顯的）。不過考慮到實際量子化學、第一性原理程序的常規任務的并行效率大多達不到R23的程度，實際計算中比2*8375C的優勢不會多明顯。

也測了一下PM9A1在這機子上的表現，如下所示，發揮出了應有的水準，讀寫速度十分理想

下面是一些量子化學和第一性原理程序的性能測試。我發現如果開著HT，滿載頻率是3.0 GHz左右，關了之后可穩定在3.3 GHz。在《正確認識超線程(HT)技術對計算化學運算的影響》（http://www.shanxitv.org/392）里我說過，計算用的核數不應超過物理核心數，因此HT是擺設。雖然一般沒必要刻意關，但對于7R32，不關的話滿載頻率會降低1/10而有損性能，所以下面的測試若未注明我都是關了HT測的，平時也都關了HT用。關HT的方法是：進入BIOS，選AMD CBS - CPU Common Options - Performance - CCD/Core/Thread Enablement，選Accept，把SMT Control設Disable。

下面是Gaussian 16 C.02 AVX2版測試。使用Gaussian自帶的test0397，是化學組成為H90C54N6O18共168原子的普通有機體系，關鍵詞設為b3lyp/def2svp force scf=novaracc g09default。在其他人的《g16在8375C和7T83的表現小測評》（http://bbs.keinsci.com/thread-28607-1-1.html）里使用的也是同樣的測試任務，大家可以對照性能。我的測試結果如下，測試時是用%nproc設的并行核數：
2*2696v3：8m4s(484s)
2*7R32用48核：3m40s(220s) 是2*2696v3的2.2x
2*7R32用64核：3m12s(192s)
2*7R32用96核：2m46s(166s) 是2*2696v3的2.9x
2*7R32用96核開HT：3m7s(187s)
 把基組改為更大的def2-TZVP，結果為：
2*2696v3：78m25s(4705s)
2*7R32用48核：31m23s(1883s) 是2*2696v3的2.5x
2*7R32用64核：25m52s(1552s)
2*7R32用96核：22m30s(1350s) 是2*2696v3的3.5x
2*7R32用96核開HT：23m11s(1391s)

可見，在大基組時才能把7R32相對于2696v3的優勢展現得更充分。也可以明顯看出，96核只跑一個任務很虧，同時跑兩個劃算得多。也要注意提交方式的問題。比如對一個H22B18C4Co1共45個原子的團簇體系在B3LYP/def2-TZVP下算單點，幾種計算方式的耗時如下：
2*7R32同時跑兩個48核任務，靠%cpu=0-47和%cpu=48-95分別綁在兩個不同CPU上：442s
2*7R32同時跑兩個48核任務，用%nproc=48：484s
2*7R32跑一個48核任務，用%nproc=48：430s
可見2*7R32這機子同時跑倆48核任務時應當記得綁定避免性能損失，但即便如此也沒只跑一個48核任務快。原理見《NUMA策略對Gaussian運算速度影響的小研究》（http://bbs.keinsci.com/thread-19773-1-1.html）。

下面是ORCA 5.0.3的測試，計算的是《使用Molclus結合xtb做的動力學模擬對瑞德西韋(Remdesivir)做構象搜索》（http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html）一文里研究的瑞德西韋，關鍵詞用比較貼地氣的wB97M-V/def2-TZVP RIJCOSX strongSCF。
2*2696v3：483s
2*7R32用48核：241s 是2*2696v3的2.0x
2*7R32用96核：174.6s 是2*2696v3的2.8x
ORCA的這種比較典型的任務表現的并行效率不及G16用大基組做DFT時。所以，2*7R32機子上也是同時跑兩個或多個任務更劃算，此時也要注意綁定的問題，做法見《通過設置CPU內核綁定降低ORCA同時做多任務的耗時》（http://www.shanxitv.org/553）。

下面是CP2K 2022.1的測試。算的是SiO2超胞，共576原子，使用常用的PBE結合較大的TZV2P-MOLOPT-GTH基組，開OT算單點。輸入文件見此：http://www.shanxitv.org/attach/653/SiO2.inp。
2*2696v3：平均SCF每輪14s，共493s
2*7R32只用48核：平均SCF每輪6.4s，共225s
2*7R32只用64核：平均SCF每輪5.1s，共180s
2*7R32只用81核：平均SCF每輪4.9s，共174s，是2*2696v3的2.8x
我用全部96核時，SCF每輪速度比用81核時沒可查覺的優勢，而且偶然性地個別SCF步的耗時會最多增加到14s，導致總耗時還更高，原因不明（也許是MPI的問題，也許是內存帶寬用滿的問題），因此跑單個任務的話用81核比較保險。考慮到超過48核后性能提升就很不顯著了，為了最有效利用2*7R32計算能力，我建議同時跑兩個48核CP2K任務為宜。記得一定要分別綁定在兩個CPU上跑。如果直接mpirun -np 48 cp2k.popt提交兩個任務，SCF每輪的速度很不穩定（暗示可能內存訪問方面打架），平均每輪9點幾秒，最終351秒跑完。如果提交兩個的時候分別綁定在兩個CPU上，每輪SCF穩定在大約8.1秒，最終288s跑完。綁定方法見前述的《通過設置CPU內核綁定降低ORCA同時做多任務的耗時》，也是mpirun結合-rf實現。

我還對比了CP2K用雜化泛函PBE0結合TZVP-GTH計算含64個水的水合電子體系單點的速度，2*7R32能達到2*2696v3的三點幾倍，比起純泛函計算時性能優勢明顯得多。

7 總結

本文介紹了筆者近期從淘寶上網購的性價比極高的適合計算化學的雙路EPYC 7R32服務器，對于量子化學和第一性原理計算都是十分適合的。對于內存需求量不很大的情況，16條16GB就夠，此時遠不到3萬就能買一臺96個物理核心而且主頻中等偏上的服務器，可謂超值！對于筆者撰文時的情況，雙路7R32是組建高性能CPU計算服務器的幾乎最理想選擇。但我估計7R32的貨源不多，可能本文發布之后不久就賣光了，或者漲價。這令我想起當年我的《淘寶店購買雙路2696v3服務器的過程、使用感受和雜談》一文發布后，有好一陣子2696v3還漲價了很多，沒準是那篇文章明顯促進了2696v3的銷量。本文的這些討論不限于7R32，對于讀者購買和使用其它計算服務器也是有參考價值的。在未來購買什么配置合適可以看隔一段時間就會更新一次的《計算化學購機配置推薦》（http://www.shanxitv.org/444）。

附：再次勸讀者盡量不要花冤枉錢買“大品牌”服務器

再次強調，如果能不買所謂的大品牌服務器（我就不點名了），就別買那些牌子！我在http://www.shanxitv.org/444里已經非常非常非常著重強調了這點了。跟我這3萬塊錢的2*7R32的機子性能相當的配置，那些“大品牌”賣到十幾萬都極其正常（例：http://bbs.keinsci.com/thread-32672-1-1.html），報價可謂離譜至極，而且這不是極少數情況而是極多數情況。3萬塊錢從“大品牌”那里買只能買個雞肋，也就是“垃圾佬”服務器的性能水平。還有人覺得買那些“大品牌”是為了售后完善，難道再好的售后值這機子N倍的價錢？前述我的2*2696v3的購機貼里就已經充分體現了在淘寶上靠譜的賣家那里買機子根本就沒什么風險，這次購機再次充分體現這一點。店家都把機子測試好了（靠譜的商家都會經過長時間拷機）、系統裝好了（要Linux也給裝），直接插了電源、鼠標鍵盤、顯示器、網線之后上來就能用，買方對軟硬件一竅不通也無妨（需要組建集群另談）。就算花N倍價錢買所謂大品牌的機子，我相信絕大多數售后也不會貼心服務到會給你編譯CP2K之類的。靠譜的淘寶服務器商家都有像樣的售后，和所謂大品牌沒多大差異，諸如我買的這家在我拍之前在阿里旺旺上我已經問清楚了保修條款（商家原話粘貼過來）：

主板 內存 固態 電源 顯卡 希捷企業級硬盤 西數機械硬盤 保三年
希捷普通機械硬盤保兩年
CPU 散熱器 機箱 保一年
注：以上均為免費質保（非人為、無燒傷、無外傷、無進水等）

以上質保已經足夠充分了。等以后過了保，即便出了問題，肯花錢的話店家肯定也給你弄。把服務器用順豐直接寄回去，換個配件，處理完了再寄回來就完了，就算是異地的來回一般也就一個禮拜的事。

還總有“大品牌”服務器商家謊稱淘寶上組裝的服務器質量不好，這是利用買方對硬件知識的極度匱乏進行欺騙。諸如本文說的7R32機子，用的海韻是最好的電源品牌之一，用的技嘉是最好的主板品牌之一，用的貓頭鷹是最好的散熱器品牌之一，用的三星是最好的固態硬盤品牌，用的追風者614PC這機箱的設計也基本無可挑剔，根本沒有任何可被貶損的余地。完全不懂硬件的讀者切勿隨便聽信“大品牌”的客服/銷售說的話。

至于配件的兼容性，雖然“大品牌”的服務器肯定沒兼容性的問題，但這并不是優勢，因為靠譜的賣家賣的配置，尤其是那些銷量較大、用的人較多的配置，都不會有兼容性或不穩定的問題，要不然早就在測試中發現或者有其他客戶向他們反饋了。

肯定有人說，由于購買渠道的限制，只能花大價錢買價格離譜的“大品牌”機子。這只能自己想辦法解決，未必沒有變通的空間，應積極主動聯系賣家想辦法。

文/Sobereva @北京科音  2022-Jul-1
不得轉載

1 前言

此文對非常適合理論、計算化學投稿的期刊，以及和化學有關的一些子領域的重點期刊進行羅列，共約300種期刊，并附上2022年6月末公布的2021年影響因子(IF)及中科院分區。本文對于讀者了解有哪些期刊值得平時關注和投稿有一定意義。這是第13次筆者寫此系列的文章，往年的文章見本文文末的鏈接。

本文的期刊名稱一般用標準縮寫，有的給出了常用首字母縮寫或者全名，之后是ISSN號（若只有網絡版則是EISSN號）。斜杠前是2021年的兩年期影響因子（即一般所謂的影響因子。有些新刊尚無影響因子數據），斜杠后是撰寫此文時的最新的中科院大類分區。由于據悉2022年開始中科院分區將只給出升級版而沒有基礎版了，為了使本文對體制內的科研工作者投稿能有前瞻性，本文給出的、談論的分區都是2021年12月的升級版中科院分區。

附IF計算公式：2017年某期刊的影響因子=（2015+2016年此期刊的文章在2017年被引用的次數）/（2015+2016年此期刊的文章數）

本文涉及的刊物主要分這么幾類：
1 主要理論、計算類刊物
2 綜合
3 中國的期刊
4 無機、有機、化學信息學及其它
5 偏材料
6 偏物理
7 偏生物
第一類是最適合理論、計算類文章投的。根據文章具體的研究方向，也可選擇投其它幾類中的刊物。

本文中給出的期刊列表一般是按照IF來排序的。國內核心非SCI期刊沒有IF，這些期刊的影響因子的獲取方式為：進入http://navi.cnki.net/knavi/Journal.html，搜索期刊名，取綜合影響因子。本文里期刊普遍用縮寫，如果想得到全稱，去https://www.ablesci.com/journal把縮寫或ISSN輸進去就可以查到。

像往年本系列文章一樣，我再次強調，IF這東西只是個翔，它的存在給科學發展帶來的壞處絕對大于好處。要看重文章自身的價值，垃圾文章僥幸發到高IF期刊上依然是垃圾文章，好文章發到低IF期刊上依然是好文章，會被廣為引用。而如今國內大學和研究機構評判科研業績所廣為采用的中科院分區更是極度荒誕的，其存在弊遠遠大于利。

2 今年形勢簡評

這是和理論、計算化學關系最密切的一些期刊的IF的變化情況：
大漲：JCIM、JCP
小漲：JCTC、PCCP、JCC、CPC、JPCL、JPCB、JMGM、Chem Phys、CPL、CTC、JMM、TCA、STRUCT BOND
基本沒變：ADV THEORY SIMUL、JPCC、JPCA、IJQC、MOL SIMULAT、MOL PHYS、STRUCT CHEM
小跌：JPOC

今年理論化學相關刊物整體上漲。
WCMS去年IF高得離譜，都和Acc Chem Res差不多了，今年居然跌了一倍多，打回原形。WCMS文章數較少，大抵是個別引用次數極高的文章過了對IF有貢獻的期間了，因此IF一下子掉了下來。本身WCMS近些年的文章比較雜，其中有的水準也不怎么樣，明顯不如早年間，IF不容易撐在高位。
JCTC小漲，現在是唯一1區的和理論化學有密切關聯的刊物了。雖然JCTC在領域內認可度很高，但是中科院把它劃為1區，而IF是JCTC近兩倍的WCMS卻劃成2區，實在離譜。
JCIM近些年漲勢很猛，N年前IF還是三點幾，和JCC、PCCP差不多檔次，而如今都破6了，令人刮目相看。可能是收了不少機器學習文章的緣故。
JCP漲幅很大，破4了。前年開始JCP收了很多知名量化、第一性原理程序的原文，諸如ORCA、CP2K，其IF不漲才怪，果不其然，效果已經顯現了，明年很可能還要漲。
JPCL漲了一點，IF基本固化在6~7的程度了，遠不如早年間。從近些年一些JPCL的文章水準、選材來看，此刊不大可能有太大起色。JPCL如今被劃成了2區了，和PCCP、JCP成了同檔次的了，這分區真是荒誕。
JPCA的IF沒明顯變化，然而不進則退，居然被低一檔的JMGM趕上了。
居然Chem Phys、IJQC甚至MOL PHYS都被劃成三區了，和業界名聲明顯好得多的JPCA/B/C、JCC、CPC成同一檔了，這分區分得什么玩意兒。

化學綜合方面：
CHEM REV和CHEM SOC REV創了新高，分別破了70和60。Nature和Science也紛紛大漲。Nature Reviews Chemistry和Nature Chemistry基本沒變。JACS和Angew微漲，但如今其IF相對于后起的ADV SCI、SCI ADV、Nat Commun、ACS CENTRAL SCI、ACS Nano，以及漲得很猛的一些材料/納米類的期刊如JMCA、Small，并不顯得突出。今年Nat Commun大漲到17.694，已經超越了JACS了。ACS CENTRAL SCI更是大漲到18.728。CHEM SCI基本沒變。SCI DATA大漲到8.5。創立不久的COMMUN CHEM今年漲了些，而老牌CHEM COMMUN卻跌了些，并被前者甩開了1.2的差距，展現出了頹勢。現在二者同為2區，說不定以后什么時候COMMUN CHEM就成了1區。CHEM-EUR J小跌，而CHEM-ASIAN J小漲，彼此IF只差0.2了，但目前分區還差一檔。學界地位很一般的Molecules居然漲到了4.9。Scientific Reports基本上漲到5了。SPECTROCHIM ACTA A漲到了4.8，居然給分成了2區，明明此刊水文不少。ACS的大雜燴ACS OMEGA大漲到了4.1，RSC的大雜燴RSC Adv大漲到了4.036，不僅明顯超過JPCA，甚至都差不多趕上JPCC了，這真令人無語（不過即便IF不能說明什么，起碼也好過莫名其妙的中科院分區）。專門介紹新軟件的SoftwareX第一次有了IF，是2.868，還行，當年GROMACS的一篇介紹文章發在這上面，可惜那篇文章已經過了貢獻IF的時效了。Cell出版社的Trends in Chemistry第一次有了IF，高達22.448。綜合性期刊Research第一次有了IF，高達11.036。挺水的發表收費的全學科大雜燴新期刊Heliyon第一次有了IF，居然能有3.776，很令我意外（之前看過一些此期刊的理論計算文章，我還以為能進SCI都很難，就算進了也就是一點幾的IF）。

