• 使用Multiwfn計算激發態間的躍遷偶極矩和各個激發態的偶極矩

    使用Multiwfn計算激發態間的躍遷偶極矩和各個激發態的偶極矩

    文/Sobereva @北京科音
    First release: 2014-Mar-28   Last update: 2022-Apr-13


    1 前言

    計算激發態之間的躍遷偶極矩有一些用處,比如用于sum-over-states (SOS)方式計算(超)極化率(詳見http://www.shanxitv.org/232)、計算激發態到激發態的吸收光譜(用瞬態吸收光譜技術可以測定)。Gaussian的CIS、TDHF、TDA-DFT、TDDFT計算可以直接給出基態到激發態的躍遷偶極矩。CIS和TDA任務也提供了alltransitiondensities關鍵詞可以把激發態之間的躍遷偶極矩輸出出來,但是對于TDHF/TDDFT任務則沒有這個關鍵詞(雖然Gaussian有個density=transition=(n,m)關鍵詞可以產生n到m激發態的躍遷密度,然而這個關鍵詞在目前的版本中貌似功能不正常,而且光是有躍遷密度也沒用,還得利用偶極矩積分才能得到躍遷偶極矩,但Gaussian也并不給出這樣的信息)。

    強大的波函數分析程序Multiwfn的電子激發分析模塊中的子功能5能夠計算所有態(包括基態和激發態)之間的躍遷電和磁偶極矩,可以用于上述研究。此外,這個功能還可以直接給出各個激發態的電偶極矩,通過與基態的偶極矩求差就可以考察電子激發過程中偶極矩的變化。在本文就簡要演示一下這個功能的使用。請讀者務必使用官網上最新版Multiwfn,可以在http://www.shanxitv.org/multiwfn免費下載。如果對Multiwfn一無所知的話,建議先閱讀《Multiwfn入門tips》(http://www.shanxitv.org/167)和《Multiwfn FAQ》(http://www.shanxitv.org/452)。

    對于Gaussian用戶,使用Multiwfn的上述功能需要兩類文件:(1)Gaussian的CIS、TDHF、TDDFT或TDA-DFT的輸出文件 (2)相應任務產生的.fch/fchk文件。Multiwfn的這個功能不限于Gaussian用戶使用,也支持ORCA、GAMESS-US等程序,詳見Multiwfn手冊3.21.A節的說明。


    Gaussian的輸入文件對于CIS和TDDFT,分別寫成類似這樣
    # B3LYP/6-31+G(d) TD(nstates=10) IOp(9/40=4)
    # CIS(nstates=10)/6-31+G(d) IOp(9/40=4)
    這里假設算10個激發態。Multiwfn計算時需要利用Gaussian輸出的激發態的組態系數,默認情況下只有絕對值大于0.1的系數會被輸出出來,而較小的都不輸出,這樣的話Multiwfn算出的結果將會不太準確。IOp(9/40=x)的含義是將系數大于10^-x的組態都輸出出來,因此IOp(9/40=4)會把系數絕對值大于0.0001的組態都輸出。x設的越大,輸出的組態越多,結果越準確,但是x太大的話Multiwfn的耗時也會非常大,通常x=3或4就夠了,精度足夠,計算速度也比較快。

    在計算之后得到了.out/.log文件,還同時得到了.chk文件。用formchk將.chk轉換為.fch/fchk,這個文件里記錄了基函數的定義以及基態軌道信息,這是Multiwfn要利用的。


    2 實例

    下面例子涉及的文件都可以在http://www.shanxitv.org/attach/227/file.rar下載。

    下面以苯酚為例進行說明怎么利用Multiwfn計算激發態之間的躍遷偶極矩,輸入文件如下,計算后得到phenol.out以及phenol.fch。
    %chk=C:\phenol.chk
    # b3lyp/6-311G* TD(nstates=5) IOp(9/40=4)
    [空行]
    b3lyp/6-311G** opted
    [空行]
    0 1
     C                  0.01810200   -1.86802400    0.00000000
     C                  1.23175000   -1.16732400    0.00000000
     C                  1.23175000    0.23407600    0.00000000
     C                  0.01810200    0.93477600    0.00000000
     C                 -1.19554600    0.23407600    0.00000000
     C                 -1.19554600   -1.16732400    0.00000000
     H                  0.01810200   -2.93802400    0.00000000
     H                  2.15839700   -1.70232400    0.00000000
     H                  2.15839700    0.76907600    0.00000000
     H                 -2.12219300    0.76907600    0.00000000
     H                 -2.12219300   -1.70232400    0.00000000
     O                  0.01810200    2.36477600    0.00000000
     H                 -0.88699500    2.68477600    0.00000000


    啟動Multiwfn,依次輸入以下命令,//后面的是注釋。
    C:\phenol.fch    //先載入電子激發任務產生的fch文件
    18   //電子激發分析功能,包含多個子功能。這些功能無與倫比的強大,建議參看《Multiwfn支持的電子激發分析方法一覽》(http://www.shanxitv.org/437
    5    //計算激發態間的躍遷偶極矩
    C:\phenol.out    //電子激發任務的Gaussian輸出文件
    此時屏幕上首先輸出了激發態的匯總信息
     Exc.state#     Exc.energy(eV)     Multi.   MO pairs    Normalization
           1           5.11440           1         1478        0.500002
           2           5.93650           1         1697        0.500000
           3           6.14320           1          919        0.499999
           4           6.67690           1          828        0.499994
           5           6.90240           1         1593        0.499994
    其中N_pairs代表這個激發態在輸出文件中通過多少組態來表示,IOp(9/40=x)的x越大顯然N_pairs也就越大。Multi.是激發態的自旋多重度。Sum coeff.^2越接近理想值說明結果精度越高,對于閉殼層和開殼層情況理想值分別是0.5和1.0。如果偏離理想值比較大,則應該加大x來保證結果精度。

    然后選1,激發態間的躍遷電偶極矩就輸出到了屏幕上。也可以選2輸出到當前目錄下的transdipmom.txt里。程序先給出了基態的偶極矩,然后給出基態到各個激發態的躍遷偶極矩、激發能和振子強度:
     Ground state dipole moment in X,Y,Z:   -0.554241   -0.157977    0.000000 a.u.

