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談談體數據2：體數據格式轉換工具vodaconv的使用及原理 文/Sobereva @北京科音 First release: 2012-Feb-14  Last update: 2012-Feb-22 前言：在《談談體數據1：介紹體數據》（http://www.shanxitv.org/127）一文中寡人介紹了體數據的相關概念。raw是廣為通用的體數據儲存格式，可惜計算化學領域的可視化軟件極少有支持raw格式的；而通用的渲染體數據的程序也沒有能支持...

談談體數據1：介紹體數據 文/Sobereva  2012-Feb-12 前言：《談談體數據》是一系列帖子，寫這些帖子的目的，就是讓讀者了解什么是體數據，尤其是想讓計算化學工作者開闊視野，領會到經常分析的諸如軌道波函數等值面圖與計算機圖形學領域、醫療成像領域及其它計算科學界涉及的普遍意義的體數據之間的本質聯系，能夠進而利用比起計算化學領域的可視化軟件更強大的通用體數據渲染軟件繪制出漂亮乃至藝術級的和化學相關的體數據。 1 體數...

GauMD2xyz：將Gaussian的從頭算動力學軌跡轉換為xyz軌跡的程序 文/Sobereva@北京科音   2020-Apr-5 最新版本：1.2 下載地址：http://www.shanxitv.org/soft/GauMD2xyz_1.2.zip 其中帶.exe的是Windows版可執行文件，無后綴的是Linux版可執行文件。 簡介： 此程序用來將Gaussian的BOMD或ADMP任務產生的軌跡轉化為多幀.xyz格...

Gaussian型cube文件簡介及讀、寫方法和簡單應用 文/Sobereva @北京科音 First release: 2012-Feb-8  Last update: 2022-Feb-18 1 前言 格點文件一般是指記錄了三維空間中均勻分布的各個點的特定函數的數值的文件。在計算化學界最通用的格點文件格式是Gaussian型cube文件（以下簡稱cube文件）。它不僅可以由Gaussian程序...

買了個繪圖板，涂了張喬布斯 文/Sobereva  2012-Feb-2 由于一直有念頭把Multiwfn和其它各 種量子化學軟件擬人化，出個本子，經過很長時間的盤算，下定決心買了個基友Rainbow3繪圖板。699元，算是中檔板子，參數指標挺高，外觀也漂亮。 看到以前很多繪畫視頻，慢慢涂就涂出蒙娜麗莎，覺得很奇妙，很厲害。于是，拿到板子后，我想照貓畫虎試試看，看看能不能也畫出個像樣的人像。我雖然年少時 畫畫很好，但是已經有近十年沒有...

PS: 寡人的ComicDive6展會雜談和收獲見：http://www.shanxitv.org/122 ComicDive6展會cosplay照片 文/Sobereva(3)  2012-Jan-26 寡人在CD6照的照片是歷次展會最多的，約500張，所以這回發出來的圖片也很多，請耐心緩沖。 跳舞ing 少先隊長這服裝令我想起了Crysis游戲 痛遙控車，四處行駛很引人注目 ...

ComicDive6展會雜談和收獲 文/Sobereva(3) 2012-Jan-24 由于近來頗忙，CD6的收獲和照片又很多，拖了一個月才有空寫ComicDive6的記錄。 CD6于2011年12月18日在北京農業展覽館新館舉行。論漫展規模，CD6無疑是帝都最大的，據說攤位數接近500（盡管還只是Comiket的零頭）。這老牌展會也的確人氣高，排隊的人眾多，而前一周的次元震蕩則是去了就能直接進? 圖：排隊的人群 ...

使VMD根據pdb文件中的CONECT字段設定原子連接關系 文/Sobereva   2012-Jan-25 雖然pdb文件當中定義了CONECT字段用于明確定義原子間連接關系，然而VMD并不會利用之，無論有沒有CONECT字段，VMD在讀取pdb后都是根據距離范圍自動猜測原子間連接關系。這種處理方式往往不能滿足我們的特殊要求，利用DynamicBonds的顯示方式也并不能完全解決問題。雖然也有conect2psf程序（http://www.ks.uiu...

ComicPresent3 beta展會雜談、照片和全部Live視頻 文/Sobereva(3)  2012-Jan-16 CP3 beta于2012年1月14日在四惠東地鐵站旁邊的騰遠康體健身中心舉行。按官方宣傳，這次打著beta版的小展會，主要目的是想做一些新嘗試看看效果，然后用到半年后的下一次大型的CP展會上。這次展會另一個名字是ComicPapapa。 圖：騰遠康體健身中心 圖：序廳，隊伍排了好幾個彎（本以為這種規模...

談談彌散函數和“月份”基組  文/Sobereva @北京科音  First release: 2012-Jan-13    Last update: 2021-Sep-28 如果你對基組了解甚少，強烈建議閱讀本文前先閱讀《談談量子化學中基組的選擇》（http://www.shanxitv.org/336）。 1 何時需要彌散函數？ 量子化學計算中的彌散函數是指指數很小的基函數...

2011年度完結動畫總評 文/Sobereva 2012-Jan-10   每一批新番完結之時我都有寫簡評的習慣，此文將我一年內分四次寫的2011年的動畫簡評匯總，涵蓋了共47部我完整看過的2011年期間完結的動畫。其它2011年的作品凡是有熟肉的我都至少看過一兩集，感覺質量不佳或者不合口味的就沒有繼續追。85~90分之間是可看可不看的作品，90~91分是不錯作品，91~92.5分是優秀作品，92.5~94.5分是絕對不容錯過的作品，...

使VMD讀入Gromacs產生的trr軌跡中速度信息的方法 文/Sobereva@北京科音    First release: 2012-Jan-6 1. 前言 Gromacs的trr軌跡文件中不僅包含坐標，還可以包含速度、受力等信息。只要讓mdp文件中nstvout等于nstxout，trr里每幀結構信息都將伴隨對應的速度信息。gro文件中也記錄著速度信息，也就是第45列后面的三列。 VMD里面每幀都有vx,vy,vz三個字段用于記錄速...

C80及M3-28音樂推薦 文/Sobereva  2012-Jan-2 這次的C80音樂推薦來自于172張我聽過的C80發售的同人音樂專輯，依舊是分為東方和非東方部分，且都分為“最優秀”和“不錯”兩類，總共四類強烈建議都聽一遍。挑選標準和以前一樣，不管風格流派，不管新人還是大牌，拋開一切與音樂本身無關的東西，只挑好聽的推薦。本文的列表可以說至少囊括了C80同人音樂中最好的95%的曲目。整體來說C80音樂的素質和以往幾屆差不多。 先給出下載地址，都是從無損或者...

AMBER程序支持的力場一覽 文/Sobereva @北京科音  First release: 2011-Dec-27 本文主要介紹下Amber11中支持的眾多版本的Amber力場，GAFF和GLYCAM順便提一下。主要參考了AmberTools手冊。順帶一提，后期Amber力場都是采用RESP電荷，計算RESP電荷最佳的工具是Multiwfn，使用非常簡單，看《RESP擬合靜電勢電荷的原理以及在Multiwfn中的計算》（http://soberev...