中國期刊方面：
Science Bulletin狂漲到了20.577，真是夠會運作的，其IF是真高，但世界范圍的影響力就...中國科學:化學（英文版）小漲，破了10。中國化學快報大漲到了8.455，以后可能被弄成1區了。高等學校化學研究IF直接翻倍，到了2.726。物理化學學報IF漲得簡直是核爆級，前年還是一點幾，去年突漲到2.268，今年沖到6.253，很不可思議！這和運作也有很大關系。比如去年物化學報搞了篇大文章Recent Progess on Two-Dimensional Materials，文章居然達151頁，匯集幾十名作者，再加上這又是最熱點的主題之一，毫無疑問像這樣的文章將會對未來的IF有極大的貢獻。下一年物化學報應該進二區了。在體制內的，如果之前打算投歐化、Chem Commun之類的，現在也可以考慮物化學報了，以后可能還要漲。我發覺近期物化學報上理論計算文章遠比以前少得多，目前是材料、催化方向的實驗類文章占主導，我懷疑此刊在文章取向方面和以前不同了，這直接影響了IF（畢竟純理論計算的文章，如果不是那種爆款的方法學原文，引用次數明顯趕不上材料/催化類的）。有機化學（CHINESE J ORG CHEM）由于自引率過高被鎮壓，今年無IF，挺丟人的，去年是1.652。

其它：
兩個有機化學期刊ORG LETT和ORG CHEM FRONT的IF基本沒變，他倆目前算是一區里IF最低的一批了。
大水刊J MOL STRUCT居然IF漲到3.841了，現在還是3區。起碼從我近年來看過的此刊的計算相關的文章，我感覺這也就是IF=2左右、4區的水準。此刊有的文章就是第三世界國家的作者亂七八糟瞎算算，往往圖丑得不行，都能發上去。J CHEM EDUC進一步上漲到了3.2，居然給分成2區了，太滑稽了（比JPCA/B/C還高）！其IF能漲大抵就是仗著之前大批講COVID-19環境下的教學文章，來來回回引用頻繁所致。
生物領域知名的NUCLEIC ACIDS RES的IF已高達19.16，可它卻被分到了2區，中科院這分區分得跟智障一樣，搞得好像和BIOPHYS J一個檔次似的。
今年IF=8.64的Science China Materials現在是1區，而同為材料類，IF=15.7的Mater Horiz、IF=15.153的Small、IF=14.511的J Mater Chem A卻是2區，這么分區說是赤果果地耍流氓都毫不為過。

PS：今年這次對中科院分區吐槽不少，若按這分區來考核/評判，真就是完完全全的外行指揮內行。

3 期刊列表

(1) 主要理論、計算類刊物

WIREs Comput Mol Sci (WCMS) 1759-0876 11.5/2
J PHYS CHEM LETT (JPCL) 1948-7185 6.888/2
J CHEM THEORY COMPUT (JCTC) 1549-9618 6.578/1
J CHEM INF MODEL (JCIM) 1549-9596 6.162/2
J CHEM PHYS (JCP) 0021-9606 4.304/2
ADV THEORY SIMUL (ATS) 2513-0390 4.105/3
PHYS CHEM CHEM PHYS (PCCP) 1463-9076 3.945/2
J COMPUT CHEM (JCC) 0192-8651 3.672/3
CHEM PHYS CHEM (CPC) 1439-4235 3.52/3
J PHYS CHEM C (JPCC) 1932-7447 4.177/3
J PHYS CHEM B (JPCB) 1520-6106 3.466/3
J PHYS CHEM A (JPCA) 1089-5639 2.944/3
J MOL GRAPH MODEL (JMGM) 1093-3263 2.942/4
CHEM PHYS LETT (CPL) 0009-2614 2.719/4
CHEM PHYS 0301-0104 2.552/3
INT J QUANTUM CHEM (IJQC) 0020-7608 2.437/3
MOL SIMULAT 0892-7022 2.346/4
COMPUT THEOR CHEM (CTC) 2210-271X 2.292/4
J MOL MODEL (JMM) 1610-2940 2.172/4
J PHYS ORG CHEM (JPOC) 0894-3230 2.155/4
THEOR CHEM ACC (TCA) 1432-881X 2.154/4
MOL PHYS 0026-8976 1.937/3
STRUCT CHEM 1040-0400 1.795/4
STRUCT BOND 0081-5993 1.444/4
J STRUCT CHEM+ (JSC, Journal of Structural Chemistry) 0022-4766 1.004/4
ADV QUANTUM CHEM 0065-3276 1/4
J COMPUT BIOPHYS CHEM 2737-4165（以前叫J THEOR COMPUT CHEM (JTCC)） 尚無IF
ACS Physical Chemistry Au 2694-2445 2021創刊，免費閱覽，發表收費 尚無IF
Electronic Structure 2516-1075 2019創刊 尚無IF
    以下期刊非SCI
Chemical Physics Impact 2667-0224 2020創刊，免費閱覽，發表收費
Computational Chemistry 2332-5968 2013創刊。免費閱覽，發表收費 http://www.scirp.org/journal/cc/（網站自稱IF是0.95）
International Journal of Computational and Theoretical Chemistry (IJCTC) 2376-7286 2013創刊。免費閱覽，發表收費 http://www.sciencepublishinggroup.com/j/ijctc
Communications in Computational Chemistry (CiCC) 2305-7076 2013創刊（此刊已偃旗息鼓，2018年之后未更新） http://www.global-sci.org/cicc/
SDRP Journal of Computational Chemistry & Molecular Modelling (JCCMM) 2473-6260 2015創刊。免費閱覽，發表收費（網站自稱IF是0.827） http://www.siftdesk.org/journal-details/SDRP-Journal-of-Computational-Chemistry-&-Molecular-Modelling-/33
Living Journal of Computational Molecular Science (LiveCoMS) 2575-6524 2017創刊。免費閱覽 https://www.livecomsjournal.org/
Turkish Computational and Theoretical Chemistry (TC&TC) 2017創刊。免費閱覽，免費發表（黑白圖片時） https://dergipark.org.tr/en/pub/tcandtc
Journal of Molecular Physics 2017創刊。免費閱覽 https://scholars.direct/journal.php?jid=molecular-physics

(2) 綜合

CHEM REV 0009-2665 72.087/1
NATURE 0028-0836 69.504/1
SCIENCE 0036-8075 63.714/1
CHEM SOC REV 0306-0012 60.615/1
NAT REV CHEM (Nature Reviews Chemistry) 2397-3358 34.571/1
CHEM (Elsevier旗下) 2451-9294 25.832/1
ACCOUNTS CHEM RES (ACR) 0001-4842 24.466/1
Nature Chemistry 1755-4330 24.274/1
NATL SCI REV 2095-5138 23.178/1
Trends in Chemistry 2589-5974 22.448/無分區 2019創刊 Cell出版社
ACS CENTRAL SCI 2374-7943 18.728/1 免費閱覽，免費發表
NAT COMMUN 2041-1723 17.694/1 免費閱覽，發表收費
ADV SCI (Advanced Science。Wiley旗下) 2198-3844 17.521/1 免費閱覽，發表收費
ANGEW CHEM INT EDIT 1433-7851 16.823/1
J AM CHEM SOC (JACS) 0002-7863 16.383/1
JACS Au 2691-3704 2020創刊，免費閱覽，發表收費
SCI ADV (Science Advances。Science旗下) 2375-2548 14.957/1 免費閱覽，發表收費
P NATL ACAD SCI USA (PNAS) 0027-8424 12.779/1 發表收費
Research 2639-5274 11.036/1
CHEM SCI (Chemical Science) 2041-6520 9.969/1 免費閱覽，免費發表
SCI DATA (Scientific Data) 2052-4463 8.501/2 免費閱覽，發表收費
COMMUN CHEM (Communications Chemistry) 2399-3669 7.211/2 2018創刊 Nature出版社。免費閱覽，發表收費
INT J MOL SCI (IJMS, International Journal of Molecular Sciences) 1422-0067 6.208/2 免費閱覽，發表收費
iScience 2589-0042 6.107/2 Cell旗下，2018創刊。免費閱覽，發表收費
CHEM COMMUN 1359-7345 6.065/2
Frontiers in Chemistry 2296-2646 5.545/3 有理論化學版塊。免費閱覽，發表收費
CHEM-EUR J (Chemistry-A European Journal) 0947-6539 5.02/2
SCI REP (Scientific Reports) 2045-2322 4.996/3 免費閱覽，發表收費
Molecules 1420-3049 4.927/3 免費閱覽，發表收費
CHEM-ASIAN J (Chemistry-An Asian Journal) 1861-4728 4.839/3
SPECTROCHIM ACTA A 1386-1425 4.831/2
FARADAY DISCUSS 1364-5498 4.394/2
ACS OMEGA 2470-1343 4.132/3 免費閱覽，發表收費
RSC Advances 2046-2069 4.036/3 免費閱覽，發表收費
NEW J CHEM 1144-0546 3.925/3
J COMPUT SCI 1877-7503 3.817/2
Heliyon 2405-8440 3.776/無分區 免費閱覽，發表收費。全學科
Royal Society Open Science 2054-5703 3.653/3 2014創刊。免費閱覽，發表收費
ISRAEL JOURNAL OF CHEMISTRY 1869-5868 3.357/3
SoftwareX 2352-7110 2.868/無分區 免費閱覽，發表收費，專門發表免費程序的介紹文章
ChemistryOPEN 2191-1363 2.63/3 免費閱覽，發表收費
ChemistrySelect 2365-6549 2.307/4
J IRAN CHEM SOC 1735-207X 2.271/4
J CHEM SCI 0974-3626 2.15/4
CHEMICAL PAPERS 0366-6352 2.146/4
J COMPUT ELECTRON 1569-8025 1.983/4
OPEN CHEM 2391-5420 1.977/4 免費閱覽，發表收費
B KOREAN CHEM SOC 0253-2964 1.241/4
AUST J CHEM 0004-9425 1.224/4
CAN J CHEM 0008-4042 1.051/4
RUSS J PHYS CHEM A+ 0036-0244 0.791/4
CROAT CHEM ACTA 0011-1643 0.659/4
INDIAN J CHEM A 0376-4710 0.412/4
ANNU REV PHYS CHEM 0066-426X 無IF/1
  以下期刊非SCI
Nature Computational Science 2662-8457 2021創刊，Nature旗下
Chemistry-Methods 2628-9725 2020創刊，Wiley旗下。免費閱覽，發表收費
Results in Chemistry 2211-7156 2019創刊，Elsevier旗下。免費閱覽，發表收費
Chemical Physics Reviews 2020創刊，AIP旗下
SN Applied Sciences 2019創刊，Springer旗下。免費閱覽，發表收費
Electronic Materials 2673-3978 2021創刊，MDPI旗下。免費閱覽，發表收費
Chemistry 2624-8549 2019創刊，MDPI旗下。免費閱覽，發表收費
Computation 2079-3197 2013創刊，MDPI旗下。免費閱覽，發表收費 https://www.mdpi.com/journal/computation
Physical Sciences Reviews 2365-659X 2016創刊 只接受邀請稿件 https://www.degruyter.com/journal/key/psr/html?lang=en
Current Physical Chemistry 1877-9468 2011創刊，http://benthamscience.com/journal/index.php?journalID=cpc
General Chemistry 2414-3421 2015創刊，免費閱覽和發表 http://www.genchemistry.org
Natural Science 2150-4091 2009創刊 免費閱覽，發表收費 http://www.scirp.org/journal/ns/
Open Journal of Physical Chemistry 2162-1969 2011創刊。免費閱覽，發表收費。http://www.scirp.org/journal/ojpc/
International Journal of Chemistry 1916-9698 2012創刊。免費閱覽，發表收費。http://www.ccsenet.org/journal/index.php/ijc
American Journal of Physical Chemistry 2327-2430 2012創刊。免費閱覽，發表收費。http://www.sciencepublishinggroup.com/j/ajpc
Science Journal of Chemistry (SJC) 2330-0981 2013創刊。免費閱覽，發表收費。http://www.sciencepublishinggroup.com/j/sjc
Physical Chemistry Research 2322-5521 伊朗化學會創辦，2013創刊。免費閱覽。http://www.physchemres.org（網站自稱IF是1.24）
American Journal of Chemistry and Application (AASCIT) 2375-3765 2014創刊。免費閱覽，發表收費。http://www.aascit.org/journal/about?journalId=905
American Journal of Chemistry 2165-8749 2011創刊。免費閱覽，發表收費。http://www.sapub.org/Journal/articles.aspx?journalid=1091
Physical Chemistry 2167-7042 2011創刊。免費閱覽，發表收費。http://www.sapub.org/journal/articles.aspx?journalid=1022
Journal of Atomic and Molecular Sciences (JAMS) 2075-1303 2010創刊。http://www.global-sci.org/jams/
Chemical Review and Letters 2645-4947 2018創刊。發表和閱覽都免費。http://chemrevlett.com（網站自稱IF是0.75）
Chemical Methodologies 2645-7776 2017創刊。發表和閱覽都免費。http://www.chemmethod.com（網站自稱IF是0.24）
Journal of Open Research Software (JORS) 2049-9647 2013創刊，專門收輕量級程序介紹文章，免費閱覽，可申請免費發表。https://openresearchsoftware.metajnl.com
Journal of Open Source Software (JOSS) 2475-9066 專門收開源程序的輕量級介紹文章，免費閱覽和發表。https://joss.theoj.org
Chemical Reports 2591-7943 2019創刊。免費閱覽，發表收費 https://www.syncsci.com/journal/CR/about
F1000 Research 2046-1402 免費閱覽，發表收費 https://f1000research.com/

(3) 中國的期刊

中國期刊英文版：
Science Bulletin 2095-9273 20.577/1 全學科，收版面費
中國科學:化學（英文版）SCI CHINA CHEM 1674-7291 （以前叫SCI CHINA SER B 1006-9291） 10.138/1
中國化學快報 CHINESE CHEM LETT 1001-8417 8.455/2
中國化學 Chinese Journal of Chemistry 1001-604X 5.56/2
高等學校化學研究 CHEM RES CHINESE U 1005-9040 2.726/3
中國化學會會志（臺灣） J CHIN CHEM SOC-TAIP 0009-4536 1.753/4
化學物理學報 CHINESE J CHEM PHYS 1674-0068 1.09/3
結構化學 CHINESE J STRUC CHEM 0254-5861 0.847/3
CCS Chem 2096-5745 非SCI，2019創刊，免費訪問，免費發表
Fundamental Research 非SCI，2021創刊。免費閱覽，發表收費。國家自然科學基金委創辦

