GaussView觀看Gaussian優化軌跡時避免結構跳變的方法

GaussView觀看Gaussian優化軌跡時避免結構跳變的方法

文/Sobereva @北京科音   2015-May-10

眾所周知，用gview打開Gaussian優化任務的輸出文件時，只要選了Read Intermediate Geometries復選框后再打開文件，就可以看到幾何優化的軌跡，對于了解優化過程中結構是怎么變化的非常重要。但是，經常在播放優化軌跡時會看到結構突然跳變，比如瞬間發生大幅翻轉然后又變回去，給考察結構變化帶來了很大不便。比如下圖是優化丙烷陽離子的過程，可見優化過程中分子發生了數次左右翻轉，令人不悅

出現這類情況的原因是因為Gaussian默認情況下會把每一步的結構旋轉平移成標準朝向（Standard orientation）所致的，有的時候優化過程中結構稍微變化一點，由于巧合，被弄到標準朝向后和上一步的坐標可能看上去朝向變化甚巨，即出現跳變。雖然用nosymm關閉對稱性，也就不會被Gaussian自動搞到標準朝向了（弄到標準朝向的本意就是為了能夠利用對稱性），優化軌跡看上去也就變得連續了，但是這樣的話就沒法利用對稱性加速計算了，顯然不是什么好法子。
2017-Jul-1補充：G16已經解決了此文示例的180度翻轉的問題。但是由于相同原因導致突變比如90度，筆者發現G16起碼A.03還是沒能解決。

實際上，優化過程的每一步中，不僅輸出Standard orientation坐標，還輸出Input orientation坐標，這個是相對于初始輸入文件里的朝向的坐標。gview對優化過程讀取的是Standard orientation的坐標，這是可能出現跳變的，只要讓gview改成讀取Input orientation坐標，就可以避免優化軌跡出現跳變。

不過gview并沒有提供選項來讀取Input orientation坐標，我們只要自行修改輸出文件，騙過gview，讓gview在讀取Standard orientation坐標時讀取的是Input orientation坐標即可。具體做法是，打開優化任務的輸出文件，把所有"Standard orientation:"替換成隨意的什么字符讓gview認不出來，然后把所有"Input orientation:"替換成"Standard orientation:"。之后用gview播放優化軌跡，就完全連續了，如下所示：

注意當原子數超過50的時候默認不輸出Input orientation，需要用geom=printinputorient關鍵詞來強行要求輸出。