• 簡化用了IOp(9/40=x)的Gaussian的CIS/TDDFT任務的輸出文件的程序:simpIOp940

    簡化用了IOp(9/40=x)的Gaussian的CIS/TDDFT任務的輸出文件的程序:simpIOp940

    文/Sobereva@北京科音

    First release: 2019-Feb-19  Last update: 2019-Sep-26


    簡介 

    《Multiwfn支持的電子激發分析方法一覽》(http://www.shanxitv.org/437)一文全面介紹了Multiwfn支持的豐富的電子激發分析,其中有些功能是依賴于組態系數的。由于Gaussian默認情況下只輸出絕對值大于0.1的組態系數,光靠這些對激發態描述的精度不夠,因此對于Gaussian用戶,用Multiwfn做那些電子激發分析時一般需要用諸如IOp(9/40=x)關鍵詞來輸出所有絕對值大于10^-x的組態系數(一般x=4)。但是此時造成的問題就是輸出文件里的組態系數特別多,有人覺得通過這樣的文件人工查看激發態主要信息不方便。

    為解決這個問題,筆者寫了個小程序simpIOp940,可在此下載:http://www.shanxitv.org/soft/simpIOp940.rar

    此程序可以載入用了IOp(9/40=x)的Gaussian輸出文件,然后自行輸入一個組態系數絕對值的閾值,程序就會把激發態的信息連同大于閾值的組態系數都輸出出來,使得人工查看比較方便。另外,這個程序還會把各個激發態里系數絕對值最大的軌道躍遷輸出出來,令指認主要躍遷類型更為方便。

    此程序文件包里帶.exe后綴的是Windows版可執行文件,不帶后綴的是Linux版可執行文件,Fortran源文件也附上了。

    例子

    例如此程序的壓縮包里有一個uracil.gjf,TDDFT計算時用了IOp(9/40=4),算出來的文件時uracil.out,里面列出的組態系數特別多:
     Excited State   1:      Singlet-A"     4.7968 eV  258.47 nm  f=0.0001  <S**2>=0.000
           9 -> 30        -0.00071
           9 -> 31        -0.00043
           9 -> 35         0.00028
           9 -> 67        -0.00011
           9 -> 73        -0.00016
           9 -> 76         0.00012
           9 -> 78        -0.00015
           9 -> 79        -0.00020
           9 -> 81        -0.00011
           9 -> 82         0.00023
           9 -> 88        -0.00021
           9 -> 89        -0.00059
    ...略

    啟動simpIOp940之后,輸入uracil.out的路徑,然后輸入閾值0.1,當前目錄下會產生new.out,這是處理好的結果文件,內容如下

     Excited State   1:      Singlet-A"     4.7968 eV  258.47 nm  f=0.0001  <S**2>=0.000
           26 -> 30         0.11588
           28 -> 30         0.67734
           28 -> 31         0.13625
     
     Excited State   2:      Singlet-A'     5.4219 eV  228.67 nm  f=0.1317  <S**2>=0.000
           27 -> 30        -0.13650
           27 -> 31        -0.14060
           29 -> 30         0.67086
     
     Excited State   3:      Singlet-A"     6.0180 eV  206.02 nm  f=0.0000  <S**2>=0.000
           26 -> 30         0.54135
           26 -> 31        -0.20634
           28 -> 30        -0.15424
           28 -> 31         0.36715
     

    當前目錄下還出現了largest_pair.txt:
           1      28      30   0.67734
           2      29      30   0.67086
           3      26      30   0.54135
    第一列是激發態序號,第2、3列是貢獻最大的MO對,最后一列是系數。


    由于電子激發任務類型很多,此程序不一定兼容所有情況,碰見不兼容時請自行修改程序。

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