中國期刊（中文為主）：
物理化學學報 ACTA PHYS-CHIM SIN 1000-6818 6.253/3
化學學報 Acta Chim Sinica 0567-7351 2.789/3
有機化學 CHINESE J ORG CHEM 0253-2786 無IF/3
化學進展 PROG CHEM 1005-281X 1.044/3
物理學報 Acta Phys Sinica 1000-3290 0.906/3
高等學校化學學報 CHEM J CHINESE U 0251-0790 0.786/4
  以下期刊非SCI
中國科學:化學 Scientia Sinica Chimica 1674-7224 （以前叫 中國科學B） 0.734 核心
原子與分子物理學報 Journal of Atomic and Molecular Physics 1000-0364 0.524 核心
化學通報 Chemistry 0441-3776 0.497 核心
化學研究與應用 Chemical Research and Application 1004-1656 0.605 核心
分子科學學報 Journal of Molecular Science 1000-9035 0.427 核心
計算機與應用化學 Computers and Applied Chemistry 1001-4160 非核心
物理化學進展 Journal of Advances in Physical Chemistry 2168-6122 非核心，2012創刊。免費閱覽，發表收費 http://www.hanspub.org/journal/japc

(4) 無機、有機、化學信息學及其它

COORDIN CHEM REV 0010-8545 24.833/1
INORG CHEM FRONT 2052-1553 7.779/1
INT REV PHYS CHEM 0144-235X 7.478/2
J MOL LIQ 0167-7322 6.633/2
ORG LETT 1523-7060 6.072/1
ORG CHEM FRONT 2052-4129 5.456/1
INORG CHEM 0020-1669 5.436/2
Dalton Transactions 1477-9226 4.569/2
LANGMUIR 0743-7463 4.331/2
J ORG CHEM (JOC) 0022-3263 4.198/2
J COMPUT AID MOL DES (Journal of Computer-Aided Molecular Design) 0920-654X 4.179/3
MOL INFORM 1868-1743 (以前叫QSAR & Combinatorial Science 1611-020X) 4.05/4
J MOL STRUCT 0022-2860 3.841/3
ORGANOMETALLICS 0276-7333 3.837/2
J CHEM EDUC (JCE) 0021-9584 3.208/2
POLYHEDRON 0277-5387 2.975/3
ACTA CRYSTALLOGR B 2052-5206 2.684/3
MATCH-COMMUN MATH CO (MATCH Communications in Mathematical and in Computer Chemistry) 0340-6253 2.633/2
EUR J INORG CHEM 1434-1948 2.551/3
J MATH CHEM 0259-9791 2.413/3
TETRAHEDRON 0040-4020 2.388/3
J ORGANOMET CHEM 0022-328X 2.345/3
TETRAHEDRON LETT 0040-4039 2.032/3
EUR PHYS J D 1434-6060 1.611/4
MACROMOL THEOR SIMUL 1022-1344 1.557/4
LETT ORG CHEM 1570-1786 0.797/4
TETRAHEDRON CHEM 2666-951X 2022創刊。免費閱覽，發表收費。非SCI
Organics 2673-401X 2020創刊，MDPI旗下。免費閱覽，發表收費。非SCI
Journal of Computer Chemistry, Japan -International Edition (JCCJIE) 2189-048X 非SCI，免費閱覽，發表收費

(5) 偏材料

Nature Materials 1476-1122 47.656/1
ADV MATER 0935-9648 32.086/1
MATER TODAY 1369-7021 26.943/1
InfoMat 2567-3165 24.798/無分區 免費閱覽，前三年不收發表費
ADV FUNCT MATER 1616-301X 19.924/1
ACS Nano 1936-0851 18.027/1
Mater Horiz 2051-6347 15.717/2
Small 1613-6810 15.153/2
J Mater Chem A 2050-7488 14.511/2
Nano Lett 1530-6984 12.262/1
NPJ COMPUT MATER 2057-3960 12.256/2 免費閱覽
Carbon 0008-6223 11.307/2
CHEM MATER 0897-4756 10.508/2
MATER CHEM FRONT 2052-1537 8.683/2
Science China Materials 2095-8226 8.64/1
J MATERIOMICS 2352-8478 8.589/2 免費閱覽
Nanoscale 2040-3364 8.307/2
J Mater Chem C 2050-7526 8.067/2
J Mater Chem B 2050-750X 7.571/2
2D Materials 2053-1583 6.861/2
APL Materials 2166-532X 6.635/3 免費閱覽，發表收費
Nanomaterials 2079-4991 5.719/3
MATER CHEM PHYS 0254-0584 4.778/3
ORG ELECTRON 1566-1199 3.868/3
MATER TODAY COMMUN 2352-4928 3.662/3
COMP MATER SCI 0927-0256 3.572/3
Physica Status Solidi (RRL) - Rapid Research Letters 1862-6254 3.277/3
J PHYS-CONDENS MAT 0953-8984 2.745/3
MODEL SIMUL MATER SC (MODELLING AND SIMULATION IN MATERIALS SCIENCE AND ENGINEERING) 0965-0393 2.421/3
Computational Condensed Matter 2352-2143 2014創刊，Elsevier旗下。非SCI
Materials Advances 2020創刊，RSC旗下。免費閱覽，發表收費。非SCI
ACS Materials Au 2021創刊，ACS旗下，免費閱覽，發表收費。非SCI

(6) 偏物理

Reviews of Modern Physics (RMP) 0034-6861 50.485/1
Nature Physics 1745-2473 19.684/1
Physical Review X (PRX) 2160-3308 14.417/1
PHYS REV LETT (PRL) 0031-9007 9.185/1
COMPUT PHYS COMMUN 0010-4655 4.717/2
J COMPUT PHYS 0021-9991 4.645/2
PHYS REV B (PRB) 2469-9950 3.908/2
PHYS REV A (PRA) 2469-9926 2.971/2
PHYS REV E (PRE) 2470-0045 2.707/3
Physica B: Physics of Condensed Matter 0921-4526 2.988/3
AIP Advances 2158-3226 1.697/4 免費閱覽，發表收費
CHINESE PHYS B 1674-1056 1.652/3

(7) 偏生物

NUCLEIC ACIDS RES (NAR) 0305-1048 19.16/2
EMBO J 0261-4189 14.012/1
PLOS BIOL 1544-9173 9.593/1
COMPUT STRUCT BIOTEC 2001-0370 6.155/3 免費閱覽，發表收費
J MOL BIOL 0022-2836 6.151/2
J BIOL CHEM (JBC) 0021-9258 5.486/2
J BIOMOL STRUCT DYN 0739-1102 5.235/無分區
PLoS Comput Biol 1553-734X 4.779/2
METHODS 1046-2023 4.647/3
ACS CHEM BIOL 1554-8929 4.634/2
BBA-PROTEINS PROTEOM 1570-9639 4.125/4
PROTEINS (proteins: Structure, Function, and Bioinformatics) 0887-3585 4.088/3
BBA Biomembranes 0005-2736 4.019/2
ORG BIOMOL CHEM 1477-0520 3.89/3
PLoS One 1932-6203 3.752/3 發表收費
COMPUT BIOL CHEM (Computational Biology and Chemistry) 1476-9271 3.737/4 2002年及以前叫Computers & chemistry
BIOPHYS J 0006-3495 3.699/2
BIOPHYS CHEM 0301-4622 3.628/4
BIOCHEMISTRY (ACS的) 0006-2960 3.321/3
J BIOL PHYS 0092-0606 1.56/4
J COMPUT BIOL 1066-5277 1.549/4
Journal of Biophysical Chemistry (JBPC) 2153-036X 非SCI，2010創刊。免費閱覽，發表收費 http://www.scirp.org/journal/jbpc
J Org Biomol Simul 2325-2170 非SCI，2013創刊。免費閱覽，發表收費 http://thescipub.com/jobs.toc
Computational Molecular Bioscience 2165-3445 非SCI，2011創刊。免費閱覽，發表收費 http://www.scirp.org/journal/cmb/

附：歷年的影響因子和點評

適合理論、計算化學投稿的期刊及其2020年影響因子（2021年公布）
http://www.shanxitv.org/603
適合理論、計算化學投稿的期刊及其2019年影響因子（2020年公布）
http://www.shanxitv.org/560
適合理論、計算化學投稿的期刊及其2018年影響因子（2019年公布）
http://www.shanxitv.org/492
適合理論、計算化學投稿的期刊及其2017年影響因子（2018年公布）
http://www.shanxitv.org/427
適合理論、計算化學投稿的期刊及其2016年影響因子（2017年公布）
http://www.shanxitv.org/382
適合理論、計算化學投稿的期刊及其2015年影響因子（2016年公布）
http://www.shanxitv.org/335
適合理論、計算化學投稿的期刊及其2014年影響因子（2015年公布）
http://www.shanxitv.org/296
適合理論、計算化學投稿的期刊及其2013年影響因子（2014年公布）
http://www.shanxitv.org/248
適合理論、計算化學投稿的期刊及其2012年影響因子（2013年公布）
http://www.shanxitv.org/192
適合理論、計算化學投稿的期刊及其2011年影響因子（2012年公布）
http://www.shanxitv.org/149
適合理論、計算化學投稿的期刊及其2010年影響因子（2011年公布）
http://www.shanxitv.org/92
適合理論、計算化學投稿的期刊及其2009年影響因子（2010年公布）
http://www.shanxitv.org/64

Using concvar program to solve the change of concentration of substances with time in complex chemical reactions

文/Sobereva@北京科音  （非正式版）

1 前言

最近有人在計算化學公社論壇問“請問常溫下像是如下述兩條路徑的反應，哪個更優勢”，他給的圖如下所示。

這個問題光憑感覺不容易給出絕對可靠的答案，而這類問題在通過計算化學研究化學反應相關問題時卻又容易遇到。實際上這種問題可以根據每一步的反應速率常數直接模擬反應的進行來得到，這樣的模擬可以給出濃度隨時間的變化。給反應物設置一定初始濃度，并經過足夠長時間的模擬后，哪個是主產物自然就知道了。

目前并沒有免費、靈活、易用的程序實現上述這種模擬，而這樣的程序對于涉及化學動力學的研究問題又非常重要，于是筆者開發了名為concvar的程序彌補這一空白。用戶只需要提供整個反應涉及的各個極小點和過渡態結構的自由能，并設置模擬條件，程序就能開始模擬，輸出各個物質濃度隨時間的變化。

concvar程序的Windows和Linux版可執行文件，以及很詳細的手冊，可以在http://www.shanxitv.org/soft/concvar免費下載。

concvar的介紹文章已經發表在了ChemRxiv上（https://doi.org/10.26434/chemrxiv-2022-r6rh8），研究文章中使用了concvar程序的話必須進行引用（注意確保DOI號在文獻列表里確實顯示了出來），格式例如：Tian Lu, concvar: A program solving time-dependent concentration variation for complex reactions, ChemRxiv (2022) DOI: 10.26434/chemrxiv-2022-r6rh8。

2 concvar簡介

concvar程序的細節、具體使用方法請讀者自行看手冊和發表在ChemRxiv上的原文，在這一節僅對concvar的特征做很簡要的說明。

一個復雜反應包含多個基元反應。concvar主要目的是求解復雜反應中涉及的各個物質（指反應物、中間體、產物，后同）各個時刻的濃度。需要從t=0時刻基于給定的初始濃度在特定溫度下進行模擬，直到達到預設的步數上限，或者滿足預設的某個濃度條件為止。每一步concvar按照下式令各個物質濃度c發生變化，其中t是當前時刻，Δt是模擬步長，t+Δ是下一時刻

上式中r是反應速率，包含三個來源。其中r_react體現的是相關的基元反應產生的貢獻，如下所示。這里假設基元反應是單分子的情況，concvar也支持雙分子。其中j循環與當前物質i相鄰的其它物質。k(j→i)是相鄰物質j變成i的反應速率常數，k(i→j)是i變成相鄰物質j的反應速率常數。

k可以讓concvar根據輸入文件里各個體系（“體系”指極小點和過渡態，后同）的自由能直接根據標準的過渡態理論自動算出來。對于有特殊情況時（如需要考慮隧道效應、變分過渡態理論），k也可以根據《基于過渡態理論計算反應速率常數的Excel表格》（http://www.shanxitv.org/310）或使用其它程序自行計算，然后寫在輸入文件里提供給concvar。

上面物質濃度變化的式子里還有c(gen)和c(sink)，這是由于外部原因導致物質濃度生成（generation）和下降（sink）的速率。這兩項在輸入文件里可設可不設，默認為0。concvar也允許令特定物質濃度恒定在特定值。concvar還能強行讓一批物質的濃度在每一步都彼此間滿足Boltzmann分布。

模擬步長的選取是個重要問題。模擬的總時間長度等于步數和步長的乘積，跑特定時間長度的模擬，顯然步長越大，所需步數越少，模擬耗時也因此越少。但步長不能太大，否則會造成結果不精確甚至明顯不合理。假設所有基元反應都是單分子反應，或者雖然有雙分子反應但其中一個反應物濃度為1 M（M是mol/L的意思），則以s（秒）為單位的步長應小于0.1/k_max，其中k_max是模擬涉及的基元反應中最大的k（對單分子以/s為單位，對雙分子以/M/s為單位）。這等同于讓物質濃度每一步的變化不超過當前濃度的10%。concvar在計算一開始會直接列出各個基元反應的k，并給出以此式估計的最大可接受步長，用戶可以以此為參考設置輸入文件里的步長。

3 concvar的應用實例

下面給出concvar程序的一些應用實例，由此讀者可以快速了解concvar都能干什么，有什么實際意義，以及輸入文件的形式是怎樣的。具體輸入文件的寫法請大家自行看手冊里的詳細說明。下文的例子的完整的輸入、輸出文件在程序文件包里的examples目錄下都提供了。concvar非常靈活，請讀者基于這些例子舉一反三研究自己的實際問題。

3.1 基元反應

在使用concvar研究復雜情況之前，先看一個最簡單的情況，基元反應，能量折線圖如下所示，藍字是體系序號（標注順序隨意，這決定了$G字段里定義能量的順序）。由于逆反應能壘很高，因此逆反應可以忽略不計。

我們要對此反應在298.15 K下模擬200秒，看看反應物和產物濃度是怎么變化的。此例的concvar輸入文件如下所示（創建一個文本文件，把以下內容粘貼進去即可，末尾至少要有一個空行。$打頭的代表字段，不同字段間必須有至少一個空行）。

temper= 298.15
stepsize= 1E-4
nstep= 2000000
outfreq= 1000
ioutfmt= 2

$G
0
20
-50

$link
1,2,3

$cinit
1 1.0

上面temper是模擬溫度（K），stepsize是模擬步長（秒），nstep是模擬步數上限，outfreq是往輸出文件中輸出各物質當前濃度的頻率，ioutfmt控制輸出的濃度的格式（1是科學計數法，2是小數）。$G字段設置各個體系在當前溫度下的標準態濃度的自由能（kcal/mol）。由于能量折線圖上我們把反應物、過渡態、產物分別標記為1、2、3號體系，因此$G里也要按照反應物、過渡態、產物的順序輸入。自由能可以通過量子化學方法很容易地計算，參考《使用Shermo結合量子化學程序方便地計算分子的各種熱力學數據》（http://www.shanxitv.org/552）。$link里每一行定義一個基元反應的反應物、過渡態、產物的體系序號。$cinit設置物質的初始濃度，當前將反應物（1號體系）濃度被設為1 M，沒設的默認為0。

