寫計算化學文章時引用理論方法、基組、程序時應注意的問題
寫文章時恰當引用是非常重要的，這不僅是學術嚴謹性、對讀者負責的體現，也是對原作者的尊重。如今，文章被他引的數目是衡量一個科研人員功績最重要的指標之一，重要性遠遠大于文章篇數和IF加和（Google學術搜索、ResearchGate等站點的科研人員個人檔案也都著重體現被引次數而不體現IF），因此只有當某個人的成果以正確的方式被引用，此引用才容易被有效地記入他的總被引次數里，使其獲得應得的學術榮譽。因此，如果寫文章時在引用上不重視正確性，甚至亂引用，無異于侵害了原作者的權益。
筆者在看量子化學文獻、審相關稿子時經常看到對理論方法、基組、程序不恰當引用的情況，本文對相關問題說一說，希望引起初學者的重視，切勿在引用上隨便應付事。
1 引用理論方法時應注意的問題
幾乎所有量子化學教科書里都介紹過的理論方法和概念不需要引用，歷史都已經非常悠久了，只要是稍有相關常識的人都是懂得的，比如Hartree-Fock、MP2、DFT這些。如果碰到一些審稿人、編輯特別矯情非讓你引，那么這些東西隨便引用一本介紹了它們的經典的量化專著就行了，比如Levine的Quantum Chemistry或Szabo的Modern Quantum Chemisty（注：這本對DFT只字未提），或者引相關的高質量的綜述也行，而沒必要去引古老的原文。如果說什么方法、概念都得引用最早原文的話，那用微積分的時候還得引幾百年前的書，明顯不可能。至于像CCSD(T)這種被使用極為普遍（所有主流量化程序都支持）、歷史很長（約30年）、主要作者(Pople)已故，但是其深度屬于高級一點的方法，也值得引一下，引原文或者介紹它的專著、綜述皆可。如果文章投的不是專業的刊物（如JCTC、PCCP、JCC、JPC等），考慮到一些讀者對理論計算可能是外行，即便是HF、MP2、DFT這些也可以主動引一下。當文中使用了不是初學者都一定知道的理論方法，或者哪怕此理論方法已經眾所周知，但其提出者還在世，都應當引用原文。因此，像Becke88這樣的1988年就提出的眾所周知的泛函，也要引原文，要不然其提出者Becke就吃虧了。
該引用的時候一定要引原文。絕對不能說比如張三寫了篇應用性文章用到了BLYP泛函，或者李四寫了本量化書或者寫了篇DFT綜述介紹了BLYP，于是自己用BLYP的時候引張三或李四的文章就完事了。這種情況，除非張三的文章研究的問題和自己當前的文章有直接關系，從而能表明BLYP對于當前研究適合，否則不應該引張三的文章，否則只會無意義地增加引用列表的長度。而李四的文章沒太大引用必要，引的話至少也應當是在引用Becke88和LYP原文的前提下同時引用。
原文一定要找對。不能看別人使用某個方法時引用了某篇，自己用這個方法的時候也直接引用這篇。應當把那篇文章下下來或者至少仔細閱讀摘要，看看到底是不是那個方法的原文，否則會造成以訛傳訛。錯誤引用原文的情況很多見，B3LYP就是典型，其真正原文是JPC, 98, 11623 (1994)，它是在這篇文章里才提出來的，然而很多人用B3LYP時卻引用的1993年的B3PW91的原文（雖說B3LYP的靈感直接來自于B3PW91，但也不能這么引）。大家都知道B3LYP是雜化泛函，交換部分是Becke88，相關部分是LYP，引用B3LYP的時候雖然把Becke88和LYP的原文一并引用也不算錯，但為了引用列表簡潔，我個人不建議引用（要不然歸根溯源所有相關的內容都得引用，那用個B2PLYP雙雜化泛函豈不還得也把MP2，Becke88、LYP以及其中牽扯的Slater交換、VWN相關泛函全給引用上？）。
理論方法的原文，可以在你所用的程序的手冊里找，一般都會給恰當的引用；也可以去看一些經典量化專著，里面也引了原文。
2 引用基組時應注意的問題
用的基組不管新舊，不管知名度高低，一定要引用，因此哪怕是最常用的6-31G*也必須引用。一方面是很多量化書往往在基組部分的介紹上不系統或者根本都沒怎么介紹，另一方面基組的靈活性很高，而且往往有歧義。比如DZP就很有歧義，很多不同的人搞的基組，由于都是2-zeta加極化這個檔次，而且基組提出當初作者又沒給出明確的命名，導致多種基組在文獻里都被稱作DZP，到底文中的DZP是哪些人定義的那個，如果不看被引用的文章讀者根本不知道（PS：叫做DZP的都是很老的、早被淘汰的一批基組，但近十幾年Jorge等人又搞出一批叫做DZP的基組，用于標量相對論計算）。同一種基組，用于不同元素的定義往往是在不同文章里提出的，因此應當根據所用元素引用相對應的原文。比如，def2系列對H~Rn的定義和鑭系的定義就是在不同文中提出的，如果沒引對讀者就找不到相應基組定義了。有的情況更復雜，還有些歷史因素，比如6-311G*，雖然它屬于Pople系列基組，但是Pople只參與了搞其前兩周期的定義，之后的元素都是別人搞的，相應文中對6-311G甚至都只字未提，但往往也被冠上了6-311G系列的名字，這就帶來一定含糊性。比如BSE網站上6-311G*對3d元素沒有定義，而Gaussian程序里有定義，那是因為Gaussian程序里把JCP,91,1062里定義的Sc~Cu冠上了6-311G系列的名字。如果你算Fe用了6-311G*，你引用的卻是這套基組對前兩周期定義的原文，那讀者如果不是Gaussian用戶的話，怎么可能知道你算Fe用的基組到底是哪來的？