     Transition dipole moment between ground state (0) and excited states (a.u.)
         i     j         X             Y             Z        Diff.(eV)   Oscil.str
         0     1    -0.4634428    -0.0387809     0.0000000     5.11440     0.02710
         0     2    -0.0410220     0.4644091     0.0000000     5.93650     0.03161
         0     3     0.0000000     0.0000000     0.0024911     6.14320     0.00000
         0     4     0.0000000     0.0000000    -0.0776262     6.67690     0.00099
         0     5    -1.3520332    -0.2422995     0.0000000     6.90240     0.31905

    接下來,輸出的是激發態之間的躍遷偶極矩<i|-r|j>、能量差和振子強度。對于i=j的情況來說,其數值<i|-r|i>對應的是第i激發態的偶極矩的由電子貢獻的部分(注意這不等于這個態的偶極矩,因為還有另一部分,即原子核電荷對偶極矩的貢獻)。
      Note: In below output the case of i=j corresponds to contribution of electron t
    o dipole moment of excited state i
     Transition electric dipole moment between excited states (a.u.):
         i     j         X             Y             Z        Diff.(eV)   Oscil.str
         1     1    -0.5515307     0.6638909     0.0000000     0.00000     0.00000
         1     2     0.1289203     0.0072212     0.0000000     0.82210     0.00034
         1     3     0.0000000     0.0000000    -0.0575947     1.02880     0.00008
         1     4     0.0000000     0.0000000     0.0104765     1.56250     0.00000
         1     5     0.0412045     1.1173067     0.0000000     1.78800     0.05476
         2     2    -0.5370763     0.7195150     0.0000000     0.00000     0.00000
         2     3     0.0000000     0.0000000    -0.0271832     0.20670     0.00000
         2     4     0.0000000     0.0000000     0.0723899     0.74040     0.00010
         2     5     0.7076947    -0.0614123     0.0000000     0.96590     0.01194
         3     3     2.0119437    -3.9241936     0.0000000     0.00000     0.00000
         3     4     0.3712230     1.1487737     0.0000000     0.53370     0.01906
         3     5     0.0000000     0.0000000    -0.0330295     0.75920     0.00002
         4     4    -0.2932424     2.0434979     0.0000000     0.00000     0.00000
         4     5     0.0000000     0.0000000     0.0048938     0.22550     0.00000
         5     5    -0.4634208     1.0586426     0.0000000     0.00000     0.00000

    值得一提的是,如果在Gaussian中使用下面這樣的關鍵詞,在輸出文件末尾就會由L601模塊輸出第3個激發態的偶極矩
    # b3lyp/6-311G* TD(root=3,nstates=5) density=rhoci
    給出的結果為(debye)
    X=              5.1144    Y=             -9.9743    Z=              0.0000
    換算成a.u.單位后,結果為X=2.0119 Y=-3.9238 Z=0.0000,可見和Multiwfn給出的2.0119437    -3.9241936     0.0000000很相符。注意這里用了rhoci關鍵詞,如果只寫density的話,那么Gaussian傳遞給L601模塊的激發態的密度是弛豫的密度。而當用rhoci時,傳遞的是非弛豫的密度,這才是和通過組態系數和基態軌道直接產生的密度直接對應的,也正是與Multiwfn輸出的是對應的。

    如果你想得到各個態之間的躍遷磁偶極矩,進入功能18的子功能5后先選0,選Magnetic,然后再按上面做法操作即可。注意躍遷磁偶極矩定義為-i<i|r×▽|j>,而Multiwfn輸出的值對應的是<i|r×▽|j>部分,這和Gaussian輸出文件里給出的躍遷磁偶極矩用的形式相同。

    Multiwfn也可以直接給出各個激發態的包含了原子核貢獻的偶極矩。也就是進入功能18的子功能5后選擇4,結果就會輸出到當前目錄下的dipmom.txt中,內容為:
      Note: The electric dipole moments shown below include both nuclear charge and electronic contributions
     Ground state electric dipole moment in X,Y,Z:   -0.554241   -0.157977    0.000000 a.u.

     Excited state electric dipole moments (a.u.):
      State         X             Y             Z        exc.(eV)    exc.(nm)
         1     -0.551525      0.663891      0.000000      5.1144      242.42
         2     -0.537071      0.719515      0.000000      5.9365      208.85
         3      2.011949     -3.924194      0.000000      6.1432      201.82
         4     -0.293237      2.043498      0.000000      6.6769      185.69
         5     -0.463415      1.058643      0.000000      6.9024      179.62


    PS:之所以這里把原子核對電子態的貢獻也考慮后,偶極矩數值和之前只考慮電子貢獻的時候一樣,那是因為Gaussian默認會把體系原點放置到核電荷中心位置,此時原子核對偶極矩貢獻恰好為0。

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