啟動concvar，輸入輸入文件的路徑（Windows版可以直接把文件圖標拖到concvar窗口里免得手寫路徑。如果路徑兩邊自動出現了雙引號要去掉），然后按回車，就可以看到如下模擬狀態信息，然后程序開始進行模擬。從以下信息中可看到各個物質的自由能，以及每個基元反應的自由能壘和根據過渡態理論估計的反應速率常數。還可以看到concvar建議步長應當小于7.36秒，當前我們用的步長0.0001秒遠小于這個，所以模擬結果肯定是相當精確的。

 Temperature:  298.150 K
 Simulation stepsize: 1.000E-04 s
 Number of simulation steps:     2000000
 Total simulation time:    200.000000 s (    3.333333 min)
 Output frequency: per    1000 steps ( 0.100000 s)

 Number of systems:    3
 Number of minima:     2
    1 #  System index:    1,  G:    0.00 kcal/mol,  c(init):    1.000000 M
    2 #  System index:    3,  G:  -50.00 kcal/mol,  c(init):    0.000000 M

 Number of reactions:    2
    1 #  System    1 to    3,  G barr:   20.00 kcal/mol,  k:  1.358867E-02 s^-1
    2 #  System    3 to    1,  G barr:   70.00 kcal/mol,  k:  3.040630E-39 s^-1
Maximum k is  1.358867E-02 s^-1
Stepsize is suggested to be smaller than 7.36E+00 s for present situation

在模擬進行過程中，程序每隔outfreq步就會往當前目錄下的conc.txt里輸出當前的步數、時間、各個物質的濃度以及總濃度。模擬期間用戶可以隨時打開此文件，看看當前濃度已經變化成什么樣了。在筆者的Intel i7-10870H普通CPU上僅花費了3秒就跑完了設定的200萬步。最后conc.txt的內容如下所示。

   Step      Time(s)       1          3        Total
         0  0.0000E+00  1.0000000  0.0000000  1.0000000
      1000  1.0000E-01  0.9986421  0.0013579  1.0000000
      2000  2.0000E-01  0.9972860  0.0027140  1.0000000
      3000  3.0000E-01  0.9959317  0.0040683  1.0000000
...略
   1997000  1.9970E+02  0.0662937  0.9337063  1.0000000
   1998000  1.9980E+02  0.0662037  0.9337963  1.0000000
   1999000  1.9990E+02  0.0661138  0.9338862  1.0000000
   2000000  2.0000E+02  0.0660240  0.9339760  1.0000000

可見在反應進行200秒之后，反應物（1號體系）的濃度僅有0.066 M，產物濃度為0.934 M，模擬期間總濃度始終為1 M。

可以將濃度變化曲線畫出來直觀考察濃度變化過程。啟動Origin，把conc.txt往里面一拖，然后把第二列作為橫坐標數據，第3、4列作為縱坐標數據，繪制曲線圖，結果如下，可見反應物濃度逐漸下降，產物濃度逐漸上升

下面，我們用concvar考察一下這個反應的半衰期，也就是反應物濃度下降到一半的時候所花費的時間，這可以給輸入文件添加以下內容來實現。這代表當1號體系濃度下降到0.5 M以下時模擬就立刻停止。
$conccrit
1 < 0.5

用新的輸入文件重新進行模擬，模擬會中途結束，并顯示以下信息。即曰，模擬到了51.0092秒的時候就滿足了濃度判斷條件，顯然當前的反應半衰期就是51.0092秒。

 Simulation is stopped because concentration of    1 < 0.500000 M has been satis
fied at step    510092 (   51.00920000 s). Current concentration: 5.0000E-01 M

單分子基元反應的半衰期是有解析解的，即ln(2)/k。從concvar載入輸入文件后顯示的信息中可看到當前的正向反應的k是1.358867E-02 s^-1，因此精確的半衰期是ln(2)/1.358867E-02=51.0092秒，這和concvar模擬出來的精確吻合！體現出當前模擬是完全合理的。實際上，當前模擬用更大步長也完全可以，比如模擬步長從0.0001設大到0.001秒的話，就只需要1/10的模擬耗時，此時得到的半衰期是51.009秒，依然很精確，只不過在有效位數上輕微微打了折扣。

3.2 包含多個基元步的復雜反應

此例使用concvar對下面的能量折線圖描述的情況進行模擬。可見有三個基元反應，1和7號分別是反應物和產物，2、4、6號是過渡態，3和5是中間體。每個基元反應的正向和逆向勢壘都分別是15和20 kcal/mol。

此模擬假定所有物質的初始濃度都為0，反應物的生成速率為0.1 M/s，而產物的消耗速率是0.08 M/s。模擬的反應將在250 K下進行50秒。輸入文件如下所示，$G按照體系序號的順序來寫。順帶一提，$G定義的是相對自由能，相對于誰都可以，只有自由能之差影響模擬結果，習俗上將反應物作為自由能零點來定義。由于有三個基元反應，所以$link里定義了三條連接關系。$gen和$sink分別定義反應物和產物的生成和消耗速率。注意消耗速率具體來說是最大消耗速率，每一步消耗量不會超過剩余量（當某一步某物質濃度為負時，concvar自動會將其濃度設為0）。

temper= 250
stepsize= 1E-4
nstep= 500000
outfreq= 100
ioutfmt= 2

$G
0
15
-5
10
-10
5
-15

$link
1,2,3
3,4,5
5,6,7

$gen
1 0.1

$sink
7 0.08

使用concvar載入上面的輸入文件進行模擬，一開始會顯示以下信息。建議用戶總是仔細看一下這里顯示的模擬參數，確保輸入文件書寫和載入正確。

Number of systems:    7
Number of minima:     4
   1 #  System index:    1,  G:    0.00 kcal/mol,  c(init):    0.000000 M
   2 #  System index:    3,  G:   -5.00 kcal/mol,  c(init):    0.000000 M
   3 #  System index:    5,  G:  -10.00 kcal/mol,  c(init):    0.000000 M
   4 #  System index:    7,  G:  -15.00 kcal/mol,  c(init):    0.000000 M

Generation and consumption rates:
   1 #  System index:    1,  gen.:  0.100000 M/s,  consump.:  0.000000 M/s
   2 #  System index:    3,  gen.:  0.000000 M/s,  consump.:  0.000000 M/s
   3 #  System index:    5,  gen.:  0.000000 M/s,  consump.:  0.000000 M/s
   4 #  System index:    7,  gen.:  0.000000 M/s,  consump.:  0.080000 M/s

Number of reactions:    6
   1 #  System    1 to    3,  G barr:   15.00 kcal/mol,  k:  4.018411E-01 s^-1
   2 #  System    3 to    1,  G barr:   20.00 kcal/mol,  k:  1.710605E-05 s^-1
   3 #  System    3 to    5,  G barr:   15.00 kcal/mol,  k:  4.018411E-01 s^-1
   4 #  System    5 to    3,  G barr:   20.00 kcal/mol,  k:  1.710605E-05 s^-1
   5 #  System    5 to    7,  G barr:   15.00 kcal/mol,  k:  4.018411E-01 s^-1
   6 #  System    7 to    5,  G barr:   20.00 kcal/mol,  k:  1.710605E-05 s^-1
Maximum k is  4.018411E-01 s^-1
Stepsize is suggested to be smaller than 2.49E-01 s for present situation

輸出的concvar.txt開頭部分如下所示，可見反應物、中間體、產物的濃度隨時間的變化都輸出了。

   Step      Time(s)       1          3          5          7        Total
         0  0.0000E+00  0.0000000  0.0000000  0.0000000  0.0000000  0.0000000
       100  1.0000E-02  0.0009980  0.0000020  0.0000000  0.0000000  0.0010000
       200  2.0000E-02  0.0019920  0.0000080  0.0000000  0.0000000  0.0020000
       300  3.0000E-02  0.0029820  0.0000179  0.0000001  0.0000000  0.0030000
...略

對concvar.txt里的濃度變化進行繪圖，得到下圖。可見隨著反應物的不斷產生，反應物、第一個中間體（體系3）、第二個中間體（體系5）的濃度依次累積起來，但到了20秒后基本就不變了，處于飽和了。產物的濃度在10.7秒之前都為0，這是因為自設的產物的消耗速率0.08 M/s在此之前都比它的產生速度更快。在反應進行20秒之后，產物的濃度以0.02 M/s的速率線性增加，這是因為此時第二個中間體的濃度已經恒定不變了，而且反應物的生成速度（0.1 M/s）比產物的消耗速度（0.08 M/s）更大。

3.3 含有競爭反應的例子

下面這個能量折線圖里各個體系的自由能就是本文一開始的那張圖里的，存在彼此競爭的兩個反應路徑。此例我們靠concvar做模擬來研究一下哪個產物是主產物、反應的選擇性如何。

這個反應假定在常溫下進行，反應物初始濃度設1 M。模擬步長用1E-6秒，跑100萬步，因此模擬總時間為1秒。前面說了，concvar會直接在屏幕上顯示最大可接受步長，模擬用的步長明顯比那個小就可以保證模擬精度。至于需要跑多少步，大家可以反復嘗試。如果跑的步數太少，導致模擬的總時間長度不夠，可能產物都還沒怎么生成，就沒法判斷主產物了，此時可以把步數增加后重新跑。此例的輸入文件如下所示。可見在$link里反應物（體系1）同時在兩個基元反應中被涉及。

temper= 298.15
stepsize= 1E-6
nstep= 1000000
outfreq= 1000
ioutfmt= 2

$G
0
15
-20
-5
-50
11
-22.1
-6.1
-51

$link
1,2,3
3,4,5
1,6,7
7,8,9

$cinit
1 1.0

這次的模擬輸出文件如下所示

   Step      Time(s)       1          3          5          7          9        Total
         0  0.0000E+00  1.0000000  0.0000000  0.0000000  0.0000000  0.0000000  1.0000000
      1000  1.0000E-03  0.0000000  0.0010982  0.0000699  0.9875062  0.0113257  1.0000000
      2000  2.0000E-03  0.0000000  0.0010313  0.0001367  0.9760981  0.0227339  1.0000000
      3000  3.0000E-03  0.0000000  0.0009685  0.0001996  0.9648217  0.0340102  1.0000000
...略
    997000  9.9700E-01  0.0000000  0.0000000  0.0011681  0.0000093  0.9988226  1.0000000
    998000  9.9800E-01  0.0000000  0.0000000  0.0011681  0.0000092  0.9988227  1.0000000
    999000  9.9900E-01  0.0000000  0.0000000  0.0011681  0.0000091  0.9988228  1.0000000
   1000000  1.0000E+00  0.0000000  0.0000000  0.0011681  0.0000090  0.9988229  1.0000000

5號和9號分別是產物1和產物2。從以上信息可見，在模擬結束后，1 M反應物幾乎完全變成了產物2（0.9988 M），而產物1的濃度幾乎可以忽略不計（約0.0012 M）。當前反應已經進行得很充分了，因為反應物（體系1）、中間體（體系3和7）的濃度都基本為0。因此，此模擬證明產物2是主產物，而且反應的選擇性非常強。

3.4 驗證Curtin–Hammett原理

化學動力學領域有個知名的Curtin–Hammett原理。它說如果有一對反應物彼此可以快速相互轉換，每個反應物都各通向一個產物而且逆反應可以忽略，則產物分布由兩個反應的過渡態的能量相對高低所決定，過渡態能量低的那個路徑對應的是主產物。Curtin–Hammett原理可以通過推導來證明，而這一節我們設計一個模型，用concvar做模擬來驗證。下面的能量折線圖對應的情況是Curtin–Hammett原理適用的典型情況，體系3和5是兩個反應物，它們之間的變換勢壘非常低，因此常溫下二者轉換很快且總能達到熱力學平衡狀態。兩個反應物通向產物的勢壘都較高，并且產物能量顯著低于反應物，故逆反應可忽略。按照Curtin–Hammett原理的說法，由于TS 1顯著低于TS 2，產物1應當是主產物（盡管根據波爾茲曼分布，反應物2的濃度總比反應物1要高，且盡管產物2相對于產物1是明顯熱力學上更有利的產物）。

本節我們在298.15 K下對上圖的模型進行模擬來試圖驗證Curtin–Hammett原理對主產物的預測。輸入文件如下所示。這里有很關鍵的一點是不能將兩個反應物之間的相互轉換反應以常規方式進行考慮，即不能在$link里寫上3,4,5，否則由于這樣的基元反應的k很大，必須用非常小的模擬步長（1E-12秒的數量級）才行，而此時為了模擬足夠長時間以觀測到產物出現足夠的濃度（需幾百秒，因為此例的反應勢壘較高），所需要的模擬步數要達到1E14數量級，明顯不可能算得動。考慮到兩個反應物之間的轉換極快，二者總能達到熱力學平衡，因此在此例輸入文件里用了$Boltzmann字段，直接要求它倆的濃度關系在模擬的每一步總是滿足Boltzmann分布（或者說，每一步都將二者的總濃度按照Boltzmann分布關系進行分配）。如果不了解Boltzmann分布的話看《根據Boltzmann分布計算分子不同構象所占比例》（http://www.shanxitv.org/165）。此時，這兩個反應物各自的濃度隨便設，只有濃度之和是有意義的，這里將二者濃度都設為了0.5 M，即總反應物濃度是1 M。

temper= 298.15
stepsize= 1E-3
nstep= 500000
outfreq= 100
ioutfmt= 2

$G
-22
15
-3.1
0
-4.3
20
-40

$link
1,2,3
5,6,7

$Boltzmann
3,5

$cinit
3 0.5
5 0.5

用以上輸入文件進行模擬，反應總共進行了500秒，實際發現到了200秒之后濃度就不再明顯變化了，因此下圖只把前200秒的濃度變化曲線繪制了出來。

由上圖可見兩個反應物的濃度隨反應進行不斷下降，由于定義了$Boltzmann，二者的比率始終為0.131:1。產物2的濃度始終基本為0，而產物1的濃度則增加得很快，因此是占絕對主導的產物，這和Curtin–Hammett原理做出的預測完全相同。

3.5 確定決速態

這里說的決速態是指它的自由能對整個反應速率起決定作用的過渡態，它的自由能輕微降低就可以令反應速率有明顯的提升。目前有直接觀看能量折線圖判斷決速態的方法，見J. Chem. Educ., 58, 32 (1981)和ChemPhysChem, 12, 1413 (2011)，而本節我們通過concvar從數值模擬的角度來確認決速態，這是嚴格而且普適的。

本節考察下圖的模型，1號體系是反應物，經過兩個過渡態到達產物（體系5）。這兩步正向反應勢壘都是30 kcal/mol，哪個是決速態？為了研究這個問題，創建如下輸入文件，假設模擬發生在350 K，反應物初始濃度為1 M。由于這兩個基元反應都很慢，為了讓產物能有明顯的濃度，需要跑較長的模擬。concvar運行后會顯示步長建議不超過55.9 s，因此這里用10秒作為步長（留有一定余量，因為之后還要稍微降低過渡態勢壘后重新模擬，屆時最大可接受步長會更小）。總共模擬10000000步，相當于反應進行100000000秒（3.17年）。

模擬后得到的concvar.txt內容如下所示，可見最終產物（體系5）濃度為0.096783 M。

   Step      Time(s)       1          3          5        Total
 0.0000E+00 0.0000E+00 1.0000E+00 0.0000E+00 0.0000E+00 1.0000E+00
 1.0000E+04 1.0000E+05 9.9915E-01 7.5375E-04 1.0122E-04 1.0000E+00
...ignored
 1.0000E+07 1.0000E+08 9.0254E-01 6.8087E-04 9.6783E-02 1.0000E+00

將第一個過渡態的濃度降低1 kcal/mol，即把$G里的30改寫為29，然后重新做模擬，發現模擬后產物濃度為0.096836 M，相對于之前基本沒變，體現出總反應速度對這個過渡態的能量敏感性極低。

將過渡態1的自由能恢復為原先值，而把第二個過渡態的自由能降低1 kcal/mol成為34 kcal/mol，再次重做模擬，發現最后產物濃度為0.34796 M，這比原先濃度大得多。可見，第二個過渡態明顯可判斷為決速態。這個結論和前面提到的觀看能量折線圖進行判斷的方法得到的結論是一致的。

3.6 含有雙分子基元反應的復雜反應

前面例子里的模擬只涉及到單分子基元反應，concvar也可以支持含有雙分子反應物和雙分子產物的基元反應情況的模擬，這一節就給出具體例子。需要注意的是，concvar根據輸入的自由能自動計算k的公式適合單分子基元反應以及液相下的雙分子基元反應，如果你的模擬涉及到雙分子氣相基元反應，則相應的k必須自己在$link中直接定義，見concvar手冊3.3節。雙分子氣相基元反應的k可以通過《基于過渡態理論計算反應速率常數的Excel表格》（http://www.shanxitv.org/310）里的表格直接基于自由能壘得到。

本節模擬對應的能量折線圖如下所示。第一個基元反應是雙分子反應物，而第二個基元反應是雙分子產物。下圖的體系2被視為加入分子看待，體系7被視為離去分子看待，在concvar中它們和其它極小點等同視之。記住只有自由能壘影響模擬結果，比如對于第一步基元過程的正向反應，只有G(3)-G(1)-G(2)影響結果，因此只有倆反應物的自由能之和有意義。習俗上，把加入和離去分子的自由能定義為0。

本次模擬用的輸入文件如下。反應在400 K下進行10000秒，反應物的初始濃度被設為了1 M。此模擬假定加入分子的濃度始終恒定為0.3 M，如下所示這通過$fix字段來實現。另外，離去分子的消耗速率假定最大為0.0001 M/s，因此用了$sink字段。怎么定義雙分子反應物和雙分子產物在下面的輸入文件也明確體現了，要用&符號分隔兩個反應物和兩個產物的體系序號。

temper= 400
stepsize= 1E-2
nstep= 1000000
outfreq= 1000
ioutfmt= 2

$G
0
0
24.8
-5.3
24.1
-15.5
0

$link
1&2,3,4
4,5,6&7

$cinit
1 1.0

$fix
2 0.3

$sink
7 1E-4

整個模擬過程中各物質濃度變化如下圖所示。由于反應物和中間體濃度在一開始變化極快，所以橫坐標用了個間斷使得整個過程的各個物質濃度變化都能清楚展現出來。

由上圖可見，在模擬開始后幾十秒內，反應物幾乎完全變成了中間體，而加入分子的濃度始終恒定在0.3 M。隨著反應的進一步進行，中間體的濃度逐漸下降并形成了產物。在10000秒反應結束后，1 M的反應物完全變成了產物。離去分子濃度在約2800秒的時候達到了頂峰。而由于此后中間體的濃度較低了，導致由中間體生成產物&離去分子的速度比人為設置的離去分子消耗速度更慢，因此離去分子的濃度不斷下降，并在模擬的最后都消耗光了。

4 總結&其它

concvar是一個免費、靈活、普適的研究復雜反應中各種物質濃度隨時間變化的程序，對于量子化學研究者來說極為友好，只需要把算出來的自由能輸進去并設置模擬條件即可進行模擬。concvar有很大的實際意義，如前面的例子所見，反應的半衰期、反應的主產物和分支比、決速態等都可以通過concvar做模擬來研究。而且仔細考察濃度在反應過程中的變化細節、檢驗濃度變化如何受模擬設置的影響，還可以更好地認識反應的內在特征，認清影響反應進行的因素。大家做量子化學計算研究化學反應的時候可以把concvar模擬的濃度變化納入到文章的討論中，可使得研究更有深度、分析討論更充實。另外，concvar對于物理化學中的化學動力學這部分的教學也很有好處，通過讓學生實際做模擬，可以使他們更好地理解過渡態理論、物質間的變化、反應速率常數、決速態、半衰期、競爭反應等重要概念以及Curtin–Hammett等原理。

最后順帶一提的是，有些復雜反應路徑上有一些勢壘很低、反應很快的基元過程，為了照顧它們需要用很小的步長，導致難以在有限的模擬時間內觀察到真正關心的物質出現明顯的濃度。對這種情況可以考慮對整條反應路徑做適當簡化，將一些濃度沒什么考察意義的中間體和相鄰的過渡態忽略掉。

concvar也可以用于模擬催化循環過程中物質濃度的變化。通常將催化劑與被催化物質的結合作為第一步基元反應，讓催化完成并釋放催化劑對應最后一步基元反應，令最后一步對應催化劑的物質的序號等于第一步的催化劑序號，就構成了首尾相接的催化循環了。

When asking for help with computational chemistry problems online, one must describe the problem in detail, specificity, accuracy, clarity and completeness

文/Sobereva@北京科音

First release: 2021-Oct-18  Last update: 2025-Apr-13

筆者從2007年就開始廣泛在網上回答計算化學問題，如今在許多個計算化學QQ群（即思想家公社的各個QQ群，見http://www.shanxitv.org/QQrule.html）以及一個論壇（計算化學公社http://bbs.keinsci.com）每天都花巨量時間回復問題。愈發感覺如今計算化學新人在提問時普遍越來越偷懶、敷衍了事，而且提問方式變得越來越沒基本邏輯、對問題描述能力越來越差，老是在沒有任何前提的情況下突然蹦出一、兩句沒頭沒尾的話來提問，真是越來越不像話！（我認為一大原因是研究生擴招太多了） 提問時候表述含糊不明、不提供解決問題需要的很顯然的關鍵性信息、不說清楚前提條件、不肯多打點字把具體情況交代清楚，這些問題真是越來越嚴重，筆者對這些情況的感觸實在太深，經常在答疑時血壓升高。每次遇到這類提問者，我都感覺很棘手或挺煩惱，我通常沒時間精力去打字引導對方把各種關鍵要素都一一交代出來，但看著有人在我建立的群/論壇里提問得不到解答我心里又不舒服。我實在忍不住專門寫個小文，讓讀者充分意識到把問題描述詳細、具體、準確、清楚的重要性。下面我將我在QQ群和公社論壇答疑時遇到的有代表性的一些提問列出，通過給出我的吐槽讓讀者認識到提問時該注意什么，怎么避免犯同樣的錯誤，希望新人們在求助時能引以為鑒。記住，不好好交代問題，可能得不到任何回復，也可能在他人一次次地誘導你交代問題詳情過程中浪費許多自己和他人的時間，還有可能得到不準確的回復導致自己最終吃虧。以前筆者還寫過一篇《在網上求助計算化學問題時的注意事項》（http://www.shanxitv.org/79），此文也算是對那篇的一個重要補充。

Q1：老師，請問算相互作用前結構優化環節我對雙分子體系幾種可能構型進行了m062x計算，結果嘗試的幾種構型的結果自由能僅差0.01，請問是計算誤差嗎？還是結果可信，用能量較小的體系

我的吐槽：什么體系？什么基組？數值是什么單位？這些關鍵的什么都沒說，還怎么回答？

“雙分子”這種描述根本就沒有提供充分信息。兩個小肽結合也叫雙分子，兩個氫氣分子結合也叫雙分子，相互作用能差了N個數量級。具體是什么分子、怎么結合的必須描述清楚，最好直接把幾個構型的截圖發出來，既省得打字來描述，別人也能確切知道你到底考慮了哪幾種構型、構型到底有沒有意義。順帶一提，由于初學者總是犯低級錯誤，用的結構甚至都是大錯特錯、存在嚴重硬傷的，筆者答疑時總希望提問者直接把結構貼出來，以判斷當前問的問題有沒有回答的意義。初學者經常意識不到自己在更基本的層面就可能已經犯了其它的錯誤，最基本、深層的問題不先解決的話，回答提問者原本問的表面上的問題也就根本沒意義。

基組直接影響計算精度，如果沒常識地用一個破爛基組計算，精度無從談起，那后面的問題根本就沒必要回復了。居然提問者連如此關鍵的信息都沒給出。

單位是Hartree還是kcal/mol，差大了去了，0.01 kcal/mol可以說沒差別，而0.01 Hartree（6.27 kcal/mol）對于弱相互作用來說那就是明顯的差異了。提問時單位都不寫，都沒有最最基本科研工作者的素養，更何況描述能量常用單位很多，包括kcal/mol、kJ/mol、Hartree、eV，哪能把單位給省了？（又不是像比如原子電荷，單位用的統一都是e）

奉勸提問者，在描述當前計算的時候，要拿出寫paper的computational details部分的態度來寫，要想得到準確、有價值的回答就別在提問上敷衍了事。

順帶一提，提問時候計算級別名字必須要寫嚴謹、準確，M06-2X不要寫成m062x，后者那是Gaussian、ORCA等程序才支持的關鍵詞的寫法，而不是在一般語境下方法名的正當的寫法。

Q2：請問一下，使用SIMLE直接生成構象，再用來做結構優化+振動光譜的計算，一般可靠嗎？

我的吐槽：根本沒有叫SIMLE的東西（那叫SMILES。提問時應當盡可能避免打錯任何文字和單詞避免引起歧義）。問的具體是什么體系，甚至是哪類體系都不說，還談什么可靠不可靠？而且靠的是什么程序生成的構象？體系特征、所用程序是此問題的答案的決定因素，居然最重要的信息一個也沒給。很多體系柔性很大，通過諸如OpenBabel等程序基于SMILES直接給出的結構根本沒法保證能直接優化到最穩定構象，所以算的振動光譜也沒實際意義。還有大量體系的立體結構特征根本無法光靠SMILES這樣一維信息描述，比如原子圖簇。在追問下，提問者才繼續吐露了一點信息，說原子數是20~40，這依然讓答疑者處于猜謎狀態，還是不肯直接說清楚到底是什么類型的體系，交代問題時吞吞吐吐誰還愿意回答？痛痛快快一次性把要被SMILES字符串描述的分子特征說清楚就不行么？

在此強調，問問題時候必須要把自己掌握的一切信息盡可能充分地一次性描述清楚，特別是體系結構，能給出化學式或立體結構的要直接給出，別就交代一些零星信息。你提供的信息越充分，別人就能越快速、越準確地回答。如果沒有提供有效信息，你的問題完全就是unanswerable的狀態，少數情況有熱心人且有閑工夫時可能還會提示你進一步提供信息，而大多數情況根本就沒人理了。求助時要搞清楚立場，不是你考別人、玩解謎游戲，要好好想想怎么提問才能吸引別人快速給出有針對性的有效的回復。

Q3：Sob老師好，我看到molpro例子中計算HCHO的例子，其中OCC設置為...[略]
我的吐槽：你指的是哪里的例子？總是有人問看了某某某程序的例子，或者計算某某某問題的例子，之后自己有問題。然而提問者卻總是不說這例子到底是什么出處，到底是哪個文檔/網頁，或哪篇博文/帖子，別人都不知道你看的文章內容是什么、里面原話是怎么寫的，這讓別人怎么回答？雖然有時提問者會復述一下原文，但由于提問者對知識可能掌握不扎實，往往根本沒有正確傳達原文的意思，或者漏掉了原文里的重要信息。

在此鄭重提醒：但凡提到某某教程、博文、帖子、論文等等的時候，必須明確指代清楚、避免任何含糊性。最最起碼把標題給出來。如果是論文，把期刊、卷、頁碼或DOI給出便于別人找到；如果是博文、帖子之類，必須把鏈接給出來；如果是手冊，說清楚哪個版本手冊的第幾節或第多少頁。要拿出你寫論文時引用文獻的嚴謹態度！！！順帶一提，我還特別反感有人提問時上來就說諸如“sob老師的教程”、“sob老師的帖子”，我寫過的帖子、教程無數，我哪知道你具體說的是哪個！？

Q4：gromacs動力學加電場跑10ns分析rmsd，一直達不到平衡態，但相同結構不同電場下，基本在2ns就已經達到平衡了，繼續加大步數，改變依然不大。有什么解決辦法嗎？
我的吐槽：這問題的邏輯十分莫名其妙，“不同電場”指的是什么電場？原先達不到平衡的電場是什么樣？能平衡的時候電場又是什么樣？關鍵信息完全沒說清楚，語言表達能力不過關。而且是什么樣的體系、電場具體怎么加的也都沒說，根本沒法回答。

Q5：

我的吐槽：這是如今特別特別特別典型和常見的一個情況，提問者就如同寫記敘文時候都不知道要有時間、地點、人物、起因、經過、結果這些最基本的要素。什么程序算的？算的什么體系？具體怎么算的？想解決的問題究竟是什么？關鍵信息一概不說，假定別人有讀心術啊？當前問題就是典型的unanswerable問題，給別人出個題，而題目里根本就沒足夠的解題條件，甚至都不明說讓別人回答什么。

Q6：

我的吐槽：又是典型的什么重要信息都不描述，光貼個圖就了事。什么體系？用什么程序做的電子激發計算？用的關鍵詞是什么？最后靠什么程序（雖然通過圖像風格我知道是用Multiwfn）什么方式怎么繪制的圖？對于前三個問題，如果懶得把前三個問題打字描述、或者怕語言描述不準確，就直接把電子激發計算輸出文件上傳到網盤，并在此處貼出鏈接，別人一看就能徹底一次性了解清楚。

Q7：

我的吐槽：“光譜的例子”也不說是哪里的什么例子，什么前提也都不交代，這種描述根本毫無意義。當前用的什么程序、用的什么關鍵詞、算的什么體系都只字不提，上面那種報錯又根本不直接體現導致問題的必然原因，而是一個典型的“多對一”的報錯提示，因此當前問題根本就無解，或者別人需要長篇大論花好幾百字才能把各種可能性全都總結出來，基本不可能有人有這耐心。就算真有超熱心、又很懂行的人完整列舉出所有可能性，提問者屆時還得自己去分辨哪種符合自己當前情況，同時耽誤別人和自己的時間。這種情況，也是直接貼出來輸出文件的下載鏈接，內行人一看立馬就能給你答案，至少也能把導致出錯原因的可能范圍大幅度縮小，進而能夠針對性地回復。

Q8：

我的吐槽：這算的是啥呀？我都根本不知道你在什么設定下算的什么東西，怎么告訴你正常不正常？多描述一點具體情況都不情愿么？

Q9：

我的吐槽：不上傳輸入、輸出文件讓別人看看具體細節、判斷哪里可能不合理，誰猜得到這么靈異的現象是怎么回事？區區幾個原子的計算，輸出文件壓縮后就一丁點大，干嘛不上傳？

Q10：sob老師，能量最小化時凍結的體系還會跑是什么原因呢
我的吐槽：就單單這么一句話，啥基本要素都沒體現，用什么程序在什么設定下跑的只字不提，神仙也回答不了。