許多基組有一些變體，如果用的是變體，原始形式的原文可引可不引，但變體的原文則必須要引，畢竟從變體的原文里的引用中讀者肯定也能找到原始形式的原文。比如給6-31G加彌散的方式是在JCP, 80, 3265中提出的，對前兩周期元素加(d)或(d,p)極化是在TCA, 28, 213中提出的，如果你用了6-31+G*算了碳，則這兩篇文獻必須要引，而不能光引6-31G對C~F定義的原文JCP, 56, 2257。
獲取基組正確原文的一般方法是去BSE上找到相應的基組，在給出的數據頁里面會說明對不同元素的原文是什么。但是BSE上的數據并不全，比如目前撰文時，BSE上還沒有def2對鑭系的定義，但明明2012年就發表了（JCTC, 8, 4062）。對于所用的基組系列，如果有更專門的網站或數據來源，得到的基組定義和原文會更全面，比如def2系列基組在Turbomole基組庫里最完整、Pople系列在Gaussian程序中的定義被認為是最標準的（應當引用的文獻在手冊的基組部分里有）、Stuttgart系列贗勢和配套基組在Stuttgart作者的主頁上是最全最新的。當然，也可以看看其它引用了相應基組的文章引的是哪篇，但如前所述一定要下下來那篇文獻，最起碼仔細看看摘要，確認是不是真正的原文。
3 引用程序時應注意的問題
文章中用的所有學術類程序必須引（但Origin、Photoshop之類非學術程序不需要引用）。絕對不能不引用或者自作主張瞎引用，比如就寫個作者、網址了事。一定要從那個程序的主頁、手冊、程序輸出信息中仔細找找有沒有官方聲明的標準引用方式，有的話一定要按那個方式引（絕大多數情況都會有）。如果沒告訴你應該怎么引，應當包含這些內容（沒有的部分就不寫）：作者、單位、程序名、版本號、網址、網址訪問日期。投稿時候就這么寫就完了，某些期刊編輯，特別是許多天朝的期刊編輯事兒特多，可能校樣的時候非讓你改引用格式，到時候再說。程序作者普遍很反感的事就是自己的程序被別人使用了，卻沒有按照聲明的方式被恰當引用。拿Multiwfn為例，引用的方式在主頁的Download欄目、手冊第一章、程序啟動一開始顯示的信息中、入門貼《Multiwfn入門tips》（http://www.shanxitv.org/167）里都寫明了，提到至少要引用其2012年的原文J. Comput. Chem., 33, 580，可總有很多人不好好引用。根據我在收集引用Multiwfn的文章時的統計，有>1/5的文章都有以下情況，特別是中國研究者的文章這個問題尤為嚴重（不恰當引用比例甚至達到1/3）：
(1)用了Multiwfn程序（一看作的圖就知道），但文中對Multiwfn只字未提、原文也沒引
(2)說明了用了Multiwfn程序，但沒有任何引用
(3)說明了用了Multiwfn程序，但只引了網址或者作者+單位，原文沒引
(3)說明了用了Multiwfn程序，引了Multiwfn原文，但是作者名字、卷號或頁碼寫錯了
(4)說明了用了Multiwfn程序，但沒引Multiwfn原文而是只引了其作者的其它文章。還有的甚至只引了其他人使用了Multiwfn的文章或者引用的是跟Multiwfn完全沒聯系的文章。最壞的情況是，寫著是用的Multiwfn做的計算，不僅沒引Multiwfn原文，反倒引用的是別人程序的原文！
有很多程序在license（使用許可）當中已經嚴正聲明，使用其程序的用戶必須在文章中按照作者要求的標準方式引用程序。如果求引用，若作者看見，而且作者脾氣不好的話，即便你的文章已經發表了，作者也可能向出版社告狀把你的稿子撤掉！所以，絕對不要把對程序引用不當回事！！！
最后順帶提一下，對于學術程序、理論方法、基組的引用，如果沒有極為特殊的情況（比如多幾個詞就會導致文章長度超過期刊對Communication、letter的要求），否則一律應當在正文里引用，別放到補充材料（SI）里頭去，因為這都是對讀者很重要的信息。而且放到SI里，Web of Science在統計引用次數的時候不會算進去，因此作者不會因此而受益（不過，Google學術倒可能也把SI里的引用算進去）。之前有人問我能不能把Multiwfn的引用放到SI里頭去，我就納悶，連Nature、Science版面這么金貴的文章都在正文里直接引用過Multiwfn，非要把引用放到SI里是何故？