簡化用了IOp(9/40=x)的Gaussian的CIS/TDDFT任務的輸出文件的程序:simpIOp940
簡化用了IOp(9/40=x)的Gaussian的CIS/TDDFT任務的輸出文件的程序:simpIOp940
文/Sobereva@北京科音
First release: 2019-Feb-19 Last update: 2019-Sep-26
簡介
《Multiwfn支持的電子激發分析方法一覽》(http://www.shanxitv.org/437)一文全面介紹了Multiwfn支持的豐富的電子激發分析,其中有些功能是依賴于組態系數的。由于Gaussian默認情況下只輸出絕對值大于0.1的組態系數,光靠這些對激發態描述的精度不夠,因此對于Gaussian用戶,用Multiwfn做那些電子激發分析時一般需要用諸如IOp(9/40=x)關鍵詞來輸出所有絕對值大于10^-x的組態系數(一般x=4)。但是此時造成的問題就是輸出文件里的組態系數特別多,有人覺得通過這樣的文件人工查看激發態主要信息不方便。
為解決這個問題,筆者寫了個小程序simpIOp940,可在此下載:http://www.shanxitv.org/soft/simpIOp940.rar
此程序可以載入用了IOp(9/40=x)的Gaussian輸出文件,然后自行輸入一個組態系數絕對值的閾值,程序就會把激發態的信息連同大于閾值的組態系數都輸出出來,使得人工查看比較方便。另外,這個程序還會把各個激發態里系數絕對值最大的軌道躍遷輸出出來,令指認主要躍遷類型更為方便。
此程序文件包里帶.exe后綴的是Windows版可執行文件,不帶后綴的是Linux版可執行文件,Fortran源文件也附上了。
例子
例如此程序的壓縮包里有一個uracil.gjf,TDDFT計算時用了IOp(9/40=4),算出來的文件時uracil.out,里面列出的組態系數特別多:
Excited State 1: Singlet-A" 4.7968 eV 258.47 nm f=0.0001 <S**2>=0.000
9 -> 30 -0.00071
9 -> 31 -0.00043
9 -> 35 0.00028
9 -> 67 -0.00011
9 -> 73 -0.00016
9 -> 76 0.00012
9 -> 78 -0.00015
9 -> 79 -0.00020
9 -> 81 -0.00011
9 -> 82 0.00023
9 -> 88 -0.00021
9 -> 89 -0.00059
...略
啟動simpIOp940之后,輸入uracil.out的路徑,然后輸入閾值0.1,當前目錄下會產生new.out,這是處理好的結果文件,內容如下
Excited State 1: Singlet-A" 4.7968 eV 258.47 nm f=0.0001 <S**2>=0.000
26 -> 30 0.11588
28 -> 30 0.67734
28 -> 31 0.13625
Excited State 2: Singlet-A' 5.4219 eV 228.67 nm f=0.1317 <S**2>=0.000
27 -> 30 -0.13650
27 -> 31 -0.14060
29 -> 30 0.67086
Excited State 3: Singlet-A" 6.0180 eV 206.02 nm f=0.0000 <S**2>=0.000
26 -> 30 0.54135
26 -> 31 -0.20634
28 -> 30 -0.15424
28 -> 31 0.36715
當前目錄下還出現了largest_pair.txt:
1 28 30 0.67734
2 29 30 0.67086
3 26 30 0.54135
第一列是激發態序號,第2、3列是貢獻最大的MO對,最后一列是系數。
由于電子激發任務類型很多,此程序不一定兼容所有情況,碰見不兼容時請自行修改程序。