GaussView保存輸入文件時內坐標變量不用字母表示的解決方法

GaussView保存輸入文件時內坐標變量不用字母表示的解決方法

文/Sobereva @北京科音

First release: 2015-Feb-2   Last update: 2021-Jul-9

今天在思想家公社QQ群里有人問GaussView保存Gaussian輸入文件時，在保存界面中取消了write cartesian選項以保存成內坐標形式，但是保存出來的內坐標的變量直接用數字表示，如下面這樣，應該怎么做才能保存成變量形式？
O             
H                  1    0.94740744
H                  1    0.94740744    2  105.47857762

解決辦法很簡單，先把體系保存成.mol等其它格式，然后載入之，再保存成Gaussian輸入文件，就會看到內坐標都用字母表示了：
O             
H                  1            B1
H                  1            B2    2            A1

   B1             0.94740000
   B2             0.94735254
   A1           105.47684474

沒有相應選項直接選擇是否把變量用字母表示是GaussView一個不人性化的地方。

更好的做法是使用筆者的Multiwfn程序保存Gaussian輸入文件，你可以直接設置保存成哪種內坐標形式。Multiwfn可以在http://www.shanxitv.org/multiwfn免費下載。Multiwfn支持從大量格式中載入結構信息，如xyz/pdb/pqr/mol/mol2/cif/gjf/wfn/cub/fch/molden/mwfn等等，完整介紹見http://www.shanxitv.org/379。如果把自帶的settings.ini文件里的iloadGaugeom設為1，還可以直接從Gaussian輸出文件里載入結構信息。

啟動Multiwfn并從輸入文件里載入結構信息后，輸入gi就可以進入Gaussian輸入文件保存界面。默認保存成笛卡爾坐標形式，如果先輸入zmat，再輸入要保存的文件路徑，則產生的Gaussian輸入文件就是內坐標形式，而且所有幾何參數都是通過變量表示。如果進入Gaussian輸入文件保存界面后先輸入zmat2，再輸入要保存的文件路徑，則產生的Gaussian輸入文件里就是內坐標直接帶變量值的形式表示。

注：Multiwfn的以上特性在2021-Jul-9及以后更新的版本中才支持。