Q11：老師您好，最近算兩個芳環之間的堆積作用，麻煩問一下，用什么方法和基組計算最好，謝謝
我的吐槽：此問題前提非常不充分。當前體系多少個原子也不說，計算資源也不說，用的計算程序也不說，要求的精度高低也不說，具體是什么任務（優化還是算能量）也不說，每一條都是對答案產生決定性影響的要素，不交代根本就沒法回答。CCSD(T)/aug-cc-pVQZ的精度當然足夠好，然而提問者幾乎一定算不動。我特別反感不給出基本前提的情況下就問“用什么最好”、“買什么最好”這種問題，起碼得交代預算、用途啊！對影響答案的關鍵性問題做必要的限定，這是最最基本的提問邏輯。

如果這個問題這么問，就可以比較準確地回復了：“我要算兩個芳環之間的堆積相互作用能，總共60個原子左右，使用Gaussian 16 A.03程序，有個36核的服務器，希望精度盡可能好。麻煩問一下，用什么方法和基組計算最好？”。

Q12：請問一下大家，之前有個帖子是一位老師寫的腳本來畫勢能圖的，我找不到了，大家可以給一下嘛~
我的吐槽：此問題沒有基本的邏輯。所謂的勢能圖是曲線圖還是填色圖還是等值線圖還是地形圖？勢能數據是什么程序做什么任務算出來的？是什么論壇哪個板塊里的帖子？根本什么限定條件都沒有，就算是正在用那個人寫的腳本的人，看到此問題都沒法確定自己用的腳本是不是這個人正在問的。

Q13：請問老師 高斯最多能算多少原子？
我的吐槽：這個問題毫無意義，在什么計算級別下算什么體系的什么問題，以及用的機子性能，全都只字不提。特別是Gaussian里分子力場和CCSD(T)方法能算的尺度甚至相差N個數量級。我只好在群里回復“1個~幾萬都能算”，當前提問者提供的信息只夠給出這么一個極度模糊的答案，顯然這對提問者毫無用處。我若根據分子力場、半經驗、普通泛函、雙雜化泛函、CCSD(T)不同檔次方法...再考慮6-31G*、def-TZVP、def2-TZVP、def2-QZVP不同檔次基組...再考慮提問者用6核PC機、20多核廉價服務器、50核高性能雙路服務器各種計算性能...再考慮計算單點/優化/振動分析/超極化率等各種計算任務...全部情況排列組合分別給出答案（超過100種），我得打多少字？顯然沒這個閑功夫和精力。這里再次強調，問得不具體，就不要指望別人能回答得具體。

Q14：

我的吐槽：有很多人在網上問怎么回復審稿人意見，然而往往就把審稿人意見貼出來，卻幾乎不怎么在提問時交代自己的體系，真是一點提問的基本邏輯都沒有。回答問題的人又沒看過你投的文章，根本不知道你研究的是什么體系的什么問題、具體怎么研究的、怎么討論的，你又不把情況交代清楚，別人怎么回答你的問題？像上面這個問題，甚至提問者連體系結構圖都不發出來，別人根本都不知道碳原子和氧原子在什么位置、起到什么作用、同構化具體指什么，怎么可能回答這個問題？每次提問時都要好好想一想，別人在解答你的問題時都可能需要什么信息，凡是可能對答疑有用的信息全都充分、詳細交代出來。另外，光是把審稿人意見簡簡單單一貼，連具體情況都懶得多寫點文字、貼圖去描述，就直接等著別人幫你寫審稿回復，實在顯得太沒誠意，我都根本不愿意去幫。

Q15：老師，請問體系內包括烷基和羰基，他倆結合的時候一般調整誰的位置呢
我的吐槽：什么體系？倆基團怎么結合的？為什么要調整？調整的目的是什么？當前問題我真是一丁點也看不懂。

Q16：windows下做rdf選擇完之后怎么退出啊，ctrl+D不行啊
我的吐槽：又是連用的什么程序都不說。雖然我估計他可能是用的gmx rdf，但是連提問都不好好問，最基本信息都懶得交代一下，顯得態度特別敷衍，缺乏求助的誠意，我遂直接無視了。

Q17：請教大家一個問題，在計算時，如果要固定兩個原子鍵長不變，應該如何做？
我的吐槽：至少有幾十種程序支持限制性優化或動力學過程中施加限制/約束，做法我全都給你列一遍？

Q18：麻煩問一下 H matrix size has been exceeded是什么意思呀
我的吐槽：什么語境也不交代，誰都不知道這是什么程序做什么計算輸出的信息、H矩陣指什么矩陣，怎么回答？不同情況解決方法截然不同，碰到類似這樣的提示，說不定有的程序里改個運行參數即可，有的程序則可能需要改源代碼里控制矩陣尺寸的變量后重新編譯。亦有可能是程序使用方式不當，導致出現開發者沒有考慮到的異常情況。順帶一提，如果是用的非主流程序，一般場所里大概率沒其他人用過，最好直接發郵件問開發者，或者在相應程序的官方論壇/郵件列表里提問，這樣求助最快也最準確。
PS：我每天時間本來就嚴重不夠用，還要在網上回答巨量問題，如果一個問題交代得清楚而且我也會的話我就回答，而像這樣根本沒有提供回答問題必要信息的情況我就直接無視了，我基本不會去猜著回答，也基本不會去上趕著要求提問者再補充信息。記住，沒人回復絕對不代表沒人會，或者會的人沒看到，而很大概率是因為提問方式不當。

Q19：請問老師，我用mo52x/6-31g*算出來溶解自由能是-40多kcal/mol，這個正常嗎
我的吐槽：老有人問計算的結果是否正常，對體系卻只字不提，這種問法明顯毫無意義。是小分子還是大分子？是中性的還是帶電的？這都直接決定溶解自由能的數量級，不說體系特征怎么可能告訴你正常還是不正常？
PS：再次順帶提醒，提問時必須把計算級別名字嚴格寫正確，怎么o和0都不分？我知道提問者想說M05-2X，但內行科研工作者普遍是很嚴謹的，諸如我就很不愿意將錯就錯、對明顯錯誤的寫法視而不見，而每次我給提問者斧正計算級別名字的寫法顯然對我是個負擔。提問者在提問時，尤其是在高水平討論場所里，必須把計算級別名寫準確，省得還需要花費別人的寶貴時間來斧正你。

Q20：請問各位老師計算內鹽時，優化結構發生嚴重變形是什么原因呢（采用的是Blyp/6-31G** 并添加了溶劑模型）
我的吐槽：嚴重變形是相對于什么狀況的嚴重變形？原先是什么結構也不說，怎么回答？把優化前后的截圖都發出來，別人不就立馬明白了。如果是一開始建模就很不合理、相對于真實結構是嚴重扭曲的，通過優化使得結構明顯自發變得合理，這顯然是再正常不過的事，都根本不需要提問。在這里強調，但凡在提問時候說“發生了...變化”、“使用了不同的...”的時候，都必須要說清楚原先是什么情況、參照物是什么。另外，描述計算方式的時候不要有任何含糊性，"溶劑模型"用的到底是什么溶劑模型？很垃圾的Onsager是溶劑模型，Gaussian默認的IEFPCM也是溶劑模型，而精度、可靠性、適用性有天壤之別。如果你是初學者，我*吐血*建議直接把所有關鍵詞都完整貼出來，既可以避免描述時可能的含糊之處，也可以順帶讓內行人看看一下你的關鍵詞用沒用對（如果輸入文件里還有其它關鍵信息也要交代。比如Gaussian里用gen或genecp，還必須把具體用的基組交代出來）。

Q21：請問開始跑MD了，輸入什么命令可以看還要跑多長時間呀？
我的吐槽：世界上有多少種分子動力學模擬程序，就有多少個答案。

Q22：

我的吐槽：
1 你學中文幾天了？能不能好好組織一下語言再問？
2 ubutu（烏布圖）是什么鬼？
3 這個問題表達的是什么邏輯？如果你想問為什么按照b站某GROMACS安裝視頻安裝但沒有裝上，你不說視頻是哪個視頻、具體遇到了什么問題導致沒裝上，別人怎么回答你？如果你就是想讓別人給你指一條安裝GROMACS的明路，在此處提b站的GROMACS安裝視頻又有什么意義？

Q23：請問有老師安裝過dssp嘛 原來那個方法不行了
我的吐槽：“原來那個方法”是什么方法？你在哪里看到的？你憑什么覺得就這么輕微一暗示，別人就立馬知道你說的是什么？而且“不行了”是怎么個不行法，你不說清楚，別人怎么知道是原本的安裝教程就有問題，還是你自己的安裝操作或軟硬件環境有問題？提問的時候絕對不要當謎語人。

Q24：請問 體系有70多個原子用高斯優化一個多星期還沒出來，要繼續優化嗎？
我的吐槽：又是特別典型、極其常見的沒有基本邏輯和常識的提問！所有最關鍵的信息提問者只字未提，別人怎么可能給你回答？非要讓我回答，我只能告訴你“看情況，可能值得繼續優化跑完任務，也可能不應當繼續優化”，這種含糊其辭的回復對你能有實際意義么？而且提問者居然連怎么算的都只字未提，諸如如果你用CCSD/cc-pVTZ優化這樣大小的體系，算到去世也算不完，之前一個多星期本身都已經是完全白算；或者如果當前優化都已經嚴重規律性震蕩了，再怎么跑下去也完全是白搭，早該停了。PS：在我來看，計算化學領域的計算量>95%都是被初學者耗無意義的胡算瞎算白白浪費掉的！

在我常年在網上答疑中老看到有人問“怎么老也算不完”這種問題，幾乎每次都是對方提供的少得可憐的信息令別人完全沒法回答。我在此明確強調，問這類問題時必須完整提供這些信息。少一條都不行：
具體算的是什么體系？如總原子數、體系具體類型（有機分子、過渡金屬配合物、鑭系/錒系配合物、原子團簇、分子團簇等等）、包含的元素都有什么。最好直接給體系截圖
用的程序、版本和完整的關鍵詞是什么？
用多少核的機子跑的？（假定所有核都已經用于當前計算了）
當前跑成什么狀態了？比如對于幾何優化，當前跑了多少步了、優化過程有沒有收斂或震蕩趨勢、結構有沒有向預期的結構變化？（用GaussView自行監控便知，這都不會的話看http://www.shanxitv.org/164）。如果是比如單點計算，當前算到哪個步驟、屏幕上顯示什么了？（外行的話，強烈建議給輸出文件最后幾十行的截圖）

如果你懶得描述上述信息，或者不會準確描述，直接把輸出文件提供就完了。

Q25：老師，審稿人讓我用EOM-CCSD計算一個17個分子在DMSO溶劑中的第一和第二激發態，想問一下一般這種要耗時多久

我的吐槽：“一個17個分子”是什么鬼？到底是一個分子還是17個分子構成的團簇？提問時候最起碼保證沒有語病、沒有錯字、沒有最基本的邏輯錯誤，不要讓人覺得問題特別迷。不僅當前到底是什么體系沒說清楚，用什么基組也不說，什么計算資源下做計算也不說，這問題根本不可能回答。用很好的80核機子在很垃圾的3-21G基組下計算，和很爛的2核機子在較好的cc-pVTZ基組下計算耗時有天壤之別。

Q26：問一下sob老師和大家，計算蒙脫石的HOMO和LUMO，只能得到HOMO，不顯示LUMO是怎么回事

我的吐槽：什么程序算的？具體用什么設置算的？用什么程序看的軌道？可視化程序里怎么操作的？什么具體信息都沒有怎么回答？顯然描述必須具體到內行人能根據你的描述在腦中重現出你當前遇到的具體情況、能準確定位出問題的所在。

Q27：

我的吐槽：什么亂七八糟的！彌散函數問題、溶劑效應問題、理論方法問題，稀里糊涂瞎攪合在一起，完全不知道在說什么、到底想問什么！而且基組名、泛函名都沒寫對，態度極其敷衍，令人看著就不爽。

Q28：

我的吐槽：根本什么有效信息都沒提供，怎么可能回答！？這是Multiwfn算靜電勢的界面，提問者竟然連計算程序的名字都不提，就隨隨便便截個圖，沒法更敷衍！屏幕上顯示的8%你算了多久了？耗時都不說，別人怎么判斷是快還是慢，是異常還是正常？體系多大？基組是什么？用的什么CPU、多少核用于并行計算？在Multiwfn里輸入了什么命令做的計算？這些因素全都是嚴重影響耗時的，難以置信提問者連哪怕其中一個要素都不提！

Q29：請問我在計算三價鐵的時候，wultifwn基組默認是DVZP-MOLOPT-SR-GTH-q16，我想要改成q13嗎

我的吐槽：這個問題令我兩處不爽。首先，Multiwfn被拼成了wultifwn就令我火大，而且明明CP2K里的基組名是DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q16居然被拼成了DVZP-MOLOPT-SR-GTH-q16，竟然一條很短的問題就拼錯兩處，什么素質！？我另一個不爽之處，就是這個問題被交代得極其敷衍和不完整，連最最基本的前提都沒交代，這個人用Multiwfn想干什么？Multiwfn怎么就和這個基組扯上關系了？Multiwfn在哪默認了這個基組？雖然我大抵能猜到他是想問按照《使用Multiwfn非常便利地創建CP2K程序的輸入文件》（http://www.shanxitv.org/587）說的用Multiwfn產生CP2K輸入文件的事，此功能默認用的基組是DZVP-MOLOPT-SR-GTH，但我就是不直接回答，免得顯得他哪怕隨便敷衍地亂描述一下我也能心領神會并會給他回答似的。等什么時候他肯好好把問題描述具體、完整了我才會回答。

總結：

你提問的時候交代的信息越充分、詳細，別人的回復就能越具體、越有針對性、越可能直接解決你的問題。想盡快得到有效的回復就絕對不能讓別人必須猜測你當前的情況。如果都懶得把問題描述得清楚具體，就根本別指望會有人給你靠譜的回復。提問時還必須要杜絕各種語義含糊不明、邏輯不清的描述，和當前問題有直接關聯的所有關鍵性的前提、要素必須全都一次性充分交代清楚，一個都不能漏，絕對不能偷懶。如果不好好描述清楚問題而造成歧義，甚至別人還可能誤會你的實際情況，給你錯誤的答案，結果把你給害了。而且提問時候必須組織好語言，絕對不要有語病、錯字、單詞/名詞誤拼，把問題寫出來之后必須謹慎地看一遍再發，否則可能給其他人的理解和解答造成嚴重困難，也顯得你缺乏求助的誠意。還要注意你描述問題的語句里是否有可能造成歧義的地方，這一定要避免。

計算化學問題在提問時要考慮的常見關鍵要素如下。但凡和當前問題可能有聯系的要素，都必須在提問時明確說清楚，一次性交代出來。
?當前研究的是什么體系在什么狀態/條件下的什么問題？PS：當體系特征復雜、別人不容易根據你的描述想象時，若不涉及保密的話強烈建議給出截圖
?當前問題涉及的是什么計算程序、什么版本？
?當前計算用的關鍵詞具體是什么？具體計算/操作過程是什么？
?你的硬件條件如何？（CPU核數、空余內存量）當前的軟件環境如何？（操作系統名字、具體版本、編譯器信息等。如果用的是虛擬機或WSL之類特殊環境必須說明）
?對于計算報錯，輸出文件里都有什么和報錯有關的提示？

PS：曾經很多次答疑的時候，都遇到提問者隱藏一些關鍵信息（而且誰都意料不到對方會那么干），在最后才終于透露出來，造成之前白打字回復半天。這令我無奈，有時甚至氣憤，感覺是在被耍。比如曾經有人問怎么Multiwfn在Ubuntu里裝不上，我回復好一陣之后也沒解決，對方最后才突然說他是在WSL下運行的！WSL和一般的Linux環境能一樣么！？再比如，提問者給出了一個動力學模擬的截圖，盒子里只有中間部分有一團分子，我以為他是在真空下模擬分子團簇，在我進一步追問下他居然才說那是脫去水之后的結構！**，這么重要的事怎么不事先說！？

對于語言不好全面交代清楚的較為復雜，特別是涉及到一些奇怪情況的計算程序方面的問題，盡可能直接提供輸入、輸出文件的網盤鏈接，這是最有效率的提問方式。文件若較大，或者有多個文件，要壓縮到一起后提供。當有多個文件時，一定要清楚說明里面每個文件對應什么情況的計算，絕對不要讓別人一個個打開查看后去猜。一定要給答疑者盡可能提供便利。

文/Sobereva @北京科音  2021-Jul-1
未經授權，不得轉載

1 前言

此文對適合理論、計算化學投稿的期刊進行羅列，并附上2021年6月30日公布的2020年影響因子(IF)。本文對于讀者了解有哪些期刊值得平時關注有一定意義。這是第12次筆者寫此系列的文章，往年的文章見本文文末的鏈接。

文中期刊名稱一般用標準縮寫，有的給出了常用首字母縮寫或者全名，之后是ISSN或EISSN號。斜杠前是2020年的兩年期影響因子（即一般所謂的影響因子），斜杠后是撰此文時的最新中科院大類分區（2020年12月的基礎版）。有些新刊尚無影響因子數據。

附IF計算公式：2017年某期刊的影響因子=（2015+2016年此期刊的文章在2017年被引用的次數）/（2015+2016年此期刊的文章數）

本文涉及的刊物主要分這么幾類：
1 主要理論、計算類刊物
2 綜合
3 中國的期刊
4 無機、有機、化學信息學及其它
5 偏生物
6 偏物理
7 偏材料

第一類是最適合理論、計算類文章投的。根據文章具體的研究方向，也可選擇投其它幾類中的刊物。

本文中期刊列表多數情況是按照IF來排序的。國內核心非SCI期刊沒有IF，這些期刊的影響因子的獲取方式為：進入http://navi.cnki.net/knavi/Journal.html，搜索期刊名，取綜合影響因子。本文里期刊普遍用縮寫，如果想得到全稱，去https://www.ablesci.com/journal把縮寫或ISSN輸進去就可以查到。

像往年本系列文章一樣，我再次強調，IF這東西只是個翔，它的存在給天朝科學發展帶來的壞處絕對大于好處。要看重文章自身的價值，垃圾文章僥幸發到高IF期刊上依然是垃圾文章，好文章發到低IF期刊上依然是好文章，會被廣為引用。而如今國內大學和研究機構評判科研業績所廣為采用的中科院分區更是荒誕的，其存在是完全多余的。

2 今年IF形勢簡評

今年的影響因子統計方式與以前有一定差異。大家都知道，文章接受后，很快會在期刊主頁上在線登出來，但是往往要過很長時間才會有具體的卷號頁碼，導致在線發表和最終刊登的年份往往有差異。今年在統計時用了新的規則，以2020年為分界線，此前各年使用最終發表年份，此后各年則使用在線發表的發表年份。這導致一個特別明顯的現象是多數期刊的IF都有上漲。整體上漲可能還有另一個因素，就是近年來新刊數目激增，科研工作者數目也大增，故文章量大增，而且平均每篇文章引用數目也不斷增加。由于整體IF都漲了，相應地，如果期刊IF沒漲，就等同于下降了；如果IF還降了，那就算巨慘了，在同類里排名肯定下降。今年期刊的IF順序有種大洗牌的感覺，有不少新的IF次序都顛覆了傳統對期刊檔次的認識。

這是主流計算化學相關期刊的IF的變化情況：
瘋漲：WCMS、ADV THEORY SIMUL
大漲：JCTC、JCP、JMGM、CHEM PHYS、IJQC、JMM、JPOC
小漲：JCIM、JCC、CPL、MOL PHYS、MOL SIMULAT、CTC、TCA、J STRUCT CHEM+
基本沒變：PCCP、CPC、JPCL、JPCC、JPCB、JPCA、STRUCT CHEM
今年幾乎沒有明顯跌的。

WCMS居然竄升到25了，曾經其IF遠不到10，現在竟超過了化學類綜合性綜述期刊ACCOUNTS CHEM RES。不過我覺得WCMS的文章整體價值是在走下坡路，有不少意思不大的文章都發上去了，整體質量遠不如最開始創辦的時候。感覺這個IF水分偏大，應該是被少數爆款文章拉高的。

JCTC居然升到6了，創了新高。JCIM小漲，近些年JCIM上是有不少熱門而且質量不錯的文章，特別是機器學習相關的文章現在很多，大抵明年JCIM還會漲。PCCP的IF變化不大，固化在了3.x了，如今已經被分到3區了。相對于其它多數期刊的漲勢，PCCP真是挺哀的。JCP漲了0.5，一個原因我認為是近一年JCP機智地弄了個理論化學計算程序的特輯，收了不少高被引熱門程序的原文，諸如CP2K、ORCA、QE等。這個特輯的效果肯定會繼續發酵，明年IF大概率會更高。近年來創刊的ADV THEORY SIMUL第一次有了分區，是3區，IF竟然比前一年漲了1，達到了4.0，這是理論計算類期刊里一個新的香餑餑。這個期刊我感覺目前沒什么特別重要、影響力較大的文章，不過就我之前審過的兩篇ADV THEORY SIMUL給我的印象，這期刊送審的文章質量不錯，做得挺嚴謹的。JPCL微跌，看來固化在了6.x了，完全沒了很多年前的小JACS的勢頭了。感覺現在JPCL上有些文章價值和新意真是很一般。JPCC、JPCB幾乎沒變，JPCA漲了一絲。JPCA和JPCB現在的局面有點可惜，都是老牌專業期刊，業內認可度很高，也都不太好發，但IF竟然都已經被一些略水的期刊諸如J MOL STRUCT超越了，還被其同門的定位低一檔的ACS Omega給超越了，真是...

二線計算化學相關期刊是明顯全盤上漲的，皆大歡喜。有幾個之前是4區的可能之后會歸到3區去。JMGM大漲了0.5，到了2.5，應該是歷史新高了，這對于這個不怎么熱門的計算化學期刊真是不容易。CPL也小漲了些，恢復了一些老牌理論化學期刊的風采。CHEM PHYS大漲到2.3。MOL PHYS、MOL SIMULAT、TCA小漲。IJQC從1.7大漲到2.4，從下跌的態勢中回光返照，擺脫了回到三線期刊的危機。三線期刊CTC近幾年發力，今年竟進一步小漲到了1.9，想當年CTC一直都是1.0出頭。JPOC是容易中的適合投有機類體系計算的刊物，之前一直比較頹，居然這次從1.5瘋漲到了2.39，真是翻身了。JMM前幾年跌得很慘，這回從1.34大漲到1.81，終于又快回到當年2.0左右的期刊。說來TCA如今挺尷尬的，想當年它是二線理論化學期刊，比CTC、IJQC這些三線的高一頭，結果現在被CTC特別是IJQC反超，如今比TCA低的已經寥寥無幾了，從中游跌到了倒數，甚至都被物化學報超越了。真是三十年河東三十年河西。Struct Chem和TCA的處境也比較類似。

雖然JACS和Angew都漲了，但Angew漲幅巨大，IF和JACS幾乎完全相同了。筆者才留意到，CHEM COMMUN已經被搞到2區去了，這分區真是...綜合性期刊iScience第一次有了IF，是5.458。Nature旗下18年創刊的COMMUN CHEM竄得很猛，從4.2漲到了6.581，竟然現在比名字極度雷同的CHEM COMMUN（6.222）還高。其中一個被拒了可以考慮投另一個。綜合性開放訪問的化學期刊Frontiers in Chemistry居然從3.6漲到5.2了，令人刮目相看。mdpi旗下的期刊Molecules由于是發表收費的，而且出版社牌子也不硬，令人覺得認可度有限，但這回居然從3.2漲到了4.4，已經超過了很多學術屆聲望較高的老牌期刊。16年創刊的ACS OMEGA給人印象是RSC Adv那樣的大雜燴，還有“回收站”的色彩，之前其2.87比RSC Adv低一頭，今年大漲到了3.5反超RSC Adv。雖說這種期刊的學術界口碑一般，也給人一種辦刊目的是收割版面費的感覺，但單從IF來說，老牌口碑硬的刊物諸如JPCA比起這些期刊真是在IF上挺虧的，感覺背后有運作色彩。

中國科學:化學（英文版）當年IF只有1左右，近幾年一直飆升，今年更是從6.3飛躍到9.4。中國化學快報從4.6升到6.7，中國化學從3.8升到6。這些期刊真會運營，呵呵。中科院分區真是很有中國特色，結構化學還不到1，居然就給分到3區，而很多2左右的國外期刊（也同是化學類）才給人家分到4區，PCCP也才3區，和結構化學待遇相同。估計是要靠分區的指揮棒來扶持這個期刊，試圖拉到一點幾乃至二點幾。

化學學報前幾年一直漲，今年居然微跌。物理化學學報真是徹底脫胎換骨了。雖然此刊多年前一直IF微微上漲，編輯一直在努力苦心耕耘，但始終沒有突破。而今年竟然從1.3飛躍到2.2，真是不可思議。之前編輯部發給我的郵件里提到今年要沖2，我本來覺得也就是表達一下愿景，竟然成真了。這回編輯們可得揚眉吐氣了。

J MOL STRUCT給我的感覺是挺水的一個期刊，里面凈是第三世界國家對雜七雜八分子亂算一通就發上去的文章，跟流水賬似的，居然從2.4漲到了3.2，這世道真是迷。J CHEM EDUC真是漲瘋了，這個專門刊登化學教育類文章的期刊以前一直是一點幾，今年竟然從1.38飆升到2.98，估計編輯們都驚呆了，這真是百年一遇的大變局。這期刊之前刊登了海量在COVID-19疫情環境下遠程教學相關的一大波文章，我懷疑是這類文章互相大量引用把IF拉上去了。我感覺J MOL LIQ這個期刊的很多計算文章挺水的，之前審過這期刊的一些稿子，有點文章真是槽點太多，內容也比較膚淺，作者水平有點業余，我本來以為我不拒的話另外的審稿人也會拒，最終竟然文章還發上去了。這期刊近幾年IF猛沖，從15年開始2.7->3.6->4.5->4.6->5.1這么上漲，今年居然沖到了6.16，還是2區，真是不可思議，感覺里面有貓膩。

3 期刊列表

(1) 主要理論、計算類刊物

WIREs Comput Mol Sci (WCMS) 1759-0876 25.113/1
J CHEM THEORY COMPUT (JCTC) 1549-9618 6.006/2
J CHEM INF MODEL (JCIM) 1549-9596 4.956/2
ADV THEORY SIMUL 2513-0390 4.004/3
PHYS CHEM CHEM PHYS (PCCP) 1463-9076 3.676/3
J CHEM PHYS (JCP) 0021-9606 3.488/3
J COMPUT CHEM (JCC) 0192-8651 3.376/3
CHEM PHYS CHEM (CPC) 1439-4235 3.102/3
J PHYS CHEM LETT (JPCL) 1948-7185 6.475/1
J PHYS CHEM C (JPCC) 1932-7447 4.126/2
J PHYS CHEM B (JPCB) 1520-6106 2.991/3
J PHYS CHEM A (JPCA) 1089-5639 2.781/3
J MOL GRAPH MODEL (JMGM) 1093-3263 2.518/4
INT J QUANTUM CHEM (IJQC) 0020-7608 2.444/4
J PHYS ORG CHEM (JPOC) 0894-3230 2.391/4
CHEM PHYS 0301-0104 2.348/4
CHEM PHYS LETT (CPL) 0009-2614 2.328/4
MOL SIMULAT 0892-7022 2.178/4
MOL PHYS 0026-8976 1.962/4
COMPUT THEOR CHEM (CTC) 2210-271X 1.926/4
STRUCT CHEM 1040-0400 1.887/4
J MOL MODEL (JMM) 1610-2940 1.81/4
THEOR CHEM ACC (TCA) 1432-881X 1.702/4
STRUCT BOND 0081-5993 1.176/4
J STRUCT CHEM+ (JSC, Journal of Structural Chemistry) 0022-4766 1.071/4
ADV QUANTUM CHEM 0065-3276 1.029/4
J COMPUT BIOPHYS CHEM 2737-4165（以前叫J THEOR COMPUT CHEM (JTCC)） 0.939/4
ACS Physical Chemistry Au 2021創刊，免費閱覽，發表收費
Electronic Structure 2516-1075 2019創刊。免費閱覽，發表收費
Computational Chemistry 2332-5968 非SCI，2013創刊。免費閱覽，發表收費 http://www.scirp.org/journal/cc/（網站自稱影響因子是1.13）
International Journal of Computational and Theoretical Chemistry (IJCTC) 2376-7286 非SCI，2013創刊。免費閱覽，發表收費 http://www.sciencepublishinggroup.com/j/ijctc
Communications in Computational Chemistry (CiCC) 2305-7076 非SCI，2013創刊（此刊已偃旗息鼓，2018年之后未更新） http://www.global-sci.org/cicc/
SDRP Journal of Computational Chemistry & Molecular Modelling 非SCI，2015創刊。免費閱覽，發表收費（網站自稱影響因子是0.562） http://www.siftdesk.org/journal-details/SDRP-Journal-of-Computational-Chemistry-&-Molecular-Modelling-/33
Living Journal of Computational Molecular Science (LiveCoMS) 2575-6524 非SCI，2017創刊。免費閱覽 https://www.livecomsjournal.org/
Turkish Computational and Theoretical Chemistry (TC&TC) 非SCI，2017創刊。免費閱覽，免費發表（黑白圖片時） https://dergipark.org.tr/en/pub/tcandtc

(2) 綜合

CHEM REV 0009-2665 60.622/1
CHEM SOC REV 0306-0012 54.564/1
NATURE 0028-0836 49.962/1
SCIENCE 0036-8075 47.728/1
NAT REV CHEM (Nature Reviews Chemistry) 2397-3358 34.035/1
Nature Chemistry 1755-4330 24.427/1
CHEM (Elsevier旗下) 2451-9294 22.804/1
ACCOUNTS CHEM RES (ACR) 0001-4842 22.384/1
NATL SCI REV 2095-5138 17.275/1
ADV SCI (Advanced Science。Wiley旗下) 2198-3844 16.806/1 免費閱覽，發表收費
J AM CHEM SOC (JACS) 0002-7863 15.419/1
JACS Au 2020創刊，免費閱覽，發表收費
ANGEW CHEM INT EDIT 1433-7851 15.336/1
NAT COMMUN 2041-1723 14.919/1 免費閱覽，發表收費
ACS CENTRAL SCI 2374-7943 14.553/1 免費閱覽，免費發表
SCI ADV (Science Advances。Science旗下) 2375-2548 14.136/1 免費閱覽，發表收費
ANNU REV PHYS CHEM 0066-426X 12.703/1
P NATL ACAD SCI USA (PNAS) 0027-8424 11.205/1 發表收費
CHEM SCI (Chemical Science) 2041-6520 9.825/1 免費閱覽，免費發表
COMMUN CHEM (Communications Chemistry) 2399-3669 6.581/2 2018創刊 Nature出版社。免費閱覽，發表收費
SCI DATA (Scientific Data) 2052-4463 6.444/2 免費閱覽，發表收費
CHEM COMMUN 1359-7345 6.222/2
INT J MOL SCI (IJMS, International Journal of Molecular Sciences) 1422-0067 5.923/2 免費閱覽，發表收費
iScience 2589-0042 5.458/2 Cell旗下，2018創刊。免費閱覽，發表收費
CHEM-EUR J (Chemistry-A European Journal) 0947-6539 5.236/2
Frontiers in Chemistry 2296-2646 5.221/2 有理論化學版塊。免費閱覽，發表收費
CHEM-ASIAN J (Chemistry-An Asian Journal) 1861-4728 4.568/3
Molecules 1420-3049 4.411/3 免費閱覽，發表收費
SCI REP-UK (Scientific Reports) 2045-2322 4.379/3 免費閱覽，發表收費
SPECTROCHIM ACTA A 1386-1425 4.098/3
FARADAY DISCUSS 1359-6640 4.008/3
J COMPUT SCI-NETH (The Journal of Computational Science) 1877-7503 3.976/3
NEW J CHEM 1144-0546 3.591/3
ACS OMEGA 2470-1343 3.512/3 2016創刊 免費閱覽，發表收費
RSC Advances 2046-2069 3.361/3 免費閱覽，發表收費
Royal Society Open Science 2054-5703 2.963/3 2014創刊。免費閱覽，發表收費
ChemistryOPEN 2191-1363 2.911/3 免費閱覽，發表收費
ChemistrySelect 2365-6549 2.109/4
CHEMICAL PAPERS 2585-7290 2.097/4
J COMPUT ELECTRON 1569-8025 1.807/4
J CHEM SCI 0974-3626 1.573/4
OPEN CHEM 2391-5420 1.554/4 免費閱覽，發表收費
AUST J CHEM 0004-9425 1.321/4
CAN J CHEM 0008-4042 1.118/4
B KOREAN CHEM SOC 1229-5949 0.969/4
CROAT CHEM ACTA 0011-1643 0.887/4
LETT ORG CHEM 1570-1786 0.867/4
RUSS J PHYS CHEM A+ 0036-0244 0.691/4
INDIAN J CHEM A 0376-4710 0.491/4
Chemical Physics Reviews 2020創刊，AIP旗下
SoftwareX 2352-7110 非SCI，免費閱覽，發表收費，專門發表免費程序的介紹文章
Chemistry 2624-8549 2019創刊 免費閱覽，發表收費 MDPI出版社
Trends in Chemistry 2019創刊 Cell出版社
General Chemistry 2414-3421 2015創刊，免費閱覽和發表 http://www.genchemistry.org
Natural Science 2150-4091 非SCI，2009創刊 免費閱覽，發表收費 http://www.scirp.org/journal/ns/
Open Journal of Physical Chemistry 2162-1969 非SCI，2011創刊。免費閱覽，發表收費。http://www.scirp.org/journal/ojpc/
International Journal of Chemistry 1916-9698 非SCI，2012創刊。免費閱覽，發表收費。http://www.ccsenet.org/journal/index.php/ijc
Current Physical Chemistry 1877-9468 非SCI，2011創刊，http://benthamscience.com/journal/index.php?journalID=cpc
American Journal of Physical Chemistry 2327-2430 非SCI，2012創刊。免費閱覽，發表收費。http://www.sciencepublishinggroup.com/j/ajpc
Science Journal of Chemistry (SJC) 2330-0981 非SCI，2013創刊。免費閱覽，發表收費。http://www.sciencepublishinggroup.com/j/sjc
Physical Chemistry Research 2322-5521 伊朗化學會創辦，非SCI，2013創刊。免費閱覽。http://www.physchemres.org
American Journal of Chemistry and Application (AASCIT) 2375-3765 非SCI，2014創刊。免費閱覽，發表收費。http://www.aascit.org/journal/about?journalId=905
Journal of Atomic and Molecular Sciences (JAMS) 2075-1303 非SCI，2010創刊。http://www.global-sci.org/jams/
Chemical Review and Letters 2645-4947 非SCI，2018創刊。發表和閱覽都免費。http://chemrevlett.com
Chemical Methodologies 2645-7776 非SCI，2017創刊。發表和閱覽都免費。http://www.chemmethod.com
Nature Computational Science 2662-8457 2021創刊，Nature旗下
Research 2639-5274 新刊 無影響因子/4
Heliyon 非SCI，免費閱覽，發表收費。全學科
Journal of Open Research Software (JORS) 2049-9647 非SCI，2013創刊，專門收程序介紹文章，免費閱覽，允許免費發表。https://openresearchsoftware.metajnl.com
Journal of Open Source Software (JOSS) 2475-9066 非SCI，專門收開源程序的輕量級介紹文章，免費閱覽和發表。https://joss.theoj.org
Computation 2079-3197 非SCI，2013創刊。免費閱覽，發表收費 https://www.mdpi.com/journal/computation
Physical Sciences Reviews 2365-659X 非SCI，2016創刊
Chemical Reports 2591-7943 2019創刊。免費閱覽，發表收費
Chemistry-Methods 2628-9725 2020創刊。免費閱覽，發表收費
Electron. Mater. 2673-3978 2021創刊。免費閱覽，發表收費
Results in Chemistry 2211-7156 非SCI，2019創刊。免費閱覽，發表收費
Science Reviews Journal 非SCI，2014創刊。免費閱覽，發表收費

(3) 中國的期刊

中國期刊英文版：
Science Bulletin 2095-9273 11.78/1 全學科，收版面費
中國科學:化學（英文版）SCI CHINA CHEM 1674-7291 （以前叫SCI CHINA SER B 1006-9291） 9.445/1
中國化學快報 CHINESE CHEM LETT 1001-8417 6.779/2
中國化學 Chinese Journal of Chemistry 1001-604X 6/2
中國化學會會志（臺灣） J CHIN CHEM SOC-TAIP 0009-4536 1.967/4
高等學校化學研究 CHEM RES CHINESE U 1005-9040 1.307/3
化學物理學報 CHINESE J CHEM PHYS 1674-0068 1.114/3
結構化學 CHINESE J STRUC CHEM 0254-5861 0.893/3
CCS Chem 2096-5745 2019創刊，免費訪問，免費發表

中國期刊（中文為主）：
化學學報 Acta Chim Sinica 0567-7351 2.668/3
物理化學學報 ACTA PHYS-CHIM SIN 1000-6818 2.268/3
有機化學 CHINESE J ORG CHEM 0253-2786 1.652/3
化學進展 PROG CHEM 1005-281X 1.172/3
物理學報 Acta Phys Sinica 1000-3290 0.819/3
中國科學:化學 Scientia Sinica Chimica 1674-7224 （以前叫 中國科學B） 0.748 核心，非SCI
原子與分子物理學報 Journal of Atomic and Molecular Physics 1000-0364 0.682 核心，非SCI
高等學校化學學報 CHEM J CHINESE U 0251-0790 0.65/4
化學通報 Chemistry 0441-3776 0.594 核心，非SCI
化學研究與應用 Chemical Research and Application 1004-1656 0.567 核心，非SCI
分子科學學報 Journal of Molecular Science 1000-9035 0.395 核心，非SCI
計算機與應用化學 Computers and Applied Chemistry 1001-4160 0.290 非核心，非SCI
物理化學進展 Journal of Advances in Physical Chemistry 2168-6122 非核心非SCI，2012創刊。免費閱覽，發表收費 http://www.hanspub.org/journal/japc

(4) 無機、有機、化學信息學及其它

COORDIN CHEM REV 0010-8545 22.315/1
INORG CHEM FRONT 2052-1553 6.569/2
J MOL LIQ 0167-7322 6.165/2
ORG LETT 1523-7060 6.005/2
ORG CHEM FRONT 2052-4129 5.281/1
INORG CHEM 0020-1669 5.165/2
INT REV PHYS CHEM 0144-235X 4.762/2
Dalton Transactions 1477-9226 4.39/2
J ORG CHEM (JOC) 0022-3263 4.354/2
LANGMUIR 0743-7463 3.882/3
ORGANOMETALLICS 0276-7333 3.876/2
J COMPUT AID MOL DES (Journal of Computer-Aided Molecular Design) 0920-654X 3.686/3
CHEMOMETR INTELL LAB 0169-7439 3.491/3
MOL INFORM 1868-1743 (以前叫QSAR & Combinatorial Science 1611-020X) 3.353/3
J MOL STRUCT 0022-2860 3.196/4（側重于光譜研究）
POLYHEDRON 0277-5387 3.052/4
J CHEM EDUC (JCE) 0021-9584 2.979/4
EUR J INORG CHEM 1434-1948 2.524/3
MATCH-COMMUN MATH CO (MATCH Communications in Mathematical and in Computer Chemistry) 0340-6253 2.497/4
TETRAHEDRON 0040-4020 2.457/3
TETRAHEDRON LETT 0040-4039 2.415/4
J ORGANOMET CHEM 0022-328X 2.369/4
J MATH CHEM (JMC, Journal of Mathematical Chemistry) 0259-9791 2.357/4
ACTA CRYSTALLOGR B 2052-5206 2.266/2
MACROMOL THEOR SIMUL 1022-1344 1.53/4
EUR PHYS J D 1434-6060 1.425/4
LETT ORG CHEM 1570-1786 0.867/4
Organics 2673-401X 2020創刊 免費閱覽，發表收費
Journal of Computer Chemistry, Japan -International Edition (JCCJIE) 2189-048X 非SCI，免費閱覽，發表收費

(5) 偏生物

NUCLEIC ACIDS RES (NAR) 0305-1048 16.971/1
EMBO J 0261-4189 11.598/1
PLOS BIOL 1544-9173 8.029/1
COMPUT STRUCT BIOTEC 2001-0370 7.271/2 免費閱覽，發表收費
J MOL BIOL 0022-2836 5.469/2
J BIOL CHEM (JBC) 0021-9258 5.157/2
ACS CHEM BIOL 1554-8929 5.1/2
PLoS Comput Biol 1553-734X 4.475/2
BIOPHYS J 0006-3495 4.033/3
ORG BIOMOL CHEM 1477-0520 3.876/3
PROTEINS (proteins: Structure, Function, and Bioinformatics) 0887-3585 3.756/3
BBA Biomembranes 0005-2736 3.747/3
METHODS 1046-2023 3.608/2
PLoS One 1932-6203 3.24/3 發表收費
BIOCHEMISTRY (ACS的) 0006-2960 3.162/3
BBA-PROTEINS PROTEOM 1570-9639 3.036/3
COMPUT BIOL CHEM (Computational Biology and Chemistry) 1476-9271 2.877/4 2002年及以前叫Computers & chemistry
BIOPHYS CHEM 0301-4622 2.352/4
J COMPUT BIOL 1066-5277 1.479/4
J BIOL PHYS 0092-0606 1.365/4
J BIOMOL STRUCT DYN 0739-1102 因自引過度被鎮壓
Journal of Biophysical Chemistry (JBPC) 2153-036X 非SCI，2010創刊。免費閱覽，發表收費 http://www.scirp.org/journal/jbpc
J Org Biomol Simul 2325-2170 非SCI，2013創刊。免費閱覽，發表收費 http://thescipub.com/jobs.toc
Computational Molecular Bioscience 2165-3445 非SCI，2011創刊。免費閱覽，發表收費 http://www.scirp.org/journal/cmb/

(6) 偏物理

Reviews of Modern Physics (RMP) 0034-6861 54.494/1
Nature Physics 1745-2473 20.034/1
Physical Review X (PRX) 2160-3308 15.762/1
PHYS REV LETT (PRL) 0031-9007 9.161/1
COMPUT PHYS COMMUN 0010-4655 4.39/2
PHYS REV B (PRB) 2469-9950 4.036/2
PHYS REV A (PRA) 2469-9926 3.14/3
PHYS REV E (PRE) 2470-0045 2.529/3
J COMPUT PHYS 0021-9991 3.553/3
AIP Advances 2158-3226 1.548/4 免費閱覽，發表收費
Physical Review Research 2469-9896 2.412/3 2019創刊。免費閱覽，發表收費

(7) 偏材料

Nature Materials 1476-1122 43.841/1
MATER TODAY 1369-7021 31.041/1
ADV MATER 0935-9648 30.849/1
ACS Nano 1936-0851 15.881/1
Mater Horiz 2051-6347 13.266/1
J Mater Chem A 2050-7488 12.732/1
NPJ COMPUT MATER 2057-3960 12.241/1 免費訪問
Nano Lett 1530-6984 11.189/1
CHEM MATER 0897-4756 9.811/1
Carbon 0008-6223 9.594/1
Science China Materials 2095-8226 8.273/1
J Mater Chem C 2050-7526 7.393/1
2D Materials 2053-1583 7.103/1
Materials Chemistry Frontiers 2052-1537 6.482/1 2017創刊
Journal of Materiomics 2352-8478 6.425/2 免費訪問
J Mater Chem B 2050-750X 6.331/2
APL Materials 2166-532X 5.096/2 免費閱覽，發表收費
MATER CHEM PHYS 0254-0584 4.094/3
ORG ELECTRON 1566-1199 3.721/2
MATER TODAY COMMUN 2352-4928 3.383/3
COMP MATER SCI 0927-0256 3.3/3
Physica Status Solidi (RRL) - Rapid Research Letters 1862-6254 2.821/2
J PHYS-CONDENS MAT 0953-8984 2.333/3
MODEL SIMUL MATER SC (MODELLING AND SIMULATION IN MATERIALS SCIENCE AND ENGINEERING) 0965-0393 2.248/4
InfoMat 2567-3165 新刊 免費訪問 無影響因子 前三年不收發表費
Materials Advances 新刊 免費閱覽，發表收費
ACS Materials Au 2021創刊 免費閱覽，發表收費
Annals of Material Science 免費閱覽，發表收費

附：歷年的影響因子和點評

適合理論、計算化學投稿的期刊及其2019年影響因子（2020年公布）
http://www.shanxitv.org/560
適合理論、計算化學投稿的期刊及其2018年影響因子（2019年公布）
http://www.shanxitv.org/492（http://bbs.keinsci.com/thread-13635-1-1.html）
適合理論、計算化學投稿的期刊及其2017年影響因子（2018年公布）
http://www.shanxitv.org/427（http://bbs.keinsci.com/thread-10369-1-1.html）
適合理論、計算化學投稿的期刊及其2016年影響因子（2017年公布）
http://www.shanxitv.org/382
適合理論、計算化學投稿的期刊及其2015年影響因子（2016年公布）
http://www.shanxitv.org/335
適合理論、計算化學投稿的期刊及其2014年影響因子（2015年公布）
http://www.shanxitv.org/296
適合理論、計算化學投稿的期刊及其2013年影響因子（2014年公布）
http://www.shanxitv.org/248
適合理論、計算化學投稿的期刊及其2012年影響因子（2013年公布）
http://www.shanxitv.org/192
適合理論、計算化學投稿的期刊及其2011年影響因子（2012年公布）
http://www.shanxitv.org/149
適合理論、計算化學投稿的期刊及其2010年影響因子（2011年公布）
http://www.shanxitv.org/92
適合理論、計算化學投稿的期刊及其2009年影響因子（2010年公布）
http://www.shanxitv